1986年5月5日，美国联邦最高法院宣布将受理这个案子，这才让科学界和反对创世论的人们认识到了问题的严重性。如果科学创世论在联邦最高法院中胜诉，后果将不堪设想，因为最终的判决结果是不允许更改的。
美国科学促进会为此开展了一场声势浩大的声援活动，由全国的七十二位诺贝尔奖获得者和十七个州的科学院及其他七个科学团体向美国联邦最高法院递交了联合请愿书。请愿书指出，所谓“创世科学”的实质，只不过是戴着科学面具的宗教。最终，双方律师在法庭上继续就“科学创世论”是不是科学展开了辩论。美国公民自由联合的律师抛开其他细节性的纠缠，以不容怀疑的论据向联邦最高法院的法官证明了“创世科学”的宗教本质，这就足够了。因为这样，如果在学校中讲授“创世科学”，那就违反了美国第一修正案中禁止支持任何一种宗教派别的禁令。1987年6月19日，联邦最高法院以七票对二票的比例判处路易斯安娜州“平衡法案”为非法。进化论这才取得了惊险的胜利。
不过这场战争并没有就此彻底结束。1991年，一本非专业人士写的全面批评进化论的《审判达尔文》出版，标志着“智慧设计论”也加入了反进化论的行列。而科学创世论者也始终没有放弃与进化论对抗的努力。也就是说，进化论已经是面对着多线作战的局面了。
智慧设计论是一种比科学创世论更具有迷惑性的新形式的神创论。与科学创世论者的不同点在于，智慧设计论并不强求别人承认智慧设计论是科学，而是转而掉转枪口；攻击进化论只是一种意识形态和自然主义的哲学，而不是一种科学。因为进化论不是建立坚实的经验事实基础上的，而是建立哲学假设之上。与其他宗教一样，进化论也形成了一个宗教，相信进化论的科学家则是科学传教士。
智慧设计论需要和科学创世论划清界限，因为科学创世论已经被联邦法院判定不是科学了，跟他们扯没什么好处。但他们当然也不必和科学创世论把关系搞僵，毕竟大家实质上都是统一在造物主的势力范围内的。智慧设计论提出了这样一种理念：只要相信超自然的造物主引发了创造的过程，并且按一定的计划和目的不断控制这个过程，那么大家就都是创世论者。
智慧设计论与进化论斗争的策略与科学创世论相同，也是争取在学校受到平等对待。他们从法律角度还提出了一种新的借口，指责法院如果禁止学校给智慧设计论和进化论相同的教学地位，那就是“观点歧视”，是不符合法律精神的。
智慧设计论有许多较有影响的学者参加，其中需要一提的是贝希(Michael Behe)，他与其他非专业人士不同，这个人是美国一家大学的生物化学教授，并拥有生物化学博士学位，他的代表作《达尔文的黑匣子：生化理论对进化论的挑战》经过一版再版，在普通大众中造成了很大的混乱。
贝希利用普通读者对生物化学和分子及细胞生物学的生疏，从生物化学角度揭示了分子水平上的精确的剪裁过程和细胞世界的复杂结构，那确实是一种奇迹，但是经典生物学可以解释奇迹。不过贝希不管这些，他硬是把那些精确和复杂的结构说成是进化论不可解释的存在，并给这些结构制造了一个术语，即“不可降低的复杂性”，比如植物的光系统，或血液凝集系统，或者细菌的鞭毛等，都具有这样的特点。这些系统中的每一个成分都是有用的，而且互相配合得很好，相互作用，组成了一个有机的整体，其间任何一个部分的缺失，都会使系统失效。为此，贝希举了一个著名的例子，把一些细胞结构比喻为捕鼠的鼠夹，鼠夹的每一个部分都不可能起到捕鼠的作用，只有把它们有机地结合起来才会行使特定的功能。是谁设计了鼠夹的各个部分并把它们一次性地组装起来的呢？只能假定有一个智慧的设计者才能解释这一切。这个智慧的设计者当然只能是上帝了。
其实智慧设计论者并没有提出什么新的见解，不过是以往神创论所用技巧的翻新回炉布局。不过这些人都拥有博士头衔或教授职位，在撰写论著时也尽量使用科学术语，在引文规范和论证方式上也与主流学术的写作方式保持一致。这给普通读者造成了很多假象，严重影响了对知识本质的判断。
这伙人最近很活跃，到处举办大型研讨会，努力通过各种手段扩大对社会公众的影响力，结果在社会上掀起了一阵阵反对进化论的浪潮。他们为了提升公众的信任度，甚至搞了一个《对达尔文学说的科学异议》公开声明，其中写道：对于随机转变和自然选择论解释生命复杂性的能力，我们表示怀疑。经过活动，大约有三百五十名科学家在这份声明上签了字。其实美国科学促进会的科学家人数达到十几万人，这几百个人并不能表明什么东西。但美国国家科学教育中心也跟着搞了一份针锋相对的声明，强调对于进化的发生以及自然选择是主要的进化过程，科学界没有严重的怀疑。在这份声明上签字的科学家有五百名左右，因为他们只接受名为史蒂夫的学者签名，以此表达对去世的坚定的进化论大师史蒂夫！古尔德的尊敬之情。
不过智慧设计论还是在美国掀起了不小的风浪，以至于几乎在各州都有了反对进化论教学的提案，并且这种风头有愈演愈烈的迹象。以下是两个代表性的案例。
1999年8月11日，美国堪萨斯州教育委员会以6票对4票的多数，拒绝了在考试标准中列入“中小学学生必须了解达尔文进化论”的提案，也就是在教学大纲中删除进化论内容。这虽然不是禁止学校教授达尔文进化论，但明显也不鼓励。消息传出，在全国又一次引起热议。特别是科学界反响强烈，那些文笔讽刺的进化论支持者们更是对堪萨斯州竭尽嘲笑之能事。各大媒体纷纷对此加以报道和评论，《时代》杂志则专门请古尔德撰文对州教育委员会的决定作出批驳。令人尴尬的是，在美国颇有影响的盖洛普民意调查显示，只有不过百分之十的群众相信进化论是真的，其他人则选择不相信达尔文的进化论。为了拉选票，当时正在竞选总统的小布什竟然表态说，他同意地方学校有权决定自己的课程，有权教授不同的理论。其他总统候选人则一律采取了含糊其辞的说法来蒙混过关。他们既不想得罪选民，也不想落下一个无知的名声，真是难为了这些精英。
好在堪萨斯州长比较有科学素养，他以愤怒的语调批评了州教育委员会的这一愚蠢举动，并准备通过法案解散该州的教育委员会以挽回影响。
时隔不久，宾夕法尼亚州多佛地区学校委员会又擅自公开发表声明，决定从2004年1月开始，该地区学校九年级学生会被告知，自然选择的进化论并不是完善的理论，智慧设计论完全有资格被当成另一种科学理论用来解释生命的起源和进化。这一声明以后，引发了多佛学区的11名学生家长和美国公民自由联合的联合诉讼，把学区委员会告上了法庭。多位科学界专家前往作证，指证该声明违法。美国科学教师组织也出面指责这一举动是“美国科学教育的悲剧”。
宾夕法尼亚州联邦地区法院2005年12月20日作出裁决，认为智慧设计论从根本上来说仍是宗教理念，仅仅是创世论的翻版，而不是一个科学理论。判决书以严厉的语调指责道：在公立学校讲授智慧设计论不但违反宪法，而且还是一种“惊人的疯狂”行为，是极端无知的表现。
学区委员会也很委屈，他们坚称那个声明纯粹是出于教育目的，而绝非宗教目的。这种辩解是没有意义的，那帮做出这个决定的家伙们后来在改选中全部被清除出了学区委员会。
多佛只是个小地方，这个审判也没有费多大周折，但其意义是不容忽视的。因为在2005年，美国有大约25个州立或学区委员会曾经考虑过要在学校讲授智慧设计论。以至于道金斯哀叹说，美国正处于空前的科学黑暗期。
智慧设计论和科学创世论者的所作所为终于让科学界忍无可忍。2006年6月23日，多国科学家联合签署一份声明，对其发动了一轮最为猛烈的抨击，指责这些人正在混淆关于生命起源的知识，并试图隐瞒和否认在这一问题上取得的科学成就。
道金斯抨击智慧设计论就好像地球是平的理论一样，是不值一驳的胡扯。但这些人瞎折腾一气，会给民众造成一种假象，似乎有两种学派：一派是智慧设计论，一派是自然选择的进化论。这种错觉是一种严重的误导。
然后道金斯还讽刺地责问智慧设计论者：是谁设计了设计者呢？
看了智慧设计论对美国造成的影响，英国的《自然》杂志也不能袖手旁观了。2005年4月28日，《自然》杂志专门就这一问题刊发了一篇社论。社论认为，许多科学家对智慧设计论的态度是不屑理睬。他们认为，把超自然的教义和科学混合在一起，是倒退到了自然哲学家们寻求炼金术之类的伪科学时代。然而，由于智慧设计论在美国大学校园里正日益流行，科学家们不应对此漠不关心。
许多上过基础生物学课程的大学生是有宗教信仰的，而宗教信仰至少在表面上是和达尔文进化论不相容的。但教授们上课时却很少讲信仰与科学之间的冲突，这就使学生们把智慧设计论当作了调和宗教与科学的一条出路。社论认为，这不是一个好现象。因为智慧设计论正在用科学的方法寻找上帝存在的证据，它威胁到了科学的理性的核心。社论建议教授们应该引导学生去正确看待这个问题，不要被智慧设计论一时的表面所迷倒，而应该有自己的思考和判断，这也是教授的责任之一。
《科学》杂志当然也积极关注科学与智慧设计论之间的论战进展，并把进化论研究取得的新成就列为2005年十大科学突破之首。这一研究成果就是证明了单一的基因突变足以造成生物大的飞跃，可以把一个物种变成好几个物种。这一研究解决了物种生成的问题，也是对神创论者的一个重要还击。
真正的科学研究当然不会因为噪音而停止前进，现在还是让我们回过头去，看一看标志着进化论走向成熟的现代综合进化论的前因后果，那也是对神创论作战的有力武器之一。