达尔文非常不满于一些人对他的成功而强加的指责。有人说《物种起源》的成功表明“这种思想本来是众所周知的”或“大家早就准备接受这种思想了”。这种说法让达尔文很受伤，他很委屈地辩解道：“我偶尔接触过一些自然科学家，碰巧没有一个像是怀疑物种不变的。甚至赖尔和胡克，虽然他们都乐于倾听我的观点，但他们似乎从来没有表示过赞同。我曾经向一些有才能的人一次或两次解释我的自然选择观念，但完全以失败告终。”
这一辩白是在告诉大家，在这本书出版的时候，还有很多人，包括一些高水平的专家都不相信物种是变化的。因此，在自然选择理论的论证和宣传推广方面，《物种起源》绝对功不可没。
当然，《物种起源》第一版时还面临着另一个批判，当时达尔文没有列出那些包括他祖父在内的进化理论的先驱者们，此种批判避开学术争论而摆出了道德姿态，把达尔文搞得很难看，后来不得不在第三版中加进了一个简要回顾，列出了三十多位学者有关生物进化的一些拉拉杂杂的观点。虽然仍被别人指来说去的，但总算挡住了一些口水。
无论如何，《物种起源》出版了，并且成功地成为了社会的热点，各色人物怀着各种目的都在看这本书，他们给出的反应也当然各不相同。很多典型的反对意见将在后面陆续讨论到，这里先介绍一下中国人熟知的几位伟人对进化论的态度。
唯物论者马克思和恩格斯以最快的速度阅读了达尔文的著作。马克思曾给恩格斯写信提到了这本书，说这本书虽然写得很粗率，文采一般，但为了阅读这本书，“粗率的英国式的阐述方式当然必须容忍”，因为它可以为唯物主义的观点提供必要的自然史方面的支持，并给自然科学中的“目的论”以致命的打击。
江湖传说，马克思曾向达尔文题赠了《资本论》第二卷，不过为了压低马克思的地位，人们说达尔文拒绝了马克思的好意。可惜这个传说缺乏根据，因为达尔文收藏有一本马克思送给他的《资本论》。在扉页题字中，马克思称自己是达尔文的“真诚的钦慕者”。可惜的是，达尔文看不懂德语，所以并没有阅读此书。
但马克思对进化论的社会价值仍抱着谨慎的态度，所以他反对把自然选择概念引入到社会主义学说中。这一点他和恩格斯的意见是一致的。
《物种起源》出版不到一个月，1859年12月，恩格斯给马克思写信表扬达尔文写得好极了，是一本非常有意义的著作。恩格斯认为，这本书可以一举击倒目的论，“至今还从来没有过这样大规模地证明自然界的历史发展的尝试，而且还做得这样成功。”此后，恩格斯就在《自然辩证法》和《反杜林论》等著作中不停地提到达尔文的作品，并继续不吝给以高度评价。很明显，达尔文的进化论自然观对于计划建立一个无神论的政治体系的马恩等人来说，在理论上是极有帮助的。无论达尔文本人意愿如何，达尔文的理论本身无疑是共产主义者对抗有神论者的天然盟友。
恩格斯在《自然辩证法》中正确指出：“不管这个理论在细节上还会有什么改变，但是总的说来，它现在已经把问题解答得令人再满意不过了。”“机体从少数简单形态到今天我们所看到的日益多样化和复杂化的形态，一直到人类为止的发展系列，基本上是确定了。”并且，恩格斯还从专业的角度展开了一些探讨。他认为：“由于过度繁殖的压力而发生的选择，在这里也许是最强的首先生存下来，但是最弱的在某些方面也能这样。”“由于对变化了的环境有较大适应能力而发生的选择，在这里生存下来的是更能适合这些环境的。但是，在这里这种适应总的说来可以是进化，也可以是退化，例如，对寄生生活的适应总是退化。”
百科全书式的恩格斯用他那超级脑袋扫描《物种起源》时，也看到了其中存在的不足，恩格斯曾明确表示，他虽然同意进化论，但对于生存斗争和自然选择的意义仍持保留意见，他认为这一理论还很不完善，因为达尔文没有强调生物协作的重要性。恩格斯甚至极具专业眼光的指出：“达尔文在说到自然选择时，并没有考虑到引起单个个体变异的原因，也没有清楚地说明这种个体的偏离怎样逐渐成为一个品种、变种或种的特征。”虽然恩格斯不是生物学家，但毫无疑问，这个聪明的大胡子的判断是正确的。
不过恩格斯也对达尔文的理论可能产生的副作用表达了严重的不满，他指责达尔文的“全部生存斗争学说，不过是把霍布斯一切人反对一切人的战争的学说和资产阶级经济学的竞争学说，以及马尔萨斯的人口论从社会搬到生物界而已”。“变完这个戏法以后，再把同一理论从有机界搬回历史，然后就断言仿佛已经证明这些理论具有人类社会的永恒规律的效力。”为此，恩格斯抨击达尔文“是蹩脚的自然科学家” 。但这并不妨碍恩格斯把进化论与能量守恒定律、细胞学说并称为19世纪自然科学的三大发现。
其实在这里，恩格斯表达了一种担心，对社会达尔文主义的担心，而事实证明，恩格斯的担心是完全有根据的，因为斯宾塞(Herbert Spencer)所提出的“社会达尔文主义”在当时已相当的有市场。斯宾塞们明确指出，穷人是社会中的“不适”者，应该被自然淘汰掉，所以政府不必施以救助。
恩格斯认为生物间的关系很复杂，既“包含有意识的和无意识的合作，也包含有意识的和无意识的斗争”，而不能一概用生存竞争来加以解释。这也是伟大的社会主义理论的思想核心之一吧。可惜根据天堂理论弄了一个人民公社，却仍然存在你死我活的竞争。理想的高尚不会天然地带来人格的不俗。
列宁在1894年也及时地认识到，达尔文的理论“第一次把生物学放在完全科学的基础上”。
总的来说，这些革命的导师们对达尔文理论基本采取赞成的态度，也为后来的包括中国在内的社会主义国家毫不费力地接受进化论铺平了道路。不过有意思的是，强硬的斯大林在1906年发表的《无政府主义还是社会主义》中却犹犹豫豫地指出：“看来也绝不能断言，马克思主义对达尔文主义采取不批判的态度。”这大概为后来李森科(Trofim Lysenko)登场表演埋下了伏笔。
《物种起源》虽然大卖，社会影响热烈，但在当时带来的效果却是让达尔文哭笑不得的。很多人受此书的影响相信了生物是进化的，而这一点并不是达尔文的独家理论，如他自己所列出来的那一串名单一样，已有很多人提到过了。而达尔文自己真正的独门秘笈“自然选择”却饱受怀疑甚至是诋毁。这种待遇在刚一出版就已强行降临，然后一直折腾到了现在。
关于自然选择的结果，曾遭受过一次危险的批评，几乎要从根本上否定了达尔文的学说，那就是指责“适者生存”的理论是同义反复，就等于是在说“可以生存的生存”，不客气一点说，适者生存这种表达就是一句废话，因为这种说法就像是说“我爸爸是我父亲”一样，不含任何有用的内容。这样空洞的理论当然要被剔除出科学领域，或者让它自行垮掉。
著名的科学哲学大师波普尔(Karl Popper)对这一问题的插足使其变得更为复杂起来。波普尔也是玩文字的大师，他对这类逻辑上的东西犹为敏感，几乎一眼就看出其中似乎存在的问题，并表态说，这种逻辑上的同义反复的理论是无法检验的理论，因为适者才能生存，而生存的当然都是适者，我们找不出任何相反的例证，所以这个理论无法伪证。
1959年，在《物种起源》出版一百周年庆祝会上，波普尔作了一次影响较大的演讲。他说：达尔文主义不是真正的科学理论，因为它的核心学说自然选择是一种全能的巧辩。通过仔细观察就会发现，原来适者生存是一种同义反复，是必然性的宣言，只是前人没有发现两者的关系罢了。
这一演说引起了很大轰动，加上波普尔的巨大名声和权威性，一时间使自然选择理论八面来风。对此，同时参加会议、被誉为达尔文之后最伟大的进化论大师的迈尔(Ernst Mayr)立即作出了反应，他指出：“适者生存”这个词是一个容易引起误解的词，达尔文本人最初使用的是“自然选择”，只是为了更清楚地表达和换用了适者生存，这才出现了同义反复的嫌疑。但是迈尔指出，这并不是达尔文的本意。《物种起源》中的原始提法是：那些比其他生物有某些优势的生物，虽然是略微的优势，但都会有最佳的生存机会，并能繁殖后代。这一表达无论是在内容上还是形式上都不存在同义反复的问题，是一个典型的论断，而且是可以检验的论断。波普尔的批评是不正确的，因为他没有了解达尔文主义的真正内涵。
许多其他进化论者也对波普尔提出了批评，这迫使波普尔对自己的判断作出了反思。后来，在1977年，在《自然选择及其科学地位》一文中，波普尔修改了自己的看法，他指出：自然选择理论与检验的问题容易让人看作是同义反复，我过去也受到了这种观点的影响。后来我认为自然选择理论是一个最成功的形而上学的研究纲领，它引导人们去研究更多的问题，并提出可以接受的答案。
波普尔谦虚地表示，对于自然选择理论的可检验性和逻辑地位问题，我已经改变了自己的想法，我希望我对自然选择理论的前后两次评价能够对理解自然选择做出微薄的贡献。自然选择理论远非同义反复，它不仅是可以检验的，而且严格地说，它本身就不是普遍的起初，与许多生物学理论一样，它似乎有也例外，这种例外的发生并不令人惊奇，因此不是所有的进化现象都只可用自然选择来解释。
可惜的是，波普尔的第一次评价的声音传得太远，而第二次评价则被反进化论者有意忽略。现在仍有反对者把同义反复拿出来当作反对达尔文理论的一把利剑一再使用，殊不知这一指责早已过时。
达尔文小心翼翼地回避着因《物种起源》而惹出的麻烦，他对于来自各路的攻击采取了乌龟大法，躲在自己的别墅里一律不予理睬。他把自己投入到了新的写作当中，继续深入地研究了人类学和许多动物学问题，相继出版了《动物和植物在家养下的变异》和《人类起源和性选择》等书，进一步从各种角度论证他的进化学说。
但这种小心并不表明他对自己的理论缺乏信心，相反，他一直到死都坚持自己的理论。1881年7月3日，垂垂老矣的达尔文给美国哈佛大学植物学家格雷(Asa Gray)的信中继续温和地反驳了格雷的目的论。达尔文说：“最后，我认为，自然选择已经为文明进步所带来的和将要带来的，比您所倾向于承认的要更多，我将捍卫这一立场。”八天后，他给一位读者写了另一封信，指出“宇宙不是早就设计好的”。那些传说达尔文在去世前亲自否定了进化论的有鼻子有眼的故事，都只不过是神创论者为自己打气的无聊的把戏而已。
只不过，绅士般的达尔文的语气一直是温和的，他没有和论敌展开直接的交锋。但是这并不妨碍他在自己的书中对一些人展开有限的讽刺，因为有人不自量力地试图掠夺他的思想，声称自己才是进化理念的创始者。为此，达尔文毫不客气地嘲笑道：“要给这些人的观点总结出一个明确的思想实在是太难了。”
达尔文采取的弱势避让态度并不妨碍另一些科学工作者对生物进化理论的强力支持，一批有识之士挺身而出，为宣传和捍卫进化论做出了大量工作，其中尤以赫胥黎(Thomas Huxley)的工作最为出色。赫胥黎早在1850年就已结识了达尔文，并成了达尔文的好朋友，那时他也以军医的身份作了一次海上航行，与达尔文非常地有共同语言。而且赫胥黎也很勤奋，已经是英国皇家学会会员，当读完《物种起源》后，赫胥黎不禁拍案长叹：“我简直太笨了！居然没有想到这一点。”赫胥黎知道这一理论必将引起教会和世俗的强烈攻击，为此他写信给达尔文说：“至于你的理论，我准备接受火刑也要支持你。”他还给胡克写信，告诉胡克，尽管让教会的矛头全都指向他好了，“我决心穿好我的铠甲”，准备为捍卫这一理论作长期的战斗。
自命为达尔文斗犬的赫胥黎，终于扯开了进化论与神创论大战最为激烈的第一幕。围绕进化论正误所展开的充满了情感不失机智但同时又是火爆刻薄的口水大战从此如黄河之泛滥，一发而不可收拾。