臭豆腐闻起来臭、吃起来香，有些人对它敬而远之，有些人则当成了一种嗜好。臭豆腐属于发酵豆制品，制作过程中不仅会产生一定的腐败物质，还容易受到细菌污染，为了大家的健康考虑，还是少吃为好。
研究证明，豆制品在发酵过程中，会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢，它们具有一股特殊的臭味和很强的挥发性，多吃对健康并无益处。
制作臭豆腐的方法一般有两种：一是将豆腐切成小块，浸在自然发酵多种植物而形成的臭卤中而形成，好的臭卤大约要经过一年的发酵。二是将豆腐切块直接接种根霉菌和毛霉菌菌种，先让其发霉，再经密封、腌制后发酵而成。在发酵过程中，豆腐中的蛋白质发生水解，生成对人体健康有益的多种氨基酸及短肽。其中酪氨酸在接触空气中的氧气时，在真菌中的氨基酸氧化酶的催化下氧化，生成黑色素，所以我们平时见到的臭豆腐，暴露在空气中的部分黑色素较多，而浸在汁液中的则黑色素较少。
然而在上述第二种方法发酵过程中，臭豆腐有可能会被肉毒梭菌污染，因该菌属厌氧菌，密封的无氧条件是其生长繁殖的最佳条件。这种细菌会产生毒素，我们如果吃了被肉毒梭菌污染的臭豆腐，会出现全身乏力、头晕、头痛、食欲不振等症状，重者视力模糊、甚至失明。还有来自监督部门的报道，曾查获不法之徒用从阴沟里挖出的黑臭污泥涂在切成小块的豆腐上，使消费者受骗上当。所以即便要吃也要到正规的商店、摊点购买有卫生许可证的企业生产的小包装臭豆腐，这样才会安全。
还有在臭豆腐发酵过程中，蛋白质被分解成挥发性盐基氮和硫化氢等腐败产物，多吃亦有害于健康。大家如果真对臭豆腐难以割舍，建议吃时最好多搭配新鲜的蔬菜和水果，它们含有的维生素C可阻断亚硝胺生成，有利于我们的身体健康。