魏锡曾对之谦为钱式招徕刻印筹冬衣的方式，大表赞同，认为此举对钱式学习篆刻，也是种莫大的鼓舞。遂在福州友人处，广为宣扬。刻印清单及润笔寄到永嘉，之谦与钱式同表感激。
船期一改再改，最后才接到永嘉城外的洋船行通知，十一月廿六日准定启航。
钱式积极刻印之外，并留在陈宝善处，陈氏亲自教授经史和吏治。宝善饱学，由他教导及加以提拔，使之谦大为放心，表示等他到北京稍有立足之地，一定接出钱式，把这故友孤根，栽培成材。
为了纪念钱松，除了应锡曾之请，为钱松印谱篆写封面，又主动撰《钱松传》一篇，命钱式抄录给锡曾，请锡曾亲自书写，置于印谱之首。
他再一次在信中叮咛锡曾照顾爱徒：
渠年十八矣，书可学，颇无俗骨，文字尽充畅。然学问中事，非顿须渐，故仅以刻印道妙说之，一以不绝薪火，一以踵其家学。弟去后，兄有可手援处，万望援之，如弟有插根处，必移植盆中。目前已非菀，无能为力也。
——尺牍通十一
之谦行期愈近，对福州和温州友人，愈恋恋不舍。
韩佛生，是之谦后辈，之谦笑称他与韩佛生、魏锡曾是“韩、赵、魏三家分晋”，但佛生性情不定，有时窃取之谦印刀，又不告而拿走锡曾印石，完全不拘小节。之谦深恐他不谨细行，将来习染渐深，招致巨患；常在信中请锡曾就近约束劝诫。他跟乃父韩叔度的交谊颇深，故对佛生爱深责切。佛生为叔度转请刻金石收藏印，之谦行前为刻“叔度所得金石”朱文印，跋中可见之谦除为好友刻印外，无意以篆刻名世；与锡曾说之谦“不欲以印传”相吻合。
生平不肯为人刻印者，以伎拙而议之者众也。佛生告余，质之先生，作此以多一笑。壬戌十月，之谦温州最难舍者，钱式外，顶属陈宝善。
他为人敦厚，却不见重于上官。在派系斗争中，显得十分孤立。江湜、之谦去后，更少了佐助。之谦为刻“陈宝善子余印信长寿”白文印，款中充满了关怀和惜别：
今我又言别，兹行宜可成，二三此知已，一再有孤城。多难壮心苦，工愁诗句生，与君为石友，相印亦红情。壬戌十月，余将北行，为子余刻此，并以诗留别——和弢叔韵。弟谦同治元年冬十一月，之谦所赋《将去温州述怀六百五十字示子余老兄及钱生式并寄江弢叔魏稼孙》，原诗行书于纨扇上，亦收录在《悲盦居士诗》之中。此外，他又在手札中告诉锡曾，到温州后，几乎没有作诗，《述怀》诗已命钱式录寄，收到后，再请性之抄一份给韩佛生。
这首长诗，从带着简单行李，离开绍兴家门咏起，沿途风光、冒险赴闽、福州半年及家中噩耗……等于他两年间生命的史诗。述及今后的计划，他写：
再辞故人去，大隐求朝市，沪上雕年欢，津门春事绮。驱车瞻皇都，此别非求仕，逢世但守口，安稳人海里。东南尚多事，留我空拊髀，且取万里游，当读舆地纪。回旋志中川，必归时可拟，所冀返乡土，墟墓能躬视。一钱莫羞涩，行囊自料理，更约相见期，明年岁在癸。
“逢世但守口”，是他深知自己心直口快，出口往往获罪于人，安稳藏拙，始为上策。
返乡祭祖，携过继儿子寿佺安葬亡妻，是他半年多念念不忘的事。他估计局势，同治二年，可能故乡已复，正是游子返乡和劫后余生亲人团聚的时刻。所以，他与温州出生入死的好友相约：
更约相见期，明年岁在癸。
他又为陈宝善，作《瓯江记别》纨扇一幅。
杂木摇曳的江畔，一人携僮伫立岸边，空茫茫的江面，风中一帆，渐行渐远，之谦于画上行书：
壬戌冬十一月，将赴都门，浮海以往。子余以扇属画，因为写此，或可作一幅《瓯江记别》图也。之谦并识
之谦九月十二日给锡曾信中说：
弟准定十一月中旬由台入宁，无他著矣。
《述怀》诗中，首见“沪上雕年欢”，表示将在上海度过同治二年的元旦，并希望能赶上天津的新春荣景。
只是之谦此行，并不如想象中的顺利。
在所作诗、书中，之谦几度余悸犹存地述说那次风涛之险。
他在梁中大通二年四月八日吴兴虞思美所造佛像上篆书“阿弥陀佛”，记：
常以江居士沅法日诵阿弥陀佛；壬戌十二月在海上遇风，舟几覆，诵佛号满万声，波平浪息，念佛征应；此为最显，稽首皈依，书以祈报。悲盦居士佛像为江宁甘氏旧藏，虔信皈依之外，之谦更重视造像的字迹，题为：
天地间有数文字。
之谦再临温州，并非如他《述怀》诗中所说的“更约相见期，明年岁在癸”，光阴迅速，转眼就是七年以后，也是冬天，他在和友人蔡枳篱赠行诗中注：
壬戌冬自瓯入沪，海上遇风，曾至日本界。
同治十一年，之谦告别科举之途，前往江西宦游前，在赠别兰阶的隶书联中记：
兰阶二兄与余为患难交，辛酉以后，尝同温州泛海走沪渎。猝遇大风，逆行入东洋，旬日始归故道。时吾两人皆丧室，幸得更生。家君素任侠，能急人之急，澹乎进取，不为干谒，故世鲜知其人。同治壬申余将赴江右，遇兄杭州，集句书赠，即以志别。会稽弟赵之谦以上数则题记，足见他北上途中的惊险过程。
之谦回想，远自咸丰十年春就整装前往北京，但中途受阻折返绍兴。接着由绍兴赴温州，转福建，再返温州。其间两次海上遇险，九死一生，直到三年后的春天，才进入向往多年的京师；一条多么崎岖而漫长的路！
他首要的工作，是前往都察院投递缪梓事状，为恩师洗雪沉埋整整三载的奇冤。
其次，他收集几位友人殉难的资料，写明事状，托言官向朝廷请求旌表。如钱式的弟弟和妹妹、友人王缦卿的妻子绥君、友人可仪的母亲……
对死难赠恤的朝旨于同治三年六月颁下，赵之谦随即函魏锡曾转告各家。
至于缪梓雪冤，都察院命左宗棠查明回报。直待同治三年四月，左宗棠亲至杭州经营杭州善后事宜，终于十月才查明真相据实奏闻。朝命恢复缪梓官衔和恤典。了却之谦几年来的心愿。
因事已平反，避免再牵扯更多的政治恩怨，之谦检出咸丰十年九月所书《缪武烈公事状》底稿，删去论当时政坛倾轧的四百九十余字后，附以朝廷谕旨，和奏牍文状，辑成《雪忠录》，于同治三年十一月初七作记付梓，以广流传，藉慰缪梓的忠魂。
魏锡曾妻舅张少原住在北京，不久从少原处收到锡曾上年腊月廿六日来信。
《亡妇范敬玉事略》和《钱松传》，他离温州时一再向钱式交代：拓印和抄录，务必赶紧寄给锡曾；印拓可辑入续编的《二金蝶堂印谱》，《钱松传》刊于《钱叔盖印谱》之首。像这样等着刻版付印的要事，钱式竟然置诸脑后，加以近日刻印手法忽变，之谦也在复信中大表不解：
内子事略，钱生不以呈教。岂未奏刀耶？
钱传必请兄书置之谱首者，钱生何不奉上，皆奇事也。
——尺牍通十二
他除了去函爱徒纠正告诫之外，也对锡曾表示对北京天气，和参加举人复试的苦恼：
后日进复试场，大风扬沙，足不能出户，讨厌已极。
不久，又传来消息：正月，浙江巡抚左宗棠麾军攻克了金华。接着宁波方面的清军会同法军，攻下了为太平军所据的台州、绍兴和桐庐等地。
之谦想到家中仅剩长女，传闻故居焦土，族人大多死伤，不由得感伤流涕。
之谦初到北京时，据说暂住绍兴会馆，其后住过旅馆及赁屋而居，很不安定。但他并不寂寞，和松江（川沙）、沈树镛（均初）、胡澍联络上之后，一起研究碑版、审定金石，暇时同往琉璃厂坊肆寻找碑版、古籍和铜佛，别有一番乐趣。
树镛小之谦三岁，和之谦、胡澍一样，都是咸丰九年举人，比之谦早一年到北京。沈氏家境富裕，收藏丰富。所藏碑版、金石、书画，为之谦提供了欣赏审定的宝库。他也成了之谦书法篆刻的赞助者。其收藏品中，五代董源（北苑）《江南》半幅最为珍贵，后来又获得董氏《夏山图》，特命名藏所为“宝董室”，之谦为篆额并刻阳文巨印，边款：
北苑《江南》半幅，稀世珍也，近为均初所得，又得《夏山图》卷，两美必合，千古为对，爰刻“宝董室”印。无闷之谦离开温州前，为钱式书绎山碑款中，有：
荄甫陷杭城，生死不可知，荄甫尚在，吾不敢作篆书，今荄甫不知何往矣。
令他喜出望外的是，荄甫胡澍是跟他差不多时间到达北京，住在北京西城瓜尔佳氏的“双海棠坞”。
咸丰十一年冬，杭州再度失守，胡澍带着次子良驹经过无数艰险逃往苏州。随后再前往上海乘洋轮北上京师。入京后不断为痔疮和其他疾病所苦。因此，搜集碑版古篆之余，他也留心各种医书。
在坊肆中所购到的宋刻《内经》，使他视如至宝，他正以元熊氏本、明道藏本及唐以前古书，专注地校勘，发明古义，撰《内经校义》，希望能自医医人。
几年来历经劫难，胡澍像之谦一样，著作、藏品尽成灰烬，见面后，之谦为刻“胡荄父四遭寇难后重买之书”。从边款可见，时代浩劫，文化破毁，使多少代文人心血，付之东流：
荄甫自庚申、辛酉两年，于绩溪，于杭州、金华，凡四遭寇难，一生所蓄书及所著述无存者。……感幽忧之多同，为作此言，将告来者。谦“宝董斋”下款的“无闷”，是之谦到北京次年的新号。
之谦前在福州、温州以“悲盦”、“悲翁”自号，显示出他初闻妻、女死亡的刻骨铭心之痛，“无闷”，或可象征痛定思痛后的新解悟。他在另一方印章中，为“无闷”作了注解：“不见是而无闷。”款：
悲盦居士甲子以后更号无闷，刻此记之。
按，《易经》乾卦：“遁世无闷，不见是而无闷。”之谦新号源自《易经》，也与他去温述怀诗中的“再辞故人去，大隐求朝市”的思想吻合。
赵之谦经过一连串事业和家庭巨变，经过漫长而黑暗的严冬后，内心似乎也随着北京城沟的杨柳，萌发出一些新绿。这从他写给朋友的联语中，可以见出一些端倪。
同年友厚夫以两句寄友人诗，求之谦书联：
曾经危地梦犹愕；撇却情天愁始稀。
这正同之谦和江湜在温州时所经历的景象。
之谦反复吟哦品味，觉得厚夫诗意与时代、遭遇虽然贴切，颇有解悟，但境界尚嫌不够宽阔。于是他改写成：
参从梦觉痴心好；历尽艰难乐境多。
痴心于有情世界，遍历苦难后所体会出来的心灵深处的乐境，境界上较厚夫原诗豁达、深入。他在记中写：
厚夫仁兄同年索书楹帖，并示余寄友诗云：“曾经危地梦犹愕；撇却情天愁始稀。”极有解悟，然所处隘矣；贻十四字广之。
同治二年四月六日，悲盦弟赵之谦记于都门。
远离战乱后，很多从事金石研究的友人，不但藏品和著作散失或焚毁，各种印章也一并失去。在南方如江湜、魏锡曾、陈宝善、傅节子，在北京如胡澍、沈树镛以及之谦自己。
因此，他首要工作，在重新搜集、审定之前，先为大家刻名号印，辛酉或壬戌以后的收藏印、金石审定印，乃至堂名和室名印等，都在后来所辑《二金蝶堂印谱》中，占了相当多的篇幅。从这些印识中，可以见出，他受造像、古砖瓦、钱币和诏版、秦权影响而形成“印外求印”的风格变化。
待一切安顿之后，他开始考证沈树镛所藏碑版、造像。许多种版本对照出残缺或相异的字迹，及至与胡、沈二人讨论确定，再着手双钩汉碑十种的巨大工程：“赵廿二年上寿刻石”、“甘泉山元凤残字”、“莱子侯石刻”、“杨罿买山记”……
繁重的不止双钩碑文，而是考据碑的渊源，甚至拓本流传的过程。如对于“赵廿二年上寿刻石”的考据：
沈涛交《翠轩笔记》一则：永平县西六十里娄山，一名狗山，山旁有小阜，俗名猪山，有摩崖刻石隶字一行云：“赵廿二年八月丙寅，群臣上寿此石北”；以晋书考之，知为石虎时所刻。
案晋书载记……
为此，之谦特别刻两方双钩本专用印记：
“二金蝶堂双钩两汉刻石之记”阳文印，款为同治二年八月二十五日。另一方阳文印“会稽赵氏双钩本印记”，款：“不能响拓能双钩，但愿文字为我留，千载后人来相求。同治二年十二月，悲盦作”。
可见他对保存文化的强烈使命感。和考据、双钩相联带的另一工程，是《补寰宇访碑录》资料的收集和编辑。
这是他青少年时代所发下的宏愿；但由于多年的奔波和战乱，随搜随散。如今借为沈树镛考据的机会，重加搜集和编排。有位同道好友山西太谷温长元，也尽出所藏，供之谦校对采录。沈树镛并慨然答应，资助付梓，更使之谦大为振奋。