到了次年，即明天启元年（1621）三月，后金集中优势兵力，向沈阳发起了迅猛进攻，邦平兄弟急忙率兵奔袭，欲救沈阳于危难之中。但因一步之迟，沈阳失守，落于金兵手中。“白杆兵”目睹了金兵的疯狂进犯，全军大怒。官兵们同仇敌忾，誓死收复失城。当他们渡过诨河到达沈阳之北时，金兵已经有所防范，所以，他们立足未稳，便遭到了敌人的激烈反攻。金兵多达六万之众，而邦屏兄弟的白杆兵，加上援军，总共不足万名。寡众悬殊，实难取胜，经过激战，金兵得胜。
此次战斗十分惨烈，白杆兵自知兵少势弱，但他们的勇气不减，决心以一当十，以少胜多。各个勇猛拼杀，致金兵死伤千名。白杆兵损伤也相当惨重，邦屏以身殉国，遗骨沙场；民屏身负重伤，血染战袍。这一仗白杆兵输赢各半：输的是兵死马上，赢得的却是大好名声。他们用鲜血和生命为历史谱写了耀眼的一页，用白木长矛挫败了敌人的威风。史学家称这次战役为明军“辽左用兵以来第一血战”。而在当地百姓的心目中，这次血战石柱的白杆兵立了首功。兵部尚书张鹤鸣在给皇上的奏折中也承认：“浑河血战，首功数千，实石柱、酉阳二土司功。”
当秦良玉部赶到浑河附近时，血战已经结束。而战场上的血腥味还浓浓地飘荡在乍暖还寒的春风中。当她得知长兄战死、幼弟负伤，心中极为悲伤。但她知道这里不是流泪的地方，她要做的事情还太多，必须保持清醒的头脑，沉着冷静。她首先收拢抚慰兄弟的残部，安排他们治伤疗养；再恤养阵亡将士之家属，使得他们的父母妻儿，少有所教，老有所养。随后，又派人进京赶制一千五百套棉衣，分发给那些缺少御寒衣物的兵将。一切安排就绪后，她又奉命退守榆关（即山海关）附近之杏山，与酉阳土官共同守卫这边关要塞。
榆关为金兵入侵中原之必经之地，具有重要战略意义，具有“咽喉”之能和一夫当关，万夫莫开之险。她知道自己的责任重大，是朝廷信赖的将领。而金兵久闻其名，对她多有忌惮。她率兵驻守这边关要塞，使得金兵又怕又恨。他们视她为眼中钉、肉中刺，决心尽快拔掉。秦良玉知己知彼、对于金军欲灭她而后快的心事了如指掌，所以她不敢有丝毫懈怠。安营扎寨以后，便与酉阳土官商议：金军知道我方万里用兵，人马劳顿，必会趁机连夜劫营，必须作好应敌准备，迎头给予痛击。酉阳土官相信她的猜测和谋略，两人便指制定了败敌方略。
是夜子时，万籁寂静，大地沉睡，好一派太平景象。可就在子时刚过，金兵大队人马悄然出现在杏山近旁。他们马不嘶，人不叫，顺利地搬掉了石柱、酉阳寨前屏障，然后蜂拥而入，直到进得寨中仍入无人之地，带兵的头领疑惑，不知这是何计。他忽然想到了诸葛亮的“空城计”，方觉不妙，便急令收兵。但为时已晚，正当他们踌躇之际，四面杀声骤起，马蹄阵阵，其势如江海之潮，如大厦即倾，势不可挡，连逃跑都不辨途径。他们只见领兵入寨的是一位身着战袍，横眉立目的女将军，她一手高举白杆长矛，一手紧握三尖两刃快刀。长矛与快刀共舞，近者死，远者伤。金兵见了顿时慌乱，不知是该逃还是该守，只顾左右张望，这给白杆兵提供了良好机会，与酉阳部队配合默契，很快占了上风。东方刚刚破晓，金兵已经死伤数千。所剩残兵败将，急忙逃窜。天明之前，战争结束。经清点，白杆兵伤亡有限，伏击战取得了大胜，秦良玉以超人的智慧和勇敢打出了威风，打出了声望。
金兵吃了败仗以后，气焰大大收敛，不敢轻举妄动，有了一段时间的安宁。秦良玉抓住这大好时机，积极投入到整顿军队，总结经验教训等备战的忙碌之中。反复告戒大家力戒骄傲，不要轻视敌人。随时作好迎战准备，睡觉都得睁者一只眼睛。她自己更是身体力行，白天监督练兵，深夜查岗，几乎昼夜不眠。
朝廷对这位亘古少见的女将领如此精明强悍和能征善战，十分重视赞赏。针对后金的野心不泯，仍在不断扩充武备，朝廷命令秦良玉回到田州，再征兵两千。秦良玉盛赞朝廷的英明果断，接到诏旨后立即与刚好伤愈的民屏同时返回石柱。到了家乡之后，立足未稳，便传来了永宁（贵州关岭西南）土司屠崇明举兵背叛朝廷的消息。朝廷又急命石柱的白杆兵增援巡抚朱燮元。尽管秦良玉千里奔波，疲惫不堪，但接到朝廷命令，忘掉了浑身的不适，立刻抖擞精神，整军出发。她爱国胜于爱护自己，为了维护祖国的统一，她愿意肝脑涂地，骨留沙场。
屠崇明与他的儿子野心膨胀，疯狂至极。强占了重庆之后，又纠集杨应龙余部，拼凑数万兵力，连续攻占了泸州、遵义，并坐守遵义，建国大梁。接着发兵成都，欲意进一步占领川西平原的大量沃土，从此独霸一方。
秦良玉精于判断，对于屠崇明的野心追求，早有准备。她鼓励白杆兵发挥擅于长途奔袭的优势，昼夜兼程，务必抢在屠宠明叛军的前面，保住成都。屠宠明向来惧怕秦良玉的远谋深算，更没勇气与白杆兵交锋。当他得知秦良玉已经屯兵成都附近，便望风而逃，撤兵东去。而这时贵州巡抚朱燮元乘胜出击，一举收复了遵义城。屠宠明及其子成了丧家之犬，狼狈逃遁。但他们的野心不死，蛰伏待起。后来他们果真又抢占了遵义，秦良玉再次率兵平定屠宠明之叛，这一仗打得旷日持久，艰苦异常。在这次战斗中民屏战死，她的两个儿子马佐明、马祚明双双血染沙场，负伤而归。至此秦马两家为铲除国之内忧外患，已经死伤数人。而秦良玉以一个女儿只身，依然挺立于千军万马之中。她没有悲戚，没有悔恨，一腔热血仍在沸腾。
明思宗朱由检于天启七年（1628）即皇帝位后，大明国力日衰，立国270年来所沉积的诟病，已无药可治。尽管崇祯是个不错的皇帝，欲挽狂澜于即倒，曾勤于政事，事必躬亲。但是晚了，后金的取代已成局，血写的悲剧在等着上演，一切努力都将写进史书之中。崇祯二年（1629）十二月，金兵再次大举进犯，绕道喜峰口，占领了遵化城。次年三月，又攻占了蓟州、三河、顺义等地，紧逼京门。都城之危，急待解除。年已五十六岁的秦良玉和小儿子马翼明立即奉诏东进勤王。多年的战乱，已使石柱地区经济受到很大损失，财税收入减少，而军事开支却日益增大。这次护国进京所须粮饷，府库已无力支付，秦良玉慷慨出资，现金不足，只好变卖家产。这在别人看来，很难割舍，但对她来说，却是小事一桩。她笑谈售卖，连眉头都不曾皱一皱。战死沙场都在所不辞，身外之物又何足珍惜。
白杆兵到了北京城郊，已有各路兵马约二十万人之众屯驻。但相互观望，无人肯做领兵先锋。秦良玉见了那一个个高头壮马和阳光下不断晃动着的肥硕头颅，暗自感叹：国家养兵千日，为的是一时用兵。现在大敌当前，却无一个血性男儿甘为先锋。可耻，可悲！随后，一声喝令，白杆兵立即蜂拥出动。直到这时，先于她到达的官兵，才肯出动。经过激战，金兵抵挡不住，不断后退。不久，便收复了遵化、蓟州等四城，京城的威胁得以缓解，百姓复得暂时安宁。崇祯皇帝十分欣喜，亲自召见秦良玉母子，赐其一品夫人服，并当众赋诗褒奖：“蜀锦征袍手剪成，桃花马上请长缨，世间多少奇男子，谁肯沙场万里行？”皇帝把肯为沙场万里行、并一马当先杀退胡虏的女将军，视为救驾有功，又以诗表示“凭将箕帚扫虏胡，一片欢声动地呼，试看他年麟个阁上，丹青先画美人图。”
秦良玉居功不傲，一直低调做人。回到石柱后，继续练兵不怠，并将自己大半生的战争的感悟和经验亲传其子，勉励他忠君爱国，关注民生。
后金宠德元年（1636）太宗皇太极改后金国号为清。崇祯十七年（公元1644年），由于汉将叛变，清兵终于入关。满清王朝开始了对汉民族的统治。是时秦良玉已是古稀之年，但对大明的忠贞不渝依然如故。她再次抖擞斗志整理战袍，不顾年老体衰继续投入到“执干戈，保社稷”维护南明小朝廷的斗争中去。1646年8月，南明隆武朝廷（唐王朱聿键称帝）赐年高七十二岁的老太太秦良玉“太子太保”爵、封“忠贞侯”。同时又命她接“太子太保总镇关防”铜印，亲自挂帅出征。当时，隆武政权赖以御敌抗清的主要军事将领只有郑芝龙（郑成功之父），而他却在这时叛变降清，直接导致了隆武王朝崩溃于执国之初。秦良玉面对这种局面，除了感到孤立无援和报国无门外，还十分悲愤。但大势已去，自己无力挽回，只有怀着一颗爱国之心，屯兵石柱。在这片热土之上，发展生产，训练兵丁，保境安民，恪尽职守。
公元1648年，一代英杰秦良玉以七十五岁高龄逝世。她为国为家奋斗一生，留下的只有两袖清风和经久不衰的英明。
一个少数民族女人，为了大明江山的稳固绵长，为了人民不受敌寇践踏蹂躏。丈夫冤死狱中她强压悲痛；兄弟马革裹尸，她泪不长流，儿子重伤，她顾不得照看抚慰，她能做的只有扬鞭再战。她把自己的全部献给了江山社稷，留给自己的只是满头白发和瘦骨嶙峋。
秦良玉是一位爱国英雄，但决不是个完人，她犯过很大的错误，是她洗不清的污点。她曾经曾参与镇压农民起义，亲手扼杀过反抗统治阶级的斗争。这是她的愚忠导致的后果，她到死都不明白这是她政治生命中的罪过.但她的爱国情操，她的英勇善战永远是我们学习的榜样。历史也会公正的评价她的功过是非。
秦良玉是个全才，不只是热衷于战场厮杀，她还是一位风度闲雅、精于词翰，谈古论今，见地新颖。还熟稔女红，经常带兵纺纱织布。直到现在四川她的兵营遗址还留有“金印夙传三世将，绣旗争认四川营；至今秋风秋雨夜，隐约钲听杂纺声”的诗句，这是对她一生功绩的肯定。