谁都不知道在宇宙形端之前发生过什么，那时可能早就有了一个上帝，也可能没有。所以，霍金曾经表示过，上帝存在的可能性是一半一半的。为此他受到了教皇的表扬。
1802年，自然神学的领袖人物佩利(William Paley)出版了《自然神学》一书。这本书描写了大量生物体的复杂结构，并指出了这些结构对自然的适应性。佩利这样做的目的当然是为了证明上帝的仁慈与睿智，而不是为了提出进化论。不过这本书确实对达尔文的研究提供了某种线索。
佩利在书中明确而详细地表述了“钟表匠理论”。他说：“钟表无疑是经认真设计然后精心加工而成的，而这种设计和加工的现象，在大自然中也有，并且，大自然的设计性远远比钟表要精密得多复杂得多，超出了一切人为的计算。”
由这一论述，我们也清楚地认识了“设计论”。
“设计论”属于机械论哲学范畴。机械论用机械的观点看待一切事物，认为人不过是一架精美的复杂机器而已，这种复杂与精美性绝不是偶然的产物，而应该是设计的结果。这一理论在任何时候都具有迷人的外表，比如谈到地球，他们就认为带有明显的设计的痕迹，经典的一条就是：地球的重力即不太大，也不太小；太大则水分易结成冰，太小则水分挥发为汽，都不适合人类的生存需要。喜爱游泳的人都知道，人体的密度与水差不多，所以在水中可以自由漂浮而不致淹死。在“设计论”看来，这又是一则精妙的设计的结果。
自然神学的设计论也面临着一些困局，虽然并不是有人故意挑刺，但自然神学的智者们也会考虑到这一点，并需要提供某些辩解。如果说狮子的尖牙利爪是设计出来捕捉猎物的话，那么对于猎物，比如一只温顺可爱的羚羊而言，上帝是不是太残忍了点？
设计论者当然不能这么看待上帝。他们认为，一些经受生命折磨的老弱病残的猎物在狮子的利爪之下迅速结束生命，其实也是一种仁慈，痛快地死亡总比活着受罪要好点吧。
可问题是有些猎物明明是正当壮年，一点也没有老弱病残的样子，狮子为什么还要捕杀它们大快朵颐呢？这时，设计论者给出了一个有意思的解释，因为这种解释表露出了某种自然选择的思想苗头。他们辩称：无处不在的杀戮行为是为了保持自然界的生物平衡，不能让某一物种任意繁衍，那样会打破整个自然的和谐。这其实体现的是上帝的一种大慈悲。
如果这种辩解成功的话，那么，为什么又要设计出如跳蚤和蛔虫这样的烦人的生物来呢？这些东西看起来似乎对人类没有任何好处，上帝这样搞，难道也体现了什么仁慈之心吗？
设计论者对此不好意思再说这也是出于仁慈的考虑，他们只好说这是出于惩罚的目的。有的人太坏，需要用一些刑罚来加以惩治，寄生虫就是为了完成这一任务而设计的。
难道连好人也要惩治吗？
不是这个意思，上帝的惩罚是针对人类的“原罪”，而非现世的显罪。
说来说去的，反正设计论算是糊弄了很长时间，老百姓也没谁真的跟这些理论过不去。
无论“设计论”如何包装自己，无论他们做出多少自然科学的研究成果，即便是最近在西方甚嚣尘上的“智慧设计论”，都无法阻止自己陷入到神创论的深渊里去。因为不管如何来打扮这个设计者，他都只能是神。
与“设计论”密切相关的是“目的论”。“目的论”认为，世间一切都是因为一种目的而存在，而这个总的目的似乎就是让人类得以更好地生存，即所有物种都是为了人的需要而创造的。猫是用来抓老鼠的，猪是用来杀肉吃的，萝卜更不用说了，一切植物都是为了让人类一饱口福而已。而人自身的所有器官也都是有目的的，比如他们认为，人有一双眼睛，那是因为人需要看东西；人长鼻子，自然是因为需要呼吸了。对目的过分强调，导致“目的论”也必然走向神创论。这个目的，只能是上帝预设好的，他创造了万物，并为万物提前制定了用途。自然神学宣布，某个智能存在指导着所有的自然事物，这个存在，我们称之为上帝。
所有的这些理论，都没有单独考虑纯自然的力量，而总是半推半就地依靠一种超自然的力量来完善他们的理论。这是致命的缺陷。但所有的这些理论都没有真正死亡，后面我们会看到他，他们仍然轮番登场，和进化论进行着没完没了的争吵，直到现在仍没有停歇的苗头。
自然神学遭受的第一个严厉阻击来自伟大的英国哲学家、历史学家和经济学家休谟(David Hume)，他在政治上也取得了不俗的成绩，曾一度任英国副国务大臣。而最让他富于盛名的当推他的哲学著作《人性论》，他的怀疑论和近代不可知论都对后来哲学的发展起过重要的启发作用。休谟对自然神学的态度则主要集中在《自然宗教对话录》一书中。
休谟指责设计论说，如果用高级标准来衡量这个世界，无疑是很不完美的，这只能是某个幼稚的神灵作出的粗糙的尝试，然后这个神灵对自己的成果感觉羞愧而最终抛弃了它。如果真的要用这一切来证明上帝的存在，无疑这个上帝是一个低能儿。
休谟的指责影响很大，但还不足以将自然神学观打倒。这种思想在英国仍然有广大的市场，宗教的力量不可能靠一蹴而就的工作来消灭。
科学界迫切的任务是，需要彻底排除超自然的力量，向自然寻求真正的规律，以科学的态度研究生物和人的由来。此前亚里士多德(Aristotle)、柏拉图(Plato)，毕达哥拉斯(Pythagoras)、笛卡尔(Rene Descartes)、阿奎那(Thomas Aquinas)等先贤们尽管在这个问题上殚精竭虑，进行了大量思考和论证，但从现代科学眼光看来，他们都没有真正涉及这个问题的核心。一些学者试图把地球上的所有生物用一种链条从低到高完整地排列起来，然而也失败了。
就连大名鼎鼎的现代生物学分类学之父林奈(Carolus Linnaeus)，在研究了大量植物后，也没有形成物种变化和进化的概念，相反，分类这是建立在物种相对静止的基础之上的。
而布丰(Georges Buffon)在其三十六卷的浩瀚巨著《自然史》中关于动植物和地球演化的研究和描述也仍然是在问题的外围游移。
布丰是个全才，先后学习过法学、数学、物理学、植物生理学。牛顿的专著《流数》就是他翻译成法文从而引入到法国学术界的。他先后当选为法国科学院院士、英国皇家学会会员以及德国和俄国的科学院院士。布丰曾经清楚地意识到物种是可变的，甚至认为猫和狮子老虎等动物都来自一个相同的原始群体，后来因为地理的分隔而形成了不同的物种。可惜布丰当时年事已高，没有在这方面做出更优秀的研究成果来。
第一个真正涉及生物进化论核心的，是价值被严重低估的拉马克(Jean Lemarck)。我们关于进化论的真正意义上的争论，也可以就此拉开序幕了。