秦始皇三十四年（公元前213年），秦始皇将徇私枉法的司法官吏处罚流放去修筑长城，或到南越地区守边。
丞相李斯上书说：“过去诸侯国纷争，以高官厚禄招徕游说之士。现在天下已定，法令统一出自朝廷，普通百姓就要致力于耕田做工，读书人就要学习法令规章。但今日的儒生却不学习现代事务，只知一味地效法古代，并借此非议现实，蛊惑、扰乱民众，相互非难指责现行制度，并以此教导百姓；闻听命令颁下，就纷纷根据自己的学说、主张妄加评议，入朝时口是心非，出朝后便街谈巷议，夸饰君主以提高自己的声望，标新立异以显示自己的高明，煽动、引导一些人攻击诽谤国家法令。这种情况如不禁止，势必造成君主的权势下降，臣下结党纳派活动蔓延民间。唯有禁止这些才有利于国家！因此我建议史官将除秦国史记之外的所有史书全部烧毁；除博士官按职责收藏书外，天下凡有私藏《诗》、《书》、诸子百家著作的人，一律按期将所藏之书交到郡守、郡尉处，一并焚毁；有敢于私下谈论《诗》、《书》的处死；借古非今的诛杀九族；官吏发现这种事情而不举报的与以上人同罪；此令颁布30天后仍不将私藏书籍烧毁的，判处黥刑，并罚处修筑长城劳役的城旦刑。不予焚烧的，是医药、占卜、种植的书。如果想要学习法令，应以官吏为师。”始皇下制令说：“可以。”
原魏国人陈馀对孔子的八世孙孔鲋说：“秦朝廷将要毁灭掉前代君王的书籍，而你正是书籍的拥有人，这实在是太危险了！”孔鲋说：“我所治的是一些看来无用的学问，真正了解我的只有朋友。秦朝廷并不是我的朋友，我会遇到什么危险呀！我将把书籍收藏好，等待着有人征求，一旦来征求，我也就不会有什么灾难了。”
秦始皇三十五年（公元前212年），侯生、卢生相互讥讽、评议始皇的暴戾，并因此逃亡而去。始皇闻讯勃然大怒，说：“卢生等人，我尊敬他们，并重重地赏赐他们，现在竟然敢诽谤我！这些人在咸阳的，我曾派人去查访过，其中有的人竟妖言惑众！”于是令御史逮捕并审问所有的儒生。儒生们彼此告发，始皇就亲自判处违法犯禁的人460多名，把他们全部在咸阳活埋了。还向全国宣扬，让大家都知道这件事，以惩戒后世。同时谪罚更多的人流放到边地戍守。
始皇的长子扶苏为此规劝道：“那些儒生们全诵读并效法孔子的言论，而今您全部用重法处惩他们，我担心天下会因此不安定。”始皇大为恼火，派扶苏赴上郡去监督蒙恬的军队。