第一，皇帝怠政日甚一日，皇帝的品德日渐败坏。万历朝在孟森的《明清史演义》中被称为“醉梦之朝”，神宗的特点是“怠于临朝，勇于敛财，不郊不庙不朝者三十年，与外廷隔绝”。在万历期间，臣工奏疏大半留中不发，许多衙门缺官长期不补，以致出现“职业尽弛，上下解体”的局面。故自清朝以后，人们普遍认为明亡不亡于崇祯，实亡于万历。至于明朝后期皇帝的品行从他们的爱好中就可以看出来，不外乎酒、色、财、暴。
第二，买官弼爵，官僚队伍尸位素餐。在天顺八年（1464），英宗授予姚旺官爵，开启一朝“传奉官”制度。所谓“传奉官”是指不经吏部选拔、廷推等过程，而直接由皇帝任命的官员。本来官爵乃“天下公器”，现成为“人之私器”，后来稍有职权的官员上行下效，使得官员的认命形同儿戏，买官弼爵现象十分严重。明中后期虽然也有像海瑞、戚继光、张居正那样以天下为己任的官员，但总体说来，官员们普遍是“不求做好人，只求做好官”，所谓“只求做好官”，并非要把官做好，而是指谋求担任“好官职”以及与此相联系的荣华富贵。至于国计民生，甚至自身职守，全然不计。
第三，宦官集团的几次霸政及特务机构横行，导致社会处于最畸形与黑暗的统治之中。虽然朱元璋立下不能重用宦官的条令，但是从永乐朝开始宦官就已经有登上朝政舞台的苗头，明朝后期更是宦官多次霸政，玩弄政权。明朝有许多著名的宦官，如王振、曹吉祥、号称“九千岁”的魏忠贤等。
第四，土地兼并问题严重，社会动荡。最明显的大规模土地兼并始于宪宗朝，皇帝朱见深没收宦官曹吉祥的田地，设“皇庄”，即皇室
294亲自掌握的土地。由此开启了皇室搜刮土地的风气，到孙子武宗时一个月内就设立皇庄7所，10年内使皇庄面积达到37595顷。皇帝带头，其下皇妃、亲王、官员、宦官也纷纷扩田，形成王田、官田满天下的局面。人们失去根本的土地保障，致使越来越多的人铤而走险发动起义，成化年间已在荆襄地区爆发了百万流民的大起义。此后，社会贫富分化日趋悬殊，“人相食”的记载有22处，全国出现“人市”，人被以“两脚羊肉”的名义出卖。
第五，边疆少数民族问题没有得到应有的解决，以致其内掠和反叛不断，反复削弱着明朝的统治力。嘉靖时有俺答汗兵临北京城下的“庚戌之变”，万历中有宁夏杨应龙的接连反叛；最终是建州女真崛起，破墙入关，肆意掳掠，如入无人之地，成为明廷无法遏制的劲敌。
以上种种明末诟病，皇权和官僚队伍整体腐败的局面、社会的动乱，从根本上说，是由于专制官僚体制自身缺乏自下而上的有效监督和制约机制。明朝是一个专制制度极度加强的朝代，权力的核心始终都掌握在一个没有任何制约体系的“人”手中，或者是皇帝，或者是皇帝身边的宦官、阁臣。当掌控者的能力超强、素质较高时，国家机构尚能正常运转，一旦掌控者能力下降就必然导致国家机器运转失灵。这是明朝建制者遗留下来的治政弊端，也是任何一个极度专制政权无法解决的问题。
4.改革
张居正的改革张居正被誉为中国三大宰辅之一，是中国历史上著名的改革家，在明朝中期推行了长达十年的改革运动。隆庆元年（1567），他以吏部左侍郎入内阁，后因神宗年幼而“大柄委任居正”，遂为内阁首辅。张居正所处的年代，是明朝的统治渐衰，土地兼并日益严重，吏治逐渐走向腐败的时期。针对当时的社会政治状况，张居正尖锐地指出，明王朝已是积弊丛生，其大者有五种：“曰宗室骄悠，曰庶官像旷，曰吏治因循，曰边备未修，曰财用大曦。”只有通过大的整顿改革，才能挽救当时全面的政治危机。张居正任内阁首辅十年，从政治、经济、军事等方面进行了一系列改革。
在政治改革方面，张居正主张整顿吏治，提高行政办事效率；在军事改革方面，张居正的方针是加强边防，训练士卒，改善同蒙古等少数民族的关系；在水利方面的改革也很有成效，他任用治河专家潘季驯督修黄河；在经济改革方面，张居正把理财作为重点，他认为财政问题是根本。万历九年（1581），他通过国家法令的形式，把“一条鞭法”1作为赋役制度在全国推行。
张居正的改革是在社会危机日益严重的情况下进行的，是为挽救其统治危机而进行的一次改良运动，目的是为维护明王朝统治者的根本利益。不过变法中的一系列新政策，打破了各阶层、各利益集团之间原有的利益格局，因此遭到守旧势力的反对。万历十年（1582）张居正死后，改革的措施除一条鞭法以外全被废除，本已入棺的张居正遭鞭尸，家被抄没，亲人遭灭口。从改革的结果可以看到改革虽然没有从根本上改变王朝衰落的趋势，彻底解决各种社会矛盾，但是改革确实使财政状况好转，改善了同蒙古等少数民族的关系，在客观上促进了生产力进一步的发展，造就了明后期的短时繁盛景象。
“东林党”和“复社”明朝学院流行，在社会上、思想上都造成了巨大的影响，开一朝批评时政之风。在江南经济发达地区以学院和学派为基础，兴起了一些以地方中下层官吏、乡绅为主的要求改革的党社运动。主要有顾宪成的“东林党”，张溥的“复社”，前后历时40余年，在某种程度上来看它是继张居正改革后的又一场地主阶级的改革自救运动。
明太祖制定对江南的政策：经济上坚持重赋剥削，政治上限制和打压地主。随着经济的发展和社会思朝的变化，江南的知识分子和中小地主对明廷的压制政治的黑暗越来越不满，从而掀起了以东林学院为基地的改革时政的运动。被称之为“东林党人”的代表人物有顾宪成、钱一本、史孟麟等。在东林书院门口有一副对联：“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心。”他们主张减轻赋税、保护工商业者的利益；主张开放言论、反对宦官干政，希望社会稳定。在当时的朝政状况和资本主义经济有所萌芽的现实下他们的主张具有进步意义，但是随着其声名大振，遭到了朝廷保守势力的严重打压，天启三年（1623），以魏忠贤为代表的反面反动势力将东林党人“一网打尽”，东林党人的运动归于失败。此后，江南地区的另一批知识分子以结社的方式，一方面广交朋友，一方面以切磋为名评论时政，继续与当时的大贵族官僚腐败作斗争，在当时被称之为“复社”，以张溥、张采为代表，后来出现了复社“党羽半天下”，成员遍布大江南北的局面。最后由于崇祯朝的打压和清朝的迫害，在顺治九年（1652），为政府取缔。
东林和复社都是中小地主阶层和知识分子的松散政治联盟，他们的主张在当时的历史条件下是进步的，符合资本主义萌芽这种经济环境。其思想为明清之际顾炎武、黄宗羲、王夫之三大思想家的出现奠定了基础，对以后中国近代资产阶级革命思想的萌芽也有一定的影响作用。
经济
明朝建国以后，贫苦出生的朱元璋对于农业有着很深的认识，对于国家的农业发展非常重视。在明朝，通过国家的政策努力和明朝前期较长时期的社会和平与稳定，农业得到很大的发展。首先政府非常注重全国户籍的管理，“籍天下户口，置户贴，户籍，具书名，岁，居地”（《明史》卷七七），在洪武十四年（1381）还命令颁发编制了户籍的“黄册”，明朝的全国人口在洪武十四年为59873305人，宪宗成化二十一年（1485）为62885930人，在世宗嘉靖年间到达了63654248人……从明朝的各种记载综合统计，明朝的人口增长数目是十分巨大的。当时的政府也十分注重人口的增加，比如严格控制寺庙数量，要求拆毁众多寺院，只允许一县一庙；严格规定寺院人员人数，不可收留少年和中年的男性为僧、四十岁以下的女性为尼姑。
1.农业的发展
明朝政府对待土地非常谨慎。明初“荒乱之后，中原草莽，人民稀少”（《明太祖实录》卷三四），当时政府将“田野辟，户口增”视为施政之要务，奖励开垦荒地，并在一些地方设立司农司负责开垦荒地。在土地开垦与管理过程中形成了明朝重要的土地制度——屯田，分为军屯、民屯、商屯三种。所谓的军屯可以分为边屯和官屯，前者是在边地屯田，后者是在内地各卫所附近屯田。在建国初期朱元璋实行“寓兵于民”的政策，按照土地的优差、士兵的人数等在边疆或内地都按一定的比例进行土地耕种。所谓的民屯是指移民垦荒，即分为移民屯田、募民屯田、徙罪民屯田三类。在洪武和永乐年间，曾经多次大规模的迁移人多地少的农民到地多人少的地区屯种。如在洪武十五年（1382），徙广东番禺等县农民24400人到泗州屯田；募民屯田的有洪武二十二年（1389），山西泌州民116户自愿应募到北平、山东等地屯种。民屯加速了荒田垦荒的速度，使耕地面积大为增加。商屯是指为解决军粮问题而实行的特殊屯田。当时的盐属于朝廷专卖，商人为了取得售卖食盐的“盐引”需要把粮食运到边境交纳。为了节省运费，商人就雇人在边地屯田，就近纳粮。由于此举“私利甚厚”，从而使得商人皆“戮力垦田，充实边塞”，边疆的土地开发在商屯的影响之下得到有利的发展，但到后来由于可以纳银领引，所以商屯逐渐转化为民屯。
注重对于灌溉系统的修筑。明朝政府为了确保农业产量，保证赋税的收入而十分重视灌溉系统的建设。如当时在洪武四年（1371）修复广西兴安县灵渠，洪武九年（1376）修复四川都江堰。据洪武二十八年（1395）统计全国开塘堰40987处，浚河4162处，修建陂渠堤岸5048处。在永乐时期疏浚了吴淞江等河渠，使三吴地区的灾情缓和。宣德二年（1427），宣宗也曾经颁令要求各地及时兴修水利。在宣德以后，明朝政府对于水利工程的重视不如以前，但是对于黄河和运河的疏通还是比较重视，如出现了中国历史上著名的治理黄河的水利专家潘季驯，河道因他的治理而“两河归正，沙刷水深，海口大辟”，使黄、淮、运河保持了多年的稳定。
明朝的农业生产工具和农作物的栽培技术也得到了大力的发展。如“代耕架”这种耕翻农具是利用杠杆原理制成的，可暂时解决耕畜缺乏的问题；明朝灌排农具“风力水车”在原来利用水利的基础上又进一步借助风力。随着西方技术的传入，万历四十年（1612年），徐光启和意大利人熊三拔合译了《泰西水法》，介绍了一些西洋农具制作技术和凿井的方法等。在作物的栽培技术上明朝人已经认识到“合天时、地脉、物性之宜，而无所差失，则事半而功倍矣”明朝的选种、播种、施肥、除害和对田地的空间时间利用等各步骤都有了新的认识和方法。
除以上传统农业方面的发展外，明朝的农业发展还有一些新突破。受当时商业繁荣的影响以及西方新航路的开辟导致世界各大洲物种传播的影响，明初实行“粮食生产为第一，兼顾一些其他作物”的政策。在明朝中期以后，经济作物棉花的种植得到广泛的推广，棉花在农产品中的比重不断上升。徐光启《农政全书》记载：“官民军灶垦田凡二百万亩，大半种棉，当不止百万亩。”在明朝以前，世人的衣服是以穿着麻布衣服为主，明朝以后，人们的穿着主要是以棉衣为主。随着对棉布的需求越来越强烈，各种各样的棉花新品种被培育出来，如产于楚中的“江花”，产于直隶、山东的“北花”，产于江浙地区的“浙花”、“紫花”等。伴随着棉花种植扩大的还有印染种植的迅速兴起，出现大量蓝色染料的蓝花和红色染料的红花。
其次，从海外引进了三种新的粮食作物番薯、玉米、马铃薯以及两种新的经济作物花生和烟草。据记载番薯是在万历年间由闽人振龙从菲律宾带回番薯蔓，先在家乡试种，后得到推广，徐光启还把它从岭南引进到长江流域，著有《番薯记》；玉米在中国的广泛种植大约是在17世纪后期，从山区到各地逐渐流传播种开来；花生被认为是从南美洲传播而来，嘉靖、万历朝代都有很多县志清楚地记载了关于花生的栽种状况，这是中国最早的记载花生栽种的著作；烟草是在万历年间传入中国，在广东和福建扎根后迅速在其他省份推广，虽然崇祯朝曾下令禁止烟草的栽种，但仍然不能阻断烟草的扩展。
2.商业的繁荣
明朝在贸易交流方面有了很大的发展。首先在国内贸易方面：许多商业性的市集兴起，“岭南谓之虚；西蜀谓之亥；山东谓之集”，这种定期举行的集市为人们交换生活生产用品提供了方便并加强了彼此的联系。市集所在的地理位置、周围人口与耕地多少均有不同，某些市集逐渐发展成为人口较多的市镇，并引来了大量的外地商人。一些行政中心的经济职能也不断得到加强，如全国的行政中心北京，四方货物无不必聚集，在明朝后期的《皇都积胜图》中有生动的描绘。陪都南京也是商贾云集之地，传世的《南京繁会景物图卷》描绘了许多货摊店铺。还有东南的苏州、杭州，岭南的佛山和广州都是当时繁荣的城镇。明朝一代乡村的集市、地方城镇、区域性的大都市共同构筑了一个繁忙而联系紧密的商业网络。
在国外贸易方面：明朝初期主要以朝贡为主，即只允许和朝廷有附属关系的国家和地区以朝贡的方式进行贸易。在沿海推行“片板不许下海”的严厉的海禁政策，不准私人出海贸易，并沿海修筑70余座城池和防御工事。在明朝永乐以后，朝贡贸易发展，郑和七下西洋的壮举标志着当时朝贡贸易的繁荣，此举在一定程度上开拓了海外市场，发展了与亚非各国的贸易往来。永乐以后，对于海禁的放宽，使明朝民间的私人海外贸易取得突飞猛进的发展。
在边界贸易方面：明朝周边各少数民族的生产力有了提高，其马牛、毛皮等土特产是明政府和内地人民所需要的，而内地的茶叶、粮食、纺织品、铁器等又是少数民族所必需的，因此在交换有无、政府控制和笼络各族人民的基础上，明朝在边界建立起以茶、马为主的贸易体系。如在西北、西南边界建立的“茶市”；在北部和东北地区建立的“马市”等。