当时她面临两大问题，一是契丹贵族内部阻碍改革和进步的旧势力的反扑，一是宋赵王朝的军事进攻。内忧外患的形势要求她必须在任用官吏上，做新的调整。经过深思熟虑，她决定对于契丹族中的忠勇之士，给予重用，同时兼顾汉臣中忠于她的杰出人物。很快提拔了具有经国之才的耶律斜轸为北府枢密使，托付他一定要治理好东北大片领土和国府重镇；任命善于用兵攻战的休哥为南京（幽州）留守，把好南大门，总理南面军中要务。对于景宗在世时的契丹族老臣，只要没有二心的都继续留任；汉族老臣室昉继续担任北府宰相，新的优秀人才如邢抱朴等也都得到重用。
韩德让，这位性格淳厚、才智过人、做事稳妥、德高望重的英俊男人，在她心目中的地位重之又重。还是在景宗耶律贤刚刚病逝时，她遵遗诏命他与耶律斜轸同为顾命大臣，他是她治国中须臾不可离开的左膀右臂，是她的心腹和“中枢神经”。对他，除了政治上的依赖，更有感情上的缠绵，对他的信任和重用到了无以复加的程度。韩德让担心那些拥有兵权、心怀叵测的契丹贵族伺机反扑，建议萧太后“密切关注，伺机应变，如有不轨，削其兵权”，萧绰对此十分欣赏，从速诏令“诸王归第，不得私相燕会”，这就以皇命剥夺了那些人的行动自由。然后，又以种种理由削了他们的兵权，刀箭未发，悄然消除了隐患。
萧太后与韩德让在生活上，日益亲密。开始还有些避讳，后来竟是出双入对，胜过夫妻。萧绰是个阳光性格，不愿意与自己真正相爱的人，过这种不阴不阳的生活，便在一次众臣参加的会议上，公开了她与韩德让的关系，并决定正式嫁给他。命圣宗耶律隆绪和两个弟弟，要像对待亲生父亲那样礼敬韩德让。而韩德让对幼帝也十分尊爱。表面上是君臣，实际上情同父子，关系融洽。他对萧绰的感情真挚而又深厚，倾注全力帮助她内振朝纲，外求拓宽领土，把辽朝视为第二祖国，愿意把毕生精力奉献给它。
辽朝原有四京，即东京（今辽宁辽阳）、西京（今山西大同）、南京（今北京宛平）和上京（今内蒙古巴林左旗林东镇附近）。上京为政治中心，萧太后和耶律隆绪皇帝长住这里。随着社会的发展和政务的繁多，政治中心需要向东南转移，便在原奚牙王府故地建立了中京。这座城郭原名大定府，历时两年建成。方圆四十里，其中的宫殿、楼阁、庙宇、民居、街巷都具一定规模，颇为壮观。，是辽朝后期的政治经济中心。它标志着契丹社会基本上完成了向封建化的过度，是萧绰为发展契丹文化做出的重大贡献。由于这里处于南北交界地，不仅便于辽、宋交往，还可以兼顾发展农牧业生产，改变了专以放牧为主的单一生产模式，这对促进社会的发展和繁荣十分有利，对向封建制的过度也起了促进作用。
萧绰深谙国欲强必先使民富的道理，而欲民富就得解放生产力。在韩德让和契丹族臣僚们的协助下，她效仿中原王朝的统治方法，对社会进行大刀阔斧的改革，首先解放了一批奴隶，给了他们以平民身份和自由生产的权利。这样做既有效地削弱了奴隶制的基础，也瓦解了奴隶主贵族的经济实力和政治上的优势。
辽朝长期处于奴隶制社会，本无法制可言。在萧绰执政以前，契丹族和汉族、贵族和奴隶是极不平等的，特别是在定刑治罪上存在着很大差异，“同罪议论”是他们的法定原则。这就使得汉人和契丹族奴隶常常遭受冤狱之苦。同样犯法，受罚轻重悬殊，真正的“王子犯法，不与庶民同罪”。这无疑加剧了社会矛盾。萧绰以一个女人少有的远见卓识，看到了它的弊端，决心推行“以法治辽”，取消了“同罪议论”的陈旧章法，强调“犯罪同罚”。为了避免契丹贵族官员执法不公，凡是契丹人犯了罪都交由汉官审理。对犯人实行“刑罚从宽”，允许罪犯“上诉”。她还亲自为冤狱者平反，这是她政治又上一大功绩。
萧绰在领土上是有占有欲的女人，对于宋朝统治的中原一直怀有觊觎之心。燕云（北京至山西一带）十六州本是汉族王朝领土，这片领土人口密集、物产丰富、经济发达，是汉族历代王朝抵御北面少数民族入侵的屏障，也是宋辽为此战火不断的原因。宋太宗赵光义对于韩德让与萧绰的情爱关系和他殚精竭虑为辽朝服务，深为不满，单为这件事也足以向辽举兵声讨。于是，他于辽圣宗统和四年（公元986年）三月，向辽发起了大规模的进攻。萧绰面对宋军的强大攻势，虽有压力，但并没有慌忙，沉着思考，师古之张良“运筹帷幄，决胜千里”，调兵遣将，谋取胜算。她决定纵敌深入，以逸待劳。两个月之后萧绰才亲率大军与休哥的军队会和，大败宋军于涿州西南的岐沟关。在此后的征战中，为了让儿子耶律隆绪增长军事才干，母子两人并驾齐驱，共同督战。辽军见了，士气大增，她乘此机会，立马横刀、冲锋陷阵，儿子紧随其后，精神抖擞。宋太宗赵光义见败势已定，急令全线撤兵。到了是年七月，宋之边关名将杨继业奉命再次出兵北征，因潘美没有如约接应，致其孤军奋战，最后全军覆没，杨继业被俘，绝食而亡。辽军大获全胜，史称“燕云大捷”。
萧绰取得“燕云大捷”后又兵分两路，西征阻卜、敌烈（鞑靼等少数民族部落），东讨高丽。联合西北夙敌党项首领，谋划共同抗宋。
辽圣宗统和十七年（999），萧绰或亲自领兵，或调兵遣将，不断向中原进攻，几乎每战必胜。统和二十二年（1004）闰九月，已经年满四十七岁的萧绰同儿子耶律隆绪、宠臣韩德让领辽军二十万，挥师南下，一路取胜。十一月到达澶州（今河南濮阳）近郊，宋真宗赵恒大惊，朝廷很多臣僚建议皇都南迁，惟有宰相寇准力排众议，苦苦劝谏真宗御驾亲征。
宋真宗赵恒的亲临澶州，大大鼓舞了士气。而辽军前锋主将萧挞凛，却在宋军的进攻中，中箭身亡。这不只使萧绰十分悲痛，全军斗志也大大受挫。萧绰面对这种前进不能、后退获辱的局面，反复思忖，韩德让也从旁建议，最好与宋议和。而宋真宗赵恒也正希望立即停火。当他见辽方有意议和，便派出使臣曹利用面见萧绰太后，萧绰暗喜，便与韩德让同乘一车与曹利用交涉。经过一番讨价还价，终于达成了和解协议：宋辽双方认同两国为兄弟之邦，辽圣宗耶律隆绪称宋真宗赵恒为兄，赵恒唤萧太后为婶母，双方罢兵，各守疆土。从此结束了辽宋长达近二十年（自辽圣宗统和四年起算）的战争，换来了此后一百二十多年的和平共处，这便是历史上有名的“澶渊之盟”。一百二十多年的和平环境，使得宋辽百姓免除了战争的杀戮，出现了“烝民乐业，南北相通”，“互市不绝，欣欣向荣”的大好景象。
为了振兴辽朝，萧绰大胆改革吏治，模仿汉族科考取士制度，从辽圣宗统和六年（988）开始，录取名额逐年增加。光是统合二十四年（1006）就有二十三人考中及第，这些人都得到了重用。这其中有许多汉族知识分子，萧绰一视同仁，量才使用。这不仅密切了契丹族和汉人的民族关系，也带动促进了辽朝文化和教育事业的大步前进。
萧绰不愧是一位精明豁达的政治家，进退有度，不计沉浮。她在辅佐儿子掌权二十七年以后，于统和二十七年（1009）还政于圣宗耶律隆绪，自己要过一过常人的清闲生活。她对儿子非常关爱，经常教育他要勤奋学习，节俭吃穿；友好汉人，用好汉臣。隆绪年少时曾一度贪恋游猎，她开导他说：“圣人有言，欲不可纵。我儿乃大辽之主，如因此发生意外，后果不堪设想，请即收敛”。随后，就把《贞观政要》等汉族治国典籍，拿给儿子反复研读。耶律隆绪也十分尊爱母亲，虽然早已长大成人，从未有过向母亲索政之心。所以当母亲把朝政归还他时，这位年近“不惑”的儿子，还一再挽留母亲。
萧绰在当年一月退位时，身体尚好。可就在一个月以后，她突患重病，逝世于行宫，享年五十七岁，安葬于乾陵。对于她四十年的辅政执政功绩，辽史给予充分肯定。后人赞她英明干练，治国有术；特别是她“亲御戎车，指挥三军”的气魄，为许多男人所不如。她逝世一年多以后，忠心耿耿、辅助她大半生的韩德让因思念她过度，也一病不起，于统和二十九年（1101）与世长辞，葬于乾陵之侧。这对蕃汉之恋，生时同寝，死后相伴。