评论人指责达尔文忽略了哲学和宗教的基本原则，评论人尽管承认自己是拥护发展学的，但是却又声称：人同大象和大猩猩的差别，比它们同地上的尘土的差别还要大。受到这种种“假道学的无礼攻击”，达尔文感到特别地沮丧、苦恼。他写信给华莱士说：“我很快就要成了最被人瞧不起的人了。”
他最后决定以小册子的形式出版赖特的文章。在给华莱士的这封信里他还写道：“即使是人们不看这种小册子，也能表明，有人在反驳迈弗特，对迈弗特的意见也不能不加任何思考就盲目地接受了，这也是很重要的。”
达尔文面临着最困难的时刻，照他的说法，那些钟摆式的人物摆向反对他的一面的时候，赫胥黎又龇出牙齿，并死死咬住对手不放。赫胥黎为《现代评论》杂志写了一篇文章，文章从他那方面驳斥对达尔文主义的攻击，这些攻击在《每季评论》里的一篇大概是迈弗特写的最新文章里，在同期杂志刊登的华莱士的书评《论人类》里，以及迈弗特的《物种的发生》一书的第二版里都有表现。
《每季评论》的评论员指出，天主教会的正统权威们完全承认进化论，即承认创造出的形体就已具有预先赋予的渴求发展的意向。这种解释，按照他的意见，就是使宗教顺应现代科学。尤其是他引证了着述丰富的耶稣教徒学者苏阿雷斯的着作。赫胥黎决定更深入地了解一下这些正统观点，他在图书馆找到了苏阿雷斯的大部分着作。正像他写信跟达尔文说的那样，他在那里“以家雀聚精会神地盯着农夫干活的那种锐利的目光”扫了一眼以后，抽出两卷极可尊敬的、用扣环扣着的书，看来这两卷是最可寄予希望的书，并决定以自己能从材料中抽出实质性东西的本领，用敌人的武器打击敌人，也就是援引苏阿雷斯的文词，用迈弗特自己的先知者的话来攻击他。赫胥黎抨击《每季评论》上的评论的结束语是：这篇评论完全不像是一个学者写的，因为它既不公平也没有水平。
达尔文收到赫胥黎有关此事的来信以后，备受鼓舞。迈弗特的攻击遭到了应有的回击。达尔文在《物种起源》里也亲自做了详尽的回答。赫胥黎和琼斯·赖特既从哲学方面，也从神学方面打击了迈弗特，这当然使后者感到特别难受。
赫胥黎写道：“钟摆式的人物现在摆到反对我们的方面去了，但是我坚信，他还会摆到另一边来的。”达尔文预言：斗争将长期继续下去，即使是在他们死去和消失之后。
赫胥黎对迈弗特在神学上的抨击，对形而上学的论断，特别是对关于理性及其定义的论断的抨击，使达尔文无比高兴。达尔文对赫胥黎支持他在《人类的起源》中得到发展的、关于道德起源的观点表示满意，他把赫胥黎反对华莱士的、关于野蛮人的智力的论据部分做了记号，并以完全称赞的话结束了他写给赫胥黎的信：“胡克两年前对我说过，当我读着赫胥黎的文章的时候……放射异彩的地方有几十处，机智就像是一道道光彩夺目的闪电！”
达尔文曾打算在自己有关人类的着述中，进一步谈到面部表情一章。达尔文曾通读了着名心理学家贝尔的一部“极为有趣的”书——《面部表情解剖学和生理学》。贝尔在阐述面部肌肉和呼吸的密切联系的同时，论述到人的某些肌肉只是为了表现某些感情，正因为人类有面部表情才不同于兽类。当然这些观点同达尔文的进化思想是大相径庭的。
达尔文对这个理论很感兴趣，早在很久以前，他就对自己的孩子进行了仔细的观察，经常和达尔文通信的华莱士，对此却产生了很大的怀疑。1867年3月，他在给华莱士写的信中说：“这是我近20多年来酷爱的专题之一，在我计划写一篇关于人类的文章以后，我最好是仔细地研究一下关于感觉表现方面的问题，因为人的面部肌肉的表情动作和感觉的表现方法是从动物也具有的那些感觉的表现中发展来的，而机体的发展原则适用于这一特殊场合。”
1871年1月17日，达尔文看完《人类的起源》的最后校样以后，立即开始写《动物和人类感觉的表现》一书。光是该书的概要就写了三个多月。确实，6月份由于筹备《物种起源》的最新版本，使他暂时中断了该书的写作，但是后来他继续写了下去，并在当年11月和12月就拿到了第一批清样。然而，写这本书，也同他的其他着作一样，要同传教士、不同民族中的人士、医生和生理学家进行大量的研讨。所有这些都得到了证实，但这也致使付印延期。最后校样于1872年8月22日才看完，在同年秋天这本书就问世了。一下子印了7000册，很快就销售了5000多册。
这本书的序言介绍了人的表情问题的历史概况，并指出达尔文所利用的资料：一是对孩子面部表情的观察；二是对精神病患者的面部表情的研究；三是一个受电击而收缩了的老人的面部肌肉照片；四是着名绘画和雕塑大师们的作品；五是对上面提到的不同人种的感觉表现的调查表资料；六是对动物，大部分是家养动物的观察资料。序言在结束时提出一个问题：人类及动物的感觉表现可不可以用同一种原因来解释。在书中，达尔文提出了“一般原理”有效联想习惯的原理。他认为，反射动作，要么是被继承下来的习惯，要么是被自然选择改变了的原始本能。例如，狗在躺下睡觉以前，先转圈子和刨地；幼兽的吸奶动作；马在动身之前，先用蹄子磕地等等。人类的某些动作，即使是受到了克制，但仍然继续表现其感情。
对立原理。在反映两种相对感情时的两组相反动作。例如，一条狗怀着敌意接近另一条狗时，就竖着耳朵，高高地昂起头，直竖起尾巴，目不转睛地盯着，龇着牙，两耳向后紧靠。而见了主人，就弓着身子，摇着尾巴，耷拉着耳朵，眯缝着眼睛，垂下嘴唇等等。再如，人在说“是”的时候，同时上下点头；说“不”的时候，同时从一面向另一面左右摇头。
无意识的、神经系统的影响和习惯等等，属于这方面的有：因恐惧而突然头发变白，因寒冷、烫伤、恐惧而颤抖，因过分激动而发生的肠道或肾脏不由自主地排泄。各种感觉对心脏和血液循环的作用及疼痛的反射作用，如皱眉、出汗、闭气、晕倒等等。
动物为了使自己显得更大更可怕而先发出声音，接着略微鼓起皮毛的现象，以及常常伴随着这些动作发出可怕的声音的现象。接着分析了把耳朵向后拉和把耳朵贴头部，这是用牙齿搏斗的动物狂怒时所常有的表现。
狗、猫和猴子的感觉各有其特色的表现形式。最重要的是研究猴子，因为他同人类所具有的表现有着很多相同之处。达尔文说：“我们要用行动去表达感觉，所以如果躯体始终处于完全静止状态，那就可以认为没有感觉，因为表现的形式主要取决于在一种特定环境下，心情影响头脑而产生特定行为的性质。”
在对成年人各种感觉的表现形式进行分析的整个过程中，还要同时把儿童、傻子、猴子的行为，有时还有其他动物在相同情绪下的行为拿来进行对照、比较和引证。达尔文并没有忘记指出，不同种族所具有的感觉是有相同之处的，尽管有时候也有某些例外。他列举一些事例，比如西方人习惯用耸肩表示不行，而东方人则用摇头表示不行。在表达方式上各地方人也有各地方的说法。
最后，达尔文再次重申了前面有所发挥的一般原理。一些动作因为有益于人们思想的表达而做得久了，就获得了习惯动作的性质。因此这些动作在一定的感觉条件下会重复出现，而且这些动作会在表现很好感觉的时候出现。在相反的冲动下，生活实践也会产生相反的动作，因为行为来源于生活，而又有其特有的发展。此外，也会不以习惯和意志为转移而产生一定的反射作用。随着一定的情绪而产生的那些动作都是能表达情绪的，因为人的动作就为表达自己。达尔文说：“即使一些轻微动作也可以充分表达出人们强烈的情绪。它们在我们的表情方面具有充分的意义，就像退化器官对于一个分类学和有机体谱系方面的自然科学家所具有的意义一样。”达尔文指出以下情况作为重要结论：感觉的主要表现形式，所有人种都一样，也就是说，产生于同一根源。
从人类的祖先继承下来的非常古老的表现有：笑以及在恐惧的时候毛发竖起、颤抖、发呆。属于后来的表现有：哭泣和其他悲伤的表现。达尔文最后概括的一条结论，就是在《人类的起源》里说的：人类是从低级形态开始进化的，所有人种都有共同的起源。
关于人种起源的问题，达尔文对它做了完全独创的解答。他用“性选择”原则做了解释，而这一原则是他早就用来解释动物的第二性征的起源问题。他本人承认，这是一个一向引起他极大兴趣的问题。他把“性选择”原则归结为：性选择的原因就是雄性在为占有雌性而发生的争斗中的竞争，在这一竞争中取得胜利的，是在争斗中战胜其他雄性的雄性，或者是对雌性更有吸引力的雄性。
他的结论是：“在所有对各人种之间以及在某些程度上对人和低等动物之间的外表差异起作用的因素之中，性选择是最积极的因素。”
人类起源于某种低等生物，人类和其他哺乳动物的祖先是共同的，人类各种族也是有其共同起源的，这就是达尔文《人类的起源》的结论。他在最后一章中概括道：“上述观点中有许多观点是很抽象的，有一些观点无疑将是错误的。
但我在每一个个别的场合下，都说出促使人在两个看法中更赞成某一看法的原因。我认为：要下工夫研究，逐渐发展的原则究竟能在多大程度上阐明人类自然史中一些最复杂的任务。错误的事实对科学的成就极为有害，因为它们有时能够在人们的脑里盘踞很长时间，但是，由一定数量的实际论据维持的错误观点，带来的害处就不多，因为每一个人都可以满意地找到证明错误观点的虚伪性那种有益的东西。一旦错误观点的虚伪性被证实，导致错误的道路也就常常被堵塞，而且有时通往真理之路也就同时被打开。”
达尔文以自己的毕生精力，打通了人类认识世界的进化的道路，通过对自然界的探讨，认识了人类本身，在他身后，越来越多的事实补充、完善了他所创立的进化学说，时至今日连教皇也有条件地表示了接受进化的观点。