中共敏锐地认识到戴季陶主义对国民革命的危害。戴季陶主义一出笼，陈独秀、瞿秋白、恽代英等便在《向导》、《政治周报》和《中国青年》等刊物上发表文章，对其加以批判。瞿秋白指出，戴的“理论上是所谓建立纯粹三民主义的中心思想，实际上是反对左派，反对阶级斗争，反对C.P.的跨党，甚至于反对C.P.的存在之宣传”。“实质上是资产阶级的民族主义”。中共于1925年9月召开的中央扩大会议也指出：“最近戴季陶的《国民革命与中国国民党》小册子所代表的右派国民党思想的发现，可以说是四个月来民众的革命化的直接的结果。”中共集中批判了戴季陶要求无产阶级在统一战线中放弃阶级斗争的理论，指出：“我们乃是唯物史观论者，决不是空想家，因此我们不但不否认中国民族争斗的需要，而且深感这个需要异常迫切，并且在事实上可以证明我们在民族争斗中的努力，不见得比你所谓单纯的国民党党员更少。”“因为殖民地半殖民地的经济命脉大半操诸外国资本帝国主义之手，国内军阀又从而破坏之……只有因缘帝国主义及封建军阀而生存的大商买办阶级和地主阶级，民族的资产阶级在客观上很难发展。因此，在殖民地半殖民地，决不会有欧洲式的资产阶级民主革命实现出来”，而“当以工农群众的力量之发展与集中为正比例，而工农群众的力量，又只有由其切身利害而从事阶级的组织与争斗，才能够发展与集中。因此，在殖民地半殖民地主张停止阶级争斗，便是破坏民族争斗之主要的力量”。而且中国革命的事实也证明：“工人农民阶级的觉悟愈高，阶级的斗争愈有力量，他们参加国民革命的力量和反对帝国主义者的政治觉悟也愈高。”如果停止这种斗争，“便是上等阶级要利用农工群众的力量来达他们的目的，却不准农工群众自己有阶级的觉悟”。当然，不可把它“和社会革命劳农专政实行共产并为一谈”。中共批判了戴季陶诉诸治者阶级“仁爱之心”的空想，指出一个实际争斗的政党，不能采用这样幻想的策略。瞿秋白指出：“戴季陶虽然理论上反对阶级斗争，主张资本家的仁慈主义，然而他在实践方面——发行那《国民革命与中国国民党》的小册子，自己就实行思想上的阶级斗争，不过是资产阶级压迫无产阶级的一种斗争罢了。”
中共还批判了戴季陶反对国共合作的“共信不立”，“互信不生”论。陈独秀指出：“政党的政治理想与政策应该建立在社会的事实需要之上”，因此“国民党的共信，只有对外谋民族解放，对内谋政治自由，换句话说，就是打倒帝国主义打倒军阀。三民主义若仅仅是一个抽象名词，也可以做国民党的共信，倘加以具体的解释，便不能成为公信，因为具体的解释三民主义，不能免阶级的不同见地；无产阶级的阶级争斗说若不能做国民党的共信，资产阶级的劳资协调说也不能做国民党的共信，因为国民党不是一个阶级的党……而是各阶级联合的党，那么，于共信之外，便应该有别信存在”。否则，“分明是想把全党中各阶级的分子成为某一阶级化”，“是促现在各阶级混合的党改变到资产阶级一阶级的党”。陈独秀还指出，“以国家和民族的需要为中心，一面排斥官僚买办阶级派之反革命，一面排斥无产阶级派之阶级争斗说，代以劳资调协说，以仁爱说欺骗工农群众，使他们安心尽那无权利的义务，为资产阶级的民族运动牺牲，这显然是各国民族的资产阶级政党之共同的理论，”不是季陶先生所独创，只是在半殖民地半封建的中国有些失之稍早，“中国的资产阶级处于半殖民地的地位，实际上不能不联络国际无产阶级以抵御‘共同的敌人帝国主义”，戴之理论，“其结果是为买办阶级的力量所利用，完全到右派及帝国主义一方面去”。
国民党左派也支持中共对戴季陶的批判和斗争，许多国民党人都一致反对戴季陶的主张。国民党江苏省党部接受中共党员侯绍裘的倡议，通知各级党组织进行批判；同时致函广州中央执行委员会，请求查禁戴季陶的小册子。何香凝针对戴季陶等右派的反共言论，指出：“平心论之，共产党的主旨，是要使一般无产阶级得到解放，不可谓不公平。”广州、北京、武汉等地群众烧掉数万册戴季陶的小册子。10月17日，国民党中央执行委员会针对戴季陶的言行，发出训令，要求各党员凡关于党之主义与政策之根本原则之言论，非先经党部议决不能发表。无怪乎戴季陶自己也承认：“这一个小册子发行以后果然生出很大的攻击和迫害来，共产党的人一致对这本小册子下总攻击，这是必然的运命，也是当然的行动，无足怪的。然而国民党的当中……亦复一样对这本小册子下总攻击”。以至于使戴及其同伙“一半是忍泪吞声，一半是委曲求全”，“在当时竟不能收圆满的效果”。
正是在这种形势下，国民党左派与中共联合召开了国民党第二次代表大会，对国民党新老右派即西山会议派和戴季陶主义进行了清算和斗争。
国民党二大与陈独秀对国民党右派的让步按照国民党党章规定，全国代表大会每年举行一次。由于孙中山北上及逝世，国民党一届三中全会决定于1925年9月15日召开二大；后因“军事忙碌”和交通阻隔，又将会期延至1926年1月1日。而当湖北、四川代表团于11月底到达广州时，大会的准备工作几乎已停止进行。身为国民党中央政治委员会主席的汪精卫，“愁眉苦脸地”对吴玉章说：“大会恐怕开不成了！”此时，西山会议派正在北京开会，并造出种种谣言，想使二大不能召开。中共意识到，这次大会是“组织力量反击右派猖狂进攻的一次重要会议。假使大会开不成，那就会大大助长西山会议派的气焰，对革命将带来十分严重的恶果。”国民党有解体之虞，国共合作也有破裂之险。汪精卫等束手无策，中国共产党人决定全力以赴帮助国民党按时召开大会。在中共的督促下，国民党中央召开会议，任命中共党员、老国民党人吴玉章为大会秘书长，开始加速进行筹备工作。吴玉章后来回忆说；“那时毛泽东同志和周恩来、聂荣臻、萧楚女等同志都在广东工作，”还有陈延年、董必武、林伯渠、恽代英、张太雷等。“大会的筹备工作，就是由我和这些同志商量，分头进行的。”依靠中共的努力，筹备工作进展迅速。加之当时第二次东征在国共两党合作下刚刚取得胜利，广东根据地实现了十几年来的第一次统一，各界民众情绪高昂，这给大会的召开提供了一个非常有利的客观条件，并给了大会以重要的影响。
1926年1月1日，国民党“二大”如期胜利召开。到会代表256人，来自全国各地和重要单位的党部以及海外各地，其中中共党员和国民党左派约占3/5。由于国民党右派骨干已经离开国民党中央，就使大会能够顺利进行，从而促使国共合作进一步深人发展。
大会正式开会的第一天，首先通过《谨以至诚接受总理遗嘱并努力以履行之》案，并于次日在广州越秀山最高点奠基建立纪念碑，这给整个大会的进行定下了基调：即继续坚持一大制定的路线，实行孙中山革命的三民主义，联俄联共扶助农工。其集中表现就是大会所通过的《中国国民党第二次全国代表大会宣言》。“宣言”坚持国民党一大宣言的基本原则，正确分析了“世界之现状”和“中国之现状”，明确指出中国革命的当前任务：“其一，对外当打倒帝国主义。其必要之手段：一日联合世界革命之先进国；二日联合世界上一切被压迫之民族；三日联合帝国主义者本国内大多数被压迫之人民。其二，对内当打倒一切帝国主义之工具，首为军阀，次则官僚、买办阶级、土豪。其必要之手段：一日造成人民的军队，二日造成廉洁的政府；三日提倡保护国内新兴工业；四日保障农工团体，扶助其发展。”大会经过激烈的争论，通过了《弹劾西山会议决议案》，“认定此等举动纯属违法，并足以危害本党之基础，阻碍国民革命之前途，非加以严重之处分，不足以伸党纪而固吾党之团结”。宣布开除谢持、邹鲁的党籍，书面警告居正、石青阳、叶楚伧等，要他们限期悔过，否则开除党籍；训令戴季陶“促其反省，不可再误”。并对参加“同志俱乐部”和段祺瑞“善后会议”的右派分子也给了纪律处分，这就打击了右派反动气焰，维护了国共合作。
大会最后进行选举。在当选的36名中央执行委员中，中共党员有7名，国民党左派14名；24名候补中执委中，共产党员有7名，左派8名；12名中央监委中共产党员有2人，8名候补监委中共产党员有3人。中共党员占中执、监委员总数的1/4，比一大有所扩大。特别在监察委员中，中共也占了1/5，在随后召开的二届一中全会上，林伯渠、谭平山、杨匏安又被选为国民党中央常委，这说明中共领导已进入国民党最高领导层。中国共产党及其同路人的势力，已足以控制国民党最高党部。
但是在这胜利当中却隐藏着深刻的危机。中共内部的矛盾、国民党内部的矛盾和国共两党的矛盾，都给这次大会留下了深深的痕迹。首先是中共内部的矛盾，即中共中央与中共广东区委以及苏联顾问鲍罗廷在怎样对待国民党中派和部分右派问题上产生的分歧。原来在五卅运动后期，资产阶级、小资产阶级相继退出运动，工人阶级呈现孤军奋战之势，不久便被奉系军阀武力镇压下去。同时在北方，吴佩孚攻取河南，冯玉祥国民军遭受挫折，郭松龄倒戈失败，国民革命暂时转入低潮。这种局势就给在上海的中共中央领导思想上带来严重影响。他们一方面更加认识到国民革命统一战线的重要，更加珍视国共合作，千方百计维持国共合作而不使其破裂；另一方面却希望用退让的方法来实现这一目的。因此而制定了“团结左派，联络中派，打击右派”的政策。他们先是在1925年10月召开的中共中央扩大会议上提出“把中共从左派中区分出来”的理论，实行所谓“办而不包”的策略，以避免国民党右派攻击中共包办国民党。接着11月下旬又与孙科、叶楚伧、邵元冲谈判，达成“七点协议”，号召团结支持广州国民党中央及国民政府；表示中共以国民革命为中心任务，继续与国民党共同努力，但不包办国民党事务，并动员他们回广州参加二大。中共为落实“七点协议”，还派出张国焘担任中共参加国民党二大党团负责人，争取少选共产党，多选国民党中、右派，尽可能把各方面人物都包罗进去。而中共广东区委陈延年、周恩来和苏联顾问鲍罗廷则根据中共在广东的实际情况，认为“国民党左派与中共仍应向右派势力进攻，以期广东局面获得进一步的巩固；此时决不应退让，因为退让政策会助长右派的气焰。”鲍罗廷“承认摇摆不定的中派占多数，但反对以向右派让步的方式，去联络中派。他主张强迫中派追随左派，要他们无条件的拥护国民政府和广州的国民党中央。他讥讽中共中央与孙科、叶楚伧、邵元冲等所成立的协议是要不得的安抚政策。”为此，他们在二大前夕确定的政策是“打击右派，孤立中派，扩大左派。”他们“计划在大会上公开开除戴季陶、孙科等人的党籍，在中央执委中我们党员占1/3，少选中派，多选左派，使左派占绝对的优势。”这实际是符合当时广州国共两党力量对比情况的。然而由于中共中央的退让政策，“在选举上，向右派作了极大的让步。结果，36个执委中，共产党只有7个，比我们原来计划的少了将近一半……右派、中派却有15人。
右派孙科、戴季陶、胡汉民、伍朝枢、肖佛成等都当选了。在监委中，右派更是占了绝对优势。……结果成了右派势力大，中派壮胆，左派孤立的形势”。
国民党左派本是由工农和小资产阶级组成，小资产阶级由于其经济地位薄弱，本身相当脆弱，需要和无产阶级团结在一起，才能形成一个雄厚的力量。尤其是国民党左派失去廖仲恺后更加脆弱，中共稍示退让，左派即有被瓦解的危险。汪精卫敏感地感到这一问题。二大还没有结束，汪精卫就问中共还支持不支持他。认为：“中共在这次大会中采取消极态度，不愿卷入国民党的斗争，有不支持左派的倾向。”
由于中共退让，左派孤立，国民党右派的势力开始回升。其中最值得注意的是尚处于中派地位的蒋介石与右派勾结，开始向新右派转化。会议进行中，蒋介石与张静江频频会谈；特别是孙科“代表右派回到广东，把蒋介石的腰撑起来了。”孙科一回到广东，立即赴黄埔与蒋介石会谈“团结本党办法”，于是蒋介石便在会上讨论对西山会议派的处置办法时“尽力想法予以阻止”，提出大会暂勿讨论西山会议案，可延至下次全国代表大会再行讨论，想用拖延的办法保护右派。并推出汪精卫向代表们游说，要求从轻处分，结果把“弹劫案”原提议“暂时开除党籍一年”的居正等7人全部改为同张继等人一样的“书面警告”。在参加大会过程中，蒋介石又发出“环境又渐恶”的叹息，并告诫自己，“如不猛策，失败即在目前”。同时，汪、蒋的矛盾也发展起来。汪精卫在会上竭力把自己的势力安排到党内，在“新当选的中执委中汪派20人……中央常委9人，汪……占3人”。中央党部各单位负责人中也多是汪派人选。这就与权力欲极强，并且势力已经膨胀起来的蒋介石产生了矛盾。经过两年经营的蒋介石这时已能踌躇满志地对黄埔学生讲：“本校是本党的中心，且是本党的基础，再推广一点讲，也就是全国的革命中心所在地。”他已经羽翼丰满，开始准备夺权了！
这样，国共两党的矛盾，不仅没有由于二大得到消除，反而更加恶化。