经络在病理方面，与疾病的发生与转变有着密切的关系，它主要表现为传导作用。当外邪侵犯人体时，如果经气卫外功能失常，病邪即可沿着经络通路内传脏腑。例如，风寒之邪侵犯肌表时出现恶寒、体痛、流涕等症状，若内传至脏腑，便会出现咳嗽、咳痰、胸闷、气短等症状。但这种传变是相对的，是否传变，要看病邪的轻重及人体正气的盛衰，并和治疗是否及时得当等因素也有关。
风寒之邪侵入经络，或气、血、痰、湿淤阻经络，均可产生抽搐、肿痛之症。如果经络久痹不通，气血失运，筋骨及肌肉无以为养，则可出现麻木不仁，甚至偏枯、痿废等症。
在诊断方面，由于经络有其一定的分布部位，根据病变的反应部位，即可知其病在何经；又因每条经络都与相应的脏腑相联系，故根据经络循行路线上某一部位的特殊感觉，即可测知某一脏腑的病变。在经络循行的路线上或经气聚结的某些穴位上，出现压痛或异常现象，如条索状物、结节等，都可以帮助诊断。如阑尾炎常在上巨虚穴有压痛，肝病常在肝俞穴有结节或其他阳性反应物。又如头痛一症，前额痛与阳明经有关，两侧痛与少阳经有关，后枕痛与太阳经有关，巅顶痛与厥阴经有关等。现在临床上还有用经络测定仪测定一些特定腧穴皮肤的电阻变化，以发现病变经络和病变脏腑的方法。
经络有一定的循行路线和脏腑络属，能反映所属各脏腑的病症。在临床上可以根据病人所表现的症状，结合经络循行的路线及所联系的脏腑，作为辨证归经的依据。例如，胁肋与少腹是肝经所过，故两胁疼痛或少腹痛，多与肝经有关。另外，某些疾病常反映在经络循行通路上，或反映在经气聚集的某些穴位上。因此，这些部位常有明显的压痛、结节等异常反应，或可出现皮肤形态变化、皮肤温度及电阻改变等，这些现象都有助于对疾病的诊断。临床上采用循经诊察、按压诊察及经络电阻测定等方法来检查有关绎络、腧穴的变化，对诊断疾病有一定的参考意义。