小肠为六腑之一，它位于腹中，上端接幽门与胃相通，下端接阑门与大肠相连，是一个较长管道器官。《素问·灵兰秘典论》说：“小肠者，受盛之官，化物出焉。”小肠的生理功能主要为受盛化物和泌别清浊。
1.受盛化物
“受盛”是接受的意思，“化物”是变化、消化的意思。小肠接受由胃初步消化的饮食物，所以小肠是接受胃内容物的盛器。小肠受盛化物主要体现在两个方面：第一，小肠接受经胃消化后的食物，它起到容器的作用。第二，饮食物缓慢下输，必须在小肠内停留一定的时间，以利于进一步地消化吸收。如果小肠受盛功能失调，传化停止，则气机失于通调；滞而为痛，表现为腹部疼痛等。如化物功能失常，可以导致消化、吸收障碍，表现为腹胀、腹泻、便溏等。
2.泌别清浊
“泌”是分泌的意思，“别”是分别、分离的意思，“清”是针对水谷精微，即具有营养作用的物质；“浊”只指代谢产物。具体而言，小肠的泌别清浊的生理功能，主要体现在三个方面：第一，吸收水谷精微；第二，将食物残渣下输大肠；第三，吸收水液参与水液代谢。小肠在吸收水谷精微的同时，也吸收部分水液，下行膀胱为尿，所以有“小肠主液”的说法。由此，我们可以看出，小肠的生理功能在食物的消化过程中，是十分重要的。如果小肠出现病变，不仅引起消化功能失常，出现腹胀、腹痛等症状，还会影响到大小便的排泄，如小便短少，大便稀溏等。要保养好小肠，平时要从饮食上入手。
未时（13点～15点）是小肠经当令。小肠的功能就是先吸收被脾胃腐熟后的食物的精华，然后再把它分配给各个脏器。因为13点～15点的时候小肠经当令，人体主吸收，所以我们午饭要吃好。这个“好”是指什么呢？就是营养和口味都要相对很高，而且还要好吸收。这就涉及一个“补”的概念：不是说吃什么好东西就能“补”。如果吸收能力很差的话，吃再好的东西，在你的体内也不能够消化吸收，也照样形成垃圾。形成垃圾以后，人体还得调出元气来化掉它，这样反而使你身体变得更虚。所以，吃饭和进补都要针对个人情况，这里说的个人情况，就是中医里讲的消化能力和吸收能力。
另外，心与小肠相表里，表就是阳，里就是阴。阳出了问题，阴自然也有问题；而阴要出了问题，阳也会有问题。心为君主之官，心是不受邪的，因为它主散。因此，心脏病在最初很可能会表现在小肠经上。有一些人每天到下午两点多钟的时候，就会胸闷心慌。可是去医院检查，又查不出他的心脏有什么问题。因为小肠是属于阳，是外边，外边很敏感的地方出问题了，里面的心脏肯定也就出问题了。在13时到15时这个时间段，如果身体出现了脸红、胸闷这些现象，就应该注意心脏了，因为大多数情况下，这是心脏有问题的表现。