地球以它的沃土、空气、阳光、水和其他各种丰富资源造就了生命，带给人类的繁衍生息，万物生机，而人类对于大地的恩赐却缺少给予和保护。人类生产、生活常给地球的回报是：每天地球表土损失6480万吨，100多平方公里的土地变成沙漠，每天向空气排放二氧化碳1750万吨，致使臭氧层遭破坏，日益威胁着人类的健康，仅占地球水源6%的淡水已远不能满足人类的需要，水质污染情况日趋恶化，每天47000公顷森林被破坏，地球上每天有100～300个物种遭灭绝。由于工业和旅游带来的污染，昔日蓝色的多瑙河已快成为垃圾河，曾是鸟类天堂的多瑙河三角洲已成为历史。因此环境保护关系到人类的兴衰存亡。
在治理已经被污染的环境中，微生物是一支生力军。近年来，广泛应用活性污泥法、生物膜法、生物氧化塘法，就是利用微生物对许多环境有害物质的吞噬作用，使环境得到净化。用微生物处理对环境有害的废物也是行之有效的，如向地下水道投放一些能够分解油脂、蛋白质和纤维素的细菌，可以有效地将排入水道的生活废物分解掉，对于固体废弃物，可以采用好氧法和厌氧法，借助微生物的代谢作用，使废物无害化。生物工程技术的发展，使微生物在环境污染的防治中得到越来越广泛的应用，使微生物越来越多地发挥其对环境的净化作用。