龙朔三年（公元663年）九月，唐朝增援刘仁轨的大军赶到，远征军士气大振。此时远征军有两个选择：一是攻打百济的加林城，二是攻打百济叛军的临时都城周留城。众将纷纷主张攻打加林城，因为那里是水陆交通要道，兵家必争。刘仁轨摇了摇头，加林城确实重要，但是地势险要，城防坚固，攻打不易，会给大军造成很大损伤，而周留城是百济叛军的临时都城，百济国王扶余丰就在里面，拿下周留城，加林城就不在话下。在刘仁轨的主张下，刘仁愿等率一部人马由陆路挺进，刘仁轨率另一部人马由海上挺进，双方在白江会师，然后一同进军周留城。刘仁轨不会想到，就是这次进军，让他永远载入史册--他率军打赢了中日交战史上的第一仗。就在白江口，刘仁轨率领的唐军与倭国军队遭遇，双方随即展开交战。
一天之内，双方连续交战四次，唐军水陆联合，四战四捷，焚毁倭国战船四百余艘，火光冲天，蓝色的海水被染红，倭国援军溃不成军。白江口之战，唐军获得全胜。凭借此胜，刘仁轨被誉为“中国抗倭第一名将“。白江口之战对于中日两国的影响都是深远的，有唐一代，日本遣唐使络绎不绝，为什么？理由就是白江口之战。正是白江口之战，打出了大唐的威风，也打出了倭国的求学之心，在白江口海战之后，倭国开始向唐朝学习，并对后世的日本产生了深远的影响，比如日本字，比如日本的建筑布局等等。就在刘仁轨在白江口把倭国援军打得落花流水之时，感到情况不妙的扶余丰已经逃到了高句丽，他的儿子扶余忠胜走投无路，无奈地向刘仁轨投降，百济境内基本平定，只剩下一个任存城在坚守。
这时，唐朝历史上另外一位名将出现了，这个人就是百济人黑齿常之，有唐一代，黑齿常之与哥舒翰等人都是有名的外籍名将，而黑齿常之投入唐朝的怀抱，正是从跟随刘仁轨开始。原本黑齿常之与唐军誓不两立，他还跟苏定方的部队有过交战，而且并不落于下风。现在百济全国基本平定，黑齿常之看出百济气数已尽，于是便向刘仁轨投降。不过在收降黑齿常之之前，刘仁轨给黑齿常之出了一道难题：率领所部人马攻打任存城。刘仁轨随后补充了一句：所需粮草由唐军提供。其实，刘仁轨此举是有风险的，倘若黑齿常之拿着粮草跑了呢？那不成了以粮资敌了吗？于是便有属下劝告刘仁轨，夷狄人面兽心，不能信任。刘仁轨却摇了摇头，说道：“我看他们忠勇智谋，可以信任。“果不出刘仁轨所料，黑齿常之很快便替唐军打下了坚守的任存城，并从此成为对唐朝忠心耿耿的名将。现在百济的叛乱完全平定，征伐的矛头该指向高句丽了，这一次不打则已，一打就要让高句丽灭国。