经络源于脏腑，故十二经脉和十二脏腑都有直接的联系。除直接联系外，还有彼此联络、上下贯注、离合出入等形式。从而在五脏之间、六腑之间，以及脏腑之间都建立了密切的关系。以五脏来说，如足太阴脾经的支脉注心中，足厥阴的经别贯心等。以六腑之间的联系来说，胃与小肠之间，除了器质方面有直接联系外，其中亦有经脉的联系，如手太阳小肠之经脉，贯穿下膈，抵胃而属小肠。以脏腑之间来说，则其联系更具有规律性，脏脉络腑，腑脉络脏，一阴一阳，形成了脏腑相合。
至于眼、耳、口、鼻、舌、前后二阴九窍和五脏之间，都是有经络联系的；筋、骨、血脉等和内脏也存在着密切的关系。这些关系的建立，都离不开经络的连缀。由于经络沟通了内外，从而使外在的组织和内在的脏腑发生相应的作用。
经络在生理方面，有运行气血、濡养身体的作用。人体靠后天水谷精微生化气血，气血在经络中循行不息，运行内外，以营养脏腑筋骨、四肢百骸、皮毛肌肉、五官九窍等。气的温煦和血的濡养作用虽与各脏腑的功能活动密切相关，但主要需依靠经络维持正常的功能活动才能达到濡养全身的目的。正如《灵枢·本脏》篇中所说：“经脉者，所以行血气而营阴阳，濡筋骨，利关节者也。”