制定国有资本经营预算收入收缴标准是实施国有资本经营预算的一个难点。在标准的确认中，一方面要考虑国有资本经营预算收入的自身特点，另一方面要保证国有资本管理相关目标的实现。因此，对收入收缴的标准采取的基本是一种多样化的模式，同时要对此辅以相应的规章条例，以确保国有资本经营预算收入收缴标准的合理、合规和可行。
一、确定收入收缴标准的总体要求
在制定国有资本经营预算收入收缴标准时要满足以下几个要求：
1.有利于国有资产保值增值
国有资产保值增值、防止国有资产流失一直是我国国有资产管理的重要目标之一。建立国有资本预算后，国有资本经营预算主要围绕政府代表国家以出资人身份取得的收入和相关支出为编制内容。其中国有资本经营预算收入是规划、反映和监督国有资产保值增值的重要工具。因此，在制定国有资本经营预算收入收缴标准时首先要考虑有利于国有资产保值增值。具体的标准制定要充分反映国有企业、国有控股公司的国有（资产）资本能产生多少增量并尽可能使增量实现最大化。
2.有利于国有经济布局和结构调整
中央多次强调要加快经济结构调整和产业结构调整。特别是在“十一五”建议中重点提出要推进产业结构优化升级和转变经济增长方式。因此，在国有资本经营预算收入收缴标准的制定中，要体现“扶大扶强，弃弱退小”，对于国家战略性行业、高新技术行业的标准应该给予适当调低，而对于完全市场竞争领域的企业的收缴标准则要尽可能向上限靠。
3.有利于促进国有企业提高经营水平和国有企业改制重组
国有资本经营预算收入收缴标准应当是一个动态的、变化的标准，即根据企业经营情况的优劣，可以设置不同的收缴基础。例如对于亏损企业和盈利企业可以分别采取按照资产占用费及税收利润为基数征收国有资本经营预算收入，但显然一般情况下按资产占用费上缴的国有资本经营预算收入要高于按税后利润征收的总量。对此，将会促进企业提高经营水平或者是寻求改制重组，力争过渡到尽早按税后利润标准上缴国有资本经营预算收入。当然，经营始终无法改善的企业的最终出路就是售卖、破产，客观上实现国有企业“退”的目标。
4.有利于建立完善国有企业和国有控（参）股公司的业绩考核制度当前我国各级国资部门都有相关的国有企业（负责人）经营业绩考核制度和办法。而实行国有资本经营预算后，相关制度和办法必须进行调整，加入国有资本是否足额、按时上缴国有资本经营预算收入的奖惩办法。也就是说，实行国有资本经营预算后，国有资本经营预算应该成为国有资产管理中的一条重要主线，围绕这条主线来设计和研究相关的配套政策，来实现一系列提高国有资产管理水平的目标。其中就包括建立和完善国有企业和国有控（参）股公司的业绩考核制度。这项工作对实施国有资本经营预算是一项重要的制度化保障：既关系到国有资本经营预算能否完成促进国有资产保值增值目标的实现，也关系到国有资本经营收入能否及时、足额上缴到预算中来。所以，抓住实施国有资本经营预算这一契机，应当对各级国资部门的国有企业（负责人）经营业绩考核制度进行修订，加大和国有资本经营预算收入上缴的关联度，细化相关细则。
二、确定收入收缴标准的基本思路
针对国有资本经营预算收入所具有的非强制性、有偿性和不确定性等特点，以及国有资本经营预算收入收缴的要求，对国有资本经营预算收入的收缴标准要体现出多元化、个性化的基本思路。
1.收入收缴标准的多元化
税收收入是以国家立法形式固定下来，除个别税种（如所得税）外，对企业性质的纳税主体来说，只要发生运营就要依法纳税，其纳税行为与其企业盈亏没有直接关系。国有资本经营预算收入是国有资本营运所得，是国家基于产权关系、以所有者身份获得的其依法拥有或支配的资产的经营性收入，完全是一种正当的合理行为。但是，国有资本在具有增值属性的同时，还具有风险性，国有资本承载主体经营国有资本所能够上缴的收入，不仅取决于资本的运营方式、理念，还取决于市场行情、资本质量等因素。因此国有资本在营运过程中，一是亏损是无法绝对避免的问题；二是盈或者亏的量的大小，也无法硬性规定。因此，对国有资本经营预算收入的征收不能采取强制性的办法，不能对欠缴、违缴行为进行法律层面的制裁，而只能是按照股东收取分红收入的基本思路来处理，即不能强制要求上缴收入，而主要是上缴税后利润。但是，国有股东不是一般的股东，不能像普通股东那样随便采取“以脚投票”的方式来选择和更换投资对象，所以如果采取按税后利润收缴的方式，还要考虑到很可能出现一部分应上缴收入但实际处于亏损状态的企业合理避缴以及一些企业在账面上人为把财务做亏的情况出现。针对这种以利润为基数收缴的弊端，要采取合理的措施尽量予以避免，设计出多元化的收缴标准，例如有的企业适用于税后利润上缴的方式，有的适用于资产占用费（按占用国有资产的一定比例征收）方式，有的适用于固定额度的标准等。
2.收入收缴标准的个性化
对于国家税收而言，其理论核心的概念是“税收中性”，即最理想的税制对经济干预最小、对企业则是一视同仁。这就要求最优税制不分所有制、不分行业、不分企业规模都采取统一的税率和标准。在这种“税收中性”原则下，相应地企业所能得到的国家提供的公共产品和服务也基本是同质的、无差别的。所以，一般认为税收收入具有固定性的特征。但对于国有资本经营预算收入而言，其特点有所差别。首先从收入来源上，在我国的国有资本经营收入中，要考虑特定企业的利润构成中“不完全成本”的问题，也就是说，在目前一些企业的利润中，没有涵盖经营的全部成本，包括国家政治权利因素、资源使用付费、环境治理费用以及职工的基本社会保障等等，而这些成本虽然暂时看是隐性的，但是却又必然地要显现出来，只是暴露的时间、方式不确定。例如依托政治权利的垄断、半垄断企业在取得高额利润的同时也必然要付出降低全社会资源配置效率的成本（这一成本的最终买单者仍然是财政，或者说是全体国民的纳税所得），资源开采型企业的利润中则应该拿出一部分作为对后代子孙权益、生态环境平衡的补偿等等。同样，在国有资本经营收入的再投资上，要体现国家战略意图，要满足国家综合经济安全的需要，因此在再投资方面也将是有所侧重的。国有资本经营预算收入在收支上的这种特殊性、类别化，首先必须要表现在国有资本经营预算收入的征收上特别是收缴标准的制定方面。当前，国有企业利润成本中的“不完全化”已经被实际工作部门所重视，如2005年财政部门对石油企业开征石油特别收入金，调整和完善与资源节约相关的税收政策，对“两高一资”（高消耗、高污染、资源型）产品调高出口关税、降低出口退税率等都属于这方面的措施。因此，在收入收缴标准的制定上要体现出个性化，如提供一个比例区间段对不同企业采取不同的标准，对部分企业采取缓缴3～5年的办法，或者就对某一类企业单独规定收缴标准等。
三、区别制定国有资本经营预算收入收缴标准
基于国有资本经营预算的特点，为了保证国有资本经营预算收入收缴标准能够最大限度保证所承载目标的实现，制定国有资本经营预算收入收缴标准首先要体现的一个基本导向就是国有资本经营预算收入标准的多层次。这种多层次针对国有资本经营预算收入的不同来源而体现。当然，这种多层次并不是意味着过于繁杂，而只是要体现出区别对待的原则，具体如何确认标准还要结合本级国有资产的质量情况、国有企业的效益情况来决定。
1.盈利的国有企业按税后利润的百分比征收
对于纳入国有资本经营预算的国有企业，其中盈利企业按税后利润的百分比征收。征收比例设置为一个区间，最低封底，上不封顶。比例高低的主要参考依据包括：是否属于垄断性企业、上年经营状况、是否承担政府职能和公共职能、企业承担历史包袱情况等等。
2.亏损国有企业按国有资产占用费方式征收
对于近三年来亏损、连续亏损的国有企业，其上缴收入的标准是按照上年度企业国有资产净额的百分比核定。这样做的原因一是可以规避按税后利润上缴而导致出现企业合理不上缴收入的事实；二是上缴收入本身就是要迫使企业提升管理水平或是迫使企业寻求改组改制，特别是刺激企业寻求扭亏为盈的路径，尽快过渡为按税后利润比例上缴国有资本经营预算收入，以减少一部分上缴额度。
3.国有控（参）股公司按照指导性的要求征收分红收入
国有控（参）股公司上缴可以采取市场化的同股同权、同股同利的方式。各级政府作为出资人持有部分规范公司制企业的股权。对于这些国有控（参）股公司向国有股东分配的股息、股利应当全部列为国有资本经营预算收入。具体方式是通过董事会、股东大会行使股东权利，和其他股东获得同等的分配股息、股利的机会。但是，如果连续两年以上存在亏损或持续亏损，除一些承担政府公共职能的企业外，国资部门应考虑变现股权，实现国有资本退出。
4.其他国有单位按经营或收费的收入征收
主要指自收自支的事业单位及其他依托国有主体从事收费或间接经营的单位在经营中所产生的收入。这部分收入如果纳入国有资本经营预算管理，可以以年度收入总额或经营收入总额为基数，按一定的百分比征收。
四、分类执行国有资本预算收入收缴比例
按照国有资本经营预算收入来源设置不同的收缴标准后，还需要继续把标准落实到具体的比例，而这一比例不能一刀切，需要有所区别，以体现对市场秩序和竞争的尊重。目前，主要应当根据国有资本经营预算的分类来确定国有资本经营预算收缴收入比例的高低。
1.国有资本经营预算的分类执行要反映在国有资本经营预算收入的收缴比例上在国有资本经营预算框架下，如果从层次上看，将有中央和地方的差别；如果从企业的市场化程度来划分，中央层面的国有资本经营预算还应当把国有资本所在的国有企业（公司）继续细化为三类，即垄断类企业、半垄断类企业、完全竞争类企业。在确定收缴比例确定时，要对这些分类关系有所反映。对于地方级次的国有资本经营预算，其比例确定必然要因地制宜、有所不同；对于中央级次的国有资本经营预算，也应当根据企业市场化程度，分别按照垄断类、半垄断类和完全竞争类企业来制定不同的国有资本经营预算收入的收缴比例。
2.国有资本经营预算收入收缴比例高低与企业市场化程度应呈反比按照企业市场化程度把企业分别定为垄断类、半垄断类和完全竞争类，主要是要在国有资本经营管理中突出对市场竞争因素的考虑权重。那么，在收入收缴比例的确定上，就要解决一个“不完全成本问题”，即要通过国有资本经营预算收入的征收来集中一部分企业利润中隐含的、但却没有扣除的成本（对于垄断企业而言，这部分成本的性质就是国家行政权力干预所带来的市场失衡、全社会资源配置效率降低、生态环境破坏等）。因此，基本的原则是市场化程度越高，收缴比例就越低。如果对垄断型企业来说其上缴国有资本经营预算收入的比例是税后利润的30%，那么对完全市场竞争型企业可能就降低到税后利润的15%，同理，对于其他按照资产占用费或经营收入比例征收的国有资本经营预算收入，都可以适用这一规则，即国有资本经营预算收入收缴比例的高低与企业市场化程度呈现反相关。