《人类的起源》一多半的内容是用性选择理论和应用解释动物二性化问题，关于人类的起源的内容只占全篇的。达尔文叙述了这一事实：人类起源于某种低等动物，人类是由低等动物发展起来的。
在第一章中，达尔文研究了人体构造。从人类器官来看，人是哺乳动物。奥温和其他一些人曾用来区分人和其他哺乳动物的是人和类人猿在脑构造上的差别，如赫胥黎所说的，比类人猿和其他接近类人猿的猴子的差别还要小。人与猴子的相似之处在于：疾病类型，药物作用相同，如抽烟、喝酒都能引起的舒畅快感等。人类在生殖和发育上具有猴子的特点：婴儿弱小，性别不同。
人的胚胎发育，同其他哺乳动物脊椎动物纲有共同特征：卵细胞和其他哺乳动物脊椎动物纲的卵细胞有一样的鳃沟；人的手和脚也像蜥蜴、鸟和哺乳动物的胚胎上的脚和手，有同样的位置。达尔文用了胚胎学方面的成就：血管状的心脏，胎儿排泄腔的形成，尾骨的存在，鱼的肾脏同系物的发育。他指出7个月大的胎儿的大脑皱壁，就像成年猩猩的大脑皱壁一样。他在援引赫胥黎的话时指出：“人类与猴子的相似，强于猴子相似于狗。”
达尔文对未发育器官阐明了自己的观点，这些器官具有变异性返祖现象。他描述了人的皮下肌肉能抽动皮肤的残存现象，肌肉能耸动眉毛和颈肌的残存现象，这种颈肌已经不能任意收缩。他谈到了一些返祖现象，这就是在个别人的身上作为例外出现的一种能力，例如摆动耳朵的能力，这种能力经常作为一个家庭的特点遗传下去。他指出，猩猩和黑猩猩的耳朵不能摆动，这是与人的耳朵相似的缘故。指出人的外耳存在特别的、微尖的突出部，后来这一部分被称之为“达尔文突出部”，他把这一部分看做是其他哺乳动物耳朵尖部的同系物。他举出人的眼睛上的半月形皱纹，说这是第三眼睑或者说是瞬膜的同系物。原始人种的嗅觉比较灵敏，他把这看做是过去留下来的遗传物。他认为，人的头发又长又密的特征，是祖先周身浓密毛层的残留。人的尾骨也是如此。他用这一理论研究了6个月的胎儿身上具有茸毛状的毛发层的状况。
在第一章最后，他自豪地说，他的理论在10年的斗争中，在认识上有了很大的转变。“不可思议的是那些博物学家很熟悉解剖学和哺乳动物胚胎，但却有每一个动物都是上帝逐个创造出来的想法。”
决定人类起源的因素和原因同决定其他动物起源的因素和原因是一个问题，关于人类由低等生物发展来的方式是这一章的基本思想。人也具有变异性和遗传性的特征，和动物一样。人的变化规律与家养动物和栽培植物所具有的变化规律不同。达尔文很少把人类的变化归之为受条件直接而又明显的影响，对比看动植物的变化也是这样，只是容许这些条件能引起“数量几乎是无法确定的变化”，使生物体达到一定程度的可塑性罢了。
达尔文还详细地研究了其他变化因素：器官的使用，发展的中断，作为畸形返回到从前的类型，然后他不仅谈到变化的相互关系，而且谈到人类增殖的速度，最后谈到靠自然选择不仅得到身体构造上的特征，而且还获得了智能和共同的本能。智能人的语言发展得越来越清晰，发明工具和取火技术都是智能发展的产物。达尔文补充说：“我不明白为什么华莱士先生主张通过自然选择，野人的脑子只会比猴子发达一点。”
达尔文在《物种起源》中没有讲到生命和本能的起源问题，同时他也没有向人们阐明低等动物的智能是怎样发展起来的问题。因为达尔文觉得这些问题对人们目前来说是无关紧要的，若真要解决，可留待以后去揭示，如自我保护、性爱、母爱、婴儿吮吸奶汁的本能。达尔文仔细研究本能和智慧的相互关系时，和往常一样，列举了能说明这种相互关系的不同意见的各式各样的大量事实。像他在《物种起源》里所阐述的，复杂的本能都有一个由简单到复杂的发展过程，这与智力的发展是无关系的。而且简单的无意识的本能动作与深思熟虑过的动作是可以互相替换的。
在《人类的起源》中针对这个既复杂又困难的问题，达尔文始终坚持以辨证的方式去看待它。他以人的大脑为例说明了本能由简入繁的发展过程及人的有意识的本能与动物的无意识的本能是不同的。
但同时达尔文也承认人有意识的本能与动物无意识的本能之间存在相似之处。
关于人类的系谱，达尔文认为，人来源于狭鼻猿类，当时狭鼻猿类已经从阔鼻猿类中分了出来。根据赫胥黎的意见，猿来源于狐猴，狐猴来源于其他高级哺乳动物，而其他高级哺乳动物则来源于有袋亚纲。有袋亚纲则通过原兽亚纲来源于爬虫纲。达尔文附带声明说，就在人们试图彻底研究哺乳动物的系谱时，我们越来越觉得这一课题在科学领域的空白。达尔文扼要地解释说，可以设想所有的脊椎动物亚门彼此之间有血缘关系，并且来源于无颚类祖先。在更早更原始的祖先中，达尔文列举了文昌鱼，即蛞蝓鱼，当时人们把它归为鱼类，而且把它看做是脊椎动物亚门中最原始的动物。后来他又转而研究海鞘的幼虫。他列举了别人向他报告的亚·奥·科瓦列夫斯基在那波利的发现，即海鞘的幼虫，就其发展方式和神经系统的位置，就蛞蝓鱼和高级脊椎动物胚胎所固有的脊索的存在方面来说，是和脊椎动物亚门相似的。达尔文断定：“因此，如果相信胚胎学，我们最终会了解脊椎动物亚门是如何起源的。可以推断，在以前极其遥远的时期，就存在过一类动物，它们在许多方面都与现在的海鞘幼虫相似。这一类动物分为两大分支，其中一支在发展中变弱了，形成了现在的海鞘纲；另一分支则发展到动物界的高级阶段，奠定了脊椎动物亚门的基础。”
达尔文指出通过残留的物种器官可以推断出人类远祖的外貌，同时他也指出每种生物其构造都是奇特的，独一无二的。
达尔文在《人类的起源》的第一部分中，继承了赫胥黎和赫克尔的思想。他一如既往，尽量使研究的主题所包括的内容更宽一些，所举出来的证明人起源于动物的事实，在数量上也大大超过赫胥黎和赫克尔的论据。例如，他列举了许多人的痕迹器官，关于人类才智和精神方面的能力逐渐发展的这几章内容就是崭新的。
关于人种起源，达尔文有独特的见解。他认为在物种起源、种的区别中起着如此重大作用的因素——自然选择，在这里都不能用了。人种外表的特征是不属于自然选择的，这些既不能用外界条件的直接影响来解释，也不能用拉马克关于器官使用和不使用的原则来解释。用对其他有益的特征的某种依赖性，即所谓相关作用，也是难于解释这些特征的。
由于他的思路完全是顺着“选择”走，所以在这里，在“性选择”原则中，得到了解释。而这一原则他早就用来解释动物的第二性征的起源问题，也是一向引起他极大兴趣的问题。
《人类的起源》问世后，引起两种截然不同的反响。安顿·窦恩在杂志上写道，这本书在德国博得“热烈赞扬”，但是起初，这本书遭到了人们的广泛驳斥。这是很自然的，因为它触及了人类最为根深蒂固的宗教观念——上帝创造人，而这一观念又被无情地否认了，并且书中还做出了一系列假设性的“抽象”方案。
赞扬、批评、辱骂，这对达尔文来说都不算什么，因为每一次他每一部着作的出版都会引起这样的“轰动”。而这一次，给他的新观念以重大打击的是着名的动物学专家迈弗特。他出版了《物种的发生》一书，书中对达尔文的自然选择进行了严厉的、而且乍一看来又颇能令人信服的批评。迈弗特指责达尔文缺乏证据，矛盾百出，并列举了一大串他认为从自然选择的观点看来是完全无法解释的例证。
迈弗特虽然已经承认进化，但却不同意进化的因素，即自然选择。宗教观点的卫道士们、进化论者、唯心论者、目的论观点的拥护者们所反对的正是用以说明进化的形式，这种形式以其明确的概念赢得了进化论思想的胜利，但是排除了各种目的论和创世主。也就是说，他们反对自然选择，即反对马克思所说的给了“目的论以致命的打击”的自然选择。
至于迈弗特的正确观点，则是他看到了进化的原因在于“某种内在的力量和倾向”，并且同凯利克一样，他认为发展是跳跃式的。
迈弗特的书产生了巨大的影响，很快就出了第二版，书中的论据开始在书刊上反复出现。达尔文对他所提出的各种问题没有做出回答，因为他已经看出了作者写作这本书的真实动机——让“创世说”复活，并且使“科学迁就宗教”，这是他所不能容忍的。当时他能够指望的朋友很少。尽管华莱士的演说很有才气，可是他靠不住，而爱沙·葛雷也一样，其他朋友又正忙得不可开交。
声援竟来自意想不到的地方。有一个叫琼斯·赖特的人，大量阅读并且思考过形而上学的课题。他给达尔文寄来了他在《北美评论》写的一篇评迈弗特书的书评校样。按他的说法，他通过书评从哲学方面发表他赞成自然选择的意见。赖特估计，这篇文章将会引起达尔文的兴趣，因为这对达尔文目前的处境很有帮助。
达尔文刚刚看完这篇文章，立刻就订出计划：在英国以小册子的形式出版赖特的书评；他自己则准备在即将出版的第六版《物种起源》里新加上一章；在这一章里，他打算剖析报刊上对自然选择论的各种各样的反对意见，特别要详细谈谈迈弗特的反对意见。因此，他的更为具体的答复要从赖特的哲学分析中得到充实。他把赖特的校样寄给华莱士，征求他的意见。他在给华莱士的信里写道：“文章虽然还有很大的欠缺，但是我认为还是非常有价值的。”
收到了赖特表示同意的来信，达尔文十分艰难地着手写作，因为长期受到病魔的困扰，他的精力已极度地衰竭了。不仅如此，在《每季评论》中也出现了对达尔文的着作进行的新的、极为激烈的评论，这篇文章使达尔文大伤脑筋。