根据进化理论，灭绝是必然的结果，自然选择就是靠这种方式在运行，大量不适者就是这样被干掉的。自然界存在一个正常的物种灭绝率，大致是一百万年灭掉八个科，遇到大灭绝时动作就大一点，一百万年间可能会干掉二十个科。《科学》杂志1986年载文指出，生物大灭绝的周期一般在二千六百万年左右，并且动物的灭绝与体重有很大的关联，体形越大的物种，灭绝得越快。食肉动物平均一个属的生存期是八百万年。小小的蚂蚁和蟑螂可以生存到如今，而横行地球的恐龙与猛犸象则早已化为尘烟了。
换句话说，如果它们都不灭绝，我们人类又到哪里蹲着去呢？
难以解释的不是灭绝，而是大灭绝。很多物种同时消失，这是达尔文不愿意看到的现象。他不愿意看到并不表明大灭绝就不存在，现在得到确认的至少有五次物种大灭绝。受到关注最多的当属二叠纪和白垩纪大灭绝，它们分别排名第三次和第五。一般估计，经过这几次折腾以后，生存过的物种有99%以上都已经彻底消失了。
二亿二千万年前，二叠纪末期，发生了六亿年来最严重的一次物种大灭绝。大约有一半的海洋生物在几百万年内接连死去，90%以上的物种成队消失。纵横四海的三叶虫就是此次大灭绝的牺牲者之一。此后，大约在六千五百万年前，又发生了一次以恐龙灭绝为标志性事件的著名大灭绝，称为白垩纪灭绝。死去的不仅仅是恐龙，大量的海洋浮游生物再次殉葬。此次事件约有四分之一的动物纲被彻底从地球上抹掉了，物种的灭绝率也达到了85%。哺乳动物就是从那以后渐渐在地球上站稳脚跟的。
物种的灭绝和物种的发生一样，是个非常具有吸引力的话题。物种的死亡最终是个体死亡的集中表现。如果不是有忍无可忍之事发生，大概谁也不愿无故死去。是什么事情造成了这种惨剧呢？无数的智者都在考虑这个问题，可惜大多遭到了惨重的失败，没有人能提出一个可以被普遍接受的假说，有些人不得不继续相信那是上帝在用大洪水来重整世界秩序。
尽管如此，仍然有一些理论显示出了相当的水平。比如造山运动、行星撞击、火山喷发或者流行病肆虐等等。
先说二叠纪大灭绝。这次灭绝比较奇怪，从化石分析得知，当时受到影响的主要是浅海生物。对此，有理论认为，这主要是因为大陆板块的漂移，一些本来分开的零散的小板块得以结合成了巨大的整体大陆。这种结合的后果就是，海岸线大为缩短，加上陆块互相挤压，浅海区域因此而急剧减少。本来地盘很大的浅海生物一下子被挤得受不了了，只好死翘翘。这个理论之所以具有说服力，是因为对浅海范围减少幅度的计算结果正好与物种减少幅度相一致，说明这两者之间呈正相关性。二叠纪大灭绝似乎就是这么简单的事情，通俗地说，地盘变小了，住不了那么多生物了。
而1996年，《自然》杂志刊文指出，全球性海平面的大幅上升，造成海洋缺氧，从而导致海洋生物缺氧而死，形成大灭绝。这个理论得到了地层岩石证据的支持，听起来也很有道理。可是也有人提出相反观点，认为其实海平面下降才是真正的杀手。至于究竟哪种理论更正确，只能留给时间和事实来检验和淘汰了。
关于白垩纪大灭绝的说法就更是花样繁多。这里面涉及恐龙的命运，大家都比较关心这些大个子的死活，自然也就更是众说纷纭。
1954年，德国古生物学家欣德沃尔夫(Otto Schindewolf)提出了极具代表性的“新灾变论”，这一理论是对居维叶“灾变论”的更新。居维叶的老理论认为，地球经过了很多次周期性的巨大灾变，且给生物带来了严重的打击。他认为这些灾变是由非常力量引起的，大概也就是上帝吧。当非常规力量消失，地球恢复平静，可以过一段好日子，此间可以产生一些与从前不同的生物。
居维叶对化石的观察并无大错，他错在把造物主牵扯了进来。所以当达尔文理论提出以后，“灾变论”受到了猛烈抨击，最后被赶出学术圈。
欣德沃尔夫比居维叶高就高在，他当然不能再请上帝出手了。他请出来的是一颗白垩纪的小行星，也可能是彗星或者陨石，反正是天外来客，在太空遨游的时候出了交通事故，一头撞到地球上。结果就如大家反复听到的故事一样，地球笼罩在一片凄风苦雨之中。长时间的暗无天日，生活太痛苦了，大批生物纷纷灭绝，其中包括恐龙。
人们对此假说兴趣多多，并一直在追踪研究，提出了很多证据对其加以完善，甚至找出了当年大碰撞的遗迹，它正埋在墨西哥的热带森林底下，撞击形成的大坑直径约有180公里。猛烈的撞击造成冲天大火，整个地球烧成一团，加之无人救火，结果可想而知：绝大部分生物被做成了原味烧烤，75%的动植物因此灭绝。
灾难过后，地球经历了长期的恢复过程。漫漫长路，风雨交加，愁云惨淡，经过忧伤洗礼的残存生物不屈不挠地继续繁衍。千万年后，地球又是一片欣欣向荣的景象。
“新灾变论”的结论就是，大灾变导致大灭绝，然后是恢复和扩张期，其中就有物种大爆发存在，接下来，可能就是提心吊胆地等着下一次大灭绝。
这个理论乍看起来似乎与古尔德提出的“间断平衡”有点类似，但其本质是不同的。古尔德的理论不需要外界因素的干涉，进化的“间断”与“平衡”都是生物自身的事情，而“新灾变论”则不然，其决定力量来自于外界。当然，这种力量是可以理解的。
“间断平衡”提示灭绝的过程要缓和得多，更符合达尔文的原意。“新灾变论”的灭绝过程是惨无人道的，不讲道理，也没有通融的余地，几乎所有的生物都在一时之间被逼上了死亡的征途。
不过，“新灾变论”也面临很多挑战，其中最不利的证据就是，白垩纪后期的化石记录表明，大多数物种灭绝的速度其实是很缓慢的。它们往往都经过了数千年的衰落才减少到最低点，直到灭绝。这与激烈的大碰撞所提示的短期灭绝快速灭绝不太一致。
当然，没有哪一种理论可以解释所有灭绝现象。物种大灭绝也不可能是单一因素造成的。随着科学的发展，我们或许会接近物种大灭绝的真相，但那其实已经不是最重要的事情了。最重要的是，我们已经相信，完全可以在科学范围内来解释这些离奇的故事。
当然，大可不必对物种大灭绝哀悼不已。旧的不去，新的不来，这个地球也不是离了谁就不转了。生物圈的本质就是不断地代谢更新，死了一些动植物实在是没有什么好伤心的。唯一让人可惜的是，很多外形异常怪异的物种被删除以后，再也不可能重新出现在地球上。我们永远失去了在动物园中对着他们发出大声惊叹的机会。
人类真正需要关注的，是应对自己的行为适当控制，不要超出自然界许可的幅度，更不要越职越权，代替自然的力量人为地制造物种大灭绝。那么根据自然的原理，我们仍然有很长一段时间好活。
所以，人类需要不断纠正自己出现的偏差，努力把这个世界变得更加和谐美丽，只有这样，才更符合人类在这个星球上所处的特殊地位。
社会达尔文主义的提出和由此而展开的相关论战，正是人类纠偏行为的一个漂亮证明。