围绕国有资本经营预算收入，除制定国有资本经营预算收入收缴标准外，还有其他的重点难点问题。这些难点存在的根本原因在于国有资本经营预算收入的非强制性特征。这种非强制性决定了国有资本经营预算收入指标的确定和执行是一种管理性约束和激励性约束，因此必须加强国有资本经营预算收入确认和监管工作。
一、国有资本经营预算收入确认及收缴的难点
国有资本经营收入上缴到国有资本经营预算收入账户，需要理顺好一系列关键程序。制定好相关企业的上缴标准后，就要对收缴基数加强监督，促进企业经营效益的最大化、督促企业及时足额上缴等等。
1.如何做好收入确认
即按照已制定的收缴标准如何确认企业应该上缴预算的实际额度。对于国有企业，无论是以税收利润还是资产比例额度作为国有资本经营预算收入收缴的基数，都必须首先保证国有资本经营预算收入上缴基数的准确性。因此，对企业家底的核实、经营状况的了解就十分重要，要重视国有资本经营预算收入收缴基数的清查和监督。特别是对于以税后利润、收入总额为基准的单位，要防止假账的出现，在核准上缴的具体数额方面要投入一定的时间和人力。
2.如何促使企业经营效益的最大化
无论是哪种类型的企业，企业经营效益最大化了，才有可能上缴更多的国有资本经营收入，因此对企业经营业绩的考评和激励就是一个关键问题，特别是对国有控股公司和国有企业。
3.如何监督国有资本及时与足额上缴
以年度为单位，国有资本经营收入应该及时、足额上缴，但是国有资本经营预算没有类似税收机关那样的专业执行部门，国资部门也不可能对每户企业逐户收缴。因此必须有相应的规章制度，在市场环境、经营条件、政策法规等没有发生重大变化的情况下，促使企业自觉、及时、足额上缴收入。国有资本经营收入的上缴很大程度上依据的是委托代理关系。当前要做的就是要把社会公众、政府、国资部门以及企业之间的委托代理关系制度化、规范化。
4.如何使企业提高认识及自觉上缴收入
按照现行企业利润分配体制，除个别企业以外，国有企业目前仍暂不向国家上交利润，企业的国有产权处置收入也主要由国有企业按规定自行支配使用。这是国家为了支持企业顺利度过改革初始阶段，帮助企业自我发展、自我循环的一项重要措施。因此，很多企业还需要一个从思想上服从大局、提高对国有资本预算认识的过程。
二、收入确认和收缴必须制度化和专门化
实行国有资本经营预算后，针对解决国有资本经营收入上缴的一系列难题，必须配备专门的工作人员和制定规范的制度，要尽量减少国资部门和个别企业一对一的谈判，避免在国有资本经营预算收入的缴纳数额、比例制定中掺杂过多的讨价还价因素。
1.加大对企业的宣传力度
我国国有企业的利益分配机制在经济发展的不同阶段有不同的特点。在计划经济时期，企业的全部收支都是计划统筹，在和国家的利益分配中完全处于被动的局面。进入改革开放时期之后，为了国有企业解困，为了打造更坚实的市场微观基础，国家政策的基本思路是在把企业推向市场的同时，国家也主动放弃了所有者应该获得的资本回报权，而这期间的跨度长达近20年之久。时至今日，在种种条件初步具备之后，这种“放水养鱼”的格局即将被打破，首先要过的是企业观念这一关。对此，国有资本经营预算执行部门必须加大有关的宣传，营造必要的舆论氛围，要使企业认识到上缴国有资本经营预算收入合法合理合规，过去不上缴有过去的历史因素，现在上缴同样是形势所需。当然，更深层次上还要帮助企业认识到国有资本经营预算是政府复式预算的重要组成，企业不仅应该依法纳税，还要依法缴纳国有资本经营收入。
2.组建专门的国有资本经营收入收缴机构
根据我国国有资产管理体制和国有资本经营预算的自身特点，国有资本经营预算收入的收缴工作主要将由各级国资部门来完成。国有资本经营预算筹备实施阶段，应该在国资部门内部专设国有资本经营收入收缴机构，以突出国有资本经营收入收缴的重要性并最大限度地保证收缴工作的顺利进行。
3.制定并出台国有资本经营预算收入收缴条例
为了使国有资本经营预算收入得到制度化的保障，应当以一级政府的名义制订本级国有资本经营预算收入收缴条例。在条例中要强调几点：①国有资本经营预算收入收缴是国有资本经营预算收入的基本来源，接受同级人大审查和批准；②国资部门受本级政府委托执行本级国有资本经营预算收入收缴（监缴）权；③国有资本经营预算收入来源（包括哪几类单位）及收入标准（依据及比例）；④国有资本经营预算收入收缴的奖惩措施，重点是两方面内容：一是加大国有资本经营收入收缴是否按时、足额上缴预算在国有企业（国有控股公司）负责人经营业绩效考核中的分量并细化相关条款，二是要明确在国有资本经营预算支出划拨中优先考虑按时、足额上缴收入的国有企业和国有控（参）股公司；⑤强调国有资本经营预算收入上缴中，税务、财政、审计有义务配合提供企业相关信息。
4.加强对国有资本经营预算收入收缴的监督与审计
国有资本经营预算收入收缴工作的顺利进行是对国有资产完整、安全、有效和保值增值的最大贡献。在这一过程中，国资部门必须接受双重监督，一是作为政府复式预算的组成部分要首先接受财政部门的过程性监督，特别是财政部门有权根据上年国有资本经营预算执行情况对国有资本经营预算收入数额提出建议，有权通过设在财政收支渠道内的国有资本经营预算专户全程掌握国有资本经营收入的上缴情况并保证资金入库程序的规范。二是要作为国有资本经营预算的重要组成接受同级审计部门的结果性审计监督。这种来自国家审计体系的监督是保证国有资本经营预算以及相应收入收缴客观、合理的主要保证。审计部门必须切实承担起相关的审计监督责任。对国有资本经营预算收入收缴的审计应该参照财政审计的一般做法，重点放在是否存在瞒报、漏报收入，收入是否及时入库等问题上。除针对国资部门进行审计外，审计部门还有责任接受国资部门的委托，对个别国有企业的账目进行审计核查，特别是那些欠缴、缺缴国有资本经营收入的企业。
三、围绕国有资本经营预算收入建立配套规章制度
为了保证国有资本经营预算收入编制工作的合理和科学，保证收入收缴工作的顺利进行，保证国有资本经营预算发挥对国有资产保值增值的促进作用，必须有配套的规章制度相支持。这些规章管理约束的主体包括多个层次，但客观上都有助于国有资本经营预算收入编制和执行的制度化、规范化。
1.建立国有资本经营绩效考评和激励机制
如何能使国有资本回报达到最大化，是国有资本经营预算收入收缴中的核心问题。资本回报取决于资本的运营效益，其中又以企业的经营利润为基础。为了保证国有资本的保值增值以及增值幅度的最大化，需要建立国有资本经营绩效考评和激励机制。我国国有企业改革在这方面一直没有停止过探索，也积累了一些经验。放权让利、承包租赁都涉及对企业厂长、经理的激励问题，从中央到地方也出台过一些非常具体的考评手段。实践证明，这种以企业管理层为主要对象的激励机制是提高企业经营效率的有益手段之一。在新的国有资产管理框架下，国有资产管理的重点已经由经营企业改为经营资本，如何提高资本经营回报成为核心问题，因此考评和激励机制应该提升到面向国有资本营运绩效的层次。考评激励机制的考核对象至少要包括两个层面，企业经营业绩和国资部门营运资本绩效，有的地区还应当包括国有资本运营机构。
2.建立企业信息定期报送及存档备案制度
企业的发展规划、经营计划、收入运用计划、投资计划、财务报告、其他重大事项报告等情况是国有资本经营预算收入编制的重要依据。因此，企业应当定期向国有资本预算编制部门报送相关信息，并由国有资本预算编制部门存档备案。在企业报送信息中，要强调企业预算的重要性。当今几乎所有治理完善的大公司都运用了企业预算这一管理手段。企业预算的目标是为企业内部管理层服务，是规划、落实企业年度发展计划的手段，完整的预算应当包括业务预算（或者称营业预算）、财务预算和资本支出预算三部分。虽然企业预算的内容过于详尽、庞杂，并不适合国资部门直接使用。但是，企业预算基本包括了编制国有资本经营预算收入的数据需求，如现金预算、预计损益表、预计资产负债表、预计现金流量表等，同时还有助于国有资本预算编制部门及时了解企业规划，便于编制相应的国有资本经营预算支出乃至国有资本变现预算。在企业预算和国有资本经营预算之间的有效沟通既有利于编制高质量的国有资本预算，实现国有资本预算对维护国有资本所有者权益的作用，同时还可以通过国有资本预算的反作用，促使企业进一步完善自身治理，优质高效完成企业预算。