“贝格尔”号从南边绕过马达加斯加后，在纳塔尔附近驶抵非洲海岸，接着在非洲海岸附近的颇为辽阔的海域航行。3月31日，“贝格尔”号停泊于四蒙士湾。次日，达尔文到了离四蒙士湾20海里的卡普什塔德特。在距离卡普什塔德特7海里的地方，有许多幼小的苏格兰云杉林和低矮的叶子发黄的橡树林，这些云杉林和橡树林“散发着一阵阵秋天英国树林的气味”，这些树林使怀念祖国的达尔文感到特别诱人。在卡普什塔德特一个“位于住有各族人的大路上的很大的旅馆兼饭店”里，达尔文费了很大力气才在一所公寓里找到了一个房间。
6月2日，达尔文和通常一样，登上了邻近的一座山，以便观察这个城市和它那些笔直的两旁栽有树林的街道。这座城市不久前还由荷兰人管辖，现在却越来越带有英国的特点。城里除了英国人和荷兰人以外，还有很多法国人和戴着圆锥帽或红头巾的马来亚人、黑人和果天托特人。引人注目的是有许多一前一后两个一列地套着12对犍牛的四轮车。
很少看到也是一前一后4个1列、6个1列或8个1列地套着犍牛的四轮车。紧靠城外有一座高2000米的桌子山，风景很独特。6月4日，达尔文到内地做了一次路途更长的旅行，他雇下两匹马和一个年轻的果天托特人做向导。这次旅行使达尔文了解了非洲南部的植物、土壤、地质构造和动物化石群的某些标本。接下来的一周达尔文是在卡普什塔德特度过的，在这里他结识了一些英国人，使他感到非常满意的是，他结识了约翰·赫瑟尔，因为约翰·赫瑟尔的着作在达尔文的少年时代就给他留下了深刻的印象。
6月18日，“贝格尔”号驶离四蒙士湾向大海航行。7月8日，“贝格尔”号到达圣赫勒拿岛。这个岛“好像一座巨大的黑色城堡一样，陡峭地耸立着”。
达尔文住在距拿破仑墓不远的一个城市里，但他住在这里“并不是出于对这位伟大统帅的兴趣，也不是出于对他的敬仰”，而是由于“这个地方正处在岛的中心，从这里出发到任何地方去都方便”。在他住宿的2000英尺高的地方，气候寒冷而且经常有暴风雨。他写信给汉斯罗说：“这里出现的是真正的暴风骤雨，如果拿破仑的灵魂在他被俘的那个可悲的地方游荡的话，那么这种情况对他那徘徊游荡着的灵魂来说，倒的确是个十分合适的夜晚。”他在信中表现出对祖国的深切怀念。5年的航海生活使所有的人都疲劳过度了，因此他们都期待着能回到英国去，然而这一天他们还没有等到。他请汉斯罗能让他在塞治威克的帮助下成为地质学会的会员，并请汉斯罗先为此事采取一些措施。
在圣赫勒拿岛停留的4天中，达尔文每天从早到晚都在岛上漫游，研究这个岛的地质构造。为达尔文当向导的是一个上了年纪的头发斑白的混血种人，他从前是个奴隶，和一切黑人一样，他也是在圣赫勒拿岛从东印度公司转归英国过程中从奴隶制下获得解放的。达尔文即使在这里也注意到，这里以上的植物都是从英国运来的。这里的鸟和昆虫少得很。英国人只运进了一些鹧鸪和野鸡。达尔文愤怒地指出，关于保护野鸟的法令没有考虑到当地穷人的利益。他们常常从悬崖峭壁上采集一种草，把这种草燃烧后从草灰中提取苏打。可是这种副业却遭到禁止，其借口是：那样的话，鹧鸪就没有地方筑巢了！这里曾经生长过的森林被16世纪初运到这个岛上来的繁殖得很快的山羊和野猪彻底毁灭了。这种情况也影响到了陆生软体动物，达尔文发现有8种陆生软体动物只剩下了空壳埋藏在土壤中，这种活的软体动物已经看不到了，它们是随森林的毁灭而一起灭绝的。