蒙古贵族在灭南宋的过程中，进行了野蛮屠杀和掠夺，使许多无辜的人民被杀害或被掠为奴。元朝统一后，又推行民族统治政策，对江南人民政治上加强统治和奴役，经济上加重剥削，使人民处于水深火热之中。蒙古贵族的反动统治，自然也激起了江南人民的强烈反抗，并发动了一连串起义。
一、陈吊眼起义
在江南地区一系列的农民起义中，福建地区陈吊眼为首的起义时间最早，规模也较大。陈吊眼，亦名陈弟眼、陈大举，福建畲族人，南宋末年，曾率畲兵隶张世杰部下抗蒙，兵败被迫降元。陈吊眼洚元后，屯戍漳州山区，他日睹蒙古贵族的种种暴行，内心充满了仇恨，他暗下决心，寻找机会，于至元十七年（1280年）8月，率众起义，攻占漳州城，“杀招讨傅全一家，官军死者十八、九”。陈吊眼起义后，附近农民纷纷响应，在他的领导下，建立了“山洞山寨八十余所，据险相维，内可出，外不可入，以一当百”。起义队伍发展到十余万人。陈吊眼还建立政权，改元昌泰，声威大振。
陈吊眼起义后，元兵前来镇压，起义军据险固守，久攻不下，元政府又调集闽、粤、浙、赣四省军队，以完者都为镇国上将军、福建等处征蛮都元帅，高兴为右副都元帅，率大军围攻。
畲民是力逃避赋役和战乱而进入山区的一些贫苦农民，他们居于洞穴和山寨中，没有积畜，在元军的围困下，十五座山寨失守，渐渐不支，陈吊眼乃杀其妻子，走保千壁岭，决心斗争到底。高兴攻千壁岭不能下，乃大耍阴谋诡计，“诱吊眼释兵而语，吊眼下至中半中，公（高兴）上与语，遽接其手，掣下吊眼”，将他逮捕，押解到漳州杀害，起义失败。
陈吊眼起义一度攻占漳州，进兵汀州（今福建长汀），占领了大片地区，队伍发展到十万人，坚持斗争近两年之久，使“闽中震动”。响应陈吊眼起义的很多，其中规模较大的，有邵武的高日新起义，福州的林天成起义，南剑州有丘细春起义等，沉重打击了元朝统治。
二、黄华、欧南喜、黎德起义
黄华，福建建宁府政和县（今福建松政）人，至元十五年11月，曾“集盐夫，联络建宁、括苍及畲民妇自称许夫人为乱”，后失败降元，曾被元政府任命为建宁路总管。蒙古贵族在福建横征暴敛，任意杀人，激起福建人民的不断反抗，在人民反抗斗争的推动下，至元二十年（1283年）8月，他又重新起义。
黄华起义后，据政和县城（今属福建），用宋祥兴年号，起义军“剪发纹面，号头陀军”，由于各地农民纷纷响应，起义军很快扩大到十万人，分兵攻打崇安（今属福建）、浦城（今属福建），破松溪（今届福建），攻古田（今属福建），并包围建宁府（今福建建瓯）。起义军到处攻杀蒙古官员，“杀掠不可胜计，声摇闽粤”。在黄华起义军的影响下，12月，浙东有“吴提刑者，居青田之鸬鹚，与政和贼华通，复谋叛，用宋祥兴年号，铸两浙安抚司印”。有些元朝地方官也起而响应，可见这次起义的声势和影响是很大的。
当时，元朝政府正准备进攻日本，以扬州为基地，集中了以刘国杰为首的大量军队和战争物资。元世祖获悉黄华起义后，立即下令刘国杰率精锐部队，会同江淮参政伯颜前往福建，又令两浙、福建的地方驻军配合，共同镇压。浙西道宣慰使高兴率兵向起义军反扑，激战于铅山（今属江西省），起义军失败，损失八千多人。再战于武夷山分水岭，起义军又败，高兴侵占嘉禾。黄华率领起义军急攻建宁，高兴率军南下，与福建军队南北夹击，起义军再败，叶都统，梁都统被俘，黄华撤离建宁，走保江山洞，高兴尾追，至正二十一年（1284年）正月，黄华最后的根据地赤岩山，也被元军攻破，黄华麈战半日，杀伤大量敌人后，赴火自焚死，其妻子及二弟也被俘牺牲，起义失败。
在镇压黄华起义的过程中，蒙古兵“所至辄杀掳平民”，在杀掠之后，还“多奴良民以归”，把许多劳动人民掳去当作奴婢。因此，“兵后市井丘墟”，荡然无存，严重破坏了生产，造成一场大的灾难。
黄华起义时，在广东地区还爆发了、欧南喜、黎德领导的起义，这次起胀由元朝府推行食盐专卖政策引起的。食盐是人民生活的必需品，由于元朝政府垄断了食盐的生产和销售，盐价很高，质量很差，因此，私盐流行。为了确保盐税收入，元朝政府严禁私贩，对私盐贩处罚很重。为了对抗官府的追捕，他们往往携带武器，因此，私盐贩很容易与农民的反抗斗争相结合，形成大规模的农民起义。至元二十年（1283年），私盐贩陈良臣就曾经组织东莞（今属广东）、香山、惠州（今属广东）等地的私贩一万多人起义，但很快被镇压下去。至元二十一年（1284年）2月，欧南喜又在这一带发动了起义。
欧南喜的身世，蒙古贵族称他是“群盗”，很可能也是私盐贩出身。欧南喜把被打散了的起义群众又组织了起来，据记载，他“聚其党至十万人，僭称名号，伪署官职，攻陷城池，戕杀吏民”，已是一支相当大的队伍。欧南喜起义后，自称王，并设立丞相、招讨使等官，他们进攻地方官府，大杀封建官吏和地方豪绅，表达了人民反抗元朝残暴统治的愿望。欧南喜率领起义军南下，2月十9日，到达东莞、博罗（今属广东）两县交界处，元广东道都转运盐使合刺普华率兵来犯，起义军分据要害，给元军以迎头痛击，经过一场激烈战斗，起义军获得全胜，生擒合刺普华，并将其处死。当时元朝正对占城（今越南南部）用兵，南运粮道也被起义军切断。欧南喜乘胜进兵广州，起义军声威大振。
这时，在广东还有黎德为首的一支起义军，这支起义军主要在海上活动，他们拥有“战船至七千艘，众号二十万”，以海州（今海南海口市）为根据地，四出攻击，不断拦截元朝运粮交趾的海船，给元朝统治者以很大打击，黎德还与欧南喜的起义军联合作战，陆战、海战互相配合，广东全境为之震动。
后来，元朝统治者抽调大量军队，从四面对起义军发动围攻，起义军人数虽多，但武器不足，逐渐由优势变为劣势。至元二十一年（1284年）11月，欧南喜、黎德攻广州，“其别将吴林以八百艘围冯村”。双方水军在海上展开激战，结果攻广州未成，永军也为元将王守信战败，起义军伤亡惨重，又未能突围转移，欧南喜、黎德与其都督，丞相、兵马钤辖等主要将领被俘，均惨遭杀害，起义失败。
三、钟明亮起义
钟明亮，福建汀州（今福建长汀）人，出身于贫苦农民家庭，封建士大夫称他力“草间匹夫”，可见他是一个贫苦农民。元朝统治者远征交趾、占城等一系列的战争，在江南沿海各地征集粮食、船只，所任官吏又“皆贪饕邀利之人”，因而激化了阶级矛盾，至元二十四年（1287年）冬，钟明亮率众于汀州发动了武装起义。
钟明亮起义后，“拥众十万，声摇数郡”，他们主要活动于今福建、广东、江西三省交界处。在福建，起义军活动的中心地区是“南剑及邵武渚道”，并攻打漳州等地；在江西，主要活动于赣州、南安（今江西大余）、建昌（今江西南城）诸路；在广东，起义军主要活动于循州（今广东龙川）、梅州（今广东梅县）等地。
至元二十五年（1288年）3月，循州起义军万余人攻淖浦；泉州起义军攻长泰（今属福建）、汀州、赣州等地。在钟明亮起义军阶影响下，今赣、闽、粤三省交界处的人民，包括少数民族在内都纷纷起义，如畲族起义军千余人，攻龙溪（今属福建）；广东的邓大獠、刘大撩分据前后寨，率领少数民族起义军攻肇庆（今广东肇庆市）；4月，广东的董贤举等七人，亦“皆称大老，聚众反，剽掠吉（今江西吉安市）、赣（今江西赣州市）、瑞（今江西高安）、抚（今江西抚州市）、龙兴（今江西南昌市）、南安（今江西大余）、韶（今广东韶关市）、雄（今广东南雄）、汀诸郡，连岁击之不能平”，元朝政府虽然从江淮、福建、江西等地抽调大量兵力，但仍然不能将各地起义军镇压下去。
在反抗元朝统治的斗争中，钟明亮丰富了白己的斗争经验，当元朝大兵压境，敌我力量悬殊时，他从不正面出击，而是采取迂回战术，避开敌人的优势兵力，击其薄弱环节，这不仅保存了自已，而且往往能歼灭敌人，取得胜利。元福建闽海道提刑按察使王恽说：钟明亮“出没叵测，东击则西走，西击则东轶”，使官军疲于奔命，无可奈何。因此，他建议在军事镇压的同时，还应派“重臣”劝降，软硬兼施。后来，在招降失败之后，元朝统治者又增派军队，并“立主帅，专号令”，以优势兵力向起义军发动围攻。钟明亮在敌强我弱，形势不利的情况下，为保存实力，于至元二十六年（1289年）5月，率起义军一万八千多人向元政府伪降。伪降果然奏效，元世祖即下令“江淮、福建，江西三省所抽军务还本翼”，解除了对农民的包围。经过一段休整，同年闰10月，钟明亮又“以万人寇梅州（今广东梅县）”，再次起义。钟明亮重新再起后，“江罗等以八千人寇漳州，又韶、雄诸贼二十余处皆举兵应之，声势张甚。”在钟明亮的影响下，各地的反元斗争又进入高潮，“婺州（今浙江金华）贼叶万五以众万人寇武义（今属浙江），杀千户一人”，“漳州贼陈机察等八千人寇龙岩，执千户张武义”，广东则有陈大獠、阎大獠，曾大獠、萧大獠等瑶族人民起义，湖南地区的瑶人也纷纷起义，外攻破酃县城（今届湖南），连州（今广东连县）、道州（今湖南道县）等城。
钟明亮再次起义后，元世祖下诏，斥责月的迷失：“钟明亮既降，朕令汝遣之赴阙，而汝玩常不发，致有是变”，要他立即与江西，福建合兵围剿。11月，湖南、广东、江西的瑶族人民起义军遭受重大挫折，形势又复恶化。至元二十七年（1290年）2月，钟明亮为摆脱困境，再向元政府伪降。元世祖下令将钟明亮解送大都（今北京市），江西行省管如德久留不遣，明亮复率众攻赣州，第三次举起反元大旗。但随后不久，钟明亮就病故了。
钟明亮的再降而复起，元朝士大夫颇为感慨地说：“上烦庙堂应接，渚省奔赴，竭数载之力，仅得明亮至军前一面。而诈降无实，做睨反复，气凌威铄，未尝获一交锋决胜，明亮竟偃然得保首领以殁。”承认镇压钟明亮是失败了。
钟明亮死后，其影响依然存在，“众犹畏服，止奉一木主尔，藉其虚声余烈，尚能统御所部，不即降溃。”可见他在起义军中的威望，但是，起义军务部之间，总是不能密切配合，缺乏统一的行动方针，因此，当元军以优势兵力围攻时，便被各个击破，至元二十八年（1291年），钟明亮起义便完全失败了。