国有资本经营预算是链接国有资本运营和国有资本发挥宏观调控职能的一个平台、一个重要的切入口，既要达到促进国有资产保值增值的微观目标，又要发挥作为政府宏观调控衍生手段的职能。而这些目标及职能的完成，很大程度上取决于预算所编制的分配关系是否合理科学。对此，国有资本经营预算编制主体的选择、基础信息的健全、编制程序的规范、审批的主体与程序等一系列围绕预算编制所进行的制度安排，是国有资本经营预算实施的基础和关键。其中要明确多个部门参与国有资本经营预算编制以及编制的基础准备工作将是国有资本经营预算的一个主要特征。而这种多部门参与预算的基本格局又引出了相关信息沟通与交流方面的问题，因此建立国有资本经营预算信息通道就成为必需。同时，由于这种超部门特征，在预算编制程序方面要求既要充分吸纳当前部门预算改革中的经验，也要和一般的部门预算有所区别。预算编制结束后，要一并纳入公共财政预算体系，并以附加预算的形式提交人大审批。
对于政府复式预算体系而言，国有资本经营预算是其中一个重要的组成部分，在促进和公共财政预算、社保基金预算的平衡中发挥着重要作用；而对于国有资产管理体制而言，国有资本经营预算以国有资产保值增值为基础，和国有资产管理之间密不可分。确定国有资本经营预算编制主体要充分考虑国有资本经营预算的这些特点。这些特点决定了国有资本经营预算的编制不能仅仅停留在局部的国有资本运营上，还要考虑到其承担了宏观调控职能的特点。运营职能属于特定的国资部门，而宏观调控职能的有效执行必须是在整个政府层面上，需要多个部门的配合。
一、国有资本经营预算编制的协调配合
编制国有资本经营预算对我国来说是一项新生事物，既无他国经验可借鉴，也无历史教训供参考，一切尚在探索之中。国有资本经营预算编制首先应该明确其主体。对于主体的认定，其根据应该是本着机制理顺、便于操作的基本原则，不应该带有部门本位主义思想。
1.着眼于三种预算统一与平衡的多部门配合协调
国有资本经营预算发挥政府宏观调控职能主要是通过促进三种预算的统一和平衡来实现。也就是说，以国有资本经营预算为输出端，实现与公共财政预算和社保基金预算的对接，在一定范围内通过国有资本经营预算的支出安排，分别弥补公共财政预算和社保基金预算的缺口。这要求国有资本经营预算的编制必须淡化部门色彩，而应当是一个多部门的配合和协调的过程。即财政部门作为政府预算的组织者，要发挥总协调人的作用；国资部门作为国有资产保值增值的责任部门，要发挥基础性作用。但是，为了保证国有资本经营预算宏观目标的完成，还需要得到国民经济规划、社保、劳动等部门的支持。比如说国有资本经营预算的划拨涉及支付改革成本的问题，这就需要有社保基金和劳动社会保障部的参与。按照这两个部门的统计，目前我国的社保基金资金和养老金缺口均达万亿元以上。这么大的缺口，即使在确定由国有资本经营预算支出支付的前提下，也必然要涉及支付多少、支付规模和标准、支付时限等问题，这些问题仅靠某一部门来决定显然是不现实的。另外，国有资本经营预算的经营性再投资涉及的投资领域、投资产业、重大项目的选择等问题还需要国民经济规划部门的参与。如果换一个角度，多部门参与国有资本经营预算编制的基础准备工作本身也是一种监督平衡机制，既可以形成对国有资本经营预算收入收缴和划拨的监督，也可以监督国资部门监管国有资本的绩效，对规避暗箱操作和国有资产流失可以起到积极作用。
2.财政部门应当作为国有资本经营预算的总协调人
从保持政府预算统一性的角度，财政部作为公共财政预算的组织者，同时也应该是国有资本经营预算的总协调人，承担起国有资本经营预算的组织和协调工作。同时，为了保证国有资本经营预算编制多部门参与机制的顺利实施，也必须由一个牵头部门作为总协调人。在目前尚没有超部门机构作为协调人的情况下，财政部作为总协调人是一种较理想的选择。具体来说，财政部承担参与预算编制的总协调任务，一是保证了政府预算体系的完整性；二是可以有效实现新编制预算和已反映在财政账户中的国有资本经营收入和拨转的对接；三是从长远看，可以根据需要为其他国有资产逐步纳入国有资本经营预算创造条件；四是从技术角度看，便于充分利用现有财政体系的信息资源和人力资本；五是便于在部门间形成互相监督和人大集中监督，等等。
3.国资部门应主要着眼于国有资本经营收入指标的分解与落实在新的国有资产管理体制下，国资部门集人、事、资产权利于一身，是一个专司国有资本管理和经营的部门，负责国有资产的保值增值，其他职能部门不再承担国有资产保值增值的责任。具体到国有资本经营预算的编制上，国资部门应主要着眼于国有资本经营收入指标的分解和落实。国有资本经营预算编制工作的复杂性不仅体现在促进三种预算统一与平衡的压力上，而且技术方面也面临着许多操作难题。很现实的一个问题就是如何规划企业收入，企业应该缴纳多大比例的税后利润，不同企业应该怎样科学量化这一指标，建立一种什么样的机制来保证这一指标的实现？因此，微观上需要大量的细致性工作要做并主要反映在国有资本经营预算收入指标的分解和落实上。国资部门作为出资人代表，直接接触企业，掌握企业情况，在编制预算时，可以把信息不对称的矛盾减少到最小，最适合完成国有资本经营预算收入的分解与落实工作。
二、财政部门负责国有资本经营预算编制的总体或宏观层面工作财政部门作为政府预算体系的组织者和协调者，在编制国有资本经营预算中要发挥一系列重要职责。
1.保证政府预算的统一
作为政府复式预算的组成部分，国有资本经营预算必须遵守相关的法律、法规和规定。财政部门是政府预算的组织者和编制者，要在政府预算的框架内，对国有资本经营预算的编制时间、编制方法、报送程序等具有指导和规范的责任。政府预算制度的统一性实际上反映着市场通过政府预算对整个政府活动进行全面监督和控制的要求。无论是发达国家还是发展中国家，只要建立了公共财政体制，都将绝大部分的政府收支纳入政府预算进行统一的管理，要基本做到预算管理的“统一性”。
2.协调促进三种预算的统一和平衡
国有资本经营预算作为政府复式预算的有机组成，不能也无法独立于公共财政预算和社保基金预算而存在。国有资本经营预算的编制既是深化国资管理体制改革的需要，同时也是完善政府预算体系的需要。后者绝不能停留在形式上的完善，而是要求在国有资本经营预算编制中得到现实反映，必须和其他预算保持较为通畅的资金流通渠道。特定的改革背景和国情决定了国有资本经营预算不是简单地围绕国有资产保值增值来进行，而是被赋予支付改革成本的重任。这些改革成本表现为：国企改制重组向地方政府卸交所承担的社会职能从而给地方财政增加的支出；国企破产、改制和主辅分离等都将一部分失业职工推向社会，各级社保基金压力加大；积极财政政策淡出后国债还本付息的负担和风险；中央财政为弱化国有商业银行金融风险必须支付的成本等等。这些公共财政预算和社保基金预算潜在的和现实的缺口，都与国企改革有直接或间接的关系，因此，这些缺口的弥补历史地落在国有资本经营预算的肩上，需要通过国有资本经营预算划拨来实现三种预算的统一平衡。为此，就需要财政部门负责协调相关的平衡工作。在预算编制环节，财政部门要首先明确公共财政缺口中有哪些缺口应当由国有资本经营预算支出弥补，要对相应的缺口数额进行统计和核实并提出应纳入国有资本经营预算支出的缺口数额的建议；需要负责和社保基金预算协调，了解社保基金预算的缺口，论证并提出当年应由国有资本经营预算支出拨付的缺口数额的建议。
3.行使国有资本经营预算收支额度的规划权
财政部门作为政府公共预算的编制和执行者，可从全局的角度把握和协调各个方面和利益团体的关系，以利于社会和谐稳定的发展。长期以来，我国对国有企业及国有资本经营收支没有单独编列预算，而是与经常性预算收支一起，混收、混用、混管。因此，财政部门与国有企业和国有资本有着长期的、密切的联系。实行国有资本经营预算后，财政部门应当保留对国有资本经营预算收支额度的建议权，对国资部门提出的年度国有资本经营预算收入和支出的建议草案进行审核，这样有助于从全局的角度、从政府预算调控权的角度实现财政部门对国有资本经营预算收支的事前评价与监控。
4.履行对国有资本经营预算草案的修改建议及审核权
在国资部门上报国有资本经营预算收入与支出的建议草案后，财政部门要组织并加入和平衡三种预算有关的内容。同时，财政部门有权对预算草案提出修改意见并进行最后审核。
三、国资部门负责国有资本经营预算编制的具体或微观层面工作国有资产管理和国有资本经营预算之间有着较为直接的关系。所谓国有资本经营预算，就是针对国有资本运营收入及其如何使用所进行的规划，离开了国有资本运营活动也就谈不上国有资本经营预算了。而当前，按照我国国有资产管理体制的特点，国资部门是负责国有资本运营管理的责任单位。尽管国资部门所管辖的只是一部分经营性国有资本，但是由于国有资本经营预算针对的范围就是国资部门管辖下的国有资本，所以实际上国有资本经营预算的规划对象和国资部门的管理对象相一致。这样，把国资部门的职能及其工作范围延伸到国有资本经营预算的编制，具有工作上的便利性和顺畅性。
1.确定国有资本经营预算收入的总量
对于预算来说，总量概念的重要性毋庸置疑。由于国资部门在履行出资人职责过程中，肩负着对所监管企业国有资产的保值增值进行监督、加强国有资产管理工作的职责，因此对国有资本的承载主体——所监管企业的运营情况掌握最为充分，是能够预测当年国有资本经营收入总量的权威部门。此外，国资部门还肩负着指导推进国有企业改革和重组、推动国有经济结构和布局战略性调整的任务，对国有资本的“进”、“退”情况最为了解，是决策年度及其中长期国有资本拟退出行业、规模的关键部门之一。综上，国资部门对于国有资本经营收入及国有资本变现收入总量的预测、规划是最具发言权的部门，并且能够根据这些预测以及上缴国有资本经营预算的相关比例来较为准确地确定国有资本经营预算收入的总量。
2.把国有资本经营预算收入分解到相关单位
总量概念是根据各个分量的具体数额得出来的，而这些分量实际上就是对于每一个国有企业、国有控参股公司当年应当并能够上缴收入的具体数额。国资部门直接和国有企业发生联系，便于通过各个企业上年的经营状况预测出每一个企业当年及中长期的经营收入；便于根据国有资本的退出总量核对到具体企业的如何变现。因此，国资部门要负责把国有资本经营预算收入细化、分解到具体的企业，确定每一个企业年度或分月可以上缴预算收入的数额。
3.提出经营性再投资支出的方向及规模的建议
国有资产部门基于自身的出资人身份，对国有资本的“进”同样具有发言权。对于国有资本经营预算中的经营性再投资支出，国资部门要根据推动国有经济结构和布局的战略性调整的实际需要，来规划建议年度或中长期国有资本经营预算中用于经营性再投资的支出方向和数额。具体涉及产业发展、区域发展以及关乎国家综合经济安全的目标，还需要国家其他职能部门的配合。
4.编制国有资本经营预算草案
国资部门基于自身的职能定位，负责国有资本经营预算草案的编制工作。在编制中，有关弥补公共财政预算、社保基金预算缺口的内容需要和财政部门、社保部门进行沟通，共同编制并由国资部门最终形成编制草案报财政部门审核汇总。