其次，同城的社会保险模式的单一化与农民工多样化的需求的矛盾。经过近三十年的发展，农民工经过二次分化已经衍生出新一代的农民工，职业层次也发生了较大的变化，主要有：个体工商户及私营企业组成的业主层，散工形式的个体劳动者、企业雇工层，与此同时他们对于城市倾向也越发明显。从层级来看，不同职业层的他们所占有的生产资料、技术和资金以及社会资源的情况不同，由此也产生了他们对于社会风险不同的承受能力和应付能力。因此，可以说农民工具有很强的异质性和复杂性，这一点在制定各项农民工政策中是不能忽视的。在城市中多采用直接扩面的社会保险供给模式，而这种供给模式比较适合劳资关系稳定、城市倾向强、流动性低且缴费能力相对强的业主层的农民工。而分析上海、成都等相对独立的社会保险提供模式，其对农民工形成的社会保险权益相对适合那些流动性较大、城市倾向较低的劳动雇工层。由此推及，无论是“城保型”还是“农保型”或者是“仿城型”都只是分别适合农民工群体中的部分人口，缺乏必要的组合统建，从而出现供给的结构性失衡。
（四）制度操作与落实不到位
一是制度操作落实不到位。农民工社会保障制度在历经三十年的变迁和改革中，制度范围在变化，制度体系在变化，但却始终没有建立起来合理符合实际的操作和管理体系。在操作方面，农民工的社会保障没有明确具体的操作流程，就连基本的保费收缴和管理都无章可行，更不谈在几经流动后社会保障权益能否真正得到实现。前者是属于静态的，而在动态的社会保障关系的转移和管理目前还不能相对有效的实现。农民工社会保障制度是从无到有，但是其发展之初就没有认真的考虑其发展方向，最终出现，随着经济社会的高速发展农民工呈现高流动性，而社会保障的管理也越来越实践地方属地化的管理。两条线在各自的方向上渐行渐远，再加上农民工养老保险是长险，需要农民工坚持长期参保。显然，操作难以完成。
现行的劳动管理还有不少是沿袭计划经济时代的做法，在管理理论、方式和服务内容上都有所缺失，主要表现在：法规依据不充分，缺乏长效机制；认识不到位，管理与服务脱节，中央强调对农民工的管理与服务要并重，但在各地的具体实践中管理疏漏，且管理多于服务，两者并没有有效的结合起来；相关农民工社会保障监察缺乏，在现实操作中相关部门的监察和检查往往是短期的、运动性的和不全面性的，徒留形式，甚至连形式都不周全，严重缺乏实际作为；行政执法力量薄弱，各地用于劳动保障监察的工作人员并不多，农民工相关的执法力量就更加薄弱了，工作人员下行运动较少，且受经费牵制，实际调查、执法就更少了。
二是责任不清与纠缠。农民工的流动天然的存在着“输出地”与“输入地”。输出地一般是农民工的户籍所在地，输入地是农民工的劳动付出所在地。在输出地农民工一般还保留着土地等传统形式的保障形式，而在输入地，部分农民工有当地的社会保障，还有一部分没有参加当地社会保障，往往有着低水平的社会保障甚至没有。在前期缴费过程中，农民工按照缴费要求艰难的维系着这种缴费模式，但是由于农民工的高流动性，很难达到连续15年缴纳年限，即使达到了，也很难实践自己的社会保障权益。在输出地与输入地之间产生了“踢皮球”现象，输出地认为农民工将自己的价值劳动力都付出在输入地，为输入地的城市建设、经济发展做出了巨大的贡献，就应该由输入地来负责他们的各项社会保障。相反，输入地根据社会保障的基本要求认为农民工的户籍不在当地，而且农民工将在当地的劳动收入都转移到了输出地，为输出地的经济发展也作出了重要的贡献，与此同时，农民工在输出地还有土地保障，理应由输出地负责农民工的社会保障以及相关事宜。各个地方政府首先代表的是本地居民的利益，农民工社会保障制度的发展无疑就是使更多的农民工流向城市就业和定居生活，必然要求相应的就业机会、公共服务和福利资源的重新分配，由此来自于地方政府重视的城市居民的投票和舆论的压力，又使地方政府在农民工社会保障制度的发展上显现出消极性，从而进一步增强了这种输入地与输出地之间的“踢皮球”动机。
（五）制度建设与制度发展结果取向不一致
一是参保率上升缓慢，退保率居高不下。制度从无到有，从当前的制度实践来看，由于农民工流向的偏向性及其内部的复杂性，与此同时，各地政府在制度实践过程中加入当地经济、社会元素，从而导致农民工在流动中“不知所措”。归因于我国缺乏全国统一的农民工社会保障政策，加之我国城市社会保障的排他性，表现为农民工“参保”形式各种各样且参保率普遍不高。2011年全国农民工总量达到25278万人，雇主或单位为农民工缴纳养老保险、工伤保险、医疗保险、失业保险和生育保险的比例分别为13.9%、23.6%、16.7%、8%和5.6%。由于我国大多数的农民工的用工企业都是属于劳动密集型行业，所实施的人力资源战略多是低成本战略，而对于农民工来讲，工常年往返流动于不同城乡之间，并在城乡之间、单位之间因频繁变动工作岗位而转换地方，而且每年外出的人群都在不断变动务工地点，进一步导致了就业的高流动性，增加了社保关系不同地域转接的难度，不但增加了相关经办机构的管理难度和工作量，更是影响了农民工本人和用人单位对投保参保的积极性，使得农民工社会保障的参保率增长速度缓慢。
自2008年以来，在全球经济危机影响下，许多中小企业纷纷倒闭大量农民工失业被迫回乡，由于现行养老保险政策的种种限制，无法实现保费的异地转移。由此，在返乡前掀起了一次新的退保潮。制度的缺陷导致出现大规模的农民工退保潮，如果制度不得到完善退保潮也将会不断出现。
二是农民工城市化背离预期目标。农民工社会保障与农民工城市化的存在间隙追本溯源，农民工社会保障存在问题的根本原因在十我国计划经济时期的“城乡分治”的二兀社会保障制度设计、安排难以适应新时期人口城市化的新情况。大量的农村剩余劳动力的前仆后继，为我国城市建设与发展做出了重大贡献，但是户籍制度以及由此产生的城市偏向的劳动就业制度、社会保障制度却为农民工的城市化、市民化设置了重重障碍。这样的人口迁移模式致使我国城市化表现出不完全性和滞后性。
在农民工社会保障的具体实践中，相对独立性的农民工社会保障，不是项目残缺就是享受标准较低，自然将农民工与城市市民分开，加大了两者之间的差异性，增加了农民工市民化的难度，不利于农民工的城市化进程。而融入性的直接扩面式的农民工社会保障虽然在保险项目上、待遇上与城市市民一致，但是缺乏户籍制度等相应的具有城市偏向的制度与之相配合，所以也导致大部分农民工难以比较顺利的实现市民化。
二、农民工社会保障制度存在问题的原因分析
农民工工作具有很大的流动性，但是，我国当前推行的社会保险和农民工的流动性存在很大的矛盾。当农民工在更换工作或者年老返乡时无法转移和保持社会保险，农民工很难实现老有所养的待遇，农民工最终能在城市定居下来的人数非常的少。由于我国农村社会保障制度的建设很不完善，农村社会保障和城市社会保障很难衔接。农民工顾及到在城所交的社会保险金，回到农村无法享受到相应的保障，这就造成了农民工在返乡之前把社会保险个人账户中的钱提取出来，出现了大量农民工纷纷退保的现象。当前的社会保障制度，对于农民工的作用微乎其微。
（一）现行社会保障不适合农民工群体的需要
一项制度的制定是不是合理，能不能顺利的实施，关键取决于这项制度是不是符合其实施对象的特点。农民工由于他们的身份和职业总在农民和工人两者之间转换，有的学者称农民工为“两栖人”。农民工作为农民，他们的社会保障必须要和农民的特点相联系；农民工作为工人，他们的社会保障又必须要和工人的特点相联系。农民工从事的工作具有以下特点：他们从事的职业一般具有临时性、季节性、流动性等特点。农民工一般会在农闲时间出来务工，农忙时节回乡务农，他们的流向一般以经济发达的大中城市流动。然而现行的社会保险很少顾及到农民工的这些特点，虽然一些地区和单位为农民工制定了社会保险，但是这些社会保险在实行的过程中产生很多的问题，实施的效果并不理想，现行的社会保障致并没有考虑到农民工的特点和农民工自身的需求，致使农民工不愿意参加社会保险，即使有的农民工已经参加了社会保险也想退掉，造成退保现象严重。农民工的收入水平普遍偏低，缴纳社会保险金的能力有限，这一点是农民工进入城镇社会保险的一个重要障碍。由于城镇社会保险金市由单位按月代扣代缴的，但是这种缴费方式不适用于农民工。有的地区规定农民工可以按月或者按照季度缴纳社会保险金，但是农民工的流动性大，没有稳定的收入，尤其是对于建筑队的农民工来说，他们的工资都是按工期计算的。“由于现行城镇养老保险制度规定的缴费基数和比例没有考虑农民工工资水平普遍偏低的实际，超长了农民工的承受能力，所以造成农民工对参加养老保险的抵制情绪。”
当前农民工的缴费方式缺乏灵活性，对于农民工的缴费方式应做适当的调整。当前，我国的养老保险的缴费期限过长，这对于流动性频繁的农民工来说是很难实现的，这也阻碍了农民工参加养老保险。农民工大多从事的是高风险、高强度、环境差的工作，他们的身体条件不允许他们从事这样的工作长达15年，“有调查现实，农民工在工厂、餐饮等服务行业的平均工作周期是4-6年；从事建筑等体力工作的农民工，在一个地方的平均工作周期仅为2-3年，”参保期限要累积15年以上的规定，导致众多的农民工参保之后又退保。
从参加保险到退保，农民工在社会保险面前面临着无奈和矛盾，产生这些问题的关键在于现行的社会保险没有考虑到农民工身份和职业的特殊性，使得他们的养老保险在地区之间难以转移难以接续，最终导致已经参加保险的农民工无奈的退掉了保险，更使得一些农民工对社会保险失去了希望，根本不会考虑参加社会保险。
（二）农民工社会保障制度不健全存在制度障碍
农民工很难到城市的正规就业体系中去工作，他们多数是在非正规部门就业。例如个体经营、从事建筑业或者服务行业，他们难以享受到正规就业人员的社会福利和社会保障，他们甚至连最起码的像工伤保险、医疗保险等社会保险业都难以享受到。由于我国人口众多，城市社会保险带来了很大的压力，政府很难顾及到农民工的社会保障问题。
在我国各地区、各行业凡是有农民工的地方，农民工社会保障问题就广泛存在。造成农民工社会保障问题成为社会普遍行为的根本原因在于，农民工社会保障制度不健全。社会保障制度的不健全，体现了当前的社会保障制度是一种有失公平和正义的社会制度。制度的建立应当是基于公平和正义的基础之上的，在制度的范围框架之内，应当确保具有不同条件的人之间，享有平等的权利。社会保障制度的不健全体现了人与人之间具有较大的差别。
农民工社会保障制度存在三方面的障碍，主要是国家为保障城市的发展和社会稳定而制定的户籍制度、劳动用工制度、和土地使用制度。
农民工社会保障制度受到户籍制度的束缚、劳动用工制度的歧视和土地使用制度的阻碍。伴随着中国城市化的进程，现行的以城乡为界限的社会保障制度已经不适合当前社会的需要了。户籍制度的建立，为农民迁入到城市成为市民设置了障碍。在当前，一些城市居民还对外来务工的农民工有歧视，这些歧视尤其表现在对农民工的就业歧视方面，具体来说就是农民工同城市职工一样做相同的工作，但却得不到相同的待遇；大多数农民工从事的是城市职工不愿意做的高风险、工作条件艰苦、工作环境差的工作。城市中的很多高福利、待遇好的工作，不是农民工没有能力做，而是由于农民工受到户籍制度和就业制度的限制无法做。虽然在目前看，农民工的就业渠道是通过市场来实现的，但是农民工就业市场缺乏公平性，有部分城市限制了农民工的就业范围，我国目前还没有形成统一的、合理的、公平得到劳动力就业市场。
当前的土地制度很不健全，把进城务工的农民工牵制在土地上无法离开土地，造成农民工对土地的依赖性还很强，无法转变成市民。由于土地制度的不健全，使得大多数农民工在农闲的时候出来务工，在农忙的时节回乡务农的现象。这种结果不仅导致农民对土地的粗放式经营，还弱化了人口城市化的农村基础，如果农民无法舍弃对土地的依赖，那么农民就永远无法成为真正的市民。土地制度的不合理，还导致了农村许多土地闲置而造成了土地资源的浪费。由于农民工社会保障的缺失，使得进城务工的农民工看不到留到城市的希望，这些农民工顾及到自身及其子女为来生活的保障，他们即使在城市里有稳定的收入也不愿意放弃农村的土地，部分农民通常以低价或者无偿的形式将自己的土地转让给他人耕种，甚至出现土地撂荒的现象。
（三）农民工社会保障法缺失