朱元璋称帝建立明朝之后，将应天府（今南京）定为都城，并命其四子朱棣为燕王，以北平为藩邸，负责抵御长城以北元军的进犯。靖难之役以后，朱棣即帝位，为了加强北部和东北部的边防，改北平为北京，并设立行政六部。永乐四年（1406年），下诏在北京修建宫殿。1409年以后，为了全力组织对于蒙古军的进攻，让太子驻守南京监国，自己率兵长驻于北京。永乐十八年（1420年），北京的宫殿正式建成。当年九月，明成祖下诏宣布第二年改京师应天府为南京，而以北京为京师。永乐十九年，明朝正式迁都北京。明朝两京制的格局形成，北京逐渐成为全国的政治、军事中心，既可以就近指挥长城一线的军事防御，又能加强对于东北地区的控制，巩固了明王朝的统一。
