在敦煌莫高窟16号窟入口通道的旁边，有一个小门，这就是17号窟，即著名的敦煌藏经洞了。在莫高窟大大小小近500个石窟中，最吸引人的恐怕就要数这窟中之窟了。
故事的起源要追溯到宋朝。北宋时，由于科技的进步，大量新的写本印本经典涌入敦煌。于是，当时的管理者在敦煌各寺院进行了一次大规模的藏书清理活动，清出了一大批重复的、残旧不宜再用的和一些曾流行而现在则已很少有人再读的经卷和其他文化典籍。他们把这些典籍和各寺院以前剔除的经卷、典籍和积存多年的过时文书，废纸以及旧的幡画，多余的佛像等集中在一起。
按照我国的习俗，书纸是不能随便乱丢的，他们将这些书、纸、画、文书等捆好，放在第17窟中。第17窟是第16窟甬道中废弃的耳室，只有几平方米大，他们将这些捆好的书纸放入洞中，用泥封了洞口，再在上面绘上壁画。当这批人去世后，这个废品库就一直不被人所知了。
到了19世纪末20世纪初，有个叫王圆禄的道士几经周折来到了敦煌，在此住了下来，成为莫高窟的看守人。作为一名虔诚的教徒，他多年致力于莫高窟的清沙与修补。他找来姓杨的先生在洞窟内抄经文。
1900年5月26日，杨先生按照王道士的安排，在南区的第16号窟甬道抄经文。他在甬道中安置一案，背壁而坐。抄经之暇，习惯用芨芨草棍点烟，而且常将点完烟的草棍顺手插在背后墙壁的裂缝中。那天他插草棍时感觉缝子很深，再用手敲敲，咚咚的声音使他觉得墙后好像是空的，也许藏有什么秘密。杨先生就把这件事偷偷地告诉了王道士。
当晚，王道士与抄经人悄悄地来到16号窟，两人敲击甬道墙壁，有空音传出。他们怀疑里面是空的，他们撬开发出空响的那段墙，发现一扇关闭的小门。他们清去封门的全部泥块，打开门，钻过一段过道，眼前的景象把王道士和杨先生惊呆了：在一个高约2.4米，宽约2.7米的小贮藏室中，堆满了无数白布包。每个白布包中裹着十几卷古老文书。有的布包下还有绢幡佛画，以及古代木刻印刷品、铜木法器等等。尘封近千年的藏经洞被出现了。
沉睡900余年的敦煌第17号窟就这样无意中被挖掘出来了，一个埋藏在地下900余年的奇迹就这样公之于世了。宋代人作为废品处理掉的东西，过了900年后，可不是废品了，它成了罕见的瑰宝。室内蕴藏着包罗万象的珍贵古文献文物，堆积如山，总计有五六万件。
王道士意外地发现了藏经洞，由于文化水平太低，他对藏经洞的价值一无所知。他随便取了几卷文书送给当时爱好古物的敦煌知县汪宗瀚，又宴请了几位官绅前来参观。官绅们虽然谁也都说不出个子午卯酉，但一致认为此乃古物，应予以保存。
1902年，著名金石学家叶昌炽做了甘肃省学台。汪宗瀚将王道士送给他的北宋乾德六年的水月观音像、写经等一些敦煌藏经洞文物送与叶昌炽。叶昌炽大喜，在其碑刻学名著《语石》中有所考订，并以藏经洞藏品极为重要，立即建议甘肃省府将藏品全部运到兰州以便保管。但因要花费五六千两银子，竟无人理会。
1904年3月，甘肃省藩台向敦煌知县汪宗瀚下文，命将藏经洞藏品进行清点，就地封存。在主持查封时，汪宗瀚又随手拿走几件精品，以赠新疆、甘肃的一些官员，藏经洞文物开始外流。
1907年3月12日早晨，第一个西方探险家斯坦因顶着依然刺骨的寒风来到敦煌。斯坦因出生于一个匈牙利犹太人之家，他在21岁时就取得了博士学位。
1905年，在印度政府和大英博物馆共同资助下，斯坦因到中国进行第二次考古活动。刚到达敦煌，他并不知道藏经洞之事，后从一名乌鲁木齐商人口中听到线索，便立即从敦煌县城出发，越过十几公里沙漠，来到莫高窟。当他看到藏经洞上新安的木门，多少有些失望：掌握钥匙的王道士又为修整石窟化缘去了。但其中国“师爷”蒋孝琬多方打听到的消息又使他充满了希冀，据说藏经洞的“文书”能装满几马车。
1907年5月21日，斯坦因第四次来到莫高窟。这时已听说他来过几趟的王道士正在“守株待兔”地等着他。斯坦因第一次见到王道士，感到“看起来他是一个很古怪的人。非常胆小怕事，还不时流露出一种令人讨厌的狡猾的表情。是一个不容易对付的人。”果然，王道士对他们看藏经洞的要求不置可否。后来，斯坦因在他的《中国沙漠中的废墟》一书中说道：“对王道士仅以金钱为诱饵是行不通的。”
于是，斯坦因建议王道士领他看看自己为之骄傲的庙宇重修工程，并对王道士大加赞赏。后又与王道士饶有兴趣地谈起唐代西天取经的玄奘。这个方法颇有效果，王道士兴奋地将斯坦因领到他主持新建走廊的唐僧壁画前，并开始对斯坦因有了好感和信任。经过斯坦因和蒋师爷的攻心战，夜里，王道士允许蒋师爷将几卷写经送到斯坦因手上。
整个后半夜，斯坦因都在全神贯注地阅读这些文书。说来也巧，这几卷经文正是从玄奘当年从印度带回的原著中翻译的。第二天，他们再一次使王道士相信这是玄奘显灵。于是，王道士的心理负担完全消除，在他的油灯引导下，斯坦因第一次进入藏经洞。
后来他追记道：“这所小屋里所展现的情景，真使我大开眼界。在道士小灯的幽暗光线下，依稀可以看见大量地但却又是杂乱无章地堆积在一起的整捆整捆的手稿，其高度有十尺左右。至于它所占的空间，据后来测量的结果，则得近五百立方尺。”
由于藏经洞堆满了文书，几无立足之地。为了保密，王道士便每次将一捆文书搬到附近一个小屋，安排斯坦因在那里阅读。如此这般，7天中斯坦因阅读了用汉文、梵文、康居文、藏文，形似古代北欧文字的突厥文和维吾尔文字以及其他未知文字所写的大量手稿。
其中大多数帛画由于几百年的重压，已缩成了既硬且脆的小小一叠，以致无法分开。后来在英国博物馆的实验室中，对这些书籍进行了外科手术式的剥离工作，进行了近7年才结束。
斯坦因在另一部著作《古中亚旅行记》中回忆：“（王道士）似乎已经认识到，我为了西方的学术而拯救所有那些古代佛教文学与艺术的遗物，是一种虔诚的行为。否则，这些东西由于当地的漠不关心，迟早是要损失的。”于是，在贡献一笔捐助和严守秘密的承诺下，斯坦因将“所有24只装满手稿的箱子和5只装有经过精心包扎的绘画、绣制品和类似的古代艺术品”全部运到了伦敦大英博物馆。
1914年，斯坦因再次来到莫高窟，用500两银子从王道士手上又买下5大箱570卷写经。他先后在藏经洞所获9000多卷写经和500多幅佛画，把他的考古生涯推向了顶峰。牛津和剑桥均赠授予他博士学位，他也因而成为英国正式公民。西方学界称赞他是“他的同时代人当中的一位集学者、探险家、考古学家和地理学家于一身的最伟大的人物”。
继斯坦因到莫高窟的另一个人是法国汉学家伯希和。他是一位语言学家，熟悉13种语言，22岁就已当上了越南河内远东学院的汉语教授。
1906年，他与助手、负责测绘地图、采集标本的路易？瓦兰博士和摄影师查尔斯？努埃特组成远征队，从巴黎前往中国。当他到达新疆喀什，用流利的中文与中国官员交流并熟练地引用中国古书及朗读客厅悬挂的对联文字时，他让所有的人都大吃一惊。
1908年7月，伯希等一行三人来到敦煌，经过近一个月的周旋，终于进入他梦寐以求的藏经洞。他回忆起当时的情况说：“我简直惊得呆若木鸡。”据他粗略估计，洞内的手稿大约在1.5万至2万卷之间，如要打开每一卷而适当审查的话，他至少要花6个月时间。他凭借着微弱的烛光，花了三周如同幽闭的时间，对积满尘土如同小山的手稿进行挑选，几乎每天要看1000份手卷。他的助手努埃特将他认为有价值的每一件东西拍下，共拍摄照片数百张，后来印出6大本。最后，伯希和说服了王道士，花500两银子将他精心挑选的两堆文书约6000余卷卖给了他。在他确认文物已装箱上船运往法国后，他才带了一箱手稿样品，前往北京。
藏经洞藏品的流失震惊了那里的罗振玉、李盛铎等中国学者和收藏家。在他们的呼吁下，清廷政府才如梦方醒。学部马上电令陕甘总督“请饬查检齐千佛洞书籍解放京”，并正式拨款6000两白银。这时已是1909年，是藏经洞发现后的第九个年头了。
劫后余生的藏经洞藏品运往北京的过程也是令人痛心。所有写本用席子草草包捆，用大车装运，运送途中大官小吏层层拔毛，丢失严重，运抵学部时，只剩下8600多部残卷。而当时学部大臣李盛铎又将其中的精华细心筛选，据为己有，再以较长的卷子撕裂数段，以充足数。
1935年，李盛铎去世前后几年中，他本人及后人曾一次以8万日元卖给日本人400卷，其他亦在社会上散售。藏经洞的藏品最后浩劫是李盛铎这位近代著名藏书家的一大污点。而藏经洞藏品运京前，王道士还偷偷藏匿了部分经卷。
1910年至1911年，日本的桔瑞超来到莫高窟，便购得经卷约600种。1914年，斯坦因重返莫高窟又买走大量写本。同年，俄国佛国艺术史专家奥登堡也从王道士手中挤出了相当数量的写本。
1923年，当翻阅斯坦因《中国沙漠中的废墟》一书时，而“由于妒忌而不再能读下去”的美国东方学专家华尔纳来到敦煌时，藏经洞的文物已踪影皆无。于是，他的手又伸向了莫高窟精品的壁画。
敦煌藏经洞的发现，是中国文化史上的一件大事。而发现后的藏品流失，则堪称是中国收藏史上最令人伤心的事件。今天藏经洞文物散存于中、英、法、俄、日、德、美等国博物馆、图书馆中，以研究藏经洞文物为主要目标之一的敦煌学早已蜚声世界，但藏经洞发现的百年历史留给我们的思考则是沉重的。