《物种起源》虽然俘获了一批生物学家的芳心，比如著名植物学家胡克很快就向达尔文投降；而曾与达尔文数度通信交流的哈佛大学教授格雷也立即对达尔文投怀送抱，并用一种极其巧妙的方式在美国引进了生物进化思想；德国、法国也都相继作出了积极的反应，似乎是一片欣欣向荣的景象。但总的情况却不容乐观，大部分生物学家仍持观望和保留的态度，一些其他领域的科学家，虽然享有盛名，却因为对生物学的了解不是很深刻，所以对达尔文的理论几乎是批声一片，其中就有达尔文的老师塞奇威克和导师享斯罗，甚至是好朋友赖尔也反对他的观点。
比较有影响的反对来自电磁理论的奠基人麦克斯韦(James Maxwell)和英国物理学的开山鼻祖开尔文(Lord Kelvin)，他们都是胡子很长头脑很聪明的重量级人物，因为在物理科学领域的巨大成就而受尽尊宠，在当时享有无可撼动的权威地位。其中开尔文用地球散热的速度推算出地球年龄只有两千多万年左右，最多不超过一亿年，如此短的时间不足以支持生物如蜗牛般慢腾腾的进化。基于开尔文巨大的名声，达尔文无言以对。他自己由于物理知识的缺乏，对地球年龄的估算基本上都是猜测，看不出有任何科学依据。面对开尔文的这一计算结果，达尔文却异常坚定地声称：“我确信将有一天将会证明地球的年龄比开尔文的古老得多。”同时又暗中咒骂开尔文是一个“讨厌的幽灵”。但正是这个幽灵，最终和达尔文一道被安放在威斯敏斯特教堂牛顿墓的旁边。
现在已经知道伟大的开尔文计算结果是错误的，他忽略了地球内部放射性元素的作用，所以低估了地球冷却的时间，同时也大大低估了地球的年龄。
更严酷的批评来自哲学界和宗教界，他们指进化论是“粗野的哲学”和“肮脏的福音”，并把进过教会学校的达尔文比喻为一个“魔鬼牧师”，甚至当成是“欧洲最危险的人”。重压之下，以至于剑桥大学图书馆禁止借阅此书。
一时间风萧萧兮易水寒。
也有相当一批教会人员站出来支持达尔文，不过他们采取的是和稀泥的调和手法。这种理论在美国特别流行，他们认为进化论与上帝并不冲突，正是上帝创造了能够自我发展的原始生命形式，甚至进化的策略也是上帝制定好了的，这样一来，进化论就成了第二因，与上帝互不侵犯。而且，这样一搞，上帝反而轻松了许多，他不必一个一个费心费神地去制造万种生灵了，他只需要制定一个生物发生和进化的原则就行了。可能有的时候还插手修改一下进化过程中出现的小错误，比如搞死一大批恐龙之类的小事情。
而在保守的英国，受过正统教育的牧师们仍然出离愤怒，因为《物种起源》是对《圣经》中描述的过程的全盘否定。这样一搞大家就不相信上帝了，而一旦人们开始怀疑《圣经》，那人生的一切都将失去意义。在虔诚的教士们看来，生物进化理论将颠覆整个世界的伦理与道德。
在这种气氛下，科学与宗教的冲突已不可避免。
《物种起源》刚一出版，赫胥黎就写论文宣传和支持达尔文，并利用在皇家研究院演讲的机会公开支持进化论。而此时另一批人，比如威尔福伯斯（Samuel Wilberforce）已经开始和很多人一道写文章攻击达尔文了，动物学家欧文(Richard Owen)更是发表了一篇言辞激烈的论文对达尔文大加鞭挞，在剑桥哲学学会上对达尔文众口交攻，唾沫喷了一会场。达尔文根本没有还手之力。
欧文虽然长得很丑而且生性冷漠，但这并不妨碍他成为著名的动物学家和地质学家。他自小痴迷于动物解剖，并为此而享有盛名，一共发表了六百多篇解剖学论文，其学术成就与名重一时的居维叶有的一拼。正是他发现了始祖鸟，也正是他把一种大家都没见过的化石命名为“恐龙”，出版有经典巨著《论脊椎动物解剖学》及其他一大批专业作品。可惜这个人的道德品质并不能如其学术成就那样让人尊敬，经常做一些迫害同事及偷窃别人研究成果的工作，大大削弱了他作为一个重要学者的影响力。
但对他影响更大的，恐怕还是与赫胥黎的论战。
那时，赫胥黎开始实践自己要为达尔文做斗犬的诺言，他开始针对性地写反驳文章，但这种缺乏当面交锋的论战缺少火花与激情，很快被人遗忘。
正面交锋的机会终于来了，1860年6月27日，英国科学促进会年会在牛津召开，开会第二天，在动植物组分会场上，赫胥黎开始对欧文发难。因为欧文声称，通过解剖学研究发现，大猩猩的大脑与人的大脑之间的差别很大，超过了大猩猩与其他动物的差别，也就是说，不应该把万灵之长的人和这些低等动物放到平起平坐的位子上加以比较。这一说法令赫胥黎很不开心，赫胥黎相信猩脑与人脑之间的差距不大，是两个非常接近的物种，这一观点支持达尔文的理论。
所以赫胥黎接下来毫不客气地回击了欧文，这个家伙用非常不礼貌的语气嘲笑欧文说：“即使我能证明大猩猩是他们的祖先，他们也不会害怕。”
这次会后的一年多时间内，他们关于这个问题的争斗仍在继续。欧文提出了一个解剖学上的证据来证明人的优越性，即人的大脑中有一个重要的结构——小小的海马状的回转部位，称为海马回；而在黑猩猩和大猩猩的脑中则没有这个结构。这一区别可以充分说明人的独特性，并证明人与猿之间在结构上不存在所谓连续性。所以人不是猿进化而来的产物，人类大可为此而感到骄傲。
赫胥黎正在写作专著《人在自然中位置的依据》，他有足够强大的资料表明，所有的猿都有海马回，人脑和猿脑之间存在明显的连续性。这场争论曾引起全英国的关注，后来终以赫胥黎获得全面胜利而告终。当有人劝赫胥黎对欧文进一步攻击以把他的理论全部打倒时，赫胥黎感叹说：“我们的生命太短了，不能将已经杀掉的再杀一遍。”
其实这两个人一直就是宿敌，正是赫胥黎把欧文从英国动物学会和皇家学会委员会中用投票的方式挤了出去。后来欧文只好放弃科研工作，去大英博物馆自然史部上班，并为创建伦敦自然史博物馆付出了大量努力。在做好博物馆工作的同时，他没有忘记对老对手的嘲笑和报复，他四处游说批驳达尔文的理论，并强烈反对为达尔文和赫胥黎修建雕像。当自然博物馆不得不摆上这两个人的雕像时，无可奈何的欧文只好在雕像的摆放上做了点手脚。在他的地盘上他有这个权力，他把自己的雕像放在博物馆大厅最显要的位置，而达尔文和赫胥黎的雕像则被摆在博物馆开设的咖啡店里，整天脸色严肃地看着那些啃面包喝咖啡的客人们。
这次会议上，欧文只一个回合就很快败下阵来。第二个出场的就是牛津教区主教威尔伯福斯，因为善于论辩，人称外号“油滑的山姆”。
在会前，欧文就和主教商议好，要借这次机会把生物进化理论彻底从生物学界清除出去。这个消息早就传了出去，温和的达尔文可能预见到了这场争吵，所以没有出席会议。据传本来赫胥黎也不想出席此次会议的，他怕受到那些虔诚的教士们无休止的攻击，是在胡克的劝说下才披挂出征的。
科学大会还在继续。
会议进行到第四天的时候，越来越多的听众赶来听动植物组的讨论。这些人大致都是有目的而来的，他们估计到这次会议上会有人操事，所以看热闹的人比科学家多一些，先后来了大约七百多人，小会场坐不下了，于是搬到新落成的牛津博物馆继续开会。
当几位科学家读完自己的报告以后，威尔福伯斯主教站了起来，主教长期滔滔不绝地教育信徒，已练成了一副辞藻华丽的好口才，而且他精通数学，也略通地质学和鸟类学，是当时英国科学促进会的副会长。为了维护正统的教义，主教以非常轻蔑的语气谈起了进化论，猛烈攻击达尔文的学说以及达尔文的朋友。