德川纲吉的命令一下后，就有大殿中的老臣——多门传太郎，为长矩恳求道：“十七年前，发生在本丸御用部屋的刀伤事件，当事人双方都受到处分。如果今天惩罚长矩一人，令其即日切腹，未免处分过严，还请主上斟酌斟酌。”当纲吉正在犹豫他下的处决是否过于严厉时，站在一旁的出羽守柳泽保明却说：“君无戏言，既然将军的命令一下，就是不能轻易更改的。”纲吉听到此话后，也不出二言，坚持自己的原判。导致德川纲吉作出决定的另一个重要原因是：他的侧用人——柳泽保明，是吉良家的亲戚，也是纲吉面前的大红人，在他的左右下最终出现了还没有详细调查“刀伤事件”就下令的荒唐之举，作出了如此不公正的判决。对武士而言，切腹是一件十分神圣、庄严的结束生命的仪式，有着很多的规矩。在当时的幕府时期，切腹的习惯是：不问罪行的轻重，只要是大名和旗本，在屋里进行，而其部下则在院子里进行。
虽然浅野长矩犯了大罪，但他依然是穗藩拥有五万三千石俸禄的高贵大名，按照常理应该是在屋里切腹的。可庄田安利却对田村家说“幕府的意思，是让长矩在院子里切腹吧”。于是将罪犯浅野长矩带到了院子里。当长矩被带到院子中后，看到院里铺满席子，中央放着三条草垫，其中铺着毛毯。按照惯例，在切腹的现场要围上竹编的篱笆，但这次没有这样的安排。主要原因是事件发生得太突然，在短短七八小时内，根本没时间去布置这一切。并且所有的切腹都是要在夜晚进行的，这次却改在下午的 6点多钟进行，也破了例。如此仓促的切腹，只为一个原因：幕府中的很多老臣，对纲吉的判决很不满意，正准备以联名的形式，阻止这个荒唐的行为。在这消息还没有传到德川纲吉的耳朵里时，为了保护吉良家的名誉，唯一的方法只有让长矩立即在这个世界上消失，并且越快越好。所以，在柳泽保明的暗中操作下，让事情的节奏发展得如此之快。切腹前，长矩换好全身白色的装束，静静地坐在庭院内。
面对眼前的短刀，他泰然自若，没有遗憾，因为他所做的一切只是为了捍卫自己的尊严，即便是出手伤人也在情理之中。所以，在面对切腹的宿命时，他的心情是平静的，然而他却没有想到，这一刀刺下去引出的却是一段流传千古的义士故事。当长矩将短刀刺入腹中，头颅被砍下时，他年仅三十五岁的生命就这样结束了。他的遗骸，后来由其弟浅野大学带到泉岳寺，举行了葬礼埋葬。因为事发在春天，此后，在每年樱花絮絮落满庭的时节，赤穗城中的臣子个个都会怀着悲痛的心情，祭奠城主的谢世。赤穗位于濑户的内海，与江户相距六百三十公里。
在当时，江户城里的消息要传到赤穗，一般需要半个月的时间。所以，城主切腹自杀的噩耗在 4月 9日才传到赤穗。在消息传来的同时，江户派来的官员也已率领六千人一起抵达，开始全面接收赤穗城。“主君切腹，家名断绝”，城主在受到不公正的对待下，含冤而终，幕府派来的新城主却带着六千士兵，把守在城外，等着接收赤穗。作为穗藩城的首席家老——大石良雄得知此事后，立即下令召集在藩的家臣二百余人，商议对策。面对这样的判决谁能服气，他们不但不服，心中更多的是愤懑。虽然如此，在幕府强大势力的面前，大家还是不敢轻举妄动。与此同时，浅野长矩的弟弟浅野大学也致信大石，让他们暂时不要有所举动。
在这次召集家臣的商讨大会上，在大家议论纷纷之下，大石最终决定不采取任何的抵抗行动，也不采取向幕府恳求再兴浅野家的做法，而是无条件地献出赤穗城，让幕府派来的新城主全盘接手。接手赤穗城的新城主是淡路守胁阪和肥后守木下，他们一到城就下令浅野家的家臣必须在三十天之内解散。于是，赤穗城中三百余人的浅野家家臣分散各地，成为了没有职业的武士，沦落为浪人，大石良雄也是其中的一员。当“刀伤事件”发生后，大石良雄抛弃妻子来到京都，化名为浮喜大尽，成日出没在花街柳巷中，过着糜烂无度的生活，还娶了个风尘女子做小妾。他所做的种种事情引起了众人的议论与不满，好歹也是浅野长矩的旧臣，人们认为他的做法辱没了武士的精神。实际上大石良雄所做的这一切都是有计策的，目的是要消除吉良义央所派的跟踪他的密探相信，自己的意志已经消沉，以此来麻痹吉良的思想，消除他的戒心。因为，大石良雄是个血性汉子，在城主含冤而死，城池被占后，他就立下誓言，一定要为主人报仇，他现在的所作所为如同韩信忍受胯下之辱，为的都是等待时机。
吉良义央在幕府的官场上混了多年，是只狡猾的老狐狸，在浅野长矩切腹自杀后，他一直心有余悸，也知道大石的为人，生怕他会对自己采取暗杀行动，他不仅派人时刻监视长矩生前的忠臣们，还加固了自己的宅邸，将其改建得如同迷宫一般，并加护了守卫。大石的放荡行迹果然让吉良家放心了不少，警惕心也松懈了很多。在当时，浅野家的惨案得到了多方的同情，人们纷纷报名参加报仇的行动。事隔一年后的春天，自愿参加复仇的人数已经到了六十一人，最终参加复仇计划的有四十七名穗藩的家臣。在大石的周密策划之下， 1702年的 7月底至 10月上旬之间，参加复仇计划的义士陆续抵达了江户城。到达江户后，他们各自寻找落脚的地方，分散行动，以免引起吉良的怀疑。
当义士都到齐后，大石与其中的十名义士在 10月 7日离开京都去了海道，2 日，一行人抵达镰仓后，并没有立刻回到江户，而是暂且住在川崎附近的平间村，探听江户的动静。他们在这里住了十余天，发现没有什么异常，又于 1月 5日到达了日本桥石町三段的小山屋，这里是江户最热闹的旅馆区，是个热闹的地方。因为人多，所以很少会引起怀疑。早在同年的 9月 24日，大石就化名为近江豪商垣见左内，以诉讼的名义，住在小山屋的旅馆里。然而这次大石却化名为左内的叔父——垣见五郎兵卫，为监护诉讼而来，其他的十个人都假称是他的亲戚和伙计。大石良雄一行人在小山屋一住就是近两个月，在这期间他们秘密观察着吉良家的一举一动，研究他的宅邸布局，设计最可行的刺杀计划。
直到 2月 2日，大石良雄才在深川八幡前的酒店里招集四十七名义士开会，讨论具体的行动计划。会上大家再次表示决心，并详细讨论了刺杀的地点、时间，以及如果取首级失败后的撤退和防御幕府检察使等一系列的具体措施。最终，将刺杀吉良义央的行动定在了 2月 5日，这次会议也是大家最后的一次集会。5日的凌晨，赤穗城的这四十七名义士在大石良雄的率领下，冒着冬日的寒风，踏着皑皑白雪，全副武装地来到了吉良义央的宅邸——江户本所松坂町。此刻，对他们而言，心情是复杂的，这一刻也是他们等待许久的，城主的冤屈即将被洗净。吉良的宅邸是南北三十四间、东西七十三间的大宅院，义士们分为两组进入大院。第一组是由大石良雄带领并指挥的外门组，共二十三人；第二组是由大石良金带领并指挥的内门组，共二十四人。复仇的队伍先由外门组
义士越墙入内，将看门人缚住，然后打开大门。在“浅野长矩家臣为主君报仇”、“取吉良义央的狗头”的呐喊声中，一群人冲进了屋里。这次行动的目标只有吉良义央一个人，所以对吉良的其他家人，义士们只杀阻挡者，对逃者他们是不追的。在黎明之前，义士们来到厨房，逼迫用人们点起数支蜡烛，瞬间将走廊和房间照得灯火通明，宛如白昼。在烛光的照射下，他们开始了一场持续两小时的大混战。混战中，吉良方面大败，其中战死的有十六人，负伤的有二十三人。义士这方则无人战死，只是有几个受了点儿轻伤。在敌多我寡的阵势中，义士大胜不仅是因为在他们心中燃烧的为主君报仇的热情，让他们英勇顽强，所向披靡，更重要的是，在之前的周密计划中，他们采用了山鹿派兵法——“一向二里”。这种作战的方法是，当一人与敌人正面交锋时，在左右或是背后，会同时出现两名义士，协助作战，在三四人的密切配合下集体战斗，而不是单打独斗。由此可见，大石在策划刺杀活动时的良苦用心。在两小时的混战中，义士们到处搜寻吉良义央，仍然没有找到。忽然他们听见厨房里有人在说话。于是十次郎和次郎左卫门破门而入。在进门的瞬间，突然有器物从黑暗中飞来，接着跳出一人，次郎左卫门一刀将其杀死。
紧接着从黑暗中又有一人跑出来，与十次郎搏斗，也被一刀杀死。当这两人倒地后，屋里还有动静，只见黑暗中一个身影想破窗而逃，被武林唯七一刀斩死。这个被武林唯七一刀斩死的不是别人，正是他们的仇人——吉良义央。吉良义央倒地后，十次郎立即将其首级取下，用白绢包好。在听到早已约定好的吹响“呼子笛”的暗号声后，大家在宅邸门外集合，一起向附近的无缘寺回向院撤退。此时，朝阳冉冉从东方升起，明媚的阳光将大地上的积雪照得光彩耀人，上午，在冬日暖阳的照射下，大石良雄带领着义士们，来到了主君浅野长矩位于泉岳寺的坟前，将吉良义央的首级献上，并一一烧香，祈求主君赐福。报仇大业终于以成功告终。吉良义央被刺杀的消息很快传到了幕府。对如此重大的案件，幕府使用了当时武家法度规定处理。
幕府时代的法律：大名家之间的家臣私斗，大名、旗本、同士的决斗等，以所谓的“喧哗两成败”处理，即双方都要断绝家名。又是因为吉良义央的亲戚——柳泽保明，这个德川纲吉面前的大红人出面，再次维护了吉良家的颜面，得到了宽大处理。而这四十七名杀了吉良义央的赤穗义士，都将以切腹谢罪。从义士们决定复仇的那一刻起，他们就早已将生死置之度外。从复仇成功的那一刻起，他们也明白，生命即将走到尽头。在祭奠了浅野长矩后，这四十七人束手让幕府的差役拘禁，听候判决。即便是英雄也有退却的时候，在 2月 5日晚 点左右，四十七义士中的寺板吉右卫门信行在复仇成功后逃生，即便是这样，他仍然得到了后人的尊敬，仍然被称为四十七义士中的一员。剩下的四十六名自首的志士，被分为四组，押送到四位大名家里看管。4日的下午 2点，监督切腹的官吏们都已到达了四位大名家，而这英勇的四十六名义士也早已各自准备停当，留下了遗言，坦然地走进了切腹场，等待着下午 4点的正式切腹。
最先切腹的是大石良雄，当大石走进切腹场时，潮田又之远在后面大喊了一声：“大家也马上来。”大石回头，看着双目含泪的潮田，坚定地点了点头，在他刚强的脸上，泪水夺眶而出。这是一种胜利的姿态，一种英雄的风范，在他的身上凝聚着武士道的精神和男子汉的气魄。只见大石从容地走向切腹场，整个上半身裸露，右手拿着短刀，向胸口刺去。根据义士们遗书上的要求，大石良雄等十七人在切腹后被送到泉岳寺安葬。晚上 10点，在泉岳寺住持——酬山和尚的主持下，为义士们进行了简单而庄重的葬礼，他们被一起埋葬在主君——浅野长矩的坟墓旁边，生生世世他们都将守护着自己的城主。在日本的历史上，赤穗四十七义士的故事受到了后人的无限崇敬，得到了千古的礼赞。在近三百年的时间里，有关他们的史传、说赞、评传、事赤穂浪士的墓迹、史料集层出不穷，在这个故事中，充满了大爱与大义。他们用自己的鲜血洗刷了浅野长矩的冤屈，弘扬了日本的武士道精神，写出了一个大大的“义”字。