1570年 4月 28日，织田军大队从据点金崎撤出。当夜，浅井朝仓联军三万人抵达金崎附近落寨。为迷惑对手，秀吉仿效诸葛亮来了一出空城计。他命令城中的百姓在街道上生火，把城照得灯火通明，做出大部队还在城中的样子，而自己则率领军队从城中撤了出来，埋伏到敌人的后面，浅井朝仓联军先锋部队见金崎城灯火通明，以为织田军主力还在城中。正当他们犹豫不决的时候，突然受到秀吉部队从后背的攻击，一时之下，浅井朝仓联军分不清情况阵脚大乱。于是，秀吉趁着这个机会逃走了。
直到第二天天亮，敌军才发现金崎城原来是空城，后悔莫及，赶紧追击，但是秀吉早已经逃走了。在这一次战略大撤退之中，秀吉表现出了非凡的才能，不但没有损失一兵一卒，而且成功地保护了信长及大部队的安全撤离。第三年（ 1573）信长经过一段时间的休养生息之后，终于成功击败了浅井长政。在这次战争之中，秀吉一马当先，取得了非常好的战绩，之后秀吉被信长封为近江国今滨城城主，将城改名为长滨城，秀吉终于有了自己的一块地盘，在信长的主持之下秀吉改木下姓为羽柴（羽柴，是取信长的宠臣丹羽长秀和柴田胜家姓中各取一字）。此后秀吉又继续追随信长南征北战，立下非常大的战功。不过值得一提的是，在此期间秀吉还与信长的重臣柴田胜家结下了梁子。
例如在 1576年织田信长和上杉谦信的巅峰对决之中，秀吉受命去支援柴田胜家对抗上杉军，但是秀吉看到了上杉军在越后之龙上杉谦信的指挥之下勇猛异常，眼见胜家落了下风，秀吉一看自己也不是对手，为了避免无谓的牺牲，就主动撤离了，结果胜家在手取川之战中大败，从此两人开始不合，信长在世的时候他们只是进行所谓的冷战，谁也不理谁，等信长一死，两人就刀枪相对地干了起来。随后秀吉又先后参与了攻击松永久秀的战斗。 577年秀吉受命攻略日本的中国地方（这里的“中国”地区是指日本本州岛中西部地区），并被封为播磨国的大名，正式成为一方的国主，从此以后，秀吉开始独当一面。
此后秀吉又受命攻打背叛信长的别所长治、荒木村重等人，终于在 580年分别击垮了别所长治和荒木村重。此后秀吉又受命进攻中国地方的一霸毛利氏，正当秀吉的中国地方攻略初见成果的时候，织田信长手下大将明智光秀在 1582年发动背叛兵变，攻占京都并夜袭投宿在本愿寺的织田信长，信长猝不及防，被迫自杀，这就是历史著名的“本愿寺之变”。信长死后，刚刚初步平定的天下又乱了起来。首先是刚刚被征服的甲斐国武田氏又乱了起来，闻讯而来的德川家康以雷霆万钧之势镇压了各地叛乱，控制了此两国，于是德川家成了关东地区最大的霸主。相模藩国的北条家也很快得知了信长的死讯，立刻与织田家翻脸，组织大军击败了武田在附近的驻军，并且成功地夺取上总和信浓的部分地区，重新成为关东地区举足轻重的势力。显然各路诸侯都忙着在乱中取利，而谋杀了信长的明智光秀也陷入孤立之中，连自己儿女亲家细川藤孝都不愿意与他站在一块儿。
秀吉得知信长的死讯时，信长已死去三天了。而此时，秀吉正处于与毛利氏对立的关键时期，为了防止这个消息外传对自己产生不利的影响，心狠手辣的秀吉干脆把传消息的这个人给杀掉了。随后，秀吉收拾好自己的心情，决定和毛利氏谈判，结束这场战争回去灭掉明智光秀，为织田信长报仇，当然主要是为了他在以后与其他织田家臣争权夺利的过程之中能够占有优势。为了尽快赶回去，秀吉只提出了一个条件，那就是杀掉一直跟自己对峙的毛利氏家臣清水宗治。毛利氏由于当时不知道信长遇刺的消息，就答应了这个条件。结束了战争之后，没有后顾之忧的秀吉军日夜行进，急速赶往京都。到了京都附近之后，秀吉命令部队休整一天，把自己积累的所有财富一分不剩地发给了自己的将士，以金钱来鼓励部下。此时，秀吉全军士气大振，看到三军用命，秀吉大悦，便率军杀向京都。一路上秀吉召集不少的织田家老将，总共集结了近四万军队。
在 11日，也就是信长死后的第十天，秀吉终于兵临城下，打了明智光秀一个出其不意，成功掌握了战场先机，这就是战国历史上的“中国大反攻”。明智光秀得知秀吉攻来的消息后，大惊之下，匆匆迎战，结果大败而归。两天之后，两军又在山崎打响了一场你死我活的决战。由于秀吉军早一步赶到山崎战场，并占领了战略要冲天王山，当天下午 4点，两军在天王山脚下遭遇，经过一天的鏖战，人数占优的秀吉军取得胜利。
眼见军事形势对己不利，明智光秀来不及顾及自己的部队，带领禁卫军逃跑了。守将的逃跑导致明全军无心恋战，秀吉军大获全胜。随后，秀吉又派兵继续咬着明智光秀军的尾巴打，狼狈不堪的光秀在追军的截杀之下只剩下几十人，好不容易算是摆脱了追兵，他打算逃回老巢，以便有机会东山再起。说来这光秀也真够倒霉的，可真是屋漏偏逢连夜雨啊！他走到半路，突然遭到当地土著的攻击，虽然最后光秀的侍卫打退了土著，但是光秀也受了重伤，眼看自己走不动了，为了防止落入秀吉之手遭受羞辱，光秀只好自杀。从本愿寺之变，到明智光秀败死，总共不过十一天时间，后世的历史学家都调侃光秀掌了“十一日天下”。在打败了光秀，为信长报仇之后，织田家几位重臣柴田胜家、羽柴秀吉、丹羽长秀和池田恒兴悉数齐集清洲城，讨论织田家的继承人选问题，当然主要还是为了顺便瓜分织田信长所留下的政治遗产。
当时织田信长共有五个儿子，分别是长子信忠、次子信雄、三子信孝、四子秀胜、五子胜长，在这五子中长子信忠和五子胜长皆死于本愿寺之变，而秀胜是个草包，在本愿寺之变委曲求全，自动被排除在继承人选之外。剩下的合适人选只有信雄和信孝，但是这两人各有优劣，信雄脾气暴虐，嗜杀成性，而信孝虽然聪明伶俐，但是他并不是嫡子。
虽然信雄和信孝都以继承人的身份自居，但是说到底谁具有继承权还是主要靠织田家最有影响力的两位重臣，柴田胜家和羽柴秀吉来决定。柴田胜家提议信孝继承信长的位置；羽柴秀吉却打着维护织田家正统的旗号，主张立已经死去的长子信忠的儿子，当时还仅仅是个婴儿的织田秀信为家督。双方各执己见，互不相让，两个人早就在长期争权夺利的斗争中积累了很大的矛盾，这次更是为继承人的人选彻底翻脸，眼看双方到了剑拔弩张的地步了，这时候一直保持中立的丹羽长秀站出来表示支持秀吉，因为他的借口是秀吉讨灭了明智光秀，为信长报了仇，其他家臣对此也无话可说，于是会议讨论决定立秀信为织田家继承人。
这次会议，虽然表面上仍保持着织田家的团结一致，但是其中却隐藏着很深的政治危机。因为以织田信孝、柴田胜家为首的一群人并不认同这个结果，尤其是信孝，更是恨秀吉入骨。会后，有着共同敌人的信孝和胜家为了对抗秀吉秘密结盟。为了进一步争夺权势，双方又爆发了贱岳之战。在这次战争之中，本来双方是势均力敌，但是秀吉却对部下高喊：“我们打胜了！ ”原来秀吉判断柴田胜家的军队经过这几日的战斗一定已经精疲力竭，当晚必定会在大岩山附近过夜。
于是秀吉又重新拾起了在消灭明智光秀时候所用的那种奇袭战术，指挥军队连赶几十里山路来到敌方的阵营。果然秀吉又顺理成章地取得了胜利。这次战役胜利之后，秀吉军又向柴田胜家发动总攻，最终迫使胜家全家老少近百口人全部自杀。此后，获胜的秀吉还不忘斩草除根，找胜家的盟友秋后算账。最终，织田信孝向羽柴秀吉投降。然而，秀吉不但没有看在死去的主公信长的分上宽恕信孝，反而逼迫信孝自杀。贱岳之战，羽柴秀吉取得了全面胜利，也顺理成章地接管了织田信长生前全部的家业，日本全国近三分之一的地盘都落入秀吉手中，俨然当年织田信长“天下布武”的梦想就要在秀吉的手中实现了。在秀吉取得了织田信长的家业之后，自然引起了日本各路大名的猜忌和防备。为了扼杀这新生的天下霸主于摇篮，大家决心齐心协力共同消灭秀吉，仿效当年武田信玄、上杉谦信等人对于织田信长所采取的政策，组织了新的“秀吉包围圈”。
参加这个包围网的，主要有关东的霸主德川家康、四国的长宗我部元亲、柴田胜家旧部佐佐成政，以及其他的一些势力比较小的豪强。虽然各路人马分布东西南北正好把自己包围起来了，但他们互不统属而是各自为战，而且对手之中也没有当年甲斐之虎、越后之龙这样的厉害人物，所以秀吉并不是很着急，而是从容应付，采取各个击破的战术。这些对手之中最具有威胁性的自然是德川家康。当年本愿寺之变后，德川家康趁着这个千载难逢的机会回到老巢三河，立刻起兵到各地抢占地盘，先后又将甲斐、信浓和尾张藩国收入麾下，势力急剧膨胀。家康原本打算趁乱再进一步扩展，但是没想到秀吉这么快就击败明智光秀，重新稳定了局势。虽然由于秀吉的强势，德川军只得退回三河，但是德川军的实力还是非常强的，所以在众多反对势力中，最使丰臣秀吉担心的就是德川家康。
而这时候，织田信雄也希望能借重德川家康之力，推翻秀吉拥立的织田秀信，立自己为家督。于是两人一拍即合，联合共同反对秀吉。 1584年双方展开了史称“小牧 ·长久手之战”的决斗。此战之初拥有兵力优势的秀吉军直扑德川领地三河，但是途中却遭到德川军伏击，秀吉手下大将森长可战死，无奈之下秀吉只得撤兵，改为攻击织田信雄，信雄不堪一击被迫投降。此后双方谈和，家康与秀吉达成和议，家康把儿子秀康送到秀吉的首都大阪作为人质，两年后的秀吉将他异父的妹妹旭姬嫁给德川家康，于是家康正式臣服秀吉。搞定家康之后的第二年，秀吉派遣秀长、小早川隆景等将领攻打刚统一四国的长宗我部元亲，利用兵力的差距迫使其归降。此外，秀吉派重兵攻打越中国佐佐成政，开战后派大军包围，成政不战而降。由此，羽柴秀吉终于统一了日本。
1585年，秀吉再一次改姓藤原，升任代表朝廷最高权势的“关白”一职，晋升关白后的翌年，就在后阳成天皇即位的那一天，秀吉晋升律令制度下的最高官位“太政大臣”，后来他又让天皇赐封自己丰臣这个姓，于是他又成了丰臣秀吉。丰臣秀吉统一日本后，也算是治国有方，多年战乱的日本一时间国泰民安。丰臣秀吉以秋风扫落叶之势，迅速地统一了日本，使他后来的野心日益膨胀。
也许是因为丰臣秀吉出身低微，思想上没什么条条框框，不像日本社会上层人士那样对中华文化奉若神明；也许是他看到明朝海防的废弛和当年倭寇的任意横行，以为明朝软弱可欺。总之，不知道他哪根神经出了问题，竟打算入侵当时大明的附属国朝鲜，并打算以朝鲜为跳板入侵大明。说来也可笑，此时的丰臣秀吉有些歇斯底里，他在给家人的信中说，他很快要到大明国的宁波府丰臣秀吉戎装画像居住，因为那里离印度较近，便于他指挥征服印度的战争，他甚至还打算迁都北京，让天皇在北京居住。而日本人似乎只知道，他们是跟随丰臣秀吉统一日本的精锐部队，十几年中未尝一败，他们拥有当时世界上技术最精良的火枪部队，他们还占有朝鲜最坚固的城池。自诩为日本最精锐的军队将士们并不知道，他们面前的对手，是一支云集了大明军事精英的豪华阵容。比如，曾在东南沿海荡尽倭寇的戚家军，在辽东黑土地上痛击鞑靼人的辽东精骑，这都是在沙场上百战百胜的健将，日本人此举显然是以卵击石。1592年，丰臣秀吉亲率十八万大军发动入侵朝鲜的战争。朝鲜迅速沦陷，于是朝鲜国王向大明求援。当年明大将李如柏率四万明军进入朝鲜，与日将小西行长加藤清正所率日军激战，收复汉城
丰臣秀吉返回日本，留小西行长等留驻朝鲜南端。日本与明和谈，但因立场差距太大，和谈破裂。五年之后的 1597年，丰臣秀吉再派水陆军十四万进入朝鲜，决心与明帝国见个高低。但是明军在将领邢玠、邓子龙的率领下，大破日军，丰臣秀吉征服朝鲜的梦想彻底破产。对外战争的失败使得丰臣秀吉一下子蔫了，从此一病不起，终于在 1598年气病而死。日军也被迫完全撤离朝鲜。丰臣秀吉逝世后，丰臣政权发生了严重的危机。丰臣秀吉死的时候，他的儿子秀赖还只是个六七岁的孩童。秀吉临终前嘱托前田利家辅佐幼主，待秀赖成年后奉还大政。但是计划没有变化快，在秀吉死后的次年，前田利家突然病逝。德川家康一看有机可乘，趁秀赖年幼无助，决定取而代之。 1601年 9月，德川家康通过关原之战打败了丰臣氏，将中央政府从大阪迁到江户。 1603年，德川家康在江户设立幕府。 16 05年夏，德川家康再次突然向大阪发动攻击，大阪城破后，丰臣秀赖自杀。丰臣氏灭亡。日本结束了战国时代，正式进入历时两百多年的江户幕府政权统治时期。