因供奉佛指舍利而闻名天下的法门寺位于陕西扶风县境内，法门寺地处岐山南麓、渭水北岸，是周人的祖庭，也是中华文明最主要的发祥地之一。关于法门寺的佛指舍利，还有一段曲折坎坷的经历。
法门寺建于佛教盛行的北魏时期，当时还是一座寂寂无名的民间小寺。北周初年，佛教势力逐渐壮大。
公元558年，北魏皇室的拓跋育对法门寺进行了第一次大规模扩建，为法门寺日后的兴盛奠定了基础。关于法门寺寺名的由来，有一段令人感动的民间故事。
大约在周武王时期，佛教开始传入中国，一位叫法阿门的年轻书生笃信佛教，他除了自己礼佛敬佛之外，还设坛讲习，教化众生。同时又上书周天子，演化佛教、弘扬佛法。
周天子认为法阿门以异端邪说妖言惑众，下令将其缉拿，并砍去其手脚、舌头、眼睛、耳朵，将其处死。此事传到临终前的释迦牟尼佛的耳朵里，释迦牟尼被法阿门普救万众生灵的事迹所感，为让佛光普照天下，佛法震慑人心，佛祖对他的国王阿育王说：“我死后，你将我的身体断成四万八千块，一块送往东土周朝法阿门的故居处吧，其余的分到世界各地。”
释迦牟尼圆寂后，阿育王遵照释迦牟尼的遗嘱，差鬼将把佛指舍利送到法阿门所住的美阳村，佛指舍利送达的当夜，法阿门诵经的地方瞬间耸起一处几十丈高的宝塔，塔底洞穴金光耀眼，水银池上泛有一艘金船，船上金莲花丛中置宝匣，匣内珍藏一枚佛指舍利。正是因为这一传说，所以人们将本名为阿育王寺的寺庙改称为法门寺。
在漫长的中国历史发展中，法门寺曾经随着朝代的更迭、佛教的兴废而起起落落，盛衰交替。
在唐朝时期，由于唐王朝国力强盛，经济繁荣，佛教得到了空前的发展。唐代的法门寺由于佛指舍利的缘故，被视为皇家奉佛的总道场，备受尊崇。朝廷花费巨资，几经扩建，终于使其成为古代中国规模最大、等级最高、宗派和僧人都堪称最多的皇家寺院。佛骨迎奉制度的确立，更是奠定了法门寺的特殊地位。
由于当时的统治者认为定期迎送供养佛骨会令国泰民安，从唐太宗贞观五年开启法门寺地宫，供养佛骨开始，形成了“三十年一开”的制度，即每隔30年举办一次盛大的迎奉佛骨舍利大典。在唐代200多年的存续期间，先后有8位皇帝6次将佛骨迎进皇宫供养。
不过，在举国一片礼佛声中，也有反对的声音。唐宪宗年间，在中国文学史上具有重要地位的大文豪、“唐宋八大家”之一的韩愈，向皇帝呈上了他所著的一篇《谏佛骨》，并建议“以此骨付之有司，投诸水火，永绝根本”。
唐宪宗看了这个奏疏，大为震怒，韩愈差点因此掉了脑袋。后经诸大臣解劝，韩愈才被免死而被贬到潮州，出任刺史。韩愈的那首著名的七律《左迁至蓝关示侄孙湘》，即是在前往潮州，途经蓝田关时所作：
一封朝奏九重天，夕贬潮阳路八千。
欲为圣明除敝事，敢将衰朽惜残年。
云横秦岭家何在，雪拥蓝关马不前。
知汝远来必有意，好收吾骨瘴江边。
唐朝中期的佛教出现了持续稳定繁荣的局面。唐王室与佛教界的关系也变得更加密切与频繁。
公元840年，唐武宗李炎即位，改为会昌纪元。繁盛一时的大唐帝国进入晚唐时期。随着政治上的腐败，中唐以来连年的战乱，各地的寺院渐渐失去了原先神圣的庄严气象，僧尼队伍鱼龙混杂，各派之间矛盾重重、尖锐对立。而且当时僧人中多有达官显贵，或者交结权贵以势欺人的也不在少数。寺院经济空前发达，僧侣阶层与皇权政治形成了严重对立。
唐武宗即位后，崇奉道教，加上宰相李德裕也是个道教徒，又因为佛教僧侣们本身存在的许多积习，使得佛教的繁荣气象每况愈下。唐武宗本人偏好道术，排斥佛教。他在位之时，正逢“三十年一开”地宫，奉迎佛骨之时，他不仅摒弃旧制，而且不再礼迎佛骨，还在公元854年颁布了一系列灭佛诏敕，在全国范围内大动干戈。数以千计的寺庙被毁，与佛教有关的数万建筑也难逃厄运。寺院财产被没收，大批僧人被迫还俗。从此，唐朝佛教开始走向衰败。
继武宗后，登上皇帝宝座的是他的叔父宣宗。这位皇帝早年曾过着四处流落的生活，有时甚至寄宿于寺院，接受僧侣们的施舍。所以宣宗即位后，带着他报恩的心愿，重新下诏试图恢复佛教从前的盛况，持续六年之久的会昌法难才宣告终止。唐咸通十四年，唐王朝最后一次举行奉迎佛骨大典。此后，将帝后王公供养的金银器物、绫罗织锦、法器、宝函等物品与佛指舍利一同送入地宫，封闭了地宫。至此，佛指舍利湮没千年，历代封建帝王奉迎佛骨的仪式也到此结束。
随着由唐而宋，朝代更迭，长安城失去帝都地位，法门寺昔日皇家道场的风光也随之不再。
转眼历史到了近代。又发生了一起让人难以忘记的为保护法门寺而自焚的悲剧。
1966年，“文化大革命”开始。红卫兵进入寺院，开始了“破四旧”行动。他们毁殿堂，破佛像，焚经书，砸石碑。还要挖地宫取宝。当时的法门寺住持良卿法师深知地宫所藏何物，但苦于无良策保护地宫。在红卫兵掘进迅速，挖出深坑时，前殿传来着火的声音。众人奔去观看，只见浓烟烈焰中，端坐着身披绦红袈裟的良卿法师，他以衰老之躯，合掌安坐火中，平静地让自己化作了灰烬。而被此情此景震慑的红卫兵们再也无心挖宝，一哄而散。良卿法师以自己的身躯保护了地宫，保存了佛舍利。
1981年8月4日，法门寺真身宝塔在承受了千年的天灾人祸、风雨剥蚀之后，再临劫难。在连绵的淫雨中，塔身突然由纵向一劈两半，一半轰然倒塌，堕于尘埃，另一半微微弯曲，兀自挺立。
1985年，陕西人民政府做出决定，由省、市、县各级政府共同出面，拆除残塔，重建真身宝塔。继唐、明两代重修之后，宝塔的第三次重建宣告开始。
1987年初，由陕西省文物局组成的考古队，开始清理明代宝塔地基。同年4月，覆盖地宫天窗、当时已成碎片的方形石板被移开，封闭千年的地宫石门被打开。一度被世人遗忘的地下宝库冲破千年的黑暗，大放异彩。地宫的开启，无论是对虔诚的信徒，还是对普通的考古工作人员，以及无数仰承中华历史文化恩泽的子子孙孙，都带来了莫大的惊喜。
地宫中的珍宝数以千计，其中既有宝函、经卷、金银器物，也有丝绸织锦、琉璃器皿等等，还有历史有记载但是早已失传的秘色瓷器。这些珍宝均为唐朝皇室历年的供养品，许多珍贵的供品保存完好、质地精良，堪称稀世珍宝。具有极高的历史文化及佛学价值。当然，最为牵动人心的，还是佛祖真身舍利的发现。
在法门寺地宫中，考古人员共发现了四枚佛指。其中一枚佛指安放在金棺银椁和八重宝函之中，另一枚则安放在鎏金银棺内，还有一枚是安放在铜浮屠中的玉质佛指。而真正的释迦牟尼灵骨，却供奉在一只不起眼的铁函之中，藏在后室墙根的小小秘室之中。
但是，正是这个不起眼的小铁函中出土的佛指，却震惊了中外考古界，因为地宫出土的佛指舍利，是世界上目前发现的有文献记载和碑文证实的唯一现存的释迦牟尼佛指舍利，这颗舍利可以说是佛教世界的最高圣物。