河野中将率领包括增援兵力在内的重巡洋舰4艘、轻巡洋舰2艘、驱逐舰6艘于21日从幌筵出击，准备接近阿图岛相机行动。然而，到了29日却收到了守备队长山崎保代陆军大佐的电报，报告了销毁机密文件，破坏了无线电报机和用残存部队做最后突击等情况。从那以后同该岛的联系就断绝了。驻该岛部队约2600名，其中有海军部队140名。经常被派往该岛的第五舰队参谋江本弘中佐和数名无线电报务员也在其中。
5月31日，美军发表了完全占领阿图岛的公报。
该岛于昭和十七年6月7日被日陆海军部队占领，改名为热田岛。按占领当初的计划，日军只在当年夏季占领该岛，以后，应从岛上撤退。但中途岛之役失败以后，出于政治战略的考虑，对该岛改为长期占领，为建设该岛，守备队曾煞费苦心。可惜不到1年竟不得不演出一场死战的悲剧。
对于远方的孤立岛屿，即使占领也很难维持。对这个问题如今有了新的认识。从地图上看，确实构成了一系列不败的态势，但是，只要日军缺乏实力，那么，这只不过是画饼充饥而已……实际上，第三阶段作战，在其计划刚一提出时，防线的北端就已经被打破了。
三、有美军开始登陆
阿图岛陷落以后，古贺大将放弃了让联合规队主力在北方海面出动的念头。他下令集结于东京湾内的大部分兵力留在内地进行训练，另一部分兵力再次进出于特鲁克待机行动。在航空母舰部队中，小泽中将直接率领的第一航空战队继续在内地训练，第二航空战队新司令官酒卷宗孝少将取代角田中将。在酒卷少将指挥下，该航空战队再次到特鲁克地区活动。
酒卷少将系航空兵出身，曾任航空母舰舰长，此前不久曾任基地航空舰队参谋长，是一位在腊包尔和瓜岛指挥过作战，历经战斗的军官。比司令官稍前到任的首席参谋安延多计夫中佐也是一位航空母舰干部出身，是一位老练的驾驶员。这样一来，冈村自从在航空母舰部队任职1年零2个月以来，第一次感到如释重负。以前，角田司令官和两位首席参谋都没有从事过飞行专业。
冈村如今不在惴惴不安了。6月10日冈村奉命到特鲁克去，冈村这次乘坐的是水上飞机。飞机即将起飞时，冈村半开玩笑地对司令部时人们说：
“清一色的飞行专家凑在一起，进行空战倒很好，这回军舰可叫人不放心了。希望不要让别人叫你们旱鸭子。”
这并非是多余的话，冈村的预言果然应验了。旗舰“飞鹰”号在10号那天从横须贺港出航向特鲁克航进途中，于当天晚上在三宅岛东方海面遭到敌潜水艇鱼雷的攻击。当时。舰上的人们被弄得束手无策，旱鸭子出尽了洋相。只是在救援部队帮助下才勉强返回横须贺。
当时，所罗门方面，连日来有美军大编队前来袭击肖德兰岛和门达岛，出现了不稳定的局面。鉴于这种情况，人们焦急地盼望酒卷部队早日到达特鲁克。然而，当时在濑户内海西部进行训练的小型航空母舰“龙凤”号却重新编到第二航空战队去了。在这以前，小型飞机的调动都要用航空母舰运载。结果，“飞鹰”号的飞机就要由“龙凤”号运载了，但整个机队（约60架）无论如何也是容纳不下的。
酒卷少将下决心通过空运来调动飞机。对于军舰来讲他是旱鸭子，可是在飞机运输方面他却满有信心。于是按横须贺硫黄岛，硫黄岛-提尼安，提尼安-特鲁克三个阶段，成功地调动了“飞鹰”号的全部飞机。这种调动小型飞机的方法是前所未闻的，但调动得十分出色。“龙凤”号载好舰员去追赶飞行队。
酒卷部队刚在特鲁克集结，所罗门方面敌军活动日趋激烈。我军撤退瓜岛已经3个多月了。美军在这期间已做好了下次进攻的准备了吧？
配备在这一方面的基地航空部队所属第二十五、第二十六航空战队连日来同以瓜岛为基地的美国空军作战。美日双方各有70到30架飞机，这在当时已算是大规模的空战了。
6月下旬以后，美机频繁地对日军设在所罗门群岛中部的门达机场进行侦察。6月29日夜，美军对日军设于腊包尔、卡维恩、布因等地的航空基地彻夜进行空袭，30日上午零点用舰炮射击肖德兰、巴拉列门达，零点50分开始在门达西南的伦德巴岛登陆。
草鹿任一中将指挥的基地航空部队和舰艇部队全力进行反击，但始终未能将美军赶出该岛。
古贺长官对事态极为重视，他命令当时在特鲁克的第二航空战队的飞行队在酒卷少将指挥下，向腊包尔，而后向第一线布因出击。
酒卷少将动用了可能使用的全部兵力，即战斗机48架，舰载轰炸机36架，舰载攻击机18架，还编入若干预备飞机，7月2日以后，从特鲁克和腊包尔先后出击，此外，还从上述两地率领全部飞机出入于布因基地，在此飘起将旗。
古贺大将5月下旬以来一直留在内地，8月15日，发布了“第三阶段联合舰队命令”以后，于8月23日再次进出于特鲁克，观察伦德巴攻防战的进程。
四、“第二航空战队没有飞行队”
当时，在所罗门方面任东南方面舰队司令长官兼第十一航空舰队司令长官的草鹿任一中将将司令部从腊包尔迁至布因，全面指挥航空作战；上野敬三少将指挥的第二十五航空战队以腊包尔的布纳卡纳乌机场为主基地，主要用陆基攻击机作战；上坂香苗少将指挥的第二十六航空战队以腊包尔为供应基地，以布因为作战基地与瓜岛的美国空军相抗衡。
酒卷少将抵达布因后，同第二十六航空战队相配合，当即参加激烈的空战。基地航空战的特点是以战斗机为主进行战斗。此前航空母舰部队所经历过的多次海上航空战则以击沉敌航空母舰为主要目的。只要达到这一目的，海战的胜利便唾手可得。由此可见，起主要作用的是使美军航空母舰失去保证飞机起飞能力的俯冲轰炸机，而能够制美军死命的则是鱼雷轰炸机。战斗机在援护俯冲轰炸机和鱼雷轰炸机攻击队方面是绝对必要的，但它并没有决定海战胜负的力量。
然而在基地航空战中敌军的飞机是主攻目标。这跟海上战斗不同，即使轰炸了敌军的基地，也几乎达不到消灭敌机的目的。因此，飞行员连同飞机一起葬送掉的空战对于整个空战以及在其保护伞下进行的地面战斗、舰队战斗起着决定作用。过去的战例明显地告诉我们，海上战斗中，受害最大的是俯冲轰炸机和鱼雷机。然而，基地空战中，因为要自始至终地拼杀，损伤最多的是战斗机，攻击地面目标或舰船时，可根据攻击目标的大小决定使用轰炸机的数量。然而，在实行援护的时候，情况却不一样，即使被援护的飞机只有几架，美军战斗机也不多，担任援护的战斗机也必须有足够的数量。当时在所罗门方面的空战中曾定下一条原则：为援护其他机种，最少也要使用48架飞机。
以伦德巴攻防战为契机，从6月30日打响了此种基地航空战。首先是当天上午9时，27架墓地航空部队的战斗机在伦德巴岛上空进击，同大约40架敌机交战。敌机过半数（23架）被击落。接着，于下午1点35分，由陆上攻击机26架，战斗机24架组成的攻击队强袭伦德巴泊地，陆攻队断然进行鱼雷攻击。据报告鱼雷击中轻巡洋舰和驱逐舰各1艘，美军运输船被击沉（美国方面确认运输船被击沉），但由于敌人猛烈炮火的打击和约80架美军机的反击，日军方亦遭到严重打击，18架陆基攻击机和12架零式战斗机被击落。接着又开始了第三次攻击。下午3点舰载轰炸机8架，零式战斗机21架从布因起飞去执行轰炸任务。美军输船和驱逐舰各1艘被击中起火。
经过此次战斗的结果，日军在所罗门方面基地航空部队的可用兵力只有约50架的零式战斗机，约20架的舰载轰炸机和26架陆基攻击机。
为了与空中攻击相呼应，日军肖德兰方面的舰队于当天夜里企图攻入伦德巴泊地，但因美军阻拦而未成功。
第2天（7月1日）约38架敌P-38飞机整天在伦德巴上空警戒，但日军布因基地的6架舰载轰炸机和35架零式战斗机突破美军警戒，强行轰炸，使美军在泊舰船遭到相当损失。
7月2日上午11点30分，布因基地的30架零式战斗机为援护当时驻腊包尔的第20飞行团的陆军飞机，对伦德巴进行了攻击，击落敌机9架。日军无一损失，安全返回。这是日军海军机作陆军机使用，开战以来第一次对所罗门方面进行的攻击。当天，日军舰队的巡洋舰和9艘驱逐舰于午夜时分攻击了伦德巴的美军阵地。日方未遭损失。
7月3日，美军在把重炮运到伦德巴岛上之后，开始炮击对岸的门达，战争前途更加不容乐观。
日陆军航空部队因7月2日的胜利而受到鼓舞，于7月4日又以17架重轰炸机在17架陆军战斗机的直接掩护下试图对停泊在伦德巴港内的美军舰进行轰炸，但受到了约30架敌机的迎击，被击落8架飞机后返回原地。这一期间49架海军战斗机击落9架美军机。在太平洋战争中，陆军飞机总共只有7月2日和4日两次参加所罗门方面的空战。
这天，酒卷部队的部分战斗机也参加了这方面的战斗。以后，这支部队出动全部飞机夜以继日地同占有优势的美国空军反复激战。起初，主战场位于距布因约130海里（大致相当于东京至丰桥间的直线距离）的伦德巴附近和距布因300海里（大致相当子东京至冈山间的直线距离）的瓜岛。尽管一再将敌机击落，但美国空军的兵力却不断增强。面对这种占优势的美空军，日军处于劣势的海军航空部队不得不浴血战斗。当时，美国海军使用的主要的飞机F4F已由新式飞机F4U所代换，接着又换上了F6F新式飞机。对付数量上占优势的日军机只有一个办法，即经常全部动员手头所有的少数战斗机，尽可能保持局部优势。这样，日军飞行员不得不一天出击2到3次。然而，即使这样艰苦的战斗也无法长期打下去。
审问被击落的美军机飞行员时，他们说每隔1到3天参加1次战斗。使用合理，国力充实的美军具有足够的人员和飞机，打的是基础坚实的战争。他们经常是在最佳精神状态和健康情况下打仗的，有着充分的准备。空战打的是数量。依靠微薄的力量固然一时可以勉强过得去，但是长期持续下去是不可能的。
连日来在布因上空进行空战，伤亡一天天增加，这是飞行员疲劳过度造成的恶果。因休息和营养得不到充分保障，不管飞行员自己如何努力，视力日减，注意力也越来越不能集中。在空战中即使一瞬间的疏忽也会造成致命的后果。
作为作战主力的航空兵的情况尚且如比，那么处于最前线的陆上部队，担任运输和护航的海上部队的辛苦则更是难以设想的。门达海军陆战队和以第13连队为中心的陆军部队尽管顽强战斗，但战场还是时刻向北方岛屿移动。因为没有雷达，日军驱逐舰往往在暗夜里遭到突然袭击，炮闩还没打开就被击沉了。8月6日，在考伦班加拉岛北面进行的夜战中日方损失极大。日军4艘驱逐舰在驶往该岛执行运输任务中同美舰队交战，刹那之间日军“岚”号、“萩风”号、“江风”号3艘舰被击沉。
8月15日美军终于登上了威拉拉威拉岛。该岛距布因70海里（相当于东京到静冈间的距离），两者距离已相当近了。在这么近的距离内，即使战斗机要爬上7、8千里的高度也要绕个很远的大弯。
这样一来，从布因基地也可以清楚地听到近海夜战时舰队战斗的炮声。前线距基地越来越近，美军对布因岛的空袭也越来越猛，双方夜以继日地进行死斗。酒卷部队的飞行员早已损失半数，
如今更不能撤回了。最后于
9月1日，酒卷少将以下全体人员终于奉命调到基地航空部队。冈村被任命为第二十六航空战队的参谋。这时的第二航空战队成了1架飞机也没有的航空母舰部队了。虽说没有牢骚满腹，但冈村确实感到了日本国力贫乏的辛酸。
9月21日，冈村单身赴任，再次被补为第二航空战队的参谋。冈村怀着依依难舍的心情离开所罗门，于10月4日回到内地。在布因的200多名飞行员中，再次在内地见面的只不过是包括伤病员在内的几个人而已。冈村到内地赴任时，第二航空战队司令官城岛高次少将以下人员已接到了命令。
日本海军的航空母舰部队就这样在陆上空战中失去最有能力的飞行员，结果，陷入半身不遂的状态。当时，第一航空战队虽然勉强恢复了战斗力，但是单靠它作为联合舰队的核心在海上活动，其战斗力是很不充分的。
在这种情况下，在所罗门进行殊死战斗的同时，在北方的阿留申方面维持基斯卡也很困难。鉴于此种情况，决定撤退该岛上的陆海军部队。8月1日，由第一驱逐舰战队司令官木村昌福少将指挥的日军舰队利用浓雾突破美军的严密的警戒线，在未失一兵一卒的情况下，奇迹般地收容了全体人员，而后回到幌筵岛。苦难深重的阿留申作战就此闭幕了。