7月19日，“贝格尔”号到达亚森松岛。在那高低不平的黑色熔岩的表面上，耸立着一个个鲜红色的被切断的圆锥形山丘，这些山丘围绕着一个中心，即一个最大的“绿色”山丘。达尔文第二天早晨的第一个行动，就是登上这个海拔800米的山丘。在所有这些荒漠的山丘上，只有个别地方长了点青草，一些绵羊、山羊、牛和马便在这些青草上放牧。达尔文注意到，这里有很多家鼠，它们比普通的家鼠要小一些。
为了消灭各种老鼠，这里运来了一些猫，但是由于它们繁殖得太快，本身反而成了一种真正的灾祸。
在亚森松岛，达尔文接到了由希鲁兹伯里寄来的一封家信。他的妹妹凯瑟琳在信中说，有一位叫塞治威克的地质学家到了希鲁兹伯里他父亲那里。塞治威克对他父亲说，达尔文将在科学家中间占据显要的地位。达尔文并没有与塞治威克通过信，因此他不能了解，塞治威克是从哪里知道他所从事的事业和他旅行期间的工作情况的。不管怎样，像塞治威克这样一个大地质学家的赞扬，确使达尔文感到愉快。这时候他还相当年轻，因此在读了这封信之后，他便“跳跃着登上了亚森松岛的各座山”，而他的小锤子“也就敲打在山的峭壁上并发出了胜利的响声”。在地质的发现方面，使他特别感兴趣的是他在这里找到的大量“火山炉和这种火山弹多孔构造及其形成的方法”。
眼看只要经过佛得角群岛就可以驶回英国了，由于在“贝格尔”号的器材中，对确定经度存在着一些矛盾，费茨·罗伊认为在回到英国之前，应该把这些矛盾弄清楚，因此下令“贝格尔”号又向巴西驶去，这无疑给渴望早日回国的达尔文和军官们泼了一瓢冷水。
8月1日，“贝格尔”号又在巴伊亚停泊下来，达尔文过去怎么也没有估计到什么时候还能再到这里来。这个美丽的城市及其近郊，在初次看到时曾使达尔文十分赞赏，而现在却已完全失去其新奇的魅力了，更何况那些曾经使风景变得异常鲜艳美丽的红树林已被砍光了。尽管如此，热带风景的那些因素依然未变，所以达尔文在巴伊亚停留的4天中，仍禁不住要把自己对热带风景的印象和感受表达出来。他在写给姐姐苏珊娜的信中说：“我反复推敲着一个又一个的形容词，我认为如果用这些形容词来把我所感受到的愉快心情传达给那些没有到过热带的人，那就显得太无力了。这个国家整个是一个巨大的、野生的、没有修整过的、五彩缤纷的暖花房，这个暖花房是大自然为自己创造的，但却被人所占有……任何一个热爱大自然的人都有一个愿望，那就是如果可能的话，想去看看另一个行星上的风景，这个愿望该是多么伟大啊！但实际上可以这么说，对于每一个欧洲人来说，在离他的家乡只有几个经度远的地方，就有另一个世界的美丽景色。”8月6日，“贝格尔”号向海上出发，以便直接驶向佛得角群岛，可是逆风又阻碍了它的前进。到了8月12日，“贝格尔”号驶进了伯南布哥湾，这是巴西海岸上的一个大城市，位于南纬8°处。
伯南布哥市(现名累西腓)建立在一个平坦的有沼泽的地方。当时雨季尚未结束，洪水淹没了四郊，因此达尔文想做长距离散步的一切尝试都未能顺利实现。他只对形成海湾的礁脉进行了一些研究，在这里他指出了下面一些有生命的海洋机体活动的意义，如制造石灰质小管的软体虫、蔓脚目即带有石灰质小塔和固体海洋藻类(石珊瑚藻)的固着虾。
8月19日，“贝格尔”号终于离开了巴西。在返回英国的路途中，“贝格尔”号颠簸得很厉害，因此达尔文因晕船而十分痛苦。唯一可以引以自慰的是，这是最后一次通往英国途中的漂洋过海了。
8月31日，“贝格尔”号在普拉亚港停泊。9月20日，“贝格尔”号驶抵亚速尔群岛。全体船员上岸访问了一个叫安格拉的小城市，该市坐落在捷尔谢伊尔岛上，居民达1万人。
第三天，达尔文在一名向导的带领下，到这个岛的中心做了一次旅行。那里有一座山，人们把它描述成活火山。那里的风景、植物、昆虫和鸟类在达尔文看来很像威尔士山上的一个地方。达尔文观察了一个叫做火山口的地方，这里热气从裂缝中喷出并作用于周围的粗面岩和熔岩上。而地下力的活动在这里就表现为地震。
第二天，达尔文游览了普拉亚市，这个一度曾是大城市的地方，被地震毁坏后，变成了一个微不足道的小地方。
9月24日，“贝格尔”号在圣米卡埃尔的西岸停泊。1836年10月2日，“贝格尔”号在法尔茅斯抛了锚。达尔文和船员们回到了祖国。