既然连达尔文自己都拿不准，其他人就更容易动摇了。达尔文去世以后，“新拉马克主义”的风头渐渐强劲起来，特别是达尔文对遗传问题的不充分认识，令很多科学家感到迷惑。在1900年前后，许多坚定的达尔文主义者都转而相信“新拉马克主义”，甚至斯宾塞和海格尔都认为，需要把自然选择和“新拉马克主义”结合起来共同解释进化现象。这一段时期被称为达尔文主义的黑暗期。
不过“新拉马克主义”者也面临着强大的挑战。当魏斯曼对其提出严重质疑以后，他们必须用实验来证明自己的正确性；可惜，能够被派上用场的实验成果很少，仅有的几个实验还经不起反复推敲。遗传学诞生后，“新拉马克主义”者更是被逼进了绝境，他们必须证明在遗传水平上的突变是可以传给下一代的。正是在这种迫切需要之下，奥地利学者卡梅勒(Paul Kammerer)出场了，其人是拉马克获得性遗传理论的狂热支持者。为了向世人证明拉马克理论的正确，他在20世纪20年代设计了一系列实验来证明获得性是可以遗传的。其中的一个典型实验是用产婆蟾做的。
产婆蟾主要产于欧洲，是一种陆地生活的蟾蜍，春夏季时在陆地上交配。卡梅勒用这种蟾蜍设计了一个实验，水生雄蟾蜍为了牢固地趴在雌蟾蜍背上交配，往往会生有黑色的指垫以把雌蟾蜍抱得更紧以免滑下，而陆生的产婆蟾则不需要这种东西。卡梅勒强制性地把产婆蟾放在水中生活，如果经过若干代以后这种动物也长出了黑色的指垫，那就充分说明动物可以对环境作出定向的进化，并将这种获得性状遗传下去。
实验的设计没有任何问题，如果结果真如预料那样，拉马克的用进废退和获得性遗传的说法也将会得到更多的尊重和认可。
根据卡梅勒的实验报告，产婆蟾被郁闷地关在水牢中经过几代以后，终于被全部折腾死光了。这是对环境不适应的典型表现，但是，有些产婆蟾在被搞死以前，确实长出了黑色指垫，而且，指垫的颜色和厚度一代比一代明显。据此，卡梅勒宣布，水生环境迫使产婆蟾进化出了黑色指垫，这种适应性突变是对拉马克主义的最直接证明。
为了强化宣传效果，顺便拉点赞助，卡梅勒把这些长了黑色指垫的死掉的产婆蟾做成标本，然后周游各国到处演讲宣传，一时间名声鹊起，备受吹捧，甚至被誉为达尔文第二。当时的生物学家被卡梅勒这样一搞，不得不努力寻找合适的机制来解释这一现象。但这些学者们试图重复卡梅勒的实验时全部以失败告终，产婆蟾很难在人工条件下饲养，更不要说硬性把它养在水里了。
当卡梅勒周游到英国演讲时，受到了剑桥大学教授、著名遗传学家贝特森(William Bateson)的怀疑。贝特森是坚定的达尔文主义者，正是他创造了“遗传学”这个词，其研究工作对现代遗传学具有极其重要的影响。基于对遗传学的认识，他认为卡梅勒的工作可能有问题，但当他提出要检查产婆蟾标本时，却被卡梅勒一口拒绝了。
在欧洲过足了嘴瘾以后，卡梅勒带着标本去了美国继续宣传，结果却栽了个大跟头。当时各方都给卡梅勒施加了强大的压力，要求他把标本拿出来接受检查。卡梅勒最后只得同意由美国自然历史博物馆对他的标本组织检查工作，结果令人难以置信。英国《自然》杂志专文刊出了检举信，卡梅勒标本上的所谓“黑色指垫”是用黑墨水涂出来的！
一个多月后，卡梅勒开枪自杀，那时他已经准备前往莫斯科大学当教授。死前他给莫斯科大学写了一封辞职信，承认产婆蟾标本有假，但他声明自己是无辜的，是有人背着他造了假，他只是背了黑锅而已。
后来有人试图为卡梅勒洗刷恶名，但进一步的检验无不证明，卡梅勒用来证明拉马克理论的实验结果均有作假现象。卡梅勒事件成为遗传学上著名的丑闻，本就处于风雨飘摇中的拉马克主义在此打击之下基本破产了。
后来古尔德曾无情地指出，就算卡梅勒的实验没有作假，也根本不能证明获得性遗传，相反，恰恰是证明了自然选择的正确。因为卡梅勒实验中死掉了大量的样本，这些都是环境淘汰的结果；而仅剩的产婆蟾，就算长出了黑色指垫，也只能充分说明突变体只有适应环境才可以生存。
这次打击对“新拉马克主义”来说相当严重，但百足之虫，死而不僵，“新拉马克主义”特别容易被普通读者所理解并接受，加之由于政治问题，后来终于又出了一件李森科闹剧。
李森科是乌克兰的一个农民出身的育种站技术员。当时乌克兰的冬季农作物经常会受到霜冻天气的影响造成减产和歉收现象。1929年的一天，李森科的父亲偶然发现，在雪地里受过冻的小麦种子，春天播种时可以提早成熟，这样可以躲开霜降的威胁。李森科在此基础上发展出了“春化处理”技术，在种植前把种子冻一下，可以加速生长。这种技术对地处寒冷的苏联有重要意义，李森科从此一鸣惊人。他虽然从本质上根本不懂科学，但他懂得政治，这在斯大林统治之下的苏联就已经足够了。
前面介绍过，因为政治原因，斯大林不喜欢达尔文的自然选择理论。李森科当然也知道自己应该怎么做。他在学术上坚决支持拉马克的获得性遗传，并用政治术语攻击西方的遗传学研究成果，把孟德尔和摩尔根等学者当成是苏维埃人民的敌人。
因为紧紧追随斯大林的政治步伐，李森科对斯大林的整人技巧也学习得相当到位，并得到了斯大林的赞许。斯大林警告苏联科学界，要像李森科这样搞科研。结果是可以想象的，与政治斗争如出一辙，反对李森科理论的学术对手们被一一打倒了，有的学者被关进了监狱，甚至被搞死。在这种白色恐怖之下，李森科和他支持的科学理论一枝独秀。全苏联的遗传学家被迫改造自己的知识，大学禁止教授摩尔根的遗传学，这种禁令一直传到了中国。中国的科学界紧紧追随李森科的“学术”思想，现在的高校图书馆里仍然可以发现一排排枯黄的批判摩尔根学术的教科书，正在低低述说着那个非常岁月的非常故事。
李森科在生物进化思想方面是拉马克主义者，可他更愿意把自己的理论打上达尔文的标签。不过这里面有一个难办的事情，因为当年马克思虽然热情地表扬过达尔文，但后来也曾批评过达尔文。马克思的脑袋里已经种下了拉马克主义的种子，他相信自然界和社会一样，都有着明确的发展方向，而这种方向感是达尔文所反对的。更让马克思不高兴的是，达尔文反复强调人的动物本性，如果达尔文是正确的话，伟大而高尚的共产主义又从何谈起呢？
这些理论上的问题是如此的重要，甚至涉及了共产主义理论的根本，所以李森科踩着马克思的步伐，又需要适当批评达尔文。他指出达尔文的理论有着严重的错误，指责达尔文提出的物种生存竞争其实就是生物种内的阶级斗争。共产主义者不需要这种斗争，他们只需要人类之间的斗争，而自然界必须是和谐的，生物之间应该是互相帮助的，利他行为是令人感动的，不然的话，所有生物斗争不休，则共产主义势难成功。为此，李森科提出了所谓的“苏联创造性的达尔文主义”，其本质仍然是拉马克主义。李森科反复宣讲拉马克主义的核心观点，那就是承认外部环境在生物体形成过程中的积极作用，以及已获得属性的遗传性，李森科认为这些论点是完全正确和非常科学的。
斯大林之所以支持李森科，是因为他早就相信拉马克的获得性遗传理论。其原因和所有的社会工作者相同，因为这种理论听上去含有“进步”的味道，有“发展”的含义，甚至可以从中看出某种“创造性”来。到了斯大林这里，这一切就意味着“革命”。那可是真的要人命的事情，很多人的命，包括持反对观点的科学家的“命”就这样被“革”掉了。
在自己的理论体系中，李森科把魏斯曼也大骂了一顿，并指责“新达尔文主义”是对达尔文的曲解和诋毁，正因为“新达尔文主义”去掉了获得性遗传的影子。魏斯曼就这样在一个毫不相干的国家被大加鞭挞，戴上了一顶反动生物学代表的帽子。
为了支持获得性遗传理论，李森科带领手下的一批“科学家”做了大量的实验，得到了很多结果。在他那里，植物之间是可以变来变去的，连奶牛都可以按照人类的需要产出又多又好的牛奶来。这一切都是如此积极，看上去前景光明，生机一片。更严重的是，他们甚至企图通过强化的共产主义教育，使得受教育的群众也产生获得性遗传，可以一代一代地坚持共产主义思想。
这些故事现在都已被当成趣闻来谈了，但有意思的是，“新拉马克主义”的余音仍在。在法国，不知是不是出于对拉马克的尊敬，所谓现代的“新拉马克主义”学派仍然占据着一席之地。他们面对生物科学的发展成果，不断提出修补理论。其中的典型观点是：生物的新种并不是局部的基因突变造成的，基因的突变也不能解释进化，相反，基因突变往往造成畸形然后导致死亡。那么，生物变异和进化的动力来自何方呢？他们认为是来自细胞质而不是细胞核，细胞质对环境产生了适应，然后这种适应能力传递给基因并遗传给下一代。
这就是改头换面的细胞水平的获得性遗传。
在这一理论中，基因的决定性地位被迫让位于细胞质，基因只不过是细胞质实现自己理想的中转工具而已。所以，现代的“新拉马克主义”更加重视细胞质的生理和生化分析，而轻视基因的决定作用。后来，这一理论遭到了社会生物学理论的强烈反驳，但无论如何，“新拉马克主义”没有退出科学舞台，他们仍然在不断寻找新的证据。新的争论来自著名的细菌耐药性。
几乎所有人都知道细菌会出现耐药性，而且这种耐药性的增加是可以看得见的。年轻的父母往往被孩子不断的咳嗽折腾得死去活来，从前简单的一片药剂就可以解决的小病，现在却需要用最新的抗生素连续几天打点滴。我们所有人都受到了细菌耐药性的威胁。
问题出来了，这种耐药性是如何出现的？
这个问题对于主流的科学界而言，几乎不成为问题，因为早在1934年就已被著名的彷徨实验所证明，耐药性基因早就通过随机突变的方式出现并保存在细菌体内了。这种耐药性基因可以在细菌之间来回传播，抗生素的使用只不过是提供了一种淘汰的环境。大量的药物杀死了没有抗药性的细菌，反而为具备抗药性的细菌腾出了充裕的生存空间。抗药细菌的生活越来越好，人类的日子则越来越艰难了。
但“新拉马克主义”者不承认这种说法。他们坚持细菌是在与药物接触的过程中出现了定向的进化，通过自身的应答反应而制造了耐药性基因，然后通过传播使所有细菌共享这一成果，抗药细菌因此而越来越多。
这一说法已被微生物学家嗤之以鼻了，诺贝尔奖获得者莱德伯格（Joshua Lederberg）夫妇在1952年设计的影印培养实验已经彻底击碎了这种理论。但“新拉马克主义”者们仍不死心，他们在另两位诺贝尔奖获得者雅各布(Frangois Jacob)和莫诺(Jacques Monod)的埃希氏大肠杆菌乳糖操纵子模型研究中又看到了曙光。
正常情况下，埃希氏大肠杆菌所在的环境中基本上只有葡萄糖，这种菌也就优先利用葡萄糖。可是，当培养基中只提供乳糖时，只需几分钟时间，它们就通过基因诱导手段生产出半乳糖苷酶，这样就可以利用乳糖作为能源了。如果环境中同时有葡萄糖和乳糖，或者只有葡萄糖时，细菌就会关闭半乳糖苷酶生产线，以节约生产成本。
“新拉马克主义”者从这个研究中看到了什么救命稻草呢？他们看到了机体和环境之间一一对应的互作关系。因为环境中只有乳糖，所以细菌就产生了半乳糖苷酶。这简直是定向进化的活生生的例证。可惜的是，进一步的研究彻底打破了这些人的理想。大肠杆菌并不是针对环境而出现了适应，这种适应能力本就存在，只是环境适时被调用了出来而已。乳糖可以和一种起阻遏作用的蛋白质结合，而正是这种阻遏蛋白阻止了半乳糖苷酶的基因表达，和乳糖的结合，使得阻遏蛋白作用消失。于是半乳糖苷酶基因开始表达，细菌就拥有了利用乳糖的能力。
从这个例子中可以清楚地看出“新拉马克主义”的核心观点，他们力图寻找到生物与环境之间直接对答的关系。但他们每次找到的都是假象，生物似乎并不具备这种直接对答的能力，它们只是贮备了很多工具，什么时候需要，就拿出正确的工具来应对环境的变化，而绝没有能力针对新的环境迅速拿出一种前所未有的工具来。
可是“新拉马克主义”者仍然在寻找新的证据，他们希望分子生物学的发展会给他们带来新的机会。可惜这些机会也都是假的，一种病毒的DNA可以插入到细菌的染色体中去，并随着细菌的增殖而遗传给下一代。病毒所携带的DNA所产生的新的性状似乎就是获得性，并且可以遗传。从字面上来讲，好像就是这样的。