1865年，新疆喀什噶尔封建主金相印趁清政府腐败无能之际，请中亚浩罕国国君入侵大清，浩罕大将阿古柏奉命率军侵入喀什。数年间，阿古柏占据了天山南北大部分地区，并于1867年成立“哲德沙尔国”（七城国），以沙俄和英国为后台，自立为汗。
左宗棠攻灭关内回民起义军后，积极准备收复新疆，这一主张得到了清廷的支持。1876年四月七日，左宗棠以钦差大臣身份从兰州进驻肃州，督办新疆军务，迈出了收复新疆的第一步。左军誓师出关，先攻北路。左部总统湘军虎将刘锦棠等连败白彦虎与阿古柏兵，收复乌鲁木齐等地，十一月，新疆北路全部收复。至1877年十月，清军收复新疆南路东四城（喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什）。至1878年一月，清军又肃清新疆南路西四城（叶尔羌、英吉沙尔、喀什噶尔、和阗）之敌。至此，收复全疆，同时也维护了清朝的统一。