国有资本经营预算收入的收缴结算是国有资本经营预算资金收缴管理中的一个主要方面。在收缴管理中实际上包含了“收”和“缴”两个环节，即一是执收单位向缴款人收取收入，二是资金上缴财政。执收单位向缴款人收款的有关问题已在第6章 加以交代，本节讨论的重点是收缴结算环节即国有资本经营预算资金上缴财政环节。在把国有资本经营预算收支结算纳入到财政体系内的前提下，意味着国有资本经营预算收入的收缴结算要接受财政资金管理制度的规范。对此，应该在权责明确的基础上，充分利用我国非税收入的改革成果，贯彻“收支两条线”的基本原则，在收缴分离的大原则下，选择合理的收缴结算模式。
一、收缴结算的原则和目标
国有资本经营预算收入由执收单位上缴后，该资金的性质就成为了财政资金管理的对象，应该马上受到财政部门的监控，这也正是收缴结算管理的重点。
1.国有资本经营预算收入收缴结算的原则
集中原则。强调的是部门集中，即国有资本经营预算收入的收缴结算管理权集中于代表国家的政府理财部门，由财政部门实施全权管理。而且，这一集中原则显然同样包括地方，即如果地方级次实施国有资本经营预算，其收入收缴结算部门也必须是地方财政部门，不应当出现财政部门之外的国有资本经营预算收入的收缴结算部门。
规范原则。国有资本经营预算收入收缴管理的规范化要以法制化作为保证，因此，必须尽快制定和完善收入收缴管理的相关制度法规，明确收入的内容、征收标准、征收程序、财务核算、法律责任、责任部门、管理职责等管理要素，做到有法可依、依法管理、规范收缴。相关机构要对国有资本经营预算资金收缴结算管理拟定规章办法并作为国有资本经营预算实施主条例的附加文件。
效率原则。即要降低国有资本经营预算收入收缴的征收成本。即尽可能地完善国有资本经营预算收入的收缴结算办法，减少管理漏洞，合理设置机构，提高工作效率，从而达到降低收缴成本、提高征收效率的目的。
2.国有资本经营预算收入收缴结算的目标
根据当前我国财政国库管理改革的相关要求，要尽快建立起以国库单一账户体系为基础、资金缴拨以国库集中收付为主要形式的现代国库管理制度。在这一制度下，政府收入都将纳入国库集中管理。当然，在国有资本经营预算实行阶段，也可以先考虑不纳入国库管理。但是，在国有资本经营预算收入暂时不进入国库的情况下，也不能设置执收单位的过渡性账户，而是要实现所有的收入在缴款人缴款环节就直接缴入银行账户，从制度上保证国有资本经营预算收入必须进入财政账户后才能安排支出。
二、收缴入库方式的选择
就以往的实践而言，非税收入主要有两种缴库方式。一种是集中缴库方式。即采取由执收单位设立收入过渡性存款账户，层层集中上解到上级主管部门，再由主管部门按一定期限缴入国库或财政专户，收入从缴款人缴款到进入国库或财政专户之前，分散在各单位账户上，要经历一个较长的时间才能入库。二是就地缴库方式。即由执收单位收到缴款人缴纳的款项后，在3日之内就地缴入国库或财政专户。这两种缴库方式，都存在执收单位设立过渡性存款账户和收入难以监管的问题。因此，中央一直在探讨更为规范的收缴管理模式。国有资本经营预算应当藉非税收入收缴管理探索、深化改革之机，先行将国有资本经营预算收入收缴结算纳入试点，采取“账户单一、收缴分离、票款分离”的缴库方式。
1.账户单一并实行零余额管理
在缴库方式上，以中央级次的国有资本经营预算收入收缴为例，最理想的方式是通过国库单一账户体系完成。即缴款人直接将资金存入财政部在商业银行开设的零余额账户，此款项收取后在1个工作日内即到达财政部设在人民银行的中央财政专户上，避免资金滞留在执收单位账户上、资金入库速度慢、缴库率低等问题。在国有资本经营预算实施初期，由于信息体系的不完备以及收执工作尚未完全理顺，可以使国有资本专用账户不进入国库，而是由财政部为国有资本经营预算收支在商业银行开设专户，记录、核算预算外资金的收入和支出，暂时不进行零余额管理，但是账户单一的管理办法不变。而且专户的管理权在财政部，代理银行要根据财政部的要求和支付指令，办理预算外资金专户的收入和支付业务。
2.实行收缴分离
所谓收缴分离指的是“收”和“缴”两个环节分别由不同的主体完成。在“收”的环节上，执收单位向缴款人收取收入，行为主体是国有资本经营预算收入的收缴单位（一般来说应当是国资部门）；在“缴”的环节上，国有资本经营预算收入资金上缴财政，行为主体是国有资本经营预算收入资金的上缴单位（国有企业）。即在执收单位开具票据后，由缴款人持票到银行缴款，实现收缴分离、票款分离，解决执收单位直接接触缴款，占压、坐支、挪用和私设小金库等问题。
3.实行票款分离
票据（或称缴款书）管理是国有资本经营预算收入收缴结算中一个重要内容。国有资本经营预算收入的缴款单位上缴多少收入、是否上缴需要有票据作为相应依据并进行企业财务处理，代理商业银行要根据票据来收取款项并划入国有资本经营预算收入账户，执收单位也要依靠验收票据来确认缴款单位的缴款事实。即使是在信息技术十分完善的情况下，票据也可以在一定范围内发挥便捷、可靠的凭证功能，有助于以“票”管“收”。国有资本经营预算收入收缴结算中要实行“票款分离”的管理原则。要采取统一的一体式的票据管理，即缴款凭证和票据合一。在此前提下，所谓“票”、“款”分离有两层含义，一是票据的管理单位和票据的出具单位分离。财政部门是票据的惟一的管理机关，而国有资本经营预算收入的执收单位是向缴款单位出具票据的机构。国有资本经营预算的票据管理要纳入财政票据管理体系并由财政部门按照管理权限负责票据的印制、发放、核销、检查及其他监督管理工作。国有资本经营预算收入的执收单位从财政部门领取票据后，按照不同缴款单位的实际情况填写相关内容并提供给缴款单位。第二层含义是出具票据单位和缴款单位分离。出具票据的是国有资本经营预算收入的执收单位，而持票据缴款的则是缴款单位。这两层含义的“票”、“款”分离有助于“以票管收”，保证国有资本经营预算收入能够足额纳入到国有资本经营预算专户。
三、尽快实现国有资本经营预算收入收缴结算的法制化管理
国有资本经营预算是一件新生事物，每一个构成链条的管理是否科学、规范都有可能影响到实施国有资本经营预算的最终绩效。对于国有资本经营预算收入的收缴结算工作来说，尽管有较长时间、较为深入的非税收入收缴管理改革的经验作为参考，但是基于国有资本经营预算的相对独立性以及改革的前瞻性，收入的收缴结算在借鉴非税收入管理经验的基础上，还要积极试点完善管理办法，要加快法制化进程，并建立起相关的配套机制。
1.尽快建立国有资本经营预算收入收缴管理制度
对于国有资本经营预算而言，仅仅依靠某一部门下发的《管理条例》或《管理办法》显然只能解决一些原则性的问题，具体的、操作层面的问题必须有相应的配套规章制度并具有和主条例同样的约束效力，如对于国有资本经营预算收入收缴结算要制定相关管理办法。而且，应当尽可能提升管理办法的管理层次，不能仅仅停留在部门级次，而应考虑国有资本经营预算作为政府复式预算体系组成部分的特点，从超部门的角度出台相关的管理制度或办法，提高管理办法的约束层次和效力。
2.建立以信息体系建设为依托的监督检查机制
从对收缴结算的模式选择来看，从根本上收缴结算是要通过部门之间的相互制约、通过权力的分散与制衡来落实和实现收缴结算的原则和目标。但是，模式选择之后还需要配备相应的监督检查机制，来保证各部门之间的互相监督和其他责任机构的监督。这种监督检查机制主要应当以信息体系的建设为依托。通过信息共享和查验，一方面有利于事前和事中监控，可以使各部门（主要是财政部门和从事执收工作的国资部门）实时了解收入的上缴信息，实现对缴款单位的动态监控以及互相之间的监控；另一方面有利于事后监控，对于政府资金负有监督职责的国家审计机关和人大机构而言，信息体系有助于实现事后的监控和查验。
3.建立起收入收缴结算的保障机制
收入收缴结算的核心思想是权力分散和制衡。要保证这一思想的贯彻和到位，还需要从保护部门工作积极性的角度建立相关的保障机制，特别是对于执收单位的利益要加以保护。国有资本经营预算收入的执收单位由国资部门担任最为合适，但是在收缴分离、票款分离等办法的制约下，也需要保护国资部门的积极性。应该建立相应的保障机制，例如财政资金要确保支付国资部门执收成本支出，此外还要对国资部门实行绩效考评，使国有资本经营预算收入收缴是否及时、足额进入到国有资本经营预算账户成为考评国资部门的一个重要指标，并适度给予相应的激励措施。