十二时辰是“子午流注”的重要内容之一。“子午流注”中的子午代表时，将一昼夜划分为12份，用地支的名字命名。每一份为一个时辰，一个时辰相当现在的两个小时。
天干地支，是古代用来记述年、月、日的符号，天干是甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸；地支是子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥。天干地支两者可分为阳阴，天干为阳，地支为阴。每个时辰又分为二个部分，初时和正时。初时是每个时辰的前1小时，正时为后1小时，如子时，子初是23时至零时，子正是零时至1时。
“子午流注”中的子午是十二时辰的第一和第七时辰。子时是第一时辰，时间是从夜半11点至凌晨1点，后者按序数，依次类推。午时是第七时辰，时间是从中午11点至下午1点。夜半子时阴至极，日中午时阳至极。流指流水，注指输注。在医学里“子午流注”是将人体气血循环比做流水，随时间的先后，从子时到午时，再从午时到子时，环流不息。人的气血盛衰有固定的时间，是有规律的。
十二时辰的由来源：中国古代的记时方法，主要根据太阳的升落，天色的明暗，将一昼夜划分为不同的时段。殷商甲骨卜辞中，就有“旦”(清晨)、“夕”(傍晚)、“明”(黎明)、“日中”(中午)、“昃日”(下午)、“昏”(黄昏)的记述。《左传》有十时的划分。《淮南子》有十五时的划分。那时候一天时段的划分，都是昼多夜少，这可能与人类的活动以白天为主有关，用意在于要求白天较精确地定时以满足劳动和人际交往的需要。汉武帝大初元年的“大初历”，把一昼夜分为十二份，名字顺序为：夜半、鸡鸣、平旦、日出、食时、隅中、日中、日辰、哺时、日入、黄昏、人定。后来改用十二地支表示。《灵枢·卫气行》和《灵枢·经别》及《灵枢·邪客》都有十二时辰的记载。
“子午流注”是中医学根据自然界事物随时间变化而呈周期性变化的规律，研究时空同步的医学理论。它是前人勤劳智慧的结晶，具有完整的体系，有系统的理论和学术特点，对医学有着广泛的指导意义。确切地讲“子午流注”理论始于《周易》，形成体系于《内经》：“天气始于甲，地气始于子，子甲相合，命日岁立，谨候其时，气可与期。”“有其时必有其气”。说明自然界、宇宙变化与人体变化相应，这就是“子午流注”理论的萌芽。这一理论在《内经》中得到进一步的发展，该书的诸多篇章对二十七气循经流注，经气流注在各个阶段的状态，经气流行的时间，经气所处的空间，都做了详细的记述。
“子午流注”学说是从实践中总结出来的一套规律，它不但内涵丰富，而且有严密的科学性，是高度整体观念的体现，是人与自然相互协调，空间与时间相结合的创举。它依据一年四季昼夜十二时辰的自然周期性变化，结合十二经脉阴阳表里，营、卫气血昼夜循环中的流注开阖，在人体按时循经取穴，达到通其经络，调其气血，对立统一，平衡阴阳之目的，使机体保持健康。