一、第三阶段作战的设想——迎击
历时半年的瓜岛激战的结果，美日双方都遭到巨大损失，然而美军逐步得到恢复，其战力与日俱增；与此相反，日本捉襟见肘，消耗几乎无法补充。开战以来仅仅1年零两三个月，而海空战争的主客却已易位。特别是在此种局部战争中作为海陆作战主力的基地航空兵方面，日军处于严重的劣势，而此前稍占优势的舰载飞行队，虽然反复派往陆上基地，但那已是杯水车薪。日本海军作战的前景上早已投下了暗影。
长此下去，积极攻势作战早已是希望甚微了。然而，从不败的态势来看，从阿留申群岛西部到威克岛、马绍尔群岛、吉尔伯特群岛、腊包尔、新几内亚北岸、印度尼西亚，马来半岛的一条防线依然存在。只要固守这条防线，让前来进攻的敌军付出重大伤亡，从而赢得时间，日军仍有恢复元气的希望。打仗总是互有得失的，日方处境困难，对方同样也有难处。特别是在攻守易位的情况下，美军的战线拖得越长，随之而来的薄弱环节也就越多。如能抓住美军的薄弱环节，出兵迎敌，进行决战挫败敌的锐气，也许能开辟战局好转的路径。基于这种想法，在第三阶段作战中，日本海军虽决定采取守势，但早期决战的思想依然没有放弃。
大本营海军部在昭和十八年（1943）3月25日确定了“大东亚战争第三阶段作战中帝国海军之作战方针。”基于这一方针，海军部对联合舰队、各镇守府、各警备府下达了关于当前作战的指示：
大海指第二○九号
昭和十八年3月25日
军令部总长永野修身
对山本联合舰队司令长官的指示
一、大东亚战争第三阶段帝国海军之作战方针见另纸第一部分。
二、联合舰队司令长官应以另纸第二作战方针为依据实施作战。
另纸第一项
大东亚战争第三阶段中帝国海军之作战方针。
第一，对美英作战
1.作战方针纲要
第三阶段作战中，帝国海军作战目的在于歼灭东亚海域来攻之敌舰队及航空兵，破坏敌之海上运输线，与此同时，宜尽速确立帝国海军自强必胜之战略态势，以此挫败敌军之锐气。为此：
（一）空战中应首先以尽速确立必胜态势为目标；
（二）利用时机，以奇袭方式将美军舰队击溃于其前进基地，
用攻击或奇袭方式破坏美军所需之战略要点，将美军之进攻企图粉碎于未然，与此同时，设法诱敌舰队出击，乘机捕捉并予以击溃；
（三）尽速加强战略要地之防卫，如美军来攻，则美军应先发制人，在海上兵力与航空兵紧密配合下予以击破；
（四）加强对美军海上运输之破坏，切断敌兵力增援与补给，使其丧失战斗意志；
（五）设法保障我海上交通畅通无阻；
（六）对敌人之空袭我本土宜严加戒备。
2.防备
防备任务之分配详见下项，内线之防备应以反潜防空为主，外线之防备应以阻止敌之攻略和防空反潜二重点为主。为此，应特别注意同当地陆军部队保持密切联系。防备任务之分配如下：
镇守府、警备府部队（海南警备府除外）负责所辖各警备区之防备；
第四舰队负责南洋海军区，“吉尔伯特”诸岛、瑙鲁、大洋岛，大鸟岛、大宫岛及鸟岛之防备；
第五舰队负责阿留申方面占领地区之防备；
东南方面舰队负责原英属“新几内亚”以东的南方占领地区之防备；
西南方面舰队负责原荷属“新几内亚”以西的南方占领地区之防备；
中国方面舰队负责中国沿岸占领地区之防备
3.海上交通保障
（一）镇守府部队、警备府部队、中国方面部队，东南方面部队、西南方面部队、第四舰队及第五舰队依其所在地区对我国和中国之沿岸及占领地域之海上交通实行保护，必要时可派出适宜之部队保护上述地区所面临海面之海上交通。
（二）前项以外之外线作战部队在不妨碍其所承担任务前提下，应从实际情况出发，在其所在海域实行反潜扫荡，并与该地域之驻扎部队实行配合。
4.运输补给
（一）对外线墓地运送补给中应适当选择舰艇，航路与时机，并应实行必要之海上与空中警戒，以期保证对外线部队实行补给之安全。
（二）对于海岛末端基地之补给，按实际情况可派潜水艇或其他舰艇实施之。
（三）对于外廓要地之陆军部队应尽一切可能运送补给。
第二，同美、英、中3国作战中，同苏联亦开战时的作战（乙种作战）方针
1.作战方针之纲要
在同美、英、中3国作战途中，如果同苏联亦开战，则帝国海军之目的在于：在达到对美、英、中3国作战目的的同时，消灭苏联东部之舰队及航空兵，攻占北库页岛及“堪察加”方面之要地，为此。
（一）在海陆紧密配合下，开战伊始即应尽一切可能以大兵力先发制人，努力在短期内达到作战目的。
（二）空战中特别应以先发制人之手段将敌之航空兵尽速歼灭，借此以加速海陆作战进程，同时，设法保证我后方运输路线及重要设施之安全。
（三）对敌军之各种防卫应严加戒备，应采取先发制人之方式予以封锁。
（四）尽一切努力切断美苏间之联系。
（五）对美，英、中三国之作战宜大致按观行作战方针实施之。
2.防备，保护海上交通及补给之运输等事宜
（一）严防对帝国要地之空袭，扼守对马及宗谷海峡，租止敌舰队之通航。
（二）保护本土之太平洋沿岸地区，中国沿岸地区及南方占领地区的海上交通，特别应确保我本土及中国至朝鲜以及关东州之海上交通。
（三）根据地之使用做如下之划分：
以第五舰队为基干的部队：
作战初期使用横须贺军港及大凑主港，作战中期及以后时期使用舞鹤军港及大凑主港。
其他部队：现行使用区不变。
另纸第二
大东亚战争第三阶段中联合舰队根据帝国海军作战方针所应采取之作战方针
第一，对美、英、中3国之作战方针
1.空战
（一）尽速捕捉敌航空兵力并歼灭之，努力建立制空权。
（二）基地航空兵之主力应配备于南太平洋，部分兵力配备于西南方面，在捕捉并歼灭敌航空兵力及进攻部队同时，攻击并彻底切断敌前进基地之补给运输线，部分兵力对本国东北及北方实行警戒。
（三）舰载航空兵之主力应配备于太平洋方面，部分兵力根据需要配备于西南方面，实施适当之机动作战同时，应适当集中或分散兵力，通过迎击作战歼灭美军，务期作战之胜利。
2潜水艇作战
（一）潜水艇作战之重点在于破坏敌之海上运输，阻止敌军进攻之同时应努力削弱其战斗力，借此以使敌军屈服。
（二）酌情使用部分兵力对敌舰队及要地实行奇袭。
（三）用部分潜水艇为前进基地运送补给。
（四）敌舰队主力来攻时，应与之保持接触并削弱其兵力。
5.破坏海上运输战
（一）用潜水艇，飞机及水上飞机等各种兵力极力破坏敌之海上运输。
（二）破坏海上运输战应以切断美澳两国之联系及印度洋东部对印尼、澳大利亚之运输线为主要目标，根据敌情及所用兵力酌情选择重点方向，视战局之进展，用部分兵力，破坏美国西海岸及“夏威夷”近海方面之运输。
（三）与活动于印度洋方面之德意两国之潜水艇保持紧密联系，努力与之配合作战。
当时，欧洲方面德苏战争在包括斯大林格勒在内的东部战线已达到高潮，在北美盟国方面正准备开辟第二战场，形势令人捉摸不定。
二、阿图岛死战
山本人将于昭和十八年（1943）4月18日战死，4月21日，当时任横须贺镇守府司令长官的古贺峰一大将继山本大将之后，任联合舰队司令长官。新任长官当即到职，在停泊于特鲁克的“武藏”号上升起将旗。
4月25日曾任军令部第一部长的福留繁中将任参谋长、原第二舰队参谋柳泽藏之助大佐任首席参谋，小泽部队的参谋内藤雄中佐任航空参谋。距“隼鹰”号很近的“武藏”号巨舰的桅杆上一面崭新的大将旗高高飘扬。冈村站在“隼鹰”号飞行甲板上望着这面旗帜，更加感觉到战争已进入退维谷的新阶段，不觉间产生了一种莫名其妙的紧张。
在重建联合舰队司令部的高潮中迎来了4月27日。冈村在角田部队任职早已满1年了，在宽阔的飞行甲板上散步时，想起了这一年战斗的经过。到任一个月后，角田部队作为全部作战部队的先锋冒着暴风雨，向阿留申的要冲荷兰港隐蔽航进。数日后，传来中途岛海战失败的噩耗，紧接着是瓜岛死战。阅为连续进行十分激烈的战斗，有时竟忘却了时间。这一切似乎是很早以前的事，但实际上，却发生在不满一年的时间里。
冈村的默想突然间被打断了。原来是电报收发员送来一纷紧急电报。
“本日清晨起，日军部连续遭到美军巡洋舰与驱逐舰炮击……”
这是从阿留申群岛海军电台发来的电报。
在这以前，各战线都没有任何消息，现在，在一片沉寂中突然从阿留申方向传来美军活动的消息，这就特别引人注意。
难道又是美军登陆吗？我好象有了这种预感。
美军确实有这种采取积极行动的企图，但是这种积极行动究竟是敌人惯用的手法——向其他正面进攻的前兆，还是对日本本土实行空袭的预谋呢？要不，就是要对阿图岛，基斯卡岛直接发起进攻。美军的意图究竟何在，一时尚难以揣测。
第五舰队司令长官河濑四郎小将当即采取紧急措施，下令对日本本土东方海面一线加强警戒。中将本人于第2天（28日）亲自率领部队从大凑出发，向位于千岛北端的幌筵出击。
5月2日，美军机计85架次袭击基斯卡岛，针对这种不寻常的情况，该方面部队处于连续戒备状态。
5月12日清晨，阿图岛附近海面上出现了美军规模巨大的运输船队。当天，又收到了美军开始强行登陆的电报。这使得联合舰队的官兵颇为震惊，因为这是继瓜岛之后的反攻。
河濑中将当即下令：
一、于基斯卡待命的4艘潜水艇火速开往阿图岛；
二、由森友一少将指挥的由轻巡洋舰“木曾”号和驱逐舰“若叶”号组成的部队攻击敌运输船队；
三、3000名增援北方军的部队在幌筵待机。
中将下达命令之后，亲率“摩耶”号旗舰和“白云”号舰从幌筵出击。然而，据报告，美军兵力强大，在陆上航空部队和航空母舰的支援下，有一支包含战列舰1艘、巡洋舰5艘、驱逐舰7艘、运输船10艘的部队。这样大的部队，河濑中将的第五舰队是无论如何也啃不动的。
决心救援阿图岛，乘此机会也许能进行一场决战。古贺大将做出此种决断之后，命令驻扎在特鲁克和内地的联合舰队大部分兵力集结于东京湾。角田部队再一次对“武藏”号以下的各种舰只实行直接空中警戒，在恶劣的气象条件下，从特鲁克向东京湾疾驰。
只经过一段不太长的期间，联合舰队的主力就集结在东京湾的木更津海面上了。新的阵容相当引人注口。其中包括由“武藏”号、“大和”号和其他舰组成的战列舰群；包括正在修理的“翔鹤”号在内的由“翔鹤”号、“瑞凤”号、“飞鹰”号、“隼鹰”
号组成的航空母舰群；巡洋舰群中，第一次出现了中途岛海战被击伤，现已经过改装的“最上”号。舰上还载有3架2座的和5架3座的共8架水上侦察机。这支大舰队看起来确实威武堂皇，然而，第一航空战队飞行员的技术却不熟练。不能虚图外表，重要的是战斗力尚未充实。尤其是只是集结以后才临时抱佛脚进行着舰训练。
“武藏”号上连日开作战会议。所研究的是北方的雾的问题。
在一年以前曾在阿留申群岛度过了5、6、7，3个月，现在想起了当地的天气。当时，飞行员的技术水平高，去阿留申没问题。然而凭着现在的技术水平，说得难听些，雾小航行恐怕要把飞行队无谓地葬送掉。尤其是去年从6月下旬到7月上旬的2个星期时间内，阿图岛南方海面上始终没有一天适合飞行。这样一来，体积大而防御能力薄弱的航空母舰甚至会成为其他舰只的累赘。何况基斯卡又没有陆上机场。然而美军却在阿图岛以东约250海里的阿姆奇托卡岛上有一强大的空军基地，且美军航空母舰有利用白令海之便。
古贺大将感到大舰队在北方海面行动有危险，因而似乎持慎重态度。
在这种情况下，阿图岛的形势突然急剧恶化。这一期间，以北千岛为基地的陆上攻击机队虽然也连日向阿图岛出击，但因为连续气候条件恶劣，每次都是飞至中途而折回。对此只有咬牙切齿，悔恨莫及而已。不过，苦心终有结果，5月23日，19架鱼雷飞机在大洋上进行一次700海里远的进击，在阿图岛附近成功地用鱼雷攻击了美舰队。据报告，击沉敌驱逐舰一艘、使另一艘驱逐舰起火，并将美一艘巡洋舰击伤。这只能说是达到了配合作战的目的，对整个战局几乎没有什么影响。
另一方面，日军潜水艇部队却十分活跃，据报告，严重击伤敌战列舰和巡洋舰各1艘，另外，使敌一艘驱逐舰和其他舰只遭重创。阿图岛上的守备部队也从陆地上目击了这支潜水艇部队的活动情况并用电报报告了详情。