改革开放以来，虽然政府不断放松农村劳动力转移的限制，改革劳动力流动制度，改善流动人口的就业、居住、子女教育、社会保障等社会条件，但是由于户籍制度的存在，城乡居民仍处于两个制度之下，劳动力流动和人口转移的制度性障碍仍然存在，甚至还发生一定变形，形成新的二元体制，造成诸多社会问题。首先，扭曲了城乡人口结构，弱化了农村经济社会发展能力。现行制度框架下的农村劳动力转移，增加了城市劳动力供给，但是由于户籍制度是享受公共服务和社会保障的主要依据，使得农村劳动力只能是劳动者，不能成为城市市民，而过高的城市居住成本，使他们只能把自己的配偶、父母和子女留在农村，造成农村老龄化、妇女化和留守儿童现象，这不利于农村的繁荣稳定。其次，扭曲了劳动力市场信息，延误了农村劳动力就业的时机。户籍制度把劳动力需求和劳动力供给分割开来，造成特定地区劳动力供给的大起大落，影响了城乡经济社会的稳定发展。再次，阻碍了农村转移劳动力公平合理获得城市的住房、社会保障、子女教育、就业等公共福利，农村劳动力及其子女获得与城市居民同等的待遇需要付出超额的代价，这造成中国社会阶层分化严重，不利于社会层级的正常流动。最后，中国传统的家庭观念和文化信念，使得农村劳动力承担过多的迁移负担，农村劳动力以季、年为单位转换就业地点、工作机会，缺乏稳定性，不利于熟练劳动力生产率的改善。因此，改革户籍制度及相关福利制度可以进一步释放中国制度潜力，是形成城乡一体化格局的关键内容，是城乡居民实现共同富裕的必然选择，也是实现劳动力、资本等资源最优配置的重要保障。
（三）改革户籍制度，破除二元制度障碍
长期以来，在城乡二元体制大背景下，我国一直实行城乡二元的公共服务体制，城乡居民公共服务的提供机制不同，公共财政资源配置带有特别明显的城市偏好，城乡居民所享受公共服务存在很大差异。在快速城镇化背景下，现行公共服务体制存在的最突出的问题是，农民工尽管在城镇就业和居住，有的已经实现了举家迁移，但还不能和城镇居民享有同等的就业和福利待遇。从制度安排上说，户口是造成城乡居民待遇差别的最大障碍。长期以来，在消除城乡差别的改革思路上，多以户籍改革为手段，试图通过户籍改革来一次性解决农民工的差别待遇。但是，一次户改的牵涉面广，成本高，障碍多。实际上这也成为了户籍制度改革难以深入推进并饱受社会诟病的原因。随着市场化改革进程的不断深入，城乡劳动力要素流动的壁垒被打破，农民工成功实现了职业的转变（非农化），却没有实现身份的转变（市民化），城乡二元制度是主要原因。必须以新生代农民工为重点，加快农民市民化的进程，从制度上根本解决农民工融入城市的障碍，减少身份转变过程中的痛苦和摩擦，以终结农民工现象推动二元经济结构向现代社会经济结构顺利转变。
1.剥离户籍制度的福利分配功能。要使进城的农民工逐步转化为市民，必须改革传统的城乡分割的二元户籍制度，变城乡分割的二元户籍制度为统一的居民身份证一元户籍制度。推进户籍制度改革的目的在于剥离附着在户籍上的附加利益，实现我国城乡间经济与社会的和谐发展，维系最大限度上的社会公平。户口被高度重视的主要原因是户籍管理制度的背后经常承载着许多附加的社会功能，例如人事、社会保障、劳动关系、计划生育等。假如让户籍与社会福利脱钩，户籍的重要性就会随之逐渐淡化，与此同时，横亘在人口流动中的身份藩篱，也将不复存在。所以，要深化户籍制度改革，就必须消除附加在户口上的各种社会的、行政的功能，加快推进与户籍制度改革相匹配的政策和措施改革，实现社会人群的权利、待遇与保障的再分配，避免进而消除那些不利于户籍制度改革的体制性的和政策性的制约。
2.实行户籍制度与土地制度联动改革。目前农民工城市化过程中一个不可忽视的问题便是土地的流转及其权益问题。有学者认为，在经济集聚中走向平衡是一条兼顾效率与平衡的发展道路。世界各国的经济都在向少数大城市的周围聚集，相比之下，中国经济目前的集聚程度较低。而且，建设用地不允许跨地区自由配置，虽然可以保持地区规模意义上的平衡，但却会造成巨大的效率损失。因此土地和户籍应该联动改革，首先建立地区间土地利用指标的交易机制是兼顾效率与公平的举措。其次劳动力要和土地指标一起流动，让更多的劳动力分享经济聚集的好处。伴随建设用地指标的再配置，适度推进地区间公共服务的均等化。
（四）推进公共服务均等化
农民工市民化的过程，实质是公共服务均等化的过程。在这个过程中，户口的转换是形，服务的分享是实。对于已经具备条件的公共服务项目，如义务教育、就业培训、职业教育、计划生育等，应率先实现同等对待。与城市户籍紧密挂钩的低保、经济适用房、廉租房等，也要逐步覆盖符合条件的农民工，要通过逐步增加和不断完善农民工的公共服务，最终达到消除户口待遇差别的目标。
1.保障农民工子女的教育权利。子女教育，毋庸置疑是农民工在城市稳定就业后选择是否落户城镇首先要考虑的因素。当前农民工子女的义务教育阶段政策已有突破并取得成效，但学前教育的供给不足和异地高考的限制，都阻碍了农民工市民化的进程。输入地政府要将农民工随迁子女教育纳入教育发展规划和财政保障范畴，要逐步实现农民工子女学前教育的同市民待遇，将农民工随迁子女学前教育纳入输入地城镇学前教育发展规划；研究制定农民工子女异地参加中考、高考的办法。
2.以根据常住人口配置公共服务资源为重点，保障农民工平等享有基本医疗卫生和计划生育服务。合理调整基层医疗卫生机构布局，提高农民工集中地基层社区医疗卫生机构服务能力，保障农民工享受安全、公益、便利的社区医疗卫生服务。加强农民工聚居地环境卫生和疾病预防控制工作力度。依法保障农民工职业健康权益，建立职业病防治专项基金，实施农民工职业病防治行动计划，落实用人单位的主体责任，从源头上预防控制职业危害。将农民工职业病防治纳入基本公共卫生服务体系，列入国家重大公共卫生服务项目。加强基层计划生育网络建设，健全实有人口信息化管理体系，建立国家和省级流动人口经费保障制度和财政转移支付制度，完善流动人口计划生育服务管理全国“一盘棋”机制，推进农民工计划生育基本公共服务均等化。
3.以完善和整合“碎片化”的社会保障体系为重点，扩大农民工社会保障覆盖面。建立健全城镇职工基本医疗保险与城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗之间、城镇职工基本养老保险与城镇居民社会养老保险和新型农村社会养老保险之间的转移衔接办法，实现农民工养老、医疗和失业保险关系全接续。针对农民工工资收入低的特点，制定促进农民工参加养老保险的政策措施。完善在城镇从事个体经营或灵活就业农民工参加养老保险的实施办法。完善失业保险政策，保障农民工与城镇职工平等参加失业保险并享受相应待遇。整合经办管理资源，提高对农民工的社保服务水平。扩大农民工参保覆盖面，力争到“十二五”期末实现社会保险对农民工群体的广覆盖，“十三五”期末实现全覆盖。建立惠及农民工的社会救助制度，逐步将符合条件的农民工纳入城市最低生活保障范围。
4.以推动农民工纳入住房保障范围为重点，积极改善农民工居住条件。农民工在城镇居住条件低劣，住房支付能力弱，严重影响了其生活质量，并成为他们融入城镇的最大障碍之一。各级政府及其住房建设部门应将农民工住房问题与城镇居民住房问题一并纳入当地经济社会发展规划和住房建设规划，并将在城镇稳定就业的农民工纳入公共租赁住房供应范围。综合运用财政、金融、土地等政策工具，吸引社会资金参与面向农民工的保障性住房建设运营，引导农民工集中的开发区或工业园区建设农民工公寓。制定适合农民工特点的住房公积金缴存和使用办法，扩大农民工住房公积金制度覆盖面，保障缴存住房公积金农民工提取和使用个人贷款的权益。支持农民工通过租购合适的商品房和居住集体宿舍等多种方式解决住房问题，并逐步将居住陋屋（地下室、棚户区、工棚等）的农民工迁至宜居房屋居住。
5.精神文化生活是新生代农民工能否真正融入城市的重要因素。农民工在城市缺乏健康向上的精神文化生活，文化生活单调，形式简单。农民工精神文化工作缺乏总体规划，缺乏统一的政策和制度安排，党团组织建设和管理工作薄弱，广大农民工往往被排除在城市各种有组织的精神文化活动之外，成为城市文化生活的旁观者和边缘人。与城市居民相比，农民工能够支配的闲暇时间很少，娱乐消费的时间就更少，收入水平低，农民工文化消费能力随之减弱。农民工的社交活动方式主要是一种地缘性、亲缘性的关系，业缘性关系较弱，与城市居民的交往更弱，这使农民工难以融入城市居民之中。因此，要丰富农民工精神文化生活，创新和加强农民工基层党团和工会、妇联组织管理，充分发挥社会组织服务农民工的积极作用。
（五）全面提升农民工就业质量，保障农民工在城镇的就业空间
对农民工群体而言，一定规模的、较为稳定的就业空间是他们实现市民化的基本前提。近年来农民工的就业质量得到了明显改善，就业机会增多，就业稳定性增加，劳动权益有所保障，就业能力有所提高，就业环境不断改善，但总体上农民工的就业质量依然偏低，就业空间依然狭小，行业和职业具有高流动性和高风险性。就业不稳定性仍然是制约农村劳动力由农业农村向城市非农产业转移的主要问题。要促进农民工在城镇化进程中稳定就业，以下两方面的工作是重要的：
首先，目前农民工总体上仍属于低文化技能水平劳动力，大约有一半农民工在劳动密集型的工厂务工，另外一半的农民工则在城市从事城市一般服务业。这些工作具有非正式性，也具有供需刚性的特征，一旦宏观经济形势发生波动，农民工即失业返乡。劳动力市场出现的“民工潮”和“民工荒”即是农民工就业不稳定的集中体现。因此，在我国转变经济发展方式、产业结构升级的浪潮中，应避免劳动密集型产业急剧减少而冲击农民工就业。为此就应在发展资本技术密集型产业、高新技术产业的同时，继续重视劳动密集型产业的发展；在发展金融、信息、研发、节能环保等高端服务业的同时，也要重视批发零售、住宿餐饮、社区服务等低端服务业的发展；积极引导沿海地区低端制造业向中西部地区合理转移，并带动中西部地区服务业的发展，为中西部农村劳动力就近转移创造条件；促进农村人口向小城镇集中，首先要建设能够提供农民工稳定工作的产业体系，充分利用地方区位、资源优势，发展地方特色经济，立足于具有比较优势的农林、特产、旅游等资源和产业来吸引农村劳动力就地转移。注意规划，包括对地方特色经济的甄别遴选、产业定位、产业布局、政策扶持等都要统筹兼顾，着眼于长远发展，形成地方优势，将比较优势转化为竞争优势，将资源优势转化为产业优势，以就业稳定促进农村劳动力就地转移。
其次，促进农民工创业以推动二次转移，让农民工成为小城镇建设的真正主体。经过改革开放三十多年的发展，农民工的结构和性质也发生了变化，第一代农民工和新生代农民工同时存在。改革开放初的第一代农民工受教育程度较低，从事的工作以简单的清洁卫生、房屋建筑、家政服务等为主，随着年龄的增加，将不能适应市场的需求，但他们前期务工时面临的择业压力较低，而且多年的务工经历也积累了一定的资金、劳动技能和市场经验。新生代农民工的文化程度明显高于第一代，他们年纪轻、身体素质好、见识广，所以他们的求职面更广，也更容易适应城市的生活方式，而且对农村没有第一代农民工那样的恋土情结，但他们的成长伴随更具优势的大学毕业生数量的逐年增加，就业形势更为严峻。他们虽然仍然是劳动者，但已经不是单纯意义上的被雇用者。这些表明农村劳动力转移已进入二次转移阶段，而促进农民工创业则是推进农村劳动力二次转移的有力手段，以小城镇为试点，促进农民工创业，让农民工成为小城镇建设中真正意义上的主体。这要求营建宽松的社会经济环境并给予政策扶持，如对农民工创业进行资金和技术扶持，不如仿照国家吸引回国人才创业激励的方式，在小城镇建设一批农民工返乡创业园区，并由政府给予贷款优惠政策和其他优惠政策；改进政府工作职能，树立起服务意识，在农民工返乡创业手续审批及管理方面，提供指导，简化办事手续；推进行业、企业协会发展，为农民工创业和发展提供咨询，掌握处理市场信息，并做好法律咨询、维权服务等工作。
（六）完善农民工市民化过程中土地权利保障机制。
农民转为城镇居民以后，其承包地、宅基地的处置问题是城镇化过程中的重大问题。目前，绝大多数农民工不愿意以放弃承包地和宅基地换取城镇户籍，必须完全尊重个人意愿，不能把农民工获得城镇户口与放弃农村土地权利挂钩，不得强制或变相强制收回。党的十七届三中全会提出，现有农村土地承包关系保持稳定并长久不变，必须明确长久不变的土地承包权利和依法保障的宅基地用益物权是农民的财产权利，即使农民进城定居，也不能强行要求农民放弃。同时，为适应农民工进城落户和城镇化发展的需要，应赋予农民对承包土地、宅基地更大的处置权。要在健全法制和发育土地市场的基础上，按照依法、自愿、有偿的原则，探索建立农民工承包地和宅基地的流转或退出机制。“家中有地，进退有据”。农民市民化是一个长期过程。在这个过程中，既要创造条件，让农民在城镇安居乐业；又要允许农民继续享有对土地的权益，以此作为应对不确定性及各种风险的生存保障。这是保护农民利益的需要，也是促进城镇化健康发展的需要。