从1279年元朝灭南宋统一全国开始，直到1351年元末农民大起义爆发为止，这七十年内，虽然是元朝统治的相对稳定时期，但各族民反抗元朝统治的斗争却一天也没有停止。由于时代和元朝统治自身的特点，这一时期的农民起义呈现出了一些不同于以往农民起义的特点；这些农民起义虽然都被镇压了下去，但对元朝的统治政策和元朝社会的发展，却有重要意义。
一、起义特点
（一）农民起义的次数多、地域广
历代王朝建立之初，不论时间长短，都有一段比较稳定的统抬时期，但元朝不同，从它建立伊始，就存在着人民的武装反抗。1279年元灭亡南宋统一全国后，人民的反抗斗争依然此伏彼起。元世祖统治时期，号称元朝的“至治”时代，但人民的武装起义也是接连不断，据不完全统计，在灭宋后，元世祖统治的十五年内，见于记载的较大规模的起义就有上百次之多。其后的成宗、武宗、仁宗、英宗、泰定帝、文宗统治时期，农民起义也是无年无之，而元顺帝统治的前期，各地更是“群盗纵横……寇贼猖撅”，元朝农民起义次数之多，在历史上是少见的。从起义的范围看，不仅江浙、湖广、江西、云南等行省，即原南宋统治的中心地区，人民起义也接连不断，而山东、河北、山西等元朝统治的中心，即直属元中央的腹里地区，人民的武装反抗也不断发生，即使地处极北的辽阳行省的库页岛以及岭北行省的蒙古高原上，也发生了包括蒙古族在内的各族人民武装起义，起义地域之广也是历史上少有的。元朝统治时期，以蒙古贵族为首的封建地主阶级，残酷地压迫、剥削各民族的人民，各地区的阶级矛盾一直没有得到缓和，因而人民的反抗斗争也就一直没有停止，所以，元朝的农民起义便呈现出次数多、地域广的特点。
（二）少数民族起义特别多
在元代前期和中期的农民起义中，少数民族起义特别多，而有些起义还是土官或少数民族的上层人物发动和领导的，这是这一时期农民起义的又一特点，元朝是一个统一的多民族国家，在广袤的元朝疆域内，居住着许多民族，民族成份复杂，他们的社会发展水平也很不一致，但许多民族先后都举行了武装起义，反抗元朝的统治。居住在江浙行省的畲族，在蒙古军攻占临安后不久的至元十三年（1276年）4月，便在许夫人的领导下，组织畲军，进行了反元斗争，支援了在福建抗元的张世杰。至元十五年（1278年），许夫人又联络建宁（今福建建瓯）的黄华起义军，畲汉两族人民共同进行了反元斗争。至元二十年（1283年）
在广东起义的黎德，是一个“洞獠”，也有的记为“土豪”，可见他是少数民族首领。至元二十三年（1286年）7月，云南乌蒙彝族人民在其酋长阿蒙的领导下，发动起义，进行武装反元，元朝政府调四川、云南行枢密院的军队将共镇压下去。至元二十四年（1287年）活动于福建、广东一带的钟明亮起义军也是以畲族为主体的。
至元二十六年（1289年）后，湖南瑶民发动的武装起义，其领导入曾大獠、廖大獠、萧大獠、陈大獠等，也都是各地瑶族首领。
大德五年（1301午）云南土官宋隆济领导瑶族人民起义，反抗元朝政府的征发调遣，另一位瑶人起义女领袖折节（蛇节），是一位土官的夫人。泰定二年（1325年）在广西起义的潘保也是一位“瑶酋”。总之，元朝中期，湖南、广东、广西、江西、福建等山区的少数民族的武装反抗斗争，此伏彼起，接连不断。少数民族起义之所以如此频繁，主要是蒙古贵族加重对各少数民族人民的压迫剥削造成的，宋朝时，少数民族地区赋税较少，徭役更轻，而元朝则不同，它不仅加强对汉族人民的统治与搜括，同时对各少数民族也不放过，土官酋长也遭受损失，所以，一些首领人物也起来反抗元朝统治。
（三）起义带有民族斗争的色彩
元朝前期的农民起义，往往将主攻矛头指向蒙古贵族和元朝的各级文武官员，而对南宋的抗元残余力量则给予支持。至元十四年（1277年）陈吊眼和畲族妇女许夫人起义后，有众十万人，他们曾支持张世杰的抗元斗争。在湖北一带领导起义的傅高，也曾支持陈宜中、文天祥的抗元斗争，因此，“鄂之大姓多与傅高通”。厓山战役陆秀夫负赵昺投海后，一些农民起义军有的仍然打着赵宋的旗号，如至元二十年（1283年）西川赵和尚起义，甚至自称赵宋宗室之后；东莞县张强起义，还以复宋相号召。因此，不少元朝的汉族官和地主也同情或支持农民起义，至元二十年（1283年）12月，“吴提刑者居青田之鸬鹚，与政和贼（黄）华通，复谋叛。”这位吴提刑，当是一位汉族地主。至元三十年（1293年），扛西行省发生农民起义，2月26日，“江西行院官月的迷失言：江南豪右多庇匿盗贼”由于汉族地主有人暗中支持起义军，因此元朝统治者“申严江南兵器之禁”严禁汉人持兵器。后至元五年（1339年），11月，在河南行省，还发生了以小吏范孟为首的起义，河南“行省掾范孟”假传圣旨，杀河南行省平章月鲁帖木儿、左丞劫烈、廉访使完者不花、总管撒里麻，占据开封，调集军队，把守河渡关隘，孟自称大元帅，寓公、富民及小吏之桀黠者悉授伪官，设立了新的官员机构，与元朝统治相对抗。这次起义虽然失败了，但对元朝统治打击很大。农民的反元斗争之所以得到一些汉族地主的支持或同情，其主要原因在于元朝社会中，汉族地主与蒙古族地主之间始终存在着民族矛盾，蒙古贵族为了确保其统治地位，对汉族地主的权利进行了种种限制，蒙古统治者不准汉人当高官，不准汉人持兵器，不准汉人掌兵权，只有少数汉族地主上层分子例外；科举是汉族地主知识分子当官的主要途径，元朝长期罢废科举，后虽一度恢复，但在考试内容、录取名次、数量等方面，对汉人又加以种种限制，这就堵塞了他们的仕途；在法律面前，蒙汉也不平等，犯同样罪，对汉人处罚比蒙古人重得多；即便当了官，汉宫在政治权力及子孙荫叙等方面，也比蒙古人低得多。因此，蒙汉地主之间始终存在矛盾，汉族地主某些人对农民起义的同情、支持以及地方小吏发动反元起义，正是这一矛盾的反映。
二、历史作用
（一）农民起义打击了封建统治
元朝初期，中期的农民起义虽然多数规模不大，坚持斗争时伺不长，但同样沉重打击了封建统治。农民起义爆发后，其矛头首先指向平日骑在他们头上作威作福的各级官吏，他们“掠郡县，烧府库，杀县长吏”，所到之处“斩刈剽寇，飘荡震汹……贵臣重将、裨校士马，因是物故者甚众”，农民牢杀文武官吏，没收府库财物，以充军饷，以济贫民，有的还派出小股部队，“突入富家，计其家资”，席卷而去。农民军“朝齐暮赵，朝廷不能制”，州县无可奈何。有些地方官无力对抗，便向农民军求饶，如封丘县尹许义夫，闻贼至近境，乃单马出郊十里外迎之，见贼数百人，义夫力言：封丘县小民贫，皆已惊惶逃窜，幸无入吾境，农民军笑其无能，乃避而去他，在农民军的打击下，封丘官僚们的狼狈相可想而知。
（二）在农民起义的推动下，促使元朝进行了政治改革，加速了蒙古族封建化的进程蒙古进入中原之初，大肆掠夺人口为奴，南宋灭亡后，“江南新附……强籍新民以为奴隶”，蒙古贵族也曾圈占汉族农民的土地作为牧场。这些野蛮做法，引起了汉族农民的强烈反抗，在各族人民起义的打击下，蒙古贵族感到他们的统治方式不适应汉族地区的情况，迫使他们不得不进行一些改革。元世祖统治时期，积极推行“汉法”，不断下诏要蒙古军民在中原进行农耕，禁止破坏禾苗桑枣；禁止掠民为奴尹不准买卖人口，“卖买者两罪之，官没其值，人复为良”；在政治上也沿袭汉族封建统治制度，颁布成文法律《至元新格》，使官员有法可循，改变了政治混乱局面。元世祖还大力兴办学校，提倡蒙古人学习汉文化等。这些改革，促使蒙古族很快完成了封建化的进程，使其统治与汉族地区高度发展的封建经济相适应，从而促进了蒙汉民族的融合，对元朝经济的恢复发展，有积极的意义。这些都是农民起义推动的结果。
（三）在农民起义的打击下，元朝统治者也采取了一些让步政策，以缓和阶级矛盾。
在大规模的农民起义之后，封建统治者一般都采取某些让步政策以缓和阶级矛盾，元朝也不例外。导致欧南喜起义的直接原因是元朝政府的食盐专卖，这次起义，直接打击了元的食盐政策，因此，在镇压起义后，参与镇压起义的官员便提出“请革盐法之不便者，并劾按察使脱欢奸利之事，罢之。”钟明亮起义后，至元二十五年（1288年）7月，元朝政府“以南安（今江西大庚）、瑞（今江西高安）、赣（今江西赣州市）三路连岁盗起，民多失业，免逋税万二千六百石有奇”。同年12月，泉州爆发起义，元朝政府也下令“免泉州今岁田租。”至元二十六年（1289年）8月，世祖下诏：“彬（今湖南彬县）之宜章为广东寇所掠，免今岁田租。”瑶族人民起义后，至元二十七年（1290年）2月，世祖下诏：江西贼华大老，黄大老等掠乐昌诸郡……
常宁州（今湖南常宁）民遭群盗之乱，免其田租。“钟明亮再次起义后，至元二十七年（1390年）3月，世祖下诏：以建昌路广昌县（今属江西）经钟明亮之乱，免其田租九千四百四十七石。”同年6月，因“广州增城、韶州（今广东韶关市）乐昌以遭畲贼之乱，并免其田租。”这些诏令中所免田租，是指土地税赋，并非地主所收地租。蔡五九起义，直接打击了元朝官员在“经理田粮”中虚张顷亩，增加税赋的反动行径，因此，在镇压起义之后，延祐二年（1315年）12月27日，仁宗下诏：
“江西、福建因值贼人蔡五九，李社长作乱……百姓合该夏税秋粮，自延祐二年为始，与免二年。若已纳到官者，准下午数。”这样的免税减租诏令，在较大规模的农民起义之后，屡见不鲜。免税、减租，虽然不可能根本改变农民受压迫、受剥削的地位，但对于在饥饿中挣扎的农民来说，则可以多少改善一下生活和生产条件，这对社会经济发展也是有利的。
总之，元朝前期、中期的农民起义，打击了蒙古贵族的统治，遏制了元朝一系列反动政策的推行，使其不得不采取一些让步政策，以减轻对农民的压迫剥削。在人民的辛勤劳动下，元朝的社会经济因而得到一定程度的恢复和发展。