特别行政区制度作为我国的地方政治制度之一，其特殊之处还在于，可以实行不同于宪法规定的国家主体部分实行的“社会主义制度和政策”，而保持原有的资本主义制度和生活方式，五十年不变。具体表现在：实行不同于主体地的资本主义社会制度 特别行政区制度的实行，使中国这个社会主义国家出现了一块“资本主义的自留地”或“政治特区”。在这个区域实行的民主制度与大陆主体的民主制度性质不同，产生的渊源、背景、基础及运作的规则都不一样。大陆的人民民主专政的社会主义制度不在特区实施，大陆的立法主导的人民代表大会制度不在特区实施。特区实行司法独立、行政为主导、行政机关和立法机关互相配合、互相制约的模式。
；实行不同于大陆的经济制度 基本法规定，特区依法保护私有财产权，而私有制是资本主义经济制度的基础。特区实行独立的财政税收制度和货币金融制度。；实行不同于大陆的法律制度一般而言，单一制国家应有统一的法律体系。然而，特区实行的法律制度及独立的司法权对这一说法提出了挑战。大陆法系与英美法系的区别会存在于大陆与香港之间。司法制度方面独立的司法权和终审权表明了香港、澳门与大陆司法权和司法体制的差异。特区司法系统与国家司法系统没有领导与被领导、监督与被监督的关系，它拥有自己的终审法院。；为了保障特区生活方式不变，特区实行的保障居民权利自由的制度不同于大陆。 权利自由的主体是居民而非国民，权力自由的内容更广。
造成这些制度差异的原因在于：香港、澳门在回归祖国前，分别受英国、葡萄牙政府的管辖，时间长达百年以上，英葡将不同于中国的政治社会制度移植其中，并经历时间溶化，成为当地居民生活的组成部分。
3享有权力的超越性
特别行政区制度作为地方自治制度，在设立的目的出发点、指导思想和法律依据上与我国的民族区域自治制度有很大区别，而更大的差异还表现在他们所享有的自治权上。一般而言，特别行政区享有的权力具有两个特点：第一，享有权力的范围更广。特区除了国家的国防、外交和其他国家性事务外，在立法、行政、司法和一些对外事务上享有很高的自治权，这是民族区域自治地方所不能比的。第二，享有的权力程度更高。立法方面，特区可以根据基本法规定并依照法定程序规定，修改和废除法律；而民族自治区必须维护国家法制的统一，适用全国性法律，在此前提下根据本地具体情况变通，制定自治条例、单行条例及地方性法规。行政方面，特区可以在保护私有财产权的基础上，实行独立的财政制度、独立的税收制度和货币金融制度，有自己的非人民币的法定货币，其发行权属于特区。这些权力是国家整合所不可缺少的，不仅民族自治区不曾享有，就是世界上其他国家几乎从未下放过。司法方面，特区享有独立的司法权和终审权。也就是说，法院只服从特区的法律，不受内地法院的审查监督和业务指导。特区设立终审法院，行使对案件的终审权；民族自治区则不一样，其自治地方的人民法院和人民检察院不属于地方自治机关，仍属于全国法院和法律监督系统的组成部分，受上级的监督或领导制约，且法院无终审权。对外事务上，特区在中央授权下可以自行处理有关对外事务，包括签定和履行协议、参与某些与己有关的外交谈判、参加国际会议等，但必须以“中国香港”或“中国澳门”的名义进行，这些是民族自治区所不享有的。特区享有的涉及国家内部统一的行政、司法管理权，不仅在许多联邦制成员国中少见，在世界上也绝无仅有。
（二）特别行政区制度的优点
1特别行政区制度成功地解决了中国历史的遗留问题，促进了国家的统一
在“一国两制”方针的指导下，现行宪法确立了中央与特别行政区的新型中央与地方的关系，这是人类历史上解决历史遗留问题的一个创举。香港和澳门这几年来的成功实践表明，这种新型的中央与地方关系符合特别行政区的实际，有着强大的生命力。并且，这一制度的成功实践，也对台湾回归祖国产生示范效应。当然，台湾问题与香港和澳门问题的性质有所不同，在台湾设立特别行政区，应当较之香港和澳门具有更大的灵活性和更多的变通之处。 邓小平说：“祖国统一后，台湾特别行政区可以有自己的独立性，可以实行同大陆不同的制度。司法独立，终审权不须到北京。台湾还可以有自己的军队，只是不能构成对大陆的威胁。大陆不派人驻台，不仅军队不去，行政人员也不去。台湾的党、政、军系统，都由台湾自己来管。中央政府还要给台湾留出名额。”参见《新华月报》社编：《新中国五十年大事记》（下），人民出版社1999年板，第700页。
2特别行政区制度最大程度地实现了社会主义制度与资本主义制度在一个国家范围内的正确结合
自新中国成立以来祖国大陆已经建立起比较巩固的社会主义制度，而台湾、香港和澳门则实行资本主义制度。两种社会制度的差异乃至对立，是实现祖国和平统一中不可回避的历史课题。因此，历史条件造成的复杂状况表明，以某一种制度统一中国并不现实。特别行政区制度就是从实际出发，在大陆坚持社会主义制度的前提下，特别行政区实行资本主义制度，并坚持社会主义制度是主体。这是一个能够照顾各方面利益的和平统一方案，最大程度地实现了社会主义制度与资本主义制度在一个国家范围内的正确结合，是一种具巨大包容性的制度设计。
3特别行政区制度为香港和澳门继续保持繁荣稳定提供了根本保证
实践证明，特别行政区制度保持和促进了香港和澳门的繁荣和稳定，实现了国家主权的统一，并且实现了地方政治制度统治和公共管理的双重职能。邓小平曾说：“对香港的政策不变，对澳门的政策也不变，对台湾政策按照‘一国两制’方针解决统一问题后五十年也不变。”《邓小平文选》第3卷，人民出版社1993年版，第218页。特别行政区制度将保持长期不变，这为继续坚持“港人治港”、“澳人治澳”、高度自治提供了制度基础，为继续保持香港和澳门长期的繁荣稳定提供了根本保证。
宪法第31条把不同制度的地区融入同一个国家体制，可以说是世界罕见的创举。1982年宪法通过第31条授权全国人大实现“一国两制”的构想：“在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。”
我们希望，这对于一个国家的制度改革、交流与进化是有益的。尽管中国设立了特别行政区，而特别行政区所享有的权力又是空前的，但是这并没有改变中国单一制国家的性质，中国仍然是一个单一制国家，只是其包容性大大扩大了，成为一种可以包容实行资本主义制度的特别行政区域的单一制。随着改革开放的不断深入，尤其随着“一国两制”在台湾地区的实施、国家统一大业的最终完成，中国的国家结构还将进行更大的调整，这将使中国的国家结构形式更为完善。有关中国的国家结构形式，可参见童之伟：《国家结构形式论》，武汉大学出版社1997年版；朱光磊：《当代中国政府过程》，天津人民出版社1997年版；林尚立：《国内政府间关系》，浙江人民出版社1998年版等。中国在短短几十年创造的发展奇迹，已经充分证明中国创建的民主政治发展道路，是符合中国的实际和发展需要的，是符合中国绝大多数人民根本利益的。中国人民将继续坚持和继续发展完善这一制度，直至实现中国的现代化和中华民族的伟大复兴。
（执笔人：唐莹莹，北京联合大学人民代表大会制度研究所助理研究员）