1294年，元成宗即位后，元朝进入它自身发展的中期阶段。
这时，蒙古贵族在全国范围内的统治已经基本稳定下来。在这一时期内，元朝统治者加重了对各族人民的搜括，税额不断扩大，至延祐初，税额“比国初已倍五十矣”，因此，农民的反抗斗争不断发生。这一时期内虽然没有出现大规模的农民起义，但小规模的农民起义和少数民族的反抗斗争，却此伏彼起，连续不断。
一、田万顷领导的施溶州人民起义
湖南西部为少数民族聚居区，居住着苗族，土家族等少数民族，他们不堪蒙古贵族的统治，早在元兵进入湖南之初，保靖州（今湖南保靖）泊崖洞田万顷，楠木洞孟再师等就曾举行武装反抗，后田万顷因失败降元，泊崖洞被改为施溶州，以田万顷任知州。至元三十一年（1294年）春，田万顷以施溶州为据点，又重新发动了反元起义，与楠木洞孟再师、桑木溪鲁万丑等起义军互为声援。4月，元世祖病死，元成宗即位，大赦天下，并派人招降田万顷、鲁万丑、孟再师等起义军领袖，被坚决拒绝。
9月，元成宗令湖广行枢密院副使刘国杰率佥院唆木兰及诸翼万户前往辰州（今湖南沅陵）镇压，元军犯明溪，鲁万丑据会溪之上游，毫不畏惧，率领起义军从水陆两路迎击元军，杀千户崔忠信、百户马孙儿。10月，元军增兵犯桑木溪，鲁万丑以一千人迎击，为元军所败。元军沿溪逆流而上追击，万丑又以二千人阻击，也因寡不敌众，未能取胜，起义军退往石农次。石农次地形峻险，起义军分道扼守，元军不能入。
11月，元湖广行省平章政事答剌罕统率沿边隘丁增兵辰州，刘国杰会集各，路元军，问计于诸将，元将田荣祖说：“施溶，万顷之腹心，石农次、三羊峰，其左右臂也，宜先断其臂，而后腹心乃可攻。”这一毒计被采纳，刘国杰以土人为向导，并绘制地图，标以路径，“命佥院唆木兰、万户阔脱、忽都海牙、拜兰、马继祖从澧州武口道进，身率万户别里哥不花、朵落解、倪全、田兴祖从会溪、施溶口入”，以优势兵力，分路向田万顷的根据地进攻。不久，石农次失守，施溶完全暴露在敌人面前。
12月28日，施溶，楠木洞陷落，田万顷等被俘牺牲。随后，其他据点也相继失守，鲁万丑降元，起义失败。
二、刘六十领导的赣州人民起义
元成宗即位之初，元贞元年（1295年）6月，即“昭、贺、藤、邕、澧、全、衡、柳、吉、赣、南安等处，蛮寇窃发”，在今江西、湖南、广西等广大地区内爆发了少数民族的起义，但由于这些起义非常分散，各自为战，力量未能集中起来，所以不久便被元军各个击破，镇压下去。
元贞二年（1296年）7月，江西赣州又爆发了刘六十为首的起义。刘六十，又称刘季、刘贵，赣州兴国县（今属江西）笼坑人，他“撰妖言，张伪榜及刘季天旗，自称刘王，刻‘皇汉高祖广新之帝’并‘行王’二印，设朝殿，开行省，置丞相、左右丞、将军、军头等官，宣言止杀宫中人”。刘六十称王设官，建立政权。这支起义军提出了“止杀官中人”的口号，打击的主要对象是各级封建统治的代表——官僚，因此，深深得到广大人民的拥护和支持，很快发展到上万人。8月，起义军进攻吉州（今江西吉安市）永丰县（今属江西）。元朝统治者派兵镇压，但“主将观望退缩”，不敢与农民军对阵，因而起义军“势益盛”。后来，元江西行省左丞董士选增兵赣州，他看到起义军有雄厚的群众基础，感到单靠武力是难以取得胜利的，因此他决定用政治欺骗与军事进攻相结合的反革命两手对付起义军。他不用大兵，只带了亲信掾吏李霆镇、元明善二人前往。到达赣州后，他首先“捅官吏害民者治之”，惩治了几名贪官污吏。这一欺骗手段果然有效，“民相告语曰：‘不知有官法如此’”。董士选至兴国县，当到达离起义军据点不远的地方时，他“择将校分兵守地待命，察知激变之人，悉置于法”，进行武力威胁，软硬兼施，结果“民争出请自效”，不少起义军上当受骗，放下武器，向元军投降。10月，董士选乘机向起义军根据地猛攻，刘六十兵败被俘，遭到残酷杀害，同时被杀的还有起义军将士一百多人。
这次起义前后坚持了四个月，最后失败。
三、蔡五九领导的宁都州人民起义
刘六十起义失败后，农民起义虽然进入低潮，但人民的反抗斗争并没有停止，只是采取了不同的斗争形式而已。人民由公开的武装反抗，转入佃户抗租、驱口逃亡以及通过宗教结社等形式，秘密组织群众，等待时机再起；每遇天灾，农民乏粮，面临饿死的威胁时，饥民们便采取聚众抢粮的形式，与封建统治者斗争。
经过一段表面的沉寂状态后，延祐二年（1315年），在江西赣州路宁都州，又爆发了以蔡五九为首的农民起义。《元史》卷二十五《仁宗记》：“台臣言，蔡五九之变，皆由呢匝马丁经理田粮与郡县横加酷暴，逼抑至此。信丰一县，撤民庐千九百区，夷墓扬骨，虚张顷亩，流毒居民。”这次起义是由元朝政府的括田增税引起的，延祐元年（1314年），元朝政府为了增加税收，下令“经理江浙、江西、河南田粮”，名义上是为了检括隐漏赋税的田亩，而实际检括中，“富民黠吏，并缘为奸”，地主勾结官吏，具田愈检愈少，而贫苦农民的土地则愈检愈多。为了增加税额，弊端丛生，检括中指荒为田，或借机敲诈，甚而平毁墓地，拆掉房屋，虚报田亩。当时江西的情况最力严重，“江西经理田粮，民不堪命，赣为甚，宁都又甚。”不仅加重了人民的负担，而且逼死不少人命，终于使阶级矛盾激化，爆发了农民起义。
延祐二年（1315年）4月，宁都农民蔡五九召集一部分贫苦农民，聚会于兔子寮五王庙，杀猪置酒，执锡楞枪刀，祭告天地，蔡五九自称洞主，宣告起义。6月，蔡五九率众向周围地区发动进攻。7月，宁都知州率兵镇压，被农民军打败，杀同知州事赵某。农民军乘胜追击，逼近州城，蔡五九指挥攻城，很快占领四关，元兵来援，农民军主动撤退。元兵尾追，与农民军激战于延福里，农民军佯败，设伏兵，大败元军。农民军乘胜反攻，再次包围宁都城。8月，农民军不断扩大战果，进军福建，破汀州宁化县（今属福建）城，蔡五九自称蔡王，汀州、漳州、泉州等地农民纷纷起义响应，将乐县地方官吓得弃城逃亡，农民军声威大振。
蔡五九起义军的迅速发展，使元朝统治者大为震惊，9月，江浙、江西两省联合镇压，增兵宁都。为保存实力，农民军突围，元军尾追不放，农民军力“不能支，奔散渡溪，水涨不可渡，溺死过半”，损失严重。农民军再战于石城（今属江西），又败，蔡五九退往兔子寮木麻坑，复为元兵包围，战败被俘，惨遭杀害，持续半年之久的宁都农民起义，至此失败。
四、云南彝族人民起义
大德五年（1301年），在云南地区也曾爆发彝族人民的起义。蒙古贵族为掠取金银宝物，成立征八百媳妇万户府二，设万户四员，由四川、云南等省调集军队二万余人，以中书右丞刘深为统帅，远征今云南南部的八百媳妇地区。元军进入云南八番地区后，不断“调兵供馈”，不仅向彝族人民勒索钱粮、马匹，还向他们征调夫役，致使“民为竭产，役夫死者相枕藉”，许多人破产身亡。彝族人民再也忍受不下去了，终于爆发了反元大起义。
5月24日，云南彝族土官宋隆济，顺应人民的要求，号召彝族人民起义，人民在“身死行阵，妻子为虏”的威胁下，举起了义旗。起义人民以宋隆济为首，团结八番地区的苗、仫佬等少数民族，向元朝统治者展开武装斗争。6月18日，宋隆济率起义军四千多人攻杨黄寨，“杀掠甚众”。另外，云南水西彝族也遭到元朝统治者金币、马匹的勒索，元“师过其境，不堪蹂躏”，彝人在土官阿那之妻折节（又名蛇节）的领导下，发动了武装起义，史称折节“健黠而能兵”，“有权略，诸蛮咸听其命”。折节很快与宋隆济联兵，向元朝统治者发起进攻，破贵州（今广西贵县），杀知州张怀德；元河南诸翼征行万户、昭勇。
大将军张弘纲率兵前来镇压，也被起义军打死。在起义军一连串胜利的鼓舞下，乌撒（今贵州威宁）、乌蒙（今云南昭通）、东川（今云南会泽）、芒部（今云南镇雄）、武定（今云南武定）、威楚（今贵州楚雄）、普安（今属云南省）等地的少数民族人民“望风皆叛”，纷纷响应起义。各地起义军利用熟悉山川地形的优势，神出鬼没，烧府库、杀官吏，到处袭击元军。在彝族人民起义军的打击下，以刘深为首的元兵“军中乏粮，人自相食，计穷势蹙，仓皇退走，土兵随击，以致大败。（刘）深弃众奔逃，仅以身免，丧兵十八九，弃地千余里。”不仅远征未成，且损兵折将，几乎全军覆没。
11月12日，元成宗下诏增兵云南，令湖广行省平章刘国杰为统帅，蒙古侍卫亲军都指挥使也先忽都鲁为副，统兵二万镇压云南彝族人民起义。大德六年（1302年）春正月，刘国杰至沅州（今湖南芷江），2月，与四川宣慰使汪惟勤会兵于播州（今贵州遵义）。10月，刘国杰率湖广、云南、四川三省蒙、汉军三万人及思、播二州土兵一万人，分道向起义军发动围攻。在军事进攻的伺时，刘国杰也“遣使扭谕”，妄图瓦解起义军，但遭到折节的严辞拒绝。彝族起义人民在折节的率领下，进行了顽强的抵抗，前后四十余战：“贼兵劲利，且多健马，官军失利。”起义军虽初战取得了胜利，但11月后，形势出现逆转，折节为元将宋光所败。大德七年（1303年）2月，折节再败，被包围于何加寨，力尽被俘，惨遭杀害。
折节失败后，宋隆济起义军孤立无援，在优势元军的围攻下，也接连失利，后兵败被俘牺牲。至此厂彝族人民起义失败。
五、朱光卿、棒胡领导的农民起义
元朝中期，除各地少数民族纷纷起义外，广大汉族人民也多次发动起义，但由于蒙古贵族对汉族居住区统治比较严密，驻军较多，一旦发生起义，很快就被镇压下去，因此都未能发展成为较大规模的起义。在一连串的汉族人民起义中，以朱光卿、棒胡领导的起义影响较大。
后至元三年（1337年）正月2日，广州增城县（今属广东）
朱光卿发动了武装起义，同时起义的还有石昆山、钟大明等。朱光卿起义后，改元赤符，宣布建立大金国。在朱光卿起义的影响下，4月5日，惠州归善县（今广东惠阳）农民戴甲、聂秀卿、谭景山等秘密制造武器，“拜戴甲为定光佛”，以宗教形式组织群众，响应朱光卿起义。两支起义军互相配合，向博罗城（今属广东）发动进攻。元朝统治者立即命令江西行省左丞沙的，指挥使狗札里率兵镇压。7月，朱光卿、石昆山、钟大明等战败被俘，惨遭杀害，起义失败，其余众散于民间，等待时机再起。
这年2月1日，在汝宁信阳州（今河南罗山）还爆发了棒胡领导的起义。棒胡，又名胡闰儿，陈州（今河南淮阳）人，“好使棒，棒长六七尺，进退击技如神，远近闻者称棒胡。”他“以烧香惑众，妄造妖言”的形式组织群众，有信徒一百多人，其徒胡山花等都善于使棒。可见，棒胡也是利用宗教秘密组织发动了群众。起义后，开州（今河南濮阳市）人辘轴李、陈州人棒张等皆起兵响应。棒胡起义军很快攻破归德府（今河南商丘市）、鹿邑（今属河南）等城，并焚陈州，屯兵于杏冈。元朝政府令河南行省左丞庆童率兵镇压，农民军在鹿邑冈战败，棒胡被俘，后送到大都（今北京市）被杀。起义不到一个月，便失败了。
朱光卿、棒胡起义虽然失败了，但震撼了中原元朝统治，也加深了蒙汉之间的矛盾。在他们的影响下，黄河上下、大江南北，到处都爆发了小规模的农民起义，“山雨欲来风满楼”，一场全国规模的农民大起义即将在沉睡的中原地区爆发。