前列腺脓肿是在急性前列腺炎的基础上发展而成，而且一旦形成脓肿，其治疗比急性前列腺炎麻烦得多，病人的痛苦也大得多。主要的治疗方法有两种：一种是保守治疗，就是利用对付急性前列腺炎的那些方法，包括抗菌药物的应用（口服、肌肉注射、静脉滴注等）、内服外敷中药等，以消除或控制炎症，对脓肿形成的早期或较小的脓肿，可望达到消散或促使早日吸收的作用，对较大的前列腺脓肿则效果较差，往往不能如以偿；另一种方法是手术治疗，即求助于“开刀”的治疗方法。具体应根据脓肿的部位、大小等，采用经直肠或经会阴的途径将脓肿切开，排出脓液。也可借助尿道镜切除脓腔壁以达到排脓目的。此外，对于有些前列腺脓肿，可用穿刺抽脓的方法来治疗，这种方法是由医生在病人的肛门或会阴处局部麻醉后，用带针管的粗针头穿刺并抽出脓液，必要时还可将抗菌药物注入脓腔。当然穿刺抽脓的方法很难一次解决问题，常常需要连续几次，才能将脓液抽尽。总之，不论哪种手术排脓方法，均需要继续配合使用抗菌药物，这样才可提高疗效，并防止细菌乘机进一步扩散或进入血液循环。
