把国有资本经营收支结算纳入财政结算体系后，对国有资本经营预算支出拨付的关注和国有资本经营预算收入收缴结算一样，都是要为国有资本经营预算资金的规范、安全及有效寻求特定环节上的制度性保障。对此，根本性的出发点仍然是要在权力分散和相互制衡上下功夫。应该说，在财政资金管理方面，财政部门在资金支出管理方面的成绩和改革深入的程度要远远高于收入收缴（后者的主体是税收收入，而税收收入是有税收法律法规及其专业的税务收缴机构作为保障）。所以在财政结算体系内做好国有资本经营预算支出的拨付并不是以机制创新为主，而是更多地在现行财政支付体系内选择和完善相关制度安排，从而保证国有资本经营预算支出按照规定的方式、程序以及渠道进行，保证支出拨付的高效率。
一、充分重视国有资本经营预算支出的拨付
国有资本经营预算支出能否及时、定额进行拨付十分重要。在拨付程序、渠道选择等制度安排的保障下，要重点防止国有资产流失和提高支出拨付的效率。
1.防止出现国有资产流失现象
从防止国有资产流失的角度出发，国有资本经营预算在支出过程中，实现资金由国有资本经营预算收入账户到用款单位的拨付，主要应当注意下列问题：一是要减少中间环节和管理成本，由预算执行部门直接拨付到用款单位；二是要保证资金的定向、定额和及时，特别是防止公共财政资金和国有资本经营预算资金的相互挪用和挤占混淆，保证国有资本经营预算支出的相对独立；三是国有资本经营预算支出要尽量防止预算调整的发生，由于国有资本经营预算支出中还涉及和公共财政预算、社会保障基金预算的平衡问题，因此不确定因素很多，应当尽量避免以增加支出为内容的预算调整，防止和杜绝未经审核和批准的支出；四是实现全程监督，资金拨付的全过程应当始终置于制度性监督之中，以便于及时发现问题，及时纠正错误。
2.提高国有资本经营预算支出拨付的效率
国有资本经营预算支出中有很重要一部分是国有资本的再投资性支出，支出能否及时、定额拨付到用款单位，直接关系到用款单位的项目运作，关系到能否实现预期的资本回报。因此必须提高国有资本经营预算支出拨付的效率。国有资本经营预算支出拨付不是一个单纯的资金转账问题，而是一个包含了协调、拨付、监督和汇总四项职能的预算支出执行过程。这一过程必须有相应的专业的预算执行单位来完成，其中，协调指的是预算执行单位要搞好和加强与预算收入征收部门、国库和其他有关部门的沟通与协作，拨付是指预算执行单位根据年度支出预算和季度用款计划，调度和安排资金，不得办理无预算、无用款计划、超预算、超计划的拨款，不得擅自改变支出用途；监督则要求在预算资金拨付后，必须及时监督检查各单位预算资金的管理情况，指导和监督企业建立健全财务制度；汇总是指按期汇总国有资本经营预算支出拨付的相关数字，报送有关部门，为决算提供基础数据。
二、国有资本经营预算支出拨付的原则
在确定国有资本经营预算支出拨付的原则时，可以以现行财政资金支出拨付为参照，坚持便捷高效、易于监督的基本原则，同时要强调国有资本经营预算支出预算的执行特点，保证国有资本经营预算支出拨付的独立性。
1.坚持便捷高效与易于监督的基本原则
便捷高效、易于监督是政府财政预算资金收付管理中的一条基本原则，这也同样适用于国有资本经营预算收入和支出的结算。国有资本经营预算是政府预算体系的组成部分，为了降低建立国有资本经营预算制度的成本，应当遵守和依托政府预算体系的制度安排。因此，在便捷高效、易于监督的前提下，国有资本经营预算的结算需优先考虑现有财政预算收支结算体系，相应的国有资本经营预算支出的拨付也要纳入其中。
2.保持国有资本经营预算支出拨付的独立性
国有资本经营预算支出拨付纳入政府预算资金收付管理的同时，还应该保持相对的独立性。这种独立性主要通过设置国有资本经营预算支出专用账户来实现，其目的是防止和公共财政预算资金的混淆；另外要在制度设计中保证国资部门的国有资本经营预算支出直接拨付到用款单位，避免设置中间账户，防止国资部门进行二次分配，尽可能避免和国资部门发生直接性资金接触。当然，理想的做法是直接进入国库集中支付体系，充分吸纳国库集中支付制度的改革成果。
三、国有资本经营预算支出的拨付与监督
为了实现国有资本经营预算支出拨付的便捷高效、易于监督，国有资本经营预算支出的拨付应当优先考虑现有财政预算收支结算体系，以纳入国库集中支付体系为目标，并确定相应的拨付程序。国有资本经营预算支出拨付除需要过程监督外，还要进行支出结果的审计监督。
1.按照国库集中支付管理模式进行国有资本经营预算支出拨付为了降低建立国有资本经营预算制度的成本以及保持政府预算体系的完整，国有资本经营预算的结算渠道应当首选现有财政结算体系，严格遵守相关的申请、审核、支付程序，并把财政部门作为预算执行单位。一步到位的管理方式是直接把国有资本经营预算支出纳入国库管理，充分利用2000年以来财政国库管理制度改革及其配套改革的成果，把国有资本经营预算支出的拨付工作严格规范在国库单一账户体系内。通过国库单一账户体系，所有国有资本经营预算支出以直接支付和授权支付的方式，将资金支付到商品和劳务供应者或用款单位，即预算单位（国资部门）使用资金但见不到资金，保证资金使用的高效率和防止挤占、挪用预算资金行为的发生。如果不具备纳入国库集中收付体系的条件，国有资本经营预算收支账户可以暂时设在财政部为其在商业银行开设的专用账户中。但是基本的拨付程序要参照国库集中支付管理的程序和方式。其要点包括：①财政部负责管理国有资本经营预算资金专户。②每一笔资金支出都要依据预算，预算编制单位和用款单位要有分月用款计划，要严格按照对应的预算科目或项目支付。③支付可以是直接支付也可以是授权支付。预算单位（国资部门）可以申请选择财政直接支付或是申请财政授权的支付令，代理银行要根据财政部的要求和支付指令，把国有资本经营预算资金直接由专户拨付至用款单位。要规避层层拨付、流经环节多、漏洞多的问题，按预算安排应支未支的资金，均应保留在专户上。
2.国有资本经营预算支出拨付的监督
利用现有财政结算体系实现国有资本经营预算支出拨付本身就提供了一种制度性监督，这种通常被称为财政监督的监督形式也是国有资本经营预算支出利用财政结算体系的优势之一。在国有资本经营预算支出的拨付中要充分理解和尊重财政监督的严肃性、权威性、必要性，使财政监督切实到位并发挥对资金分配的监督和管理作用，特别是加大事中监督的比重。同时还要进行外部监督，即进行国有资本经营预算支出拨付的结果审计。审计内容包括检查国有资本经营预算支出资金的使用情况、是否达到预期的效果、财务手续是否齐全、会计统计资料的编报是否齐全和真实可靠。通过审计，可以及时发现预算执行中存在的问题，以便进一步改进预算管理工作，提高预算管理水平。在这方面，由于财政支出管理一直是财政审计的重点环节之一，届时审计机关应该适当加大对国有资本经营预算支出的审计力度。
四、实行国有资本经营预算资金收支的绩效管理
我国财政支出管理中目前仍然存在着重分配、轻管理的现象，只关注资金投入，对资金分配效果、资金使用效率以及产生结果缺乏监督和考核，造成了大量低效和无效投资。而对应的则是以注重提高政府工作的效率与效益、提高财政资金的使用效益为核心理念的绩效预算在我国并没有得到较大范围的应用，还停留在初步的项目性评估和部门试点阶段。对于国有资本经营预算，应该引入绩效管理理念，建立相应的绩效评价体系。其中，预算资金管理要作为绩效评价体系的一个重点。
1.国有资本经营预算资金绩效评价是包括收支两个环节的综合评价一般性的公共财政资金的评价机制指的都是支出绩效评价。其原因主要是在收入方面的绩效评价问题归属于税收管理范畴，财政关注的是分配性管理。在国有资本经营预算的资金管理中，同样应该重视资金收缴环节的绩效评价，收缴不仅难度大，容易产生各种问题，而且直接关系着“支”的空间。所以，国有资本经营预算资金的绩效评价应当是涵盖收支两个环节的综合绩效评价。
2.建立国有资本经营预算资金管理的绩效评价机制
在国有资本经营预算资金管理的绩效评价中需要理清几个问题：一是绩效评价的重点。在源头环节，关键是资金是否足额、及时上缴国有资本经营预算账户，这将直接关系国有资本经营预算资金管理乃至国有资本经营预算实施的最终效果。在支出方面，要重点评价国有资本再投资支出是否用途得当、是否实现保值增值。国有资本经营预算支出构成中主要是三大类：弥补公共财政缺口支出、弥补社会保障基金支出和国有资本再投资支出。前两类支出应当主要在公共财政预算和社会保障基金预算体系内进行评价，在国有资本经营预算资金管理中仅是一个总量的评价，所以实际上国有资本经营预算资金的支出评价应当主要针对国有资本再投资支出的绩效展开。二是绩效评价要针对资金的具体管理进行评估。即对于国有资本经营收支结算的模式、程序、办法等要有所评价。三是绩效评价的问责部门。影响国有资本经营预算资金管理绩效的责任部门主要是国有资本经营预算编制部门和执行部门，相应地问责部门指的就是两个主要的参与部门即财政部门和国资部门。要打破公共财政预算以往的绩效评价主要由财政部门对用款单位评估的常规做法。财政部门在编制预算以及执行资金收支中所尽责任是否到位同样对资金整体的绩效产生影响，所以要加大对财政部门的问责力度。国资部门的行为对国有资本经营预算支出的绩效影响主要表现在预算编制（如编制国有资本经营性再投资支出）和收入收缴环节，也是重要的问责单位。
3.对国有资本经营预算收支结算绩效评价的重点
国有资本经营预算收支结算是否及时、准确、规范、高效对国有资本经营预算资金管理的绩效十分重要，所以要把收支结算制度安排的最终效果作为国有资本经营预算资金管理绩效评价的一个内容。其中在制度安排和实施中重点要评价的内容包括：在收缴结算方面关注国有资本经营预算收入是否全部纳入预算管理，收缴成本是否过高，收入是否按时、足额上缴至国有资本经营预算账户，收缴程序及方式是否遵守了相关条例规章。在支出结算方面关注支出是否按预算及时拨付、拨付程序及方式是否合规、已有的拨付程序及方式是否能够满足国有资本经营预算支出的需要等内容。