残害兄弟姐妹
胡亥登上帝位之前就害死了自己的哥哥扶苏。胡亥和赵高、李斯一起伪造了诏书送到在北面边境戍守的扶苏和蒙恬处，假诏书斥责扶苏和蒙恬戍边十几年，不但没立战功，相反还屡次上书肆意非议朝政。扶苏更是对不能回京城做太子而耿耿于怀，怨恨不已，所以对扶苏赐剑自刎。蒙恬对扶苏的行为不进行劝说，实为对皇帝不忠，也令自尽。
扶苏接到诏书后，如晴天霹雳，肝胆俱裂。他失声大哭，转身回到帐中就要拔剑自杀。蒙恬与始皇素日相交甚厚，对这份意外的诏书产生了怀疑，劝阻扶苏道：“陛下而今出巡在外，又没有立定太子，诸公子必定都虎视眈眈，暗含窥伺之心。他委任你我监军守边，足见信任之深。今天忽然派使者送来赐死命令，还不知道其中有没有诈？不如提出恳请，弄清楚再死不迟。”那使者早就受了赵高、胡亥等人的指使，只在一旁不断地催促。扶苏一向仁孝，哪里还去想是真是假，悲伤地说：“君要臣死，父要子亡，还有什么好请求的呢？”言罢挥剑自杀。蒙恬不肯不明不白地就死，使者便将他囚禁在阳周（今陕西子长县北），兵权移交给副将王离，又安排李斯的亲信为护军，这才回去复命。赵高见障碍已除，建议胡亥赶快回咸阳继承皇位。
做皇帝后，对其他众多的兄弟姐妹更是残忍有加，毫无人性。
胡亥的天下本是篡夺而来，因此他害怕诸公子与他争帝位，再加上赵高的怂恿，他决定一不做二不休，残杀众公子。
胡亥屠杀自己兄弟最残忍的是在咸阳市（市即古代城市中的商业区）将十二个兄弟处死。另一次在杜邮（现在陕西咸阳东）又将六个兄弟和十个姐妹碾死，刑场惨不忍睹。将闾等三人也是胡亥的兄弟，最终也被逼自尽。他们三个人比其他兄弟都沉稳，胡亥找不出什么罪名陷害，就关在了宫内。等其他许多的兄弟被杀后，赵高派人逼他们自尽，将闾他们对来人说：“宫廷中的礼节，我们没有任何过错；朝廷规定的礼制，我们也没有违背；听命应对，我们更没有一点过失。为什么说我们不是国家忠臣，却要我们自裁？”来人答道：“我不知道你们为什么被定罪处死，我只是奉命行事。”将闾三人相对而泣，最后引剑自刎。
在胡亥的众兄弟当中，死得名声好一点的是公子高。他眼看着兄弟姐妹们一个接一个被胡亥迫害致死，知道自己也难逃厄运。但逃走又会连累家人，于是下决心用自己的一死来保全家人的安全。他上书给胡亥，说愿意在骊山为父亲殉葬。胡亥很高兴，又赐给他十万钱。
据专家考证，秦始皇共有儿女三十三个，但史书中有名有姓的只有长子扶苏、幼子胡亥、公子高和公子将闾四人。对于这些人最后的下场，史书中是这样记载的：六公子戮死于杜；公子十二人死咸阳市；十公主死于杜；公子将闾兄弟三人被杀；公子高欲避祸，要求陪葬始皇帝陵。
自1974年发现秦始皇兵马俑之后，考古队又于1976年在秦陵东侧上焦村发现了17座陵墓，根据工作人员的清理，这些陵墓内埋葬的人有男有女，他们身首异处、肢体分离，有的头骨上插着箭头，有的下颚骨左右扭错，这些都是非正常死亡的标志。陵墓中的陪葬品既丰富又精致，绝不是普通百姓所能拥有的，再加上陵墓位置靠近秦始皇陵，因此人们猜测，这些人多半是被杀死的公子和公主。
屠杀忠臣良将
当胡亥铲除了所谓的“眼中钉”之后，赵高又起了别的心思。他一直对蒙氏兄弟心怀怨恨：一来是因为他们当初得罪过自己，二来是他们的地位会对自己产生威胁，因此赵高念念不忘除掉他们。
胡亥听说扶苏已死，心中的一块大石头落了地，就有释放蒙恬的念头。此时正好遇上蒙毅替始皇祭祀名山大川归来，赵高本对他积怨已久，同时也担心日后蒙氏重新掌握大权，不如索性一网打尽。于是对胡亥进谗言：“先帝本来早就想选贤立太子，就是因为蒙毅屡次阻止才没有实行。这种不忠惑主的人，不如杀之，永绝后患。”胡亥信以为真，于是下诏命蒙毅自尽，接着又派人来到阳周的监狱，对蒙恬说：“你作恶多端，早就该死，如今蒙毅已畏罪自杀，按照律法应该株连九族。”
蒙恬气愤地说：“自我先人至今，为秦朝出生入死的人已有三代。虽然我被关在这里，但我手下统领的大军，足以推翻朝廷，不过我从小接受的教育是应该守义而死，我之所以没有叛变，是不想辱没先人，不敢忘记先帝的大恩。昔日周成王即位时年幼无知，周公旦为了天下大业，曾断指立誓‘忠心为主’，并每天背着他上朝，后来成王长大，却听信谣言要杀周公旦，周公旦只得逃往楚国。当成王醒悟过来后，杀了那个妖言惑众的人，请回周公旦。因为这件事，所以《周书》上说：‘君王办事要反复考虑。’我蒙氏家族对皇帝忠心耿耿、从无二心，却落得满门抄斩的下场，这一定是有奸臣挑拨。周成王犯错之后能改过自新，最终换来昌盛的局面；而夏桀杀关龙逢，商纣杀比干后不改过，最终国破人亡。所以我认为，圣君做事一定要反复考虑，哪怕犯了错，只要能改正就是百姓的福气。我说这些并不是想免去死罪，我早就做好了死谏的准备，希望你能将这些话转达给皇上，让他为天下万民着想。”
使者无奈地说：“我只是奉诏而来，将军的良言我不敢传报。”
蒙恬叹息道：“我哪里得罪了上天？竟然落得无罪而被处死的下场。”
想了想他又说：“我这一生，修长城、挖沟渠至少有一万多里，可能无意中挖断了地脉，这也许就是我的罪过吧！”
说完，他毫不犹豫地服药自杀了。
就这样，赵高和胡亥除掉了对自己不利的人。胡亥高兴了几天，但没多久他又担心起来，因为大臣官员们对这些行为议论纷纷，言谈中流露出很多不满。
胡亥问赵高说：“自从杀了诸位公子和蒙氏兄弟，大臣不服，普通官员也议论纷纷，这该怎么办呢？”
赵高说：“臣一直想提醒皇上，但又不敢说。先帝的大臣多半是天下累世名贵人，他们的功劳相传久矣。如今我出身低贱，承蒙皇上您抬举，才能主管国家大事，那些大臣虽然表面上尊崇我，其实心里非常不满，除非皇上能治他们的罪，将其一一铲除，否则无法威震天下。”
胡亥连连点头：“你说得对。”
为了杀一儆百，胡亥大开杀戒。这一次，他的目标是右丞相冯去疾和将军冯劫。二人为了免遭羞辱，毅然选择了自尽。
在杀死大臣的同时，赵高将自己的亲信一个个安插进去，他的兄弟赵成做了中车府令，他的女婿做了都城咸阳的县令，都是要职，其他朝中的要职也都是赵高的党羽。胡亥只知道自己享乐，对赵高的这些阴谋动作毫无防备，最终死在了赵高之手。
杀了许多朝中的大臣，但是赵高还不满足，又寻找机会唆使胡亥对地方官吏也下毒手。在胡亥即位的第二年，即公元前209年年初，胡亥效法自己的父亲秦始皇，也巡游天下。南到会稽（现在的苏州），北到碣石（现在河北昌黎北），最后从辽东（现在辽宁的辽阳）返回咸阳。在巡游途中，赵高阴险地对胡亥说：“陛下这次巡游天下，应该趁机树立自己的威信，把那些不听从的官吏诛杀，这样您才能拥有至高无上的威信。”胡亥不问青红皂白，就连连下令诛杀异己。
在胡亥巡游的过程中，所有的地方官员无不惊慌失措，不知道厄运那天就会降临到自己头上。一时间，全国人人自危，陷入一片白色恐怖之中。