浅井手下矶野丹波的兵力正据守在佐和山城。“这下可以清除祸患了。”信长说完之后，便返回岐阜城了。他和手下人马都还没有来得及彻底休息一个月，来缓解入秋后的疲劳。驻守摄津的中之岛城的细川藤孝发来速报。与此同时，位于京都的明智光秀也快马来报。“摄津野田、福岛、中之岛一带，阿波、三好党一万余人，筑垒而守，纠集游民，发动暴乱，另有门徒数千人亦加入其中，因背后主谋为本愿寺住持，故其势猖獗，情势危急，刻不容缓，望速予指示……”摄津的石山本愿寺，位于难波的杜冈，日后成为大阪城的主城，又被称为大阪御坊或石山御堂。这里是莲如的法孙——证如时代建立的道场，因为发足于室町幕府时期的无政府、无秩序的环境中，所以其结构和武装都足以对抗社会动乱。深挖城壕，建设城桥，高筑石墙，虽然美名其曰寺院，其实已是一座雄伟的城郭了。
当然，僧即兵。这里也遍是僧兵，数量绝不少于南都和比睿山的兵力。住在这些古老寺庙里的僧人，几乎没有人不对信长怀有敌意：信长算什么？竖子何人！这句话的语气可以说表现了他们所有的感情。如果要列举他们对信长有意见的原因，那么其一便是“无视传统，以佛为敌”。如果让他们再说的话，肯定会这样骂道：“文化的破坏者，无法无天的大魔头，唆使兽群大肆践踏社会，如入无人之境。”
当然，石山的寺院里的人，之所以如此愤怒，也是有缘由的。其实，信长因为太急于表现自己的意图，结果招来了不必要的大敌，就算不致如此，也导致他遇到了很多麻烦，这可以说是信长自食其果。
最早的时候，信长名为谈判，其实是对石山本愿寺下达了高压式的命令：“离开此处，交出地盘！”这是事情的开端。
寺院的自尊心很强，他们拥有的特权由来已久，当然对信长的命令不屑一顾。并且，他们从西部地区等地购入了两千挺火枪，山上的僧兵，转瞬之间便增加数倍，他们深挖战壕。诸如此类寺院武装化的传闻，时有流传。
信长也料想到他们可能会和隔海相望的阿波、四国的三好派相互勾结，并巧妙地利用将军义昭的弱点，或在近畿以及堺市的居民中进行负面宣传，或煽动暴动，所以，他虽然收到京都和难波的友军发来的急报，但是并不感到意外，倒不如说他正好有意借此机会大展拳脚。于是，他自率大军前来摄津阵前。
途中，他顺道来到京都，对义昭说道：“愿您随在下一同出阵，将士们如得知将军大人亲征，定会士气振奋，暴乱也会马上平息吧。”
义昭虽百般不情愿，也没有办法推辞。对信长而言，义昭虽然是个不但派不上什么用场，反倒要带来麻烦的人物，但他可以充当出征的大义名分，同时也可以用来施行反间计。
难波的神崎川、中津川一带，还是一片苍茫的原野，到处是芦苇遍地的耕地以及咸水滩。中岛分南中岛和北中岛，三好党据守在北边的城寨，细川藤孝则守在南边的小城中。
战斗围绕着这一带展开，从九月上旬到中旬，两军反复进行着猛烈的拉锯战，双方互有胜负。战斗的形式为野战，大量使用了新式步枪和大炮。
九月十五日之后，十六天的时候，局面被打破了。之前一直躲在深山，或者紧闭城门不出，一直回味失败滋味的浅井和朝仓军，见信长军兵力空虚，于是改换装备，渡过琵琶湖，来到大津和唐崎的湖岸，在那里安营扎寨，其中一部分兵力连续不断地登上比睿山。
僧侣团体虽然派别各有不同，但面临“反信长”的行动，大家立场完全一致，都号称要“打倒佛敌”。
“他肆意减少比睿山的领地。自传教大师以来的山规，比睿山便是不可侵犯的圣域，而他则丝毫不把这些规定放在眼里，也全然不顾我们的体面！”比睿山和浅井、朝仓两家的关系很是亲密。他们之间的盟约当然也是有效用的。
三者的意见达成一致：切断信长的退路！朝仓军从琵琶湖北面的山地出动，浅井军渡过大湖上岸。军力扼住大津的咽喉，深入京都，埋伏在淀川，与大阪石山本愿寺等势力遥相呼应，意图一举击溃信长。
与此同时，连日来，在难波的神崎川、中津川周边的沼泽地带，和石山本愿寺的僧兵以及中岛城寨的三好党大军对峙的信长，也听到了一些警报：“后方将有大患。”当时是九月二十二日。详细情报尚未获得，但信长感觉到有些不妙。
“胜家，胜家！”他唤来柴田胜家，命令胜家与和田惟政一道在此负责殿后，而自己则准备开战。“我立即引兵后退，将浅井、朝仓以及比睿山等势力彻底消灭！”
军中自然出现了动摇。柴田胜家建议：“在下一道详报到达之前，再等候一晚如何？”
“如今稍过片刻，便形势大变，为何要再停留？”信长断然拒绝。
和田惟政也说道：“我等愿赌上身家性命来尽殿后之责，但渡船、货船、田船等均在战前被敌人洗劫一空，或被付之一炬，从南中岛前往对岸，必须架设木排。至少请等候到夜半时分吧。”
信长依然没有同意：“步兵乘木排，有马的都跟我走！我少时曾在清洲城的庄内川里骑马游玩，没承想今天倒派上了用场。”
不一会儿，信长跃身马上，策马走进了中津川的流水中。然而，一起去的并非他一人。只见信长伸手抓住另一名将领所乘战马的鞍座，拉着他行走在水中。这人便是将军义昭。
信长将他拉着一道走上了撤军的道路。义昭不知该如何在水中骑马，当战马走进满满一湖水时，他不由得大叫一声：“危险！”他想抓住马鬃。
信长说道：“不要抓着马脖子的两边，别在马鞍上晃动。请不要累着马，放松一点。有我信长跟在左右，您可以高枕无忧了。”
信长时而教导，时而鼓励，时而安抚，就这样两人向前走去。敌人的战壕和城寨的箭楼里，传来了声音：“那是信长！”紧接着开火了。“砰砰砰砰！”步枪和火炮声一齐作响。
水面溅起一阵如大雨般的飞沫，变成了白色。义昭吓得没了声音，然而，这阵射击马上就停息了，因为敌军也害怕为了狙击信长而误伤义昭。
信长以义昭为盾牌，毫不费力地登上了北岸的沙洲。信长跨在义昭的身后，后面是十骑、二十骑，然后是几十骑，渡过了残阳如血的中津川。
“敌人在撤兵，看来是大撤退。”三好党的战壕和本愿寺僧兵的战线，一起发动攻势，无尽的黑暗中，不断传来步枪“啪嗒啪嗒”的枪声。这场战斗中，除了十四日在天满森林的冲突之外，基本上都是火枪与火枪的对射。因此，战壕战术体现了其在用兵上的作用。
从高架箭楼上发射的大铁炮，带着不同的声音，互相冲击着对方的阵地。
石山本愿寺有信徒们捐献的大笔财富，这些都变成了弹丸和枪支，支援了三好党。
近年来，火枪的发展以及普及的势头，让人刮目相看。织田军的火枪队，因为光秀的献策，最近才引入了很多新式的武器，但僧兵的火枪队则人手一把新式枪。而且，僧兵的枪法出奇好。有人说这是因为他们平时的修行，使他们可以迅速集中注意力。此外，织田军的普通士兵们还有这样比较阴暗的想法：对这些僧兵而言，信长是佛敌，所以仇恨更胜一倍，再加上头上有信仰庇佑，子弹也变得精准了。
天满森林的大战中，织田军的前线也被打得落花流水。那天，佐佐成政身负重伤，野村越中守战死，前田犬千代拼死力战，为自己一方打开了些许退路，才免于全灭。
“和尚们真是不容小觑啊！”平素争强好胜的信长，在此一役中，时而发出悲痛的苦笑，时而咬紧牙关一言不发。
他放弃了和石山方面的战斗，将马头掉转向比睿山——这个很久以前就满是武僧的地方。他跋山涉水，终于抵达了京都，刚一到，便看见一群人带着悲伤的表情围到他的马前，一个接一个地向他诉说情况。
“有件事必须先向您禀报，令弟信治大人，还有随行的森三左卫门可成大人，据守在宇佐山城苦战两昼夜，最终战死了。”
其中一人刚说完，其余人也用颤抖的声音汇报道：“浅井、朝仓两军，加上山门的僧兵，敌军共有两万余人，我们实在是寡不敌众，信治大人、森三左卫门大人牺牲之后，青池骏河大人、道家清十郎大人、尾藤源内大人，其他信治大人：织田九郎信治。
人也……”
众将士光是回忆阵亡将领名单，便痛苦不已，众人泣不成声，抬起胳膊，用肘盖住了脸。
信长说道：“事到如今，勿再一一读出逝者的戒名！我想问的是如今的战况。敌人现到了何处？哪里是战斗的中心？唉，你们怕是也不懂大局形势吧，光秀不在吗？快传光秀来！”