金融机构要加强财务管理，就必须建立财务内部控制制度，并且有效地执行。审计时，应把通过检查财务内部控制制度的建立和执行情况。巩固和健全财务内部控制制度作为一项重要任务。具体审计时，可在收集资料、了解情况的基础上，主要检查以下内容：
（1）检查是否严格执行职能分工、履行岗位责任制。通过检查凭证、账簿记录看被审计单位是否做到钱账、收支凭证、印鉴分管；是否实行出纳与记账分管，在出纳或会计人员请假或因其他原因离岗时，有无相互代理兼办的违规现象；签发股票、登记股东登记簿、签发股利等工作是否由一人从头到尾包办等。
（2）检查是否严格执行授权和审批制度。主要检查被审计单位对资本投入、增减变化、留存收益提取等项目是否经过领导授权并报上级主管部门审查批准；被审计单位取得的营业收入的放款、拆借、租赁等业务合同是否经过主管负责人审批；检查被审计单位成本费用开支是否经过授权，非经常项目是否经过特殊授权，有无未经授权而发生成本费用等问题。
（3）检查内部牵制制度的执行情况。主要看收、付款及实物收、发、保管是否按规定由两个或两个以上人员办理，事前是否经过领导授权；办理实际交纳税金与登记应交税金账目是否存在一人包办现象等。
（4）重点检查内部财务账目和凭证记录及有关人员的签章，查明控制功能发挥作用的情况，主要揭示有无出纳、会计等不相容职务相互兼办或代理的情况；收支、领发业务审批、复核手续是否严格；有无利用重复报账、伪造、涂改单据等手段进行舞弊的情况。
（5）检查是否建立各项收入、支出及财产等管理的操作程序。业务人员是否严格按照操作程序办理，有关凭证是否按规定程序在各部门和人员之间合理传递流转；对各有关凭证是否按序编号，按规定填制、复核和签章等。
（6）检查是否建立定期清查盘点的财产制度，并定期核对财产账、表、证、卡、实物；是否对管理不善造成盘亏的责任人规定了具体的处罚措施。
（7）检查财务收支及利润是否实行了目标管理和计划管理，并实行归口、分级责任控制；成本费用开支范围和标准的各项规定是否健全，并为财会人员所熟悉。
（8）检查被审计单位主管部门是否定期或不定期进行财务检查，对检查中发现的先进经验和事迹是否及时予以肯定和鼓励，对发现的违规违纪行为是否及时予以制止和处罚。