投身抗日 献计献策
“七？七”事变前夕，以周恩来为首的中共中央代表团抵达南京，何叙甫与代表团成员多有接触。“七？七”事变爆发后，国共合作抗日的局面初步形成，中共代表叶剑英希望何叙甫多介绍一些朋友给他们，以扩大抗日民族统一战线的影响。何叙甫于是便把吴石和吴的好友——时任立法委员的张维翰（后曾为台湾监察院院长）、时任两淮盐运使的缪秋杰（后为国民政府盐务总局局长）等介绍给了周恩来、叶剑英、李克农、博古等中共中央代表。早在北伐战争期间，吴石任北伐军参谋部作战科长时，就与周恩来结识。这次与中共代表接触后，吴石对中共有了更真切的认识，对共产党坚决抗日的态度深表敬佩。此时吴石对共产党人是有好感的，他读过毛泽东的《论持久战》等军事著作。
吴石对日本的政治、军事等非常了解，被大家公认为“日本通”。1937年7月抗日战争全面爆发。8月20日，国民党政府为领导抗战，成立了军事委员会大本营。大本营的职权为统率陆海空军，及指导全民力求我中华民族之永久生存和国家主权领土之完整，对于侵犯我主权领土与企图毁灭我民族生存之敌国倭寇，决以武力解决之。大本营最高领导为大元帅，由蒋介石亲自担任。下设参谋总长、副参谋总长各1人，程潜为参谋总长，其职权为指挥大本位各部、辅助大元帅策划全局；白崇禧为副参谋总长。大本营还设立秘书厅，以张群为秘书长，陈布雷为副秘书长。大本营对作战进行指导，以达成“持久战”为主旨，因此将军令、政略、财政、经济、宣传、训练划为6个部，分担任务。
作为军界公认的“日本通”的吴石，进入大本营第一部第二组担任副组长、代组长（组长徐祖贻未到任）兼第一处处长，负责对日作战的情报工作。他在参谋部时即凭借多年积累的资料和研究心得，编撰了有关日本军队“作战之判断”、“海空军总动员”、“兵力番号编制”，此时把向主要将领介绍的《蓝皮书》再充实翻印，弥补了国民党对日军事情报储备的不足。
大本营成立后，为动员组织全国抗战，颁发《国军作战指导计划》、《第三战区作战指导计划训令稿》等训令，同时将全国划分为五个战区，组建四个预备军和若干个集团军，指挥了华北方面的抗战和淞沪会战等。
1937年8月9日，驻上海日本海军陆战队中尉大山勇夫率士兵斋藤要藏，驾驶军用汽车强行冲击虹桥中国军用机场，被机场卫兵击毙。事件发生后，中国上海当局当即与日方交涉，要求以外交方式解决。但日军无理要求中国军队撤离上海、拆除军事设施，同时，向上海增派军队。8月13日，日军便以租界和停泊在黄浦江中的日舰为基地，对上海发动了大规模进攻。上海中国驻军奋起抵抗，在上海和全国人民的支持下，开始了历时3个月之久的淞沪抗战。
“八？一三”上海抗战的事实证明，日本侵略军的兵力组合、攻击指向，大多如《蓝皮书》所判断。吴石基于强烈的民族意识，较早洞察日本军阀亡我之野心，其未雨绸缪，苦心孤诣的准备，至此方显功效。
11月12日，上海失陷，长达三个月的淞沪会战告终。接着，日军分三路进逼南京。12月5日，日军进攻南京近郊。一周后，日军进攻南京城，南京失守。
上海和南京沦陷后，大本营移至武汉，第二组改为军令部第二厅，吴石任副厅长兼第一处处长。武汉战役期间，蒋介石非常看重他这个熟悉日本军事情报的人，每周都召见他，向他咨询日军动态。1938年7月武汉会战，陈诚指挥第九战区、第五战区部队迎战日军十二个师团。8月，第二厅在洛伽山举办“战地情报参谋训练班”，吴石主持其主要事务。吴石在对学员的讲话中指出，中国军队在作战中缺乏情报和保密素养，所用四字头密码早已被日军破译，这是造成战场被动的一个原因。
吴石还特地邀请周恩来和叶剑英去讲课。何叙甫的长子何世庸当时就以第二十集团军上尉联络参谋的身份参加了这个训练班，吴石与训练班学员一起亲聆了周恩来作的形势报告和叶剑英讲的游击战争大课。
1937年8月30日，蒋介石决定，仍以军事委员会为抗战最高统帅部，不另设大本营，原大本营所设各部均转隶军事委员会。这样，大本营完成了它的使命后于1938年1月正式撤销。
1938年11月下旬，在国民政府军事委员会召开的南岳军事会议上，决定设桂林、天水两行营，分别统一指挥南北两战场作战。桂林行营主任是白崇禧，参谋长是林蔚，吴石担任了桂林行营参谋处处长。桂林行营辖二、四、六、九战区，吴石以一腔抗日热忱，承担了大量运筹协调规划的幕僚任务。
1939年11月末至12月初，日寇攻占南宁和地扼桂越交通线的要隘昆仑关，揭开了长达一年的桂南会战。初期，由白崇禧指挥，以第五军为主力，四个集团军配合作战，于当年12月31日收复广西昆仑关，取得了抗战以来攻坚战的首次胜利，击毙日军第五师团第二十一旅团长中村正雄，击毙日军4000余人。作为桂林行营参谋处长的吴石，帮助行营指挥部出谋划策，为取得收复昆仑关的胜利发挥了自己应有的作用。
在抗战的几年里，吴石先后担任大本营第一部第二组副组长、军事委员会委员、桂林行营参谋处长、柳州第四战区参谋长、军政部主任参谋兼部长办公室主任等要职。但他却经常流露出一种愤懑、失望的情绪。一方面，他想在抗日战争中扎扎实实地做一些事情，渴望自己在军事上能学有所用、用有所成。然而他有超众的军事才华，却没能让他当指挥官；另一方面，他又逐渐看透了国民党内部的腐败，官场的钩心斗角，意识到自己无论怎样努力都无法改变这个局面。失望、苦闷之中，他也在思考自己的人生与出路。
故友相逢 弃暗投明
吴石与吴仲禧是福建同乡，他们同上军校，一起投奔孙中山领导的革命，后来的历程却不尽相同。吴仲禧在北伐战争中曾跟随张发奎在国民革命军第四军任团长、师参谋长、师长，参加过汀泗桥战役、贺胜桥和武昌战役，屡立战功。1937年7月“卢沟桥事变”前夕，吴仲禧秘密加入中国共产党。根据党的指示，利用国民党高级将官的特殊身份，进行地下工作。
1940年初，吴石在柳州与相隔20余年的老友吴仲禧相见，当时吴石担任白崇禧的顾问，吴仲禧表面的职务是在韶关任国民党第四战区长官部军务处处长和韶关警备司令。
相隔如此之久，两位少年时的老友重逢，自然是格外亲切。吴石毫无顾忌地向吴仲禧发了一通牢骚和愤慨。吴仲禧自然也和他以诚相见，除了没有暴露自己共产党人身份之外，其它对时局和人事的看法也都没有什么保留。两人越谈越投机，吴石对吴仲禧说：“抗战以来我军屡战屡败的主要原因是将帅无能、纪律废弛。例如，陈诚只受过中级军事教育，却委以重任，提拔之快，中外罕见。陈诚所用的参谋长杨杰，更是只会自吹自擂，毫无真才实学和作战经验，往往总部作战命令还未下达，部队已转移阵地。可是陈诚一直颐指气使，独断独行，像保卫武汉这样的大作战计划，连白健生（白崇禧）也没有参加讨论过。又如，汤恩柏、刘峙也是屡战屡败，屡败屡升的。”
最后，吴石讲到自己：“我本人学习、研究军事20多年，写过几本军事著作，翻译过几本兵学名著，在陆大教授时有几套讲稿，但一直没有机会带兵上战场，深感遗憾。有人讥讽我为‘书呆’，但却又谁都不肯给我以带兵的实权。”吴石提到，白崇禧器重他的学识，但也没给他什么实权，大概是因为他专心学术，不会搞逢迎拍马、官场应酬那一套吧！
吴仲禧知道吴石对共产党人是有好感的，还读过毛泽东的一些著作，亲自在武汉珞珈山听过周恩来的演讲，还同叶剑英等有过交往。于是吴仲禧就向他叙述自己在北伐战争中接触过的叶挺、蒋先云等共产党员的事迹，向他介绍共产党对抗日民族统一战线的主张，这些都引起吴石很大的兴趣和赞誉。用吴仲禧后来的话说：“不过这个时候，他还看不清楚共产党的力量，因而思想上仍在彷徨之中。”
1942年1月，吴石任国民党军政部主任参谋兼部长办公室主任。同年吴石被调往国民党军四战区。年底，在与日军作战时，还救过被误当日军间谍抓住并差点就地枪决的胡志明（后任越共主席）。当时广西镇边县政府急电四战区，说抓到一个像日本间谍的越南人，吴石下令先送到柳州长官部来。在知道对方的真实身份后，吴石以礼相待，并让胡志明在柳州组建越南民族同盟会，举办军政干部培训班。
1943年至1944年，吴石亲自部署了桂柳大会战，保卫了独山至百色一带战略要地。同时，还指挥了中越边境保卫战，以固守反击战术与敌军殊死搏斗，确保了广西龙州至靖西岳圩中越边境广大地区不被敌人染指。
1944年，日军大举进攻湘桂，国民党军队节节败退。吴石所部虽一再电请当局增调重兵，但蒋介石为了北扼共党，南灭异己，不发一兵一卒，导致桂柳大溃退。当时天气极冷，上有敌机轰炸，后有日寇扑来，大批难民病死、冻死、饿死、炸死在逃难途中。从灾难之中，吴石逐渐看透了国民党的腐败本质。
抗战期间，吴石还联系闽侨参与抗日救亡，他以福建旅桂同乡会作为桥梁，吸引南洋华侨青年来桂参军。陈嘉庚先生率团回国慰问路经桂林时，与他相谈甚欢，吴石一再要求陈先生多为抗日出钱出力。
抗战末期，吴石调任重庆军政部部长办公室任中将主任。这时候，上海地下党组织负责人潘汉年等人，指示吴仲禧设法通过吴石的关系在国防部内找一个实职，以便将来更好地开展情报工作。
抗战结束后，吴石奉调南京，1946年任国防部史政局局长。吴仲禧找吴石帮忙，说他也想调国防部工作。这年9月，经吴石帮忙，吴仲禧被国民党国防部委任为监察局中将首席监察官。吴仲禧可以利用这个职务，借着视察部队之便收集情报。1947年到1948年之间，国共内战发生根本性的变化。吴石对吴仲禧的真实身份已经猜到了八九不离十，转向进步的吴石不但不防他，甚至主动创造条件，协助吴仲禧取得军事情报。1948年春夏之间通过吴仲禧介绍，吴石参加了“民联”，投身革命阵线。
1948年6月淮海战役前夕，吴仲禧改任国防部中将部员，被派往“徐州剿匪总指挥部”。接到调令后，他立刻向香港的潘汉年汇报。潘汉年指示他抓住时机，获取核心军事情报。吴仲禧到南京后见到吴石，吴石亲笔写信给他的学生、“剿总”参谋长李树正，说吴仲禧是他多年的挚友，请李多加关照，给予方便。吴仲禧到任时，出来接待的李树正见信格外客气，亲自带他到总部的机要室看作战地图。吴仲禧暗中把部队驻地、番号、兵种及主要部署记录下来，为把情报尽快送出，他托病回南京后方就医，再赶到上海把情报向潘汉年汇报。
1948年8月，总参谋长顾祝同在一次由蒋介石亲自主持的军事会议上作了关于长江防御战备方案的报告，内容涉及江淮地区和江南一带的兵力部署，以及江南第二线兵力编练计划。参会的吴仲禧，从参谋部门抄录了徐州地区国民党部队的兵力、番号、部署的全部资料交给中共情报组织。
1948年，吴石任福州绥靖公署副主任。这年中共中央社会部在福州设置工作站，并派遣谢筱迺（新中国成立后任中共中央党史资料征委会副主任）到福州领导福州站情报工作。中共中央社会部秘密电台设在中共地下党员蔡训忠家中，开辟了联系中共中央、华东局的空中秘密通道。按党的指示，吴石通过何遂与谢筱迺接上了关系，单线联系。吴石向谢筱迺提供了不少重要军事情报，使得后来解放大军南下福建进军顺利。
风雨下钟山，蒋家王朝即将灭亡。1948年9月至1949年1月，中国人民解放军挥师逼近南京。稍前，国民党国防部尚保存有500箱重要军事机要档案资料，国防部长白崇禧、参谋总长陈诚主张直运台湾，而吴石则以福州“进则返京容易，退则转台便捷”为理由，建议暂移福州。最终，国民党当局采纳了他的意见。于是，吴石派随从参谋王强等人押送，于1948年12月下旬将机要档案运抵福州，保存在于山戚公祠大殿内。吴石之所以要将这批机要档案转移到福州，原来他已得知自己将出任福州绥靖公署副主任，便于掌控。他打算一旦时机成熟就在福州起义，将这批军事机要档案献给中国人民解放军。
1949年5月，台湾的国民党当局又电促速将档案运台。吴石则以“军运紧，调船难”为借口，仅以百余箱参考资料、军事图书权充绝密档案，列为第一批，派人先运台湾。紧接着的一天，吴石又下达“死命令”，当晚将档案全部转移到位于仓前山的福建省研究院书库匿藏，并向他的挚友、研究院院长黄觉民（民主人士）作了交代。
6月，吴石参加了蒋介石主持召开的有汤恩伯、朱绍良、李以劻等出席的福州军事会议。蒋介石很想固守福州，以屏蔽台湾。吴石违反蒋介石的意愿，极力阻止修建福州半永久性城防工事，使大批市民免遭劳役之苦，并通过谢筱廼送出许多重要情报。
肩负重任 潜伏台湾
1949年春，吴石在广州与吴仲禧再次见面。他们畅所欲言，谈得非常直接明了。吴石明确地说，国民党大势已去，他早已不想跟它走了，只是自己决心下得晚一些。而且，他已与中共华东局直接建立联系，同意提供重要军事情报并策反国民党军队。
淮海战役结束后，掌握长江防御实权的汤恩伯，不久便向沿江守备的十个军长下达作战命令，明确各军的位置和任务，以及后勤补给的细则。隐蔽在汤恩伯司令部内的一位参谋人员（中共地下党员），将消息转告吴仲禧，因为上海情报线已断，吴仲禧立刻将情报转给香港分局。后来的事实证明，吴仲禧所提供的情报不仅有助于解放军渡江作战，而且影响到解放军渡江后能够迅速围歼国民党10多个军于长江三角洲地带。
1949年3月28日上午，南京国防部第三厅留守处在励志社召集紧急会议，部署长江防御的最新任务。散会后，在国防部第六厅第二科任科长的中共地下党员许锡缵马上驾驶吉普车飞速向党组织报告。
渡江战役之前，中共已掌握的国民党绝密文件已经有：《国军京沪总部江防工事构筑要领》、《空军长江下游防备》、《国军江防兵力配备》、《国军江防军舰分布》以及《使用燃烧弹阻止共军渡江计划》等，这是多条情报线共同取得的战果。4月20日午夜，刘伯承、邓小平指挥的第二野战军和陈毅、粟裕指挥的第三野战军百万之众，在五百多公里的战线上发起渡江战役，迅速突破国民党的长江防线。
同年7月，吴石由福州经广州辗转到香港，在香港找到吴仲禧。吴石告诉吴仲禧，他已被调任国民党“国防部参谋次长”，很快要到台湾去。吴仲禧请他考虑，到台湾去是否有把握，如果不去可以留下，转赴解放区。吴石坚决表示：“我的决心已经下得太晚了，为人民做的事太少了。现在既然还有机会，个人风险算不了什么。”吴石告诉吴仲禧，为了避免嫌疑，他的夫人王碧奎和两个小儿女也要去台湾，留下大儿子韶成、大女儿兰成在大陆。虽已作了安排，还请吴仲禧在必要时给予照顾。
8月14日，吴石接到蒋介石急电，命令他即日赴台。第二天上午，他密召亲信参谋王强到公馆，作了简要而严肃的面示：“我奉命明天即飞台北，这里的事情就交给你了，你要尽到军人天职，人在档案在！下一步怎么办，想必你自己懂得。为万无一失，可征求黄院长和刘通先生（原国民党立法院立法委员）意见而行。”
8月16日凌晨，吴石即携家眷飞往台湾。8月17日福州解放，王强即在黄觉民、刘通两位前辈认可下，将298箱保存无损的国民党军事绝密档案呈献给了解放军第十兵团司令部，价值连城的“末次资料”也在其中。
吴石赴台前，中共地下组织给他的代号为“密使一号”。吴石抵台后，就任国民党“国防部参谋次长”，被授予中将军衔。吴石官至中将参谋次长，因此被认为是中共打入国民党内部的最高情报官。
其实，在国民党退守台湾之前，台湾就已经有了共产党组织。1928年台湾共产党成立，不过那时的台湾共产党不隶属于中国共产党，而是日本共产党的分支。1945年8月，台湾籍干部蔡孝干被中共中央派遣为台湾省工作委员会书记，成为台湾地下党的领导人。9月，蔡孝干由延安出发，12月至江苏淮安，见到华东局书记张鼎承、组织部部长曾山、干部张志忠等人，随后到沪与华东局驻沪人员会合，并学习一个多月。
蔡孝干1908年出生于台湾彰化县花坛乡，早年参加台湾文化协会，后前往大陆就读于上海大学。1928年到江西瑞金中华苏维埃共和国，加入中国共产党。他不仅和台籍女党员谢雪红一道参与过1928年台湾共产党的创办，还参加过两万五千里长征，是在中共党内成长起来的台籍革命者。
为尽快到台湾发展组织，上级让上海台湾同乡会会长李伟光，代为办理蔡孝干入台手续。1946年4月，首批干部先由张志忠率领由沪搭船潜入基隆、台北开始活动。蔡孝干于1946年7月到达台湾，随即正式成立“中共台湾省工委”，并自任书记。而后他与陈泽民、洪细樵、张志忠等人一道完善党组织，开展联系台共人士和左翼积极分子等活动。初期台湾省工委干部包括简吉、谢雪红、陈福星、张伯显、廖瑞发、林梁材等人。从此，岛内的台共活动有了相对统一的组织领导。
据台湾地下党人刘青石回忆，当时他在蔡孝干的领导下，负责台湾地下党与中共华东局的联系。1947年1月，根据中共中央的指示，就北平发生美军强奸大学生事件，他在台湾发动大规模反美示威。“二？二八”事件前，地下党的组织延伸主要集中在高等院校和知识精英当中，在台湾土生土长的吴克泰、刘青石等人便在这个阶段加入，其中还包括一个日后举世瞩目的名字──李登辉。同年“二？二八”事件之后，由于当时的国民党当局丧失民心，在台湾的中共党组织迅速发展，人数激增一倍。
由于台湾的地下党情报组织遭到严重破坏，1949年10月25日，解放军三野十兵团在缺乏军事情报的情况下，进攻金门失利。同年11月，解放军攻打舟山群岛也受到重大损失。这两仗的失利，给战无不胜、攻无不克的解放军敲响了警钟，意识到军事情报的重要性，同时也意识到解放台湾要比原先预计的更加困难了。为尽快取回吴石掌握的重要军事情报，华东局领导决定派长期在上海、香港从事情报工作的女党员朱谌之赴台与吴石联系。
朱谌之原名朱桂凤，又名朱枫，1905年出生于浙江宁波镇海县名门。她的父亲是富商，曾任宁波渔商工会会长。1921年考入宁波月湖女子师范学校，在校求学期间她与共产党员陈修良、金维映志趣相投，积极从事爱国学生运动，参加过五卅运动。1927年朱谌之远嫁镇海籍沈阳兵工厂大技师陈某。“九？一八”事变后，全家回镇海居住，翌年丈夫病故。抗日战争全面爆发后，朱谌之积极投身于抗战洪流，奔波于武汉、桂林、湘北、皖北、皖南、上海等地，在党的领导下，从事文化及财经工作。后来她加入中共地下组织领导下的新知书店，在该书店做书刊邮购、会计工作，并与同在书店工作的共产党员朱晓光结合。1945年2月，朱谌之在上海加入中国共产党，调华中局在沪贸易机构负责财务工作，兼管国统区地下工作经费。1948年她奉命到香港合众贸易公司任职，这个公司实际上是中共的秘密机关，朱谌之主要从事统战与情报工作。本来朱谌之已准备回上海与家人团聚，组织上考虑到朱谌之有丰富的地下工作经验，加上她的妹妹、妹夫都在台湾情报部门工作，她前夫的女儿、女婿都在台湾，有一定的社会关系，中共华东局决定把这项重大的绝密使命交给她，朱谌之欣然接受了任务。
朱谌之接到党组织布置的任务后，立即动身由香港前往台北。11月27日，她乘坐的轮船在台湾基隆港靠岸。根据组织上的安排，她在台湾单独联系“两条线，两个人”，一人是中共台湾省工作委员会书记即蔡孝干，另一人就是吴石。
到台湾的第二天，按照预先的约定，朱谌之与先与化名“老郑”的华东局台湾工作委员会负责人蔡孝干在基隆茶食楼接上了头。她向“老郑”传达了华东局领导的指示，“老郑”也向她报告了台湾工委为接应人民解放军登陆组织秘密武装的情况。同时还把工委掌握的一些绝密情报交到了朱谌之的手中。
一周后她与吴石在其寓所中会面。在书房里，吴石从北墙上的一个秘密小保险箱中取出一只小圆铁盒，郑重地放到她的手里说：“朱枫（朱的另一个名字）同志，这盒里装的微缩胶卷，全是绝密军事情报，有《台湾战区战略防御图》，有最新绘制的舟山群岛，大、小金门《海防前线阵地兵力、火器配置图》，各防区的《敌我态势图》，有台湾海峡、台湾海区的海流资料，台湾岛各战略登陆点的地理资料分析，现有海军基地并舰只部署、分布情况，空军机场并机群种类、飞机架数。另外，还有国民党蒋介石《关于大陆失陷后组织全国性游击武装的应变计划》等。望你以最快的速度，送回香港，送至内地。”这批情报迅速通过定期往返香港、基隆间的“安福号”海轮上一位大副带到香港，再从香港传递到中共华东局情报局，有的情报还被呈送给毛泽东。毛泽东叮嘱有关人员“一定要给他们记上一功呀！”还挥毫在一张红竖格信纸上写下了一首五言绝句诗：“惊涛拍孤岛，碧波映天晓。虎穴藏忠魂，曙光迎来早。”
朱谌之在台湾期间，住在身为警务处电讯管理所主任的女婿家。她6次与吴石秘密会晤，陆续送回一些重要军事情报。