一般而言，店铺总部的组织，总经理下设总经理室，它是发言人的窗口，负责沟通协调；在企业形象上，此窗口扮演着极其重要的角色。
除此之外，通常连锁总部组织可划分为经营部门及管理部门。
1.经营部门经营部门的作用是将连锁系统点、线、面相结合，其下设有几个部门(1)加盟部。“加盟”是连锁总部欲扩张势力的能力所在，在直营连锁奠定基础后，一般的连锁店总部皆要筹备处理加盟事宜，并设立加盟部，专司加盟事宜。
(2)发展部。连锁部须具备明确且可长期发展的理念，因此发展部具有“核心”作用，指导连锁系统的发展方向。
(3)营销部。商店的生命是“商品”，从采购到物流配送至门市，通过营销手段包装，为商品注入活力，这些过程可谓环环相扣、一丝不差。
营销部的功能即赋予商品生命，或通过举行活动增加店面知名度。
(4)分区营业部。在店铺数达到一定规模时，连锁总部必须成立各分区营业部。以更有效率地管理各地区的店铺。
2.管理部门管理部门的作用则以健全内部机制为主，通常有以下几个部门(1)管理服务部。下设有总务科、训练教育科、人事科以及法务科等，专司管理服务。
(2)财务部。下设会计科和财务科等。
(3)信息服务部。下设系统开发、作业和专案推动等，皆属于信息服务部工作内容。
以上所述，仅是连锁店总部基本的部门，每家连锁系统可能会因其规模的不同而有所不同。