李斯与赵高钩心斗角
赵高唆使胡亥除掉公子、大臣之后，便将目光锁定在曾经的盟友——宰相李斯身上。对于李斯这个盟友，赵高也没有放过，借胡亥之手除掉了这个对手。
当日的“沙丘之变”是二人为了各自的利益暂时联手，虽然赵高凭借这个功劳跃居为郎中令，但他平时利用职权乱杀无辜，大臣们表面上不说，但私底下对他怨声载道。这时，李斯又上了一个《劝行督责书》，规劝皇帝用重刑治天下，对那些犯罪的官员，不管高低贵贱，一律刑法伺候。赵高心想：如果有人上殿对皇帝揭穿自己的伎俩，宰相李斯绝不会袖手旁观，他一定会从中发难，到时候，自己肯定逃不脱刑罚。再者，李斯见赵高控制着秦二世，独揽朝政，十分不满，常与赵高过不去。于是赵高也将李斯视为眼中钉，决心彻底制伏李斯。因此他决定先下手为强。
他对胡亥说：“您作为万民之主，自称为‘朕’，理应高高在上，让大臣们只闻其声、不见其容才对。当年先帝威震四方，虽然每天和大臣见面，但他们不敢随便乱说。如今您刚刚继位两年，年纪又小，很多事未必非常了解，万一和大臣们议事时言语不当，肯定会让他们轻视，虽然他们当面不敢说什么，背后肯定会妄加评论，这不是玷污了皇上的英名吗？依我看，您今后不必上朝，如果有大臣求见，就让我和其他几个熟悉法令的官吏通报，经过商议后再作裁决。这么一来，大臣们见皇上处事有方，自然不敢妄加菲薄了，老百姓也会称赞您是一代圣主。”
胡亥一听，这个主意甚好，不必上早朝处理那些烦心事，因此他乐得安逸，整日待在宫中寻欢作乐，一切大事统统交给赵高全权处理。
游说成功之后，赵高便开始进行下一步行动——离间李斯和胡亥的关系，并借机除掉李斯。
原来，陈胜、吴广起义时，李斯的长子李由曾镇守荥阳。当时，他没有挡住义军西进的队伍，赵高抓住这一点，打算大做文章：诬陷李由和陈胜是邻县的同乡，因此不肯积极镇压；而李斯身为丞相，虽然手握大权，但似乎很不满足，心怀企图，想自立为王。
不过，胡亥对李斯提出的《劝行督责书》颇为满意，赵高想让自己的计划顺利实施，必须先挑拨他们之间的关系。
这天，赵高来到宰相府拜访李斯，一番寒暄后，赵高便提到起义的事，他说：“当今关东大乱，群盗多如牛毛，六国大臣纷纷自立，城池也连连失守，形势很紧张，可是皇上依然每日沉溺于歌舞声色之中。如今战事吃紧，原本应该增调人手去剿灭叛军，但皇上却不闻不问，只顾修筑工程浩大的阿房宫和兔园，大敌当前而不思进取。我实在是心急如焚，本想劝谏皇上，无奈位卑言轻，而您身为宰相，过问此事名正言顺，总不能在这个关键时刻而不进谏吧？”
听了这番高谈阔论，李斯信以为真，以为赵高真的担心国家社稷，于是就说：“我对此事也考虑了很久，但是皇上深居宫闱，根本不上朝，就算我要劝谏，也没有机会。”
眼看李斯一步步走进自己设下的陷阱，赵高不动声色地答道：“如果您真的想直言进谏，这倒不难，卑臣愿意效劳，只要打听到皇上空闲的时候，就立刻来通报。”
李斯一听，当即应允。
过了几天，赵高看胡亥正兴高采烈地欣赏歌舞，便派人通报李斯，说：“皇上今天有空，请速来进谏。”
李斯赶紧换上朝服驱车来到宫门外，请求面见圣上，而胡亥此时正在兴头上，听到通报，他面色一沉，不高兴地说：“真扫兴，有什么要紧事？跟他说我正忙，改天再来。”
李斯吃了个闭门羹，又受到训斥，以为赵高的消息不准，完全没想到这是个圈套。
接下来，赵高又耍了好几次同样的手段，李斯的进谏每次都被驳回，如此折腾了三四次。胡亥便认为李斯是故意来败兴的，他生气地叫道：“平时没事的时候他不来，一旦我欣赏歌舞，他就来了，这不是欺负我年轻不懂事吗？”
看到自己的诡计奏效了，赵高自然不会放过机会。他说：“皇上先别生气，我看这事没那么简单。沙丘矫诏之时，宰相也曾参与其中，他自以为有功，本想皇上会割地封王，谁知您已继位两年，他的心愿一直没有实现。不过，有些事皇上不问，臣也不敢乱说。”
胡亥见赵高欲言又止，反而来了兴致。他追问道：“什么事？快说！”
“我听说宰相的长子——三川郡守李由已经私自谋反了。强盗陈胜等人和他是邻县子弟，所以他们攻打荥阳时，李由不肯出击。我还听说，这些强盗与宰相大人一直有书信往来。说什么将来攻打咸阳时里应外合，以后共执江山等等。只不过没有人追查此事，因此无凭无据，我也不敢禀告皇上。还有，宰相权倾朝野，儿子皆娶了秦公主，女儿则嫁给秦公子，如此显赫的地位必定会危及您的声威，请皇上三思。”
这番谗言将胡亥吓出一身冷汗。不过事关重大，他也不敢草率行事，于是命人去核查李由是否与强盗暗中联系，如果证据确凿，一定要重重处罚。但是，赵高早已买通了当地官员，陷害李斯父子。
这时，李斯才明白上了赵高的当，他当然不肯束手就擒，于是上书揭发了赵高的罪行。他写道：“现在有的大臣专擅刑赏大权，这很危险。当年，司城子罕做宋国宰相时掌握生杀大权，曾挟制了七个国君；简公的大臣田常位高权重，最后杀了宰我和简公，窃取齐国。如今，赵高的奸邪之心就像子罕、田氏一样，如果皇上不早日防范，恐怕他就要图谋不轨了。”
虽然这些话句句切中要害，但胡亥自幼接受赵高教诲，早已先入为主，反而认为李斯多心。
他还将李斯的话私下告诉赵高，赵高一听，立刻跪在地上：“望皇上明察！宰相本来就企图篡权，只不过忌讳赵高一人。如果我死了，宰相就会像田常那样，先除掉我再窃国。依臣之见，宰相是把高看成宰我，而将皇上您当做齐简公了。”
李斯不知胡亥将自己的话告诉了赵高，于是又再次进谏，但此时的胡亥已经被赵高所蒙蔽，他相信李斯是为了篡位夺权，因此下令将三人关进监狱。
李斯入狱惨死
李斯被关进监狱后，秦二世令赵高审讯李斯，赵高刑讯逼供，让李斯承认谋反之罪，并将其宗族通通收捕殆尽。李斯经不住酷刑的折磨，承认了赵高的指控。李斯之所以没有自杀，是因为自负能言善辩，有功劳，确实没有谋反的动机。他在狱中向二世上书，在书中竭尽其辩才，希望二世省悟而赦免自己。
这时的李斯虽已招供，但依然心存侥幸，他认为自己并没有反叛之心，而且有功于秦，当年被秦始皇治罪时，曾依靠一篇《谏逐客书》而力挽狂澜，如果将自己的冤情告知皇上，说不定能得到赦免。
可惜李斯“聪明一世，糊涂一时”，胡亥怎么能与秦始皇相提并论呢？秦始皇虽然暴虐，但毕竟雄才大略，胡亥却被赵高牵着鼻子走。而且赵高耳目众多，他精心炮制的文章还没送到胡亥眼前，就落入了赵高手中。赵高冷笑一声：“阶下之囚，安得上书！”
赵高见李斯不死心，怕他会翻供，于是又派心腹装扮成胡亥派来的官员，对他进行轮番审讯，李斯信以为真，于是推翻原来的供词，说出实情，但这些“官员”对他再次严刑拷打，不许其翻供。就这样反复十余次，李斯终于不敢再改口翻供了。等到胡亥真的派御史来审讯时，李斯以为又和以前一样，是赵高安排的人，徒受皮肉之苦也不能鸣冤，因此不敢改口翻供。
胡亥见李斯承认了“谋反”，高兴地对赵高说：“若非赵君，差一点被宰相所卖，好险！”这时，派去调查李由的使臣也回来了，告诉赵高：“还未到三川郡，李由就被项梁杀死了。”
赵高大喜，这一下死无对证，于是他捏造出李由意图造反的信件，上报胡亥。胡亥闻言盛怒，下令将李斯具五刑，腰斩于市，并诛三族（父族、母族和妻族）。
行刑那天，围观的人多如牛毛。谁也没想到，曾红极一时的宰相会落得如此下场。
李斯走在队伍的最前列，后面是他的次子再后面是父母妻子。
这时的李斯已须发皆白，他看着儿子哽咽地说：“吾欲与汝复牵黄犬、臂苍鹰、出上蔡东门逐狡兔，其可得乎？”
说完父子二人抱头痛哭。后人有诗曰：
上蔡东门狡兔肥，
李斯何事忘南归？
功成不解谋身退，
直待云阳血染衣。
很快，行刑的时辰到了，刽子手并列两旁，监刑官下令执行五刑：先在脸上刺字，然后涂墨，这叫“黥刑”；割掉鼻子叫“劓刑”；砍掉左右脚；接着施以“腰斩”；最后是“醢刑”——剁成肉酱。这种死法是当时最残忍的“施五刑”，等到五刑完毕，李斯早已魂归西天了。
其余亲属也一一诛死，只见刑场之上鬼哭狼嚎，围观者无不惊恐万状。
对于李斯的死，有人感慨，有人却认为他是罪有应得：“李斯矫诏杀扶苏和蒙恬，才让胡亥坐上皇位；他为了自己的荣华富贵，却断送了大秦江山。”
李斯的一生，颇能发人深思：他在辅佐秦始皇统一天下，建立大一统君主专制帝国的过程中，作出了一定的贡献，是秦始皇身边几个颇具政治见解的大臣之一。但他贪图爵禄，缺乏气节，在专制政治的旋涡中，不敢坚持自己的见解，甘愿与昏君同流合污。最后，不仅毁掉了自己的前半生功业，还在权力的角逐中丧生。他既是被专制政治和昏君奸佞所杀，也是为自己丧失节操所害。不过，到底孰是孰非，后人至今也说不清楚。