双方都用极富煽情的语调表达了各自的立场，布莱恩呼吁：如果判决进化论胜利，那么基督教就被毁了。达罗也用同样深刻的话语指出：在这个法庭上，不是斯科普斯在接受审判，而是文明在接受审判！
激烈而精彩的辩论吸引了大量的听众，法官担心听众会把小楼踩塌，只好把审判移到外面的草地上举行。此举也引出了一个小小的插曲，当时草地上悬挂着一幅标语，上写“读你的圣经”。达罗立即提出抗议，要求将此标语撤下，或者再悬挂一条同样大小的“读你的进化论”。法官只好下令取下标语。
因为在辩论中的一边倒的优势，各方媒体都以为进化论辩护的达罗赢定了，很多人因为觉得没有好戏看而提前离场，不料达罗却采取了一个令人惊讶的措施。他竟然直接提请陪审团判定斯科普斯有罪，而只有判决罪名成立，他们才能上诉到高级法院以进一步扩大影响。达罗并且宣布不做最后的陈述，这样原告方布莱恩也不能做最后陈述，可怜的布莱恩为了这个最后陈述已经累死累活地准备了好几个星期了。
法官最终做出了选择，他根据陪审团的意见判定斯科普斯有罪，并且处以100美元的罚款。当时有另一位被告律师问法官，是否可以送给他达尔文的《物种起源》。法官只好表情尴尬地说可以，结果引发全场大笑。
六天以后，获胜的布莱恩在一次午餐后于午睡中去世，享年65岁，这应该是死于中风。有记者专门跑去问达罗，布莱恩是不是因为打官司太累身心交瘁而死。达罗的回答很干脆：“不是的，他是吃得太多撑死的。”
美国自由联合会后来向田纳西州高级法院提起上诉，结果100美元的罚款在上诉中被取消了，理由是法官无权决定罚款数额，借此小问题，也推翻了该案判决。但高等法院没有把此案发回重审，而是把案件直接撤销。这对他们来说，实在是一件毫无意义的工作。
田纳西州历史学会把这件事刻在了一块石碑上：
1925年7月10日到21日，县立中学老师斯科普斯试图解释人是从猿变化而来的理论，触犯了最近通过的州法律。斯科普斯被宣判有罪。
此记。
神创论者在这场审判中赢得了诉讼，但输掉了形象。除了科学家们积极行动利用科学媒体宣传进化论外，大量好奇的民众也涌向代顿，这里好像在举办一场嘉年华，传教士们也借此机会大力布道，有人则牵来了猴子要上法庭作证。来自世界各地的作为精英阶层的记者们对此场诉讼主要是抱着看热闹的心态来搅场的；《芝加哥论坛报》刊登了一幅漫画，加了一个讽刺性的但却模棱两可的标题：如果猴子可能投票，进化论将会得到更多的支持。画面上对进化论持反对态度的猴子成了备受攻击的少数派。经过各大媒体的渲染报道，反对进化论的宗教派力量被描绘为保守愚昧和无知的化身，有人对审判结果直接用“臭名昭著”来加以形容。田纳西州也因此而名声扫地。当阿肯色州审议反进化论提案时，阿肯色州前州长就警告议会，如果通过反进化论提案，将会像田纳西州那样让人讥笑。
当然，媒体上发表了持有明确的立场的人的文章，有的人文笔尖锐激烈，直接抨击此次审判是科学家精心策划的一场阴谋，并指责科学家的目的是使人类堕落为畜牲。但这种观点完全无法成为主流的声音，反而是失败一方的律师所作的几则发言成为科学向迷信开战的宣言书：
如果给在公立学校教授进化论定罪，下一步就会禁书和报纸。不久就会让教会之间互相攻击，以自己的信仰替代别人的信仰。无知和狂热不会停止，总是贪得无厌，永不知足。那会让我们退回到十六世纪的黑暗时期，让盲目的信徒用柴火烧死那些给人类带来智慧和知识的人。
没有人可以和真理决斗，真理永远不可战胜，真理也不需要法律的帮助，更不需要政府的力量。真理是永恒和不朽的存在，不需要世俗力量的支持。相信真理的人会与真理同在，与进步同在，与科学同在，与智慧同在，与自由同在。我们与真理同在，我们从不恐惧。
但这种振聋发聩的声音虽然没有彻底震醒当时的人们，但也起到了积极的引导作用。虽然其他各州在这一审判结果的鼓励下，不断有人提出反进化论教育的法案，但通过审议寥寥无几。田纳西州的这个巴特勒法案从此也再没有被提起来过，直到1967年被撤销为止。那时斯科普斯还活着，他亲眼看到进化论取得了这场争论的最后胜利。
但影响是不可小视的。1972年，对该校中学生所作的调查结果表明，四分之三的学生仍然相信“圣经”观点，提示进化论的教学水平明显下降。出版商因为担心教材销路不好，尽量少提进化论内容。而教师们害怕受到处理，所以大多不敢公开承认自己相信进化论。科学界握有真理，但在这场斗争中却败于无形。
这场审判后来被改编成百老汇戏剧《风的传人》，并于1955年开始上演，进而于1960年被拍成电影，并获得四项奥斯卡提名，不断向世人演绎着神创论与进化论绵绵不绝的斗争。其实这场审判并不是终点，它没有影响到进化论的研究，但无疑影响到了进化论思想的传播。直到1981年的“平衡法案”中，美国公民自由联合会和美国科学促进会精心合作，一直上诉到联邦最高法院，才联手打了一场漂亮的翻身仗。
美国政府自20世纪60年代后，因为与苏联之间的冷战需要，开始加大科研投入力度，科学教育也得到了长足的发展，生物学教育也从中受益，巴特勒法案被取消了，进化论教学的地位自然得到了提高。
但神创论者的水平也在提高，并演化出了好几个派别，其中有一派名叫“科学创世论”派，这是由一批基督徒科学家组成的派别，以莫里斯(Henry Morris)等人为首的一批科学家提出了“科学创世论”。他们以字面意思理解《圣经》，然后努力在科学上找证据加以支持。比如他们相信地球只有一万多年；化石是在大洪水时期形成的；人和恐龙曾共同行走在地球上等等，这些几乎显得愚昧可笑，根本不可能得到主流科学界的认可。但他们一本正经的研究却蒙骗了众多普通读者，得到了大量支持，这也是不争的事实。
1981年3月13日，经过科学创世论者的努力，阿肯色参议院通过了“平衡对待创世科学与进化论”的议案，此即“平衡法案”；3月17日众议院也批准通过此法案，两天后经州长签署生效，并被命名为“590法案”。
美国公民自由联合会对此立即作出反应，他们着手准备向联邦地区法院提起诉讼，这同样也需要一位起诉人，通过美国公民自由联合会的精心安排，最后以小石城的一位牧师麦克里恩(Bill Mclean)的名义起诉，因此本案又称“麦克里恩案”。
原告方拥有十名专家证人，其中包括生物学家、神学家、地质学家和历史学家，著名的古尔德便名列其中。他们从各自的专业领域为麦克里恩的论点提供有力的专业支持。为了提高影响力，还拉上了当地五个教派负责人充当联合原告。
几乎与此同时，路易斯安娜州也通过了一个“平衡法案”类似的法案，但美国公民自由联合会没有精力在两条战线上同时开战，所以选择先对阿肯色州动手。
起诉的理由中提到，“590法案” 违犯联邦宪法，违背了美国政教分离的原则，并且缺乏世俗的立法目的，明显地在支持和偏袒某一宗教派别。“创世科学”自认为科学，而实际不是。科学是一个非常具有专业性的领域，不是谁想来说几句话都可以的。科学家们受过专业的训练并且取得了专业的成就，他们当然才最具有在本专业领域内发言的资格。关于生命起源的问题也一样，最有发言权的不是政治家，也不是宗教界人士，当然更不是民众，而是科学家。
科学创世论也积极组织人力协助阿肯色州大律师对原告的指控一一进行了反驳。他们指出，“590法案”并没有支持或偏袒任何一个宗教派别。因为“创世科学”与“进化科学”的性质相同，都是关于生命起源科学模型，完全可以采用世俗的和非宗教的方式进行教学。这当然也不违背政教分离原则了。
可以看出，在“斯科普斯”案中，双方辩论的是进化论到底算不算科学。而在“麦克里恩案”中，转而争辩创世论是不是科学。如果不是科学，本着政教分离的原则，它不可以进入课本在学校讲授；如果是科学，当然就有资格和进化论一样，在学校里进行讲解。这正是双方律师辩论的焦点所在。至于进化论和创世论的具体内容，不是他们关心的对象。
1981年12月7日，联邦地区法院对这一案件进行了为期十天的审理。基于科学创世论采取的策略，争论的焦点也就在于判断“创世科学”到底是不是科学，或者根本就是一种宗教信仰。
1982年1月5日，美国联邦地区法院法官作出判决，宣布阿肯色州的“平衡法案”是支持宗教的非法尝试，显然在用超自然的存在创造人类的观点来支持宗教观点，并且科学创世论已被进化论者证明为神话，允许在课堂上讲解相关内容就等于是在课堂中讲授神话，这是对教育的负责任，应当取消。
科学界因此而非常兴奋。《科学》杂志不惜全文发表判决书，大力宣扬他们的此场胜利。科学界还料想，这一结果将给取消路易斯安娜州那个法案提供司法范例，取消另一个“平衡法案”当非难事。
但谁也没有想到，对路易斯安娜州的诉讼进程竟然一波三折，经历了比阿肯色州诉讼还要艰难的过程。
本来，科学创世论在路易斯安娜州的第一次诉讼中已经失败，判决结果也与阿肯色州相似。但科学创世论者不甘心就此罢手，他们说服路易斯安娜州的大律师上诉到第五巡回法庭，要求撤销原判。巡回法庭三人调查组经过审查后得出了维持原判的决定。路易斯安娜州大律师仍然不服，进一步请求由巡回法庭的全部十五名成员重新听证此案。结果是，巡回法庭以八票对七票驳回了请求。
虽然科学创世论者再次败诉，但他们从这个八对七的微弱劣势中看到了希望。因此，他们决定把此案上诉到联邦最高法院。